src/jalview/gui/DrawableSequence.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import java.awt.*;\r
   7 \r
   8 public class DrawableSequence implements SequenceI {\r
   9   protected boolean fastDraw = true;\r
  10 \r
  11   protected Color   color = Color.black;\r
  12 \r
  13   protected SequenceI sequence;\r
  14 \r
  15   ColourSchemeI cs = new ZappoColourScheme();\r
  16 \r
  17   public DrawableSequence(SequenceI s) {\r
  18     this.sequence = s;\r
  19 \r
  20     _init();\r
  21   }\r
  22 \r
  23   public DrawableSequence(String name,String seq, int start, int end) {\r
  24     sequence   = new Sequence(name,seq,start,end);\r
  25 \r
  26     _init();\r
  27   }\r
  28 \r
  29   private void _init() {\r
  30 \r
  31   }\r
  32 \r
  33   public void setColourScheme(ColourSchemeI cs) {\r
  34     this.cs = cs;\r
  35   }\r
  36 \r
  37   public Color getResidueBoxColour(int i) {\r
  38     Color c = cs.findColour(this,sequence.getSequence(i,i+1),i,null);\r
  39     return c;\r
  40   }\r
  41 \r
  42   public void drawSequence(Graphics g,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height,boolean showScores, boolean displayBoxes, boolean displayText) {\r
  43 \r
  44     if (displayBoxes == true) {\r
  45       drawBoxes(g,start,end,x1,y1,width, height);\r
  46     }\r
  47     if (displayText == true) {\r
  48         drawText(g,start,end,x1,y1,width,height);\r
  49     }\r
  50   }\r
  51 \r
  52   public void drawBoxes(Graphics g,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height) {\r
  53     int i      = start;\r
  54     int length = getSequence().length();\r
  55 \r
  56     Color currentColor = Color.white;\r
  57 \r
  58     int curStart = x1;\r
  59     int curWidth = width;\r
  60 \r
  61     while (i <= end && i < length) {\r
  62       Color c = getResidueBoxColour(i);\r
  63 \r
  64       if (c != currentColor || c != null) {\r
  65         g.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  66 \r
  67         currentColor = c;\r
  68         g.setColor(c);\r
  69 \r
  70         curStart = i;\r
  71         curWidth = width;\r
  72       } else {\r
  73         curWidth += width;\r
  74       }\r
  75 \r
  76       i++;\r
  77     }\r
  78     g.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  79   }\r
  80 \r
  81   public void drawText(Graphics g, int start, int end, int x1, int y1, int width, int height) {\r
  82     int pady = 2;\r
  83     g.setColor(Color.black);\r
  84 System.out.println("drawablesequence is drawing");\r
  85     // Need to find the sequence position here.\r
  86 \r
  87     if (fastDraw) {\r
  88         String s;\r
  89         if (end < getSequence().length()) {\r
  90             s = getSequence().substring(start,end+1);\r
  91         } else {\r
  92             s = getSequence().substring(start);\r
  93         }\r
  94         System.out.println(s+" "+x1+" "+y1);\r
  95       g.drawString(s,x1,y1+height-pady);\r
  96     } else {\r
  97 \r
  98       for (int i=start; i <= end; i++) {\r
  99         String s = "";\r
 100 \r
 101         if (i < end && i < getSequence().length()) {\r
 102           s = getSequence().substring(i,i+1);\r
 103         } else {\r
 104           s = getSequence().substring(i,i+1);\r
 105         }\r
 106 \r
 107 \r
 108         g.drawString(s,x1+width*(i-start),y1+height-pady);\r
 109       }\r
 110 \r
 111     }\r
 112   }\r
 113 \r
 114 \r
 115   public int getPosition(int res) {\r
 116 \r
 117     return res;\r
 118   }\r
 119 \r
 120   public int getResidue(int pos) {\r
 121 \r
 122     return pos;\r
 123   }\r
 124 \r
 125   // SequenceI methods\r
 126 \r
 127   public void        setName(String name) {\r
 128     sequence.setName(name);\r
 129   }\r
 130   public String      getName() {\r
 131     return sequence.getName();\r
 132   }\r
 133   public String      getDisplayId() {\r
 134     return sequence.getDisplayId();\r
 135   }\r
 136 \r
 137   public void        setStart(int start) {\r
 138     sequence.setStart(start);\r
 139   }\r
 140   public int         getStart() {\r
 141     return sequence.getStart();\r
 142   }\r
 143 \r
 144   public void        setEnd(int end) {\r
 145     sequence.setEnd(end);\r
 146   }\r
 147   public int         getEnd() {\r
 148     return sequence.getEnd();\r
 149   }\r
 150 \r
 151   public int         getLength() {\r
 152     return sequence.getLength();\r
 153   }\r
 154 \r
 155   public void        setSequence(String seq) {\r
 156     sequence.setSequence(seq);\r
 157   }\r
 158   public String      getSequence() {\r
 159     return sequence.getSequence();\r
 160   }\r
 161   public String      getSequence(int start,int end) {\r
 162     return sequence.getSequence(start,end);\r
 163   }\r
 164   public char        getCharAt(int i) {\r
 165     return sequence.getCharAt(i);\r
 166   }\r
 167 \r
 168   public void        setDescription(String desc) {\r
 169     sequence.setDescription(desc);\r
 170   }\r
 171   public String      getDescription() {\r
 172     return sequence.getDescription();\r
 173   }\r
 174 \r
 175   public int         findIndex(int pos) {\r
 176     return sequence.findIndex(pos);\r
 177   }\r
 178   public int         findPosition(int i) {\r
 179     return sequence.findPosition(i);\r
 180   }\r
 181 \r
 182 \r
 183   public void deleteCharAt(int i) {\r
 184     sequence.deleteCharAt(i);\r
 185   }\r
 186 \r
 187   public void insertCharAt(int i,char c) {\r
 188     sequence.insertCharAt(i,c);\r
 189 \r
 190   }\r
 191 \r
 192   public void       insertCharAt(int i,char c,boolean chop) {\r
 193     sequence.insertCharAt(i,c,chop);\r
 194 \r
 195   }\r
 196   public Color getColor() {\r
 197     return this.color;\r
 198   }\r
 199 \r
 200   public void setColor(Color c) {\r
 201     this.color = c;\r
 202   }\r
 203 \r
 204 }\r