src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.io.*;
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.datatransfer.*;
  24 import java.awt.dnd.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26 import java.lang.reflect.Constructor;
  27 import java.util.*;
  28
  29 import javax.swing.*;
  30 import javax.swing.event.MenuEvent;
  31 import javax.swing.event.MenuListener;
  32
  33 /**
  34  * DOCUMENT ME!
  35  *
  36  * @author $author$
  37  * @version $Revision$
  38  */
  39 public class Desktop
  40     extends jalview.jbgui.GDesktop implements DropTargetListener,
  41     ClipboardOwner
  42 {
  43   /** DOCUMENT ME!! */
  44   public static Desktop instance;
  45
  46   //Need to decide if the Memory Usage is to be included in
  47   //Next release or not.
  48  // public static MyDesktopPane desktop;
  49    public static JDesktopPane desktop;
  50
  51
  52   static int openFrameCount = 0;
  53   static final int xOffset = 30;
  54   static final int yOffset = 30;
  55   public static jalview.ws.Discoverer discoverer;
  56
  57   public static Object[] jalviewClipboard;
  58   public static boolean internalCopy = false;
  59
  60   static int fileLoadingCount = 0;
  61
  62   /**
  63    * Creates a new Desktop object.
  64    */
  65   public Desktop()
  66   {
  67     instance = this;
  68     doVamsasClientCheck();
  69     doGroovyCheck();
  70
  71
  72     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
  73     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  74
  75     desktop = new JDesktopPane();
  76     desktop.setBackground(Color.white);
  77     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
  78     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
  79     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
  80
  81     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
  82     // if previous window was maximised
  83     desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());
  84
  85     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
  86     String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");
  87     String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");
  88     String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");
  89     String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");
  90
  91     if ( (x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
  92     {
  93       setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),
  94                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));
  95     }
  96     else
  97     {
  98       setBounds( (int) (screenSize.width - 900) / 2,
  99                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
 100     }
 101
 102     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 103     {
 104       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 105       {
 106         quit();
 107       }
 108     });
 109
 110     this.addMouseListener(new MouseAdapter()
 111         {
 112           public void mousePressed(MouseEvent evt)
 113           {
 114             if(SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 115             {
 116               showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 117             }
 118           }
 119         });
 120
 121
 122     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 123
 124     /////////Add a splashscreen on startup
 125     /////////Add a splashscreen on startup
 126     new SplashScreen();
 127
 128
 129     discoverer = new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.
 130   }
 131
 132   private void doVamsasClientCheck()
 133   {
 134     if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent())
 135     {
 136       setupVamsasDisconnectedGui();
 137       VamsasMenu.setVisible(true);
 138       final Desktop us = this;
 139       VamsasMenu.addMenuListener(new MenuListener() {
 140         // this listener remembers when the menu was first selected, and
 141         // doesn't rebuild the session list until it has been cleared and
 142         // reselected again.
 143         boolean refresh=true;
 144         public void menuCanceled(MenuEvent e)
 145         {
 146           refresh=true;
 147         }
 148
 149         public void menuDeselected(MenuEvent e)
 150         {
 151           refresh = true;
 152         }
 153
 154         public void menuSelected(MenuEvent e)
 155         {
 156           if (refresh)
 157           {
 158             us.buildVamsasStMenu();
 159             refresh=false;
 160           }
 161         }
 162       });
 163       vamsasStart.setVisible(true);
 164     }
 165   }
 166
 167   void showPasteMenu(int x, int y)
 168   {
 169     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 170     JMenuItem item = new JMenuItem("Paste To New Window");
 171     item.addActionListener(new ActionListener()
 172     {
 173       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 174       {
 175         paste();
 176       }
 177     });
 178
 179     popup.add(item);
 180     popup.show(this, x, y);
 181   }
 182
 183   public void paste()
 184   {
 185     try
 186     {
 187       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 188       Transferable contents = c.getContents(this);
 189
 190       if (contents != null)
 191       {
 192         String file = (String) contents
 193             .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 194
 195         String format = new IdentifyFile().Identify(file,
 196                                                     FormatAdapter.PASTE);
 197
 198         new FileLoader().LoadFile(file, FormatAdapter.PASTE, format);
 199
 200       }
 201     }
 202     catch (Exception ex)
 203     {
 204       System.out.println("Unable to paste alignment from system clipboard:\n"
 205                          + ex);
 206     }
 207   }
 208
 209   /**
 210    * DOCUMENT ME!
 211    *
 212    * @param frame DOCUMENT ME!
 213    * @param title DOCUMENT ME!
 214    * @param w DOCUMENT ME!
 215    * @param h DOCUMENT ME!
 216    */
 217   public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 218       String title, int w, int h)
 219   {
 220     addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 221   }
 222
 223   /**
 224    * DOCUMENT ME!
 225    *
 226    * @param frame DOCUMENT ME!
 227    * @param title DOCUMENT ME!
 228    * @param w DOCUMENT ME!
 229    * @param h DOCUMENT ME!
 230    * @param resizable DOCUMENT ME!
 231    */
 232   public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 233       String title, int w, int h, boolean resizable)
 234   {
 235
 236     frame.setTitle(title);
 237     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 238     {
 239       frame.setSize(w, h);
 240     }
 241     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 242     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 243     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 244     /////////////////////////////////////////////////
 245     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 246         && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 247     {
 248       return;
 249     }
 250
 251     openFrameCount++;
 252
 253     frame.setVisible(true);
 254     frame.setClosable(true);
 255     frame.setResizable(resizable);
 256     frame.setMaximizable(resizable);
 257     frame.setIconifiable(resizable);
 258     frame.setFrameIcon(null);
 259
 260     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 261     {
 262       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount,
 263                         yOffset * ( (openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 264     }
 265
 266     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 267     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 268     {
 269       public void internalFrameActivated(javax.swing.event.
 270                                          InternalFrameEvent evt)
 271       {
 272         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 273         if (itf != null)
 274         {
 275           itf.requestFocus();
 276         }
 277
 278       }
 279
 280       public void internalFrameClosed(
 281           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 282       {
 283         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 284         openFrameCount--;
 285         windowMenu.remove(menuItem);
 286         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 287         if (itf != null)
 288         {
 289           itf.requestFocus();
 290         }
 291         System.gc();
 292       }
 293       ;
 294     });
 295
 296     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 297     {
 298       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 299       {
 300         try
 301         {
 302           frame.setSelected(true);
 303           frame.setIcon(false);
 304         }
 305         catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 306         {
 307
 308         }
 309       }
 310     });
 311
 312     windowMenu.add(menuItem);
 313
 314     desktop.add(frame);
 315     frame.toFront();
 316     try
 317     {
 318       frame.setSelected(true);
 319       frame.requestFocus();
 320     }
 321     catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 322     {}
 323   }
 324
 325   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
 326   {
 327     if (!internalCopy)
 328     {
 329       Desktop.jalviewClipboard = null;
 330     }
 331
 332     internalCopy = false;
 333   }
 334
 335   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 336   {}
 337
 338   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 339   {}
 340
 341   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 342   {}
 343
 344   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 345   {}
 346
 347   /**
 348    * DOCUMENT ME!
 349    *
 350    * @param evt DOCUMENT ME!
 351    */
 352   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 353   {
 354     Transferable t = evt.getTransferable();
 355     java.util.List files = null;
 356
 357     try
 358     {
 359       DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
 360           "text/uri-list;class=java.lang.String");
 361       if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 362       {
 363         //Works on Windows and MacOSX
 364         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 365         files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.
 366             javaFileListFlavor);
 367       }
 368       else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
 369       {
 370         // This is used by Unix drag system
 371         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 372         String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
 373         files = new java.util.ArrayList(1);
 374         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
 375             data,
 376             "\r\n");
 377              st.hasMoreTokens(); )
 378         {
 379           String s = st.nextToken();
 380           if (s.startsWith("#"))
 381           {
 382             // the line is a comment (as per the RFC 2483)
 383             continue;
 384           }
 385
 386           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
 387           java.io.File file = new java.io.File(uri);
 388           files.add(file);
 389         }
 390       }
 391     }
 392     catch (Exception e)
 393     {}
 394
 395     if (files != null)
 396     {
 397       try
 398       {
 399         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 400         {
 401           String file = files.get(i).toString();
 402           String protocol = FormatAdapter.FILE;
 403           String format = null;
 404
 405           if (file.endsWith(".jar"))
 406           {
 407             format = "Jalview";
 408
 409           }
 410           else
 411           {
 412             format = new IdentifyFile().Identify(file,
 413                                                  protocol);
 414           }
 415
 416           new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
 417
 418         }
 419       }
 420       catch (Exception ex)
 421       {}
 422     }
 423   }
 424
 425   /**
 426    * DOCUMENT ME!
 427    *
 428    * @param e DOCUMENT ME!
 429    */
 430   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 431   {
 432     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 433         getProperty(
 434             "LAST_DIRECTORY"),
 435         new String[]
 436         {
 437         "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",
 438         "jar"
 439     },
 440         new String[]
 441         {
 442         "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"
 443     }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 444
 445     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 446     chooser.setDialogTitle("Open local file");
 447     chooser.setToolTipText("Open");
 448
 449     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 450
 451     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 452     {
 453       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 454       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 455                                     chooser.getSelectedFile().getParent());
 456
 457       String format = null;
 458       if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 459       {
 460         format = "Jalview";
 461       }
 462       else
 463       {
 464         format = new IdentifyFile().Identify(choice, FormatAdapter.FILE);
 465       }
 466
 467       if (viewport != null)
 468       {
 469         new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, FormatAdapter.FILE, format);
 470       }
 471       else
 472       {
 473         new FileLoader().LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);
 474       }
 475     }
 476   }
 477
 478   /**
 479    * DOCUMENT ME!
 480    *
 481    * @param e DOCUMENT ME!
 482    */
 483   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 484   {
 485     // This construct allows us to have a wider textfield
 486     // for viewing
 487     JLabel label = new JLabel("Enter URL of Input File");
 488     final JComboBox history = new JComboBox();
 489
 490     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
 491     panel.add(label);
 492     panel.add(history);
 493     history.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
 494     history.setEditable(true);
 495     history.addItem("http://www.");
 496
 497     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
 498
 499     StringTokenizer st;
 500
 501     if (historyItems != null)
 502     {
 503       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
 504
 505       while (st.hasMoreTokens())
 506       {
 507         history.addItem(st.nextElement());
 508       }
 509     }
 510
 511     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop,
 512         panel, "Input Alignment From URL",
 513         JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
 514
 515     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)
 516     {
 517       return;
 518     }
 519
 520     String url = history.getSelectedItem().toString();
 521
 522     if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
 523     {
 524       if (viewport != null)
 525       {
 526         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
 527       }
 528       else
 529       {
 530         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
 531       }
 532     }
 533     else
 534     {
 535       String format = new IdentifyFile().Identify(url, FormatAdapter.URL);
 536
 537       if (format.equals("URL NOT FOUND"))
 538       {
 539         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 540                                               "Couldn't locate " + url,
 541                                               "URL not found",
 542                                               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 543
 544         return;
 545       }
 546
 547       if (viewport != null)
 548       {
 549         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, format);
 550       }
 551       else
 552       {
 553         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);
 554       }
 555     }
 556   }
 557
 558   /**
 559    * DOCUMENT ME!
 560    *
 561    * @param e DOCUMENT ME!
 562    */
 563   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 564   {
 565     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 566     cap.setForInput(viewport);
 567     Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);
 568   }
 569
 570   /*
 571    * Exit the program
 572    */
 573   public void quit()
 574   {
 575     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");
 576     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");
 577     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");
 578     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");
 579     System.exit(0);
 580   }
 581
 582   /**
 583    * DOCUMENT ME!
 584    *
 585    * @param e DOCUMENT ME!
 586    */
 587   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 588   {
 589     StringBuffer message = new StringBuffer("JalView version " +
 590                                             jalview.bin.Cache.getProperty(
 591                                                 "VERSION") +
 592                                             "; last updated: " +
 593                                             jalview.bin.
 594                                             Cache.getDefault("BUILD_DATE",
 595         "unknown"));
 596
 597     if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(
 598         jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
 599     {
 600       message.append("\n\n!! Jalview version "
 601                      + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")
 602                      +
 603           " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");
 604
 605     }
 606
 607     message.append("\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +
 608                    "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +
 609                    "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +
 610                    "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +
 611                    "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +
 612                    "\nBioinformatics,  2004 20;426-7.");
 613
 614     JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 615
 616                                           message.toString(), "About Jalview",
 617                                           JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 618   }
 619
 620   /**
 621    * DOCUMENT ME!
 622    *
 623    * @param e DOCUMENT ME!
 624    */
 625   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 626   {
 627     try
 628     {
 629       ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();
 630       java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");
 631       javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);
 632
 633       javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();
 634       hb.setCurrentID("home");
 635       hb.setDisplayed(true);
 636     }
 637     catch (Exception ex)
 638     {}
 639   }
 640
 641   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
 642   {
 643     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 644     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 645     {
 646       try
 647       {
 648         frames[i].setClosed(true);
 649       }
 650       catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 651       {}
 652     }
 653     System.out.println("ALL CLOSED");
 654
 655   }
 656
 657   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
 658   {
 659     reorderAssociatedWindows(false, false);
 660   }
 661
 662   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
 663   {
 664     reorderAssociatedWindows(true, false);
 665   }
 666
 667   void closeAssociatedWindows()
 668   {
 669     reorderAssociatedWindows(false, true);
 670   }
 671
 672   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
 673   {
 674     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 675     if (frames == null || frames.length < 1)
 676     {
 677       return;
 678     }
 679
 680     AlignViewport source = null, target = null;
 681     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
 682     {
 683       source = ( (AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
 684     }
 685     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
 686     {
 687       source = ( (TreePanel) frames[0]).getViewPort();
 688     }
 689     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
 690     {
 691       source = ( (PCAPanel) frames[0]).av;
 692     }
 693     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
 694     {
 695       source = ( (PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
 696     }
 697
 698     if (source != null)
 699     {
 700       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 701       {
 702         target = null;
 703         if (frames[i] == null)
 704         {
 705           continue;
 706         }
 707         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
 708         {
 709           target = ( (AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
 710         }
 711         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
 712         {
 713           target = ( (TreePanel) frames[i]).getViewPort();
 714         }
 715         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
 716         {
 717           target = ( (PCAPanel) frames[i]).av;
 718         }
 719         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
 720         {
 721           target = ( (PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
 722         }
 723
 724         if (source == target)
 725         {
 726           try
 727           {
 728             if (close)
 729             {
 730               frames[i].setClosed(true);
 731             }
 732             else
 733             {
 734               frames[i].setIcon(minimize);
 735               if (!minimize)
 736               {
 737                 frames[i].toFront();
 738               }
 739             }
 740
 741           }
 742           catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 743           {}
 744         }
 745       }
 746     }
 747   }
 748
 749   /**
 750    * DOCUMENT ME!
 751    *
 752    * @param e DOCUMENT ME!
 753    */
 754   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
 755   {
 756     new Preferences();
 757   }
 758
 759   /**
 760    * DOCUMENT ME!
 761    *
 762    * @param e DOCUMENT ME!
 763    */
 764   public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
 765   {
 766     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 767         getProperty(
 768             "LAST_DIRECTORY"), new String[]
 769         {"jar"},
 770         new String[]
 771         {"Jalview Project"}, "Jalview Project");
 772
 773     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 774     chooser.setDialogTitle("Save State");
 775
 776     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 777
 778     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 779     {
 780       java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
 781       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 782       new Jalview2XML().SaveState(choice);
 783     }
 784   }
 785
 786   /**
 787    * DOCUMENT ME!
 788    *
 789    * @param e DOCUMENT ME!
 790    */
 791   public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
 792   {
 793     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 794         getProperty(
 795             "LAST_DIRECTORY"), new String[]
 796         {"jar"},
 797         new String[]
 798         {"Jalview Project"}, "Jalview Project");
 799     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 800     chooser.setDialogTitle("Restore state");
 801
 802     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 803
 804     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 805     {
 806       String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
 807       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 808                                     chooser.getSelectedFile().getParent());
 809       new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(choice);
 810     }
 811   }
 812
 813   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
 814   {
 815     new SequenceFetcher(null);
 816   }
 817
 818   JPanel progressPanel;
 819
 820   public void startLoading(final String fileName)
 821   {
 822     if (fileLoadingCount == 0)
 823     {
 824       progressPanel = new JPanel(new BorderLayout());
 825       JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 826       progressBar.setIndeterminate(true);
 827
 828       progressPanel.add(new JLabel("Loading File: " + fileName + "   "),
 829                         BorderLayout.WEST);
 830
 831       progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 832
 833       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
 834     }
 835     fileLoadingCount++;
 836     validate();
 837   }
 838
 839   public void stopLoading()
 840   {
 841     fileLoadingCount--;
 842     if (fileLoadingCount < 1)
 843     {
 844       if (progressPanel != null)
 845       {
 846         this.getContentPane().remove(progressPanel);
 847         progressPanel = null;
 848       }
 849       fileLoadingCount = 0;
 850     }
 851     validate();
 852   }
 853
 854   public static int getViewCount(String viewId)
 855   {
 856     int count = 0;
 857     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
 858     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
 859     {
 860       if (frames[t] instanceof AlignFrame)
 861       {
 862         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
 863         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
 864         {
 865           if (viewId.equals(
 866               ( (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(a)).av.
 867               getSequenceSetId())
 868               )
 869           {
 870             count++;
 871           }
 872         }
 873       }
 874     }
 875
 876     return count;
 877   }
 878
 879   public void explodeViews(AlignFrame af)
 880   {
 881     int size = af.alignPanels.size();
 882     if (size < 2)
 883     {
 884       return;
 885     }
 886
 887     for (int i = 0; i < size; i++)
 888     {
 889       AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(i);
 890       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
 891       if (ap.av.explodedPosition != null &&
 892           !ap.av.explodedPosition.equals(af.getBounds()))
 893       {
 894         newaf.setBounds(ap.av.explodedPosition);
 895       }
 896
 897       ap.av.gatherViewsHere = false;
 898
 899       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(),
 900                        AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 901                        AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 902     }
 903
 904     af.alignPanels.clear();
 905     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 906
 907   }
 908
 909   public void gatherViews(AlignFrame source)
 910   {
 911     source.viewport.gatherViewsHere = true;
 912     source.viewport.explodedPosition = source.getBounds();
 913     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 914     String viewId = source.viewport.sequenceSetID;
 915
 916     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
 917     {
 918       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
 919       {
 920         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
 921         boolean gatherThis = false;
 922         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
 923         {
 924           AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(a);
 925           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
 926           {
 927             gatherThis = true;
 928             ap.av.gatherViewsHere = false;
 929             ap.av.explodedPosition = af.getBounds();
 930             source.addAlignmentPanel(ap, false);
 931           }
 932         }
 933
 934         if (gatherThis)
 935         {
 936           af.alignPanels.clear();
 937           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 938         }
 939       }
 940     }
 941
 942   }
 943
 944   jalview.gui.VamsasApplication v_client = null;
 945   public void vamsasImport_actionPerformed(ActionEvent e)
 946   {
 947     if (v_client==null)
 948     {
 949       // Load and try to start a session.
 950       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 951           getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 952
 953       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 954       chooser.setDialogTitle("Open a saved VAMSAS session");
 955       chooser.setToolTipText("select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.");
 956
 957       int value = chooser.showOpenDialog(this);
 958
 959       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 960       {
 961         try {
 962           v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this,
 963                                                 chooser.getSelectedFile());
 964         } catch (Exception ex)
 965         {
 966           jalview.bin.Cache.log.error("New vamsas session from existing session file failed:",ex);
 967           return;
 968         }
 969         setupVamsasConnectedGui();
 970         v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
 971       }
 972     }else {
 973       jalview.bin.Cache.log.error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
 974     }
 975   }
 976
 977   public void vamsasStart_actionPerformed(ActionEvent e)
 978   {
 979     if (v_client == null)
 980     {
 981       // Start a session.
 982       // we just start a default session for moment.
 983       /*
 984       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 985           getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 986
 987       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 988       chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
 989       chooser.setToolTipText("Import");
 990
 991       int value = chooser.showOpenDialog(this);
 992
 993       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 994       {
 995         v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this,
 996                                                 chooser.getSelectedFile());
 997                                                 *
 998                                                 */
 999       v_client = new VamsasApplication(this);
1000       setupVamsasConnectedGui();
1001       v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
1002     }
1003     else
1004     {
1005       // store current data in session.
1006       v_client.push_update(); // TODO: thread
1007     }
1008   }
1009
1010   protected void setupVamsasConnectedGui()
1011   {
1012     vamsasStart.setText("Session Update");
1013     vamsasSave.setVisible(true);
1014     vamsasStop.setVisible(true);
1015     vamsasImport.setVisible(false); // Document import to existing session is not possible for vamsas-client-1.0.
1016   }
1017   protected void setupVamsasDisconnectedGui()
1018   {
1019     vamsasSave.setVisible(false);
1020     vamsasStop.setVisible(false);
1021     vamsasImport.setVisible(true);
1022     vamsasStart.setText("New Vamsas Session...");
1023   }
1024
1025   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
1026   {
1027     if (v_client != null)
1028     {
1029       v_client.end_session();
1030       v_client = null;
1031       setupVamsasDisconnectedGui();
1032     }
1033   }
1034   protected void buildVamsasStMenu()
1035   {
1036     if (v_client == null)
1037     {
1038       String[] sess = null;
1039       try
1040       {
1041         sess = VamsasApplication.getSessionList();
1042       } catch (Exception e)
1043       {
1044         jalview.bin.Cache.log.warn(
1045                 "Problem getting current sessions list.", e);
1046         sess = null;
1047       }
1048       if (sess != null)
1049       {
1050         jalview.bin.Cache.log.debug("Got current sessions list: "
1051                 + sess.length + " entries.");
1052         VamsasStMenu.removeAll();
1053         for (int i = 0; i < sess.length; i++)
1054         {
1055           JMenuItem sessit = new JMenuItem();
1056           sessit.setText(sess[i]);
1057           sessit.setToolTipText("Connect to session " + sess[i]);
1058           final Desktop dsktp = this;
1059           final String mysesid = sess[i];
1060           sessit.addActionListener(new ActionListener()
1061           {
1062
1063             public void actionPerformed(ActionEvent e)
1064             {
1065               if (dsktp.v_client == null)
1066               {
1067                 dsktp.v_client = new VamsasApplication(dsktp, mysesid);
1068                 dsktp.setupVamsasConnectedGui();
1069                 dsktp.v_client.initial_update();
1070               }
1071             };
1072           });
1073           VamsasStMenu.add(sessit);
1074         }
1075         VamsasStMenu.setVisible(true);
1076       }
1077       else
1078       {
1079         jalview.bin.Cache.log.debug("No current vamsas sessions.");
1080         VamsasStMenu.removeAll();
1081         VamsasStMenu.setVisible(false);
1082       }
1083     } else {
1084       // Not interested in the content. Just hide ourselves.
1085       VamsasStMenu.setVisible(false);
1086     }
1087   }
1088   public void vamsasSave_actionPerformed(ActionEvent e)
1089   {
1090     if (v_client != null)
1091     {
1092       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
1093             getProperty(
1094                 "LAST_DIRECTORY"), new String[]
1095             {"vdj"}, // TODO: VAMSAS DOCUMENT EXTENSION is VDJ
1096             new String[]
1097             {"Vamsas Document"}, "Vamsas Document");
1098
1099         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1100         chooser.setDialogTitle("Save Vamsas Document Archive");
1101
1102         int value = chooser.showSaveDialog(this);
1103
1104         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1105         {
1106           java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
1107           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
1108           String warnmsg=null;
1109           String warnttl=null;
1110           try {
1111             v_client.vclient.storeDocument(choice);
1112           }
1113           catch (Error ex)
1114           {
1115             warnttl = "Serious Problem saving Vamsas Document";
1116             warnmsg = ex.toString();
1117             jalview.bin.Cache.log.error("Error Whilst saving document to "+choice,ex);
1118
1119           }
1120           catch (Exception ex)
1121           {
1122             warnttl = "Problem saving Vamsas Document.";
1123             warnmsg = ex.toString();
1124             jalview.bin.Cache.log.warn("Exception Whilst saving document to "+choice,ex);
1125
1126           }
1127           if (warnmsg!=null)
1128           {
1129             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1130
1131                   warnmsg, warnttl,
1132                   JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1133           }
1134         }
1135     }
1136   }
1137   /**
1138    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
1139    * @param b true to hide gui, false to reveal gui
1140    */
1141   public void setVamsasUpdate(boolean b)
1142   {
1143     jalview.bin.Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update " +
1144                                 (b ? "in progress" : "finished"));
1145     vamsasStart.setVisible(!b);
1146     vamsasStop.setVisible(!b);
1147     vamsasSave.setVisible(!b);
1148   }
1149
1150   public JInternalFrame[] getAllFrames()
1151   {
1152     return desktop.getAllFrames();
1153   }
1154
1155
1156   /**
1157    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that
1158    * the user should be informed of a new questionnaire.
1159    * @param url
1160    */
1161   public void checkForQuestionnaire(String url)
1162   {
1163     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
1164     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
1165   }
1166
1167   /*DISABLED
1168    class  MyDesktopPane extends JDesktopPane implements Runnable
1169   {
1170     boolean showMemoryUsage = false;
1171     Runtime runtime;
1172     java.text.NumberFormat df;
1173
1174     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory, percentUsage;
1175
1176     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
1177     {
1178       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
1179     }
1180
1181     public void showMemoryUsage(boolean showMemoryUsage)
1182     {
1183       this.showMemoryUsage = showMemoryUsage;
1184       if (showMemoryUsage)
1185       {
1186         Thread worker = new Thread(this);
1187         worker.start();
1188       }
1189     }
1190
1191     public void run()
1192     {
1193       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
1194       df.setMaximumFractionDigits(2);
1195       runtime = Runtime.getRuntime();
1196
1197       while (showMemoryUsage)
1198       {
1199         try
1200         {
1201           Thread.sleep(3000);
1202           maxMemory = runtime.maxMemory() / 1048576f;
1203           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / 1048576f;
1204           freeMemory = runtime.freeMemory() / 1048576f;
1205           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
1206
1207           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
1208
1209         //  if (percentUsage < 20)
1210           {
1211             //   border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12, Color.red);
1212             //    instance.set.setBorder(border1);
1213           }
1214           repaint();
1215
1216         }
1217         catch (Exception ex)
1218         {
1219           ex.printStackTrace();
1220         }
1221       }
1222     }
1223
1224     public void paintComponent(Graphics g)
1225     {
1226       if(showMemoryUsage)
1227       {
1228         if (percentUsage < 20)
1229           g.setColor(Color.red);
1230
1231         g.drawString("Total Free Memory: " + df.format(totalFreeMemory)
1232                      + "MB; Max Memory: " + df.format(maxMemory)
1233                      + "MB; " + df.format(percentUsage) + "%", 10,
1234                      getHeight() - g.getFontMetrics().getHeight());
1235       }
1236     }
1237   }*/
1238   protected JMenuItem groovyShell;
1239   public void doGroovyCheck() {
1240     if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
1241     {
1242       groovyShell = new JMenuItem();
1243       groovyShell.setText("Groovy Shell...");
1244       groovyShell.addActionListener(new ActionListener()
1245       {
1246           public void actionPerformed(ActionEvent e) {
1247               groovyShell_actionPerformed(e);
1248           }
1249       });
1250       toolsMenu.add(groovyShell);
1251       groovyShell.setVisible(true);
1252     }
1253   }
1254   /**
1255    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames
1256    * loaded.
1257    */
1258   protected AlignFrame[] getAlignframes() {
1259     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
1260
1261     if (frames == null)
1262     {
1263       return null;
1264       }
1265       Vector avp=new Vector();
1266       try
1267       {
1268           //REVERSE ORDER
1269           for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
1270           {
1271               if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1272               {
1273                   AlignFrame af = (AlignFrame) frames[i];
1274                   avp.addElement(af);
1275               }
1276           }
1277       }
1278       catch (Exception ex)
1279       {
1280           ex.printStackTrace();
1281       }
1282       if (avp.size()==0)
1283       {
1284           return null;
1285       }
1286       AlignFrame afs[] = new AlignFrame[avp.size()];
1287       for (int i=0,j=avp.size(); i<j; i++) {
1288           afs[i] = (AlignFrame) avp.elementAt(i);
1289       }
1290       avp.clear();
1291       return afs;
1292   }
1293
1294   /**
1295     * Add Groovy Support to Jalview
1296     */
1297   public void groovyShell_actionPerformed(ActionEvent e) {
1298     // use reflection to avoid creating compilation dependency.
1299     if (!jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
1300     {
1301       throw new Error("Implementation Error. Cannot create groovyShell without Groovy on the classpath!");
1302     }
1303     try {
1304     Class gcClass = Desktop.class.getClassLoader().loadClass("groovy.ui.Console");
1305     Constructor gccons = gcClass.getConstructor(null);
1306     java.lang.reflect.Method setvar = gcClass.getMethod("setVariable", new Class[] { String.class, Object.class} );
1307     java.lang.reflect.Method run = gcClass.getMethod("run", null);
1308     Object gc = gccons.newInstance(null);
1309     setvar.invoke(gc, new Object[] { "Jalview", this});
1310     run.invoke(gc, null);
1311     }
1312     catch (Exception ex)
1313     {
1314       jalview.bin.Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.",ex);
1315       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1316
1317               "Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.", "Jalview Groovy Support Failed",
1318               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1319     }
1320   }
1321 }