src/jalview/gui/FeatureRenderer.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import java.awt.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 \r
   8 public class FeatureRenderer implements RendererI\r
   9 {\r
  10   AlignViewport av;\r
  11 \r
  12   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  13   SequenceGroup [] allGroups = null;\r
  14   Color resBoxColour;\r
  15   Graphics graphics;\r
  16 \r
  17   public FeatureRenderer(AlignViewport av)\r
  18   {\r
  19     this.av = av;\r
  20   }\r
  21 \r
  22 \r
  23   public void drawSequence(Graphics g,SequenceI seq,SequenceGroup [] sg, int start, int end, int x1, int y1, int width, int height, Vector pid, int seqnum)\r
  24   {\r
  25     Vector features = seq.getSequenceFeatures();\r
  26     Enumeration e = features.elements();\r
  27     while( e.hasMoreElements() )\r
  28     {\r
  29       SequenceFeature sf = (SequenceFeature)e.nextElement();\r
  30       int fstart = seq.findIndex(sf.getStart())-1;\r
  31       int fend = seq.findIndex(sf.getEnd())-1;\r
  32 \r
  33       if(   (fstart<=end && fend>=start)  )\r
  34       {\r
  35         if(fstart<0) // fix for if the feature we have starts before the sequence start,\r
  36           fstart = 0;// but the feature end is still valid!!\r
  37 \r
  38         if(fstart==fend)\r
  39         {\r
  40           g.setColor(Color.red);\r
  41           g.fillRoundRect( (fstart - start) * width, y1, width, height, 4,4);\r
  42           g.setColor(Color.white);\r
  43 \r
  44           char s = seq.getSequence().charAt(fstart);\r
  45           FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
  46           int charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
  47           int pady = height/5;\r
  48           g.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (fstart - start), y1 + height - pady);\r
  49 \r
  50         }\r
  51         else\r
  52         {\r
  53           for (int i = fstart; i <= fend; i++)\r
  54           {\r
  55            try{\r
  56              g.setColor(Color.blue);\r
  57             g.fillRect( (i-start) * width, y1, width, height);\r
  58 \r
  59             g.setColor(Color.white);\r
  60             char s = seq.getSequence().charAt(i);\r
  61             FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
  62             int charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
  63             int pady = height / 5;\r
  64             g.drawString(String.valueOf(s),\r
  65                          charOffset + x1 + width * (i-start),\r
  66                          y1 + height - pady);\r
  67 \r
  68            }catch(Exception ex){System.out.println(i+" "+fstart+" "+fend+" " +sf.getDescription()+" "+seq.getName()+" "+seq.getLength()); }\r
  69           }\r
  70         }\r
  71       }\r
  72 \r
  73     }\r
  74    }\r
  75 \r
  76 }\r