src/jalview/gui/DrawableSequence.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import java.awt.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 \r
   8 public class DrawableSequence implements SequenceI {\r
   9   protected boolean fastDraw = true;\r
  10   protected Color   color = Color.black;\r
  11 \r
  12   protected SequenceI sequence;\r
  13 \r
  14   ColourSchemeI cs = null;\r
  15 \r
  16   public Vector sequenceFeatures = new Vector();\r
  17   public void setSequenceFeatures(Vector v)\r
  18   {   sequenceFeatures = v;  }\r
  19   public Vector getSequenceFeatures()\r
  20   {return sequenceFeatures; }\r
  21 \r
  22    String pdbId;\r
  23   public void setPDBId(String id)\r
  24   {    pdbId = id;  }\r
  25   public String getPDBId()\r
  26   {    return pdbId;  }\r
  27 \r
  28 \r
  29   public DrawableSequence(SequenceI s) {\r
  30     this.sequence = s;\r
  31 \r
  32     _init();\r
  33   }\r
  34 \r
  35   public DrawableSequence(String name,String seq, int start, int end) {\r
  36     sequence   = new Sequence(name,seq,start,end);\r
  37 \r
  38     _init();\r
  39   }\r
  40 \r
  41   private void _init() {\r
  42 \r
  43   }\r
  44 \r
  45   public void setColourScheme(ColourSchemeI cs) {\r
  46     this.cs = cs;\r
  47   }\r
  48 \r
  49   public Color getResidueBoxColour(int i) {\r
  50     Color c = cs.findColour( sequence.getSequence(i,i+1),i,null);\r
  51     return c;\r
  52   }\r
  53 \r
  54   public void drawSequence(Graphics g,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height,boolean showScores, boolean displayBoxes, boolean displayText) {\r
  55 \r
  56     if (displayBoxes == true) {\r
  57       drawBoxes(g,start,end,x1,y1,width, height);\r
  58     }\r
  59     if (displayText == true) {\r
  60         drawText(g,start,end,x1,y1,width,height);\r
  61     }\r
  62   }\r
  63 \r
  64   public void drawBoxes(Graphics g,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height) {\r
  65     int i      = start;\r
  66     int length = getSequence().length();\r
  67 \r
  68     Color currentColor = Color.white;\r
  69 \r
  70     int curStart = x1;\r
  71     int curWidth = width;\r
  72 \r
  73     while (i <= end && i < length) {\r
  74       Color c = getResidueBoxColour(i);\r
  75 \r
  76       if (c != currentColor || c != null) {\r
  77         g.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  78 \r
  79         currentColor = c;\r
  80         g.setColor(c);\r
  81 \r
  82         curStart = i;\r
  83         curWidth = width;\r
  84       } else {\r
  85         curWidth += width;\r
  86       }\r
  87 \r
  88       i++;\r
  89     }\r
  90     g.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  91   }\r
  92 \r
  93   public void drawText(Graphics g, int start, int end, int x1, int y1, int width, int height) {\r
  94     int pady = 2;\r
  95     g.setColor(Color.black);\r
  96 System.out.println("drawablesequence is drawing");\r
  97     // Need to find the sequence position here.\r
  98 \r
  99     if (fastDraw) {\r
 100         String s;\r
 101         if (end < getSequence().length()) {\r
 102             s = getSequence().substring(start,end+1);\r
 103         } else {\r
 104             s = getSequence().substring(start);\r
 105         }\r
 106         System.out.println(s+" "+x1+" "+y1);\r
 107       g.drawString(s,x1,y1+height-pady);\r
 108     } else {\r
 109 \r
 110       for (int i=start; i <= end; i++) {\r
 111         String s = "";\r
 112 \r
 113         if (i < end && i < getSequence().length()) {\r
 114           s = getSequence().substring(i,i+1);\r
 115         } else {\r
 116           s = getSequence().substring(i,i+1);\r
 117         }\r
 118 \r
 119 \r
 120         g.drawString(s,x1+width*(i-start),y1+height-pady);\r
 121       }\r
 122 \r
 123     }\r
 124   }\r
 125 \r
 126 \r
 127   public int getPosition(int res) {\r
 128 \r
 129     return res;\r
 130   }\r
 131 \r
 132   public int getResidue(int pos) {\r
 133 \r
 134     return pos;\r
 135   }\r
 136 \r
 137   // SequenceI methods\r
 138 \r
 139   public void        setName(String name) {\r
 140     sequence.setName(name);\r
 141   }\r
 142   public String      getName() {\r
 143     return sequence.getName();\r
 144   }\r
 145   public String      getDisplayId() {\r
 146     return sequence.getDisplayId();\r
 147   }\r
 148 \r
 149   public void        setStart(int start) {\r
 150     sequence.setStart(start);\r
 151   }\r
 152   public int         getStart() {\r
 153     return sequence.getStart();\r
 154   }\r
 155 \r
 156   public void        setEnd(int end) {\r
 157     sequence.setEnd(end);\r
 158   }\r
 159   public int         getEnd() {\r
 160     return sequence.getEnd();\r
 161   }\r
 162 \r
 163   public int         getLength() {\r
 164     return sequence.getLength();\r
 165   }\r
 166 \r
 167   public void        setSequence(String seq) {\r
 168     sequence.setSequence(seq);\r
 169   }\r
 170   public String      getSequence() {\r
 171     return sequence.getSequence();\r
 172   }\r
 173   public String      getSequence(int start,int end) {\r
 174     return sequence.getSequence(start,end);\r
 175   }\r
 176   public char        getCharAt(int i) {\r
 177     return sequence.getCharAt(i);\r
 178   }\r
 179 \r
 180   public void        setDescription(String desc) {\r
 181     sequence.setDescription(desc);\r
 182   }\r
 183   public String      getDescription() {\r
 184     return sequence.getDescription();\r
 185   }\r
 186 \r
 187   public int         findIndex(int pos) {\r
 188     return sequence.findIndex(pos);\r
 189   }\r
 190   public int         findPosition(int i) {\r
 191     return sequence.findPosition(i);\r
 192   }\r
 193 \r
 194 \r
 195   public void deleteCharAt(int i) {\r
 196     sequence.deleteCharAt(i);\r
 197   }\r
 198 \r
 199   public void insertCharAt(int i,char c) {\r
 200     sequence.insertCharAt(i,c);\r
 201 \r
 202   }\r
 203 \r
 204   public void       insertCharAt(int i,char c,boolean chop) {\r
 205     sequence.insertCharAt(i,c,chop);\r
 206 \r
 207   }\r
 208   public Color getColor() {\r
 209     return this.color;\r
 210   }\r
 211 \r
 212   public void setColor(Color c) {\r
 213     this.color = c;\r
 214   }\r
 215 \r
 216 }\r