src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureColourI;
  24 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;
  25 import jalview.bin.Jalview;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
  29 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherI;
  30 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  31 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  32 import jalview.gui.Help.HelpId;
  33 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  34 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  35 import jalview.io.JalviewFileView;
  36 import jalview.schemes.FeatureColour;
  37 import jalview.util.MessageManager;
  38 import jalview.util.Platform;
  39 import jalview.util.dialogrunner.RunResponse;
  40 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel.FeatureSettingsBean;
  41 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours;
  42 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Colour;
  43 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Filter;
  44 import jalview.xml.binding.jalview.ObjectFactory;
  45
  46 import java.awt.BorderLayout;
  47 import java.awt.Color;
  48 import java.awt.Component;
  49 import java.awt.Dimension;
  50 import java.awt.Font;
  51 import java.awt.Graphics;
  52 import java.awt.GridLayout;
  53 import java.awt.Point;
  54 import java.awt.Rectangle;
  55 import java.awt.event.ActionEvent;
  56 import java.awt.event.ActionListener;
  57 import java.awt.event.ItemEvent;
  58 import java.awt.event.ItemListener;
  59 import java.awt.event.MouseAdapter;
  60 import java.awt.event.MouseEvent;
  61 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  62 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  63 import java.beans.PropertyChangeListener;
  64 import java.io.File;
  65 import java.io.FileInputStream;
  66 import java.io.FileOutputStream;
  67 import java.io.InputStreamReader;
  68 import java.io.OutputStreamWriter;
  69 import java.io.PrintWriter;
  70 import java.util.Arrays;
  71 import java.util.Comparator;
  72 import java.util.HashMap;
  73 import java.util.HashSet;
  74 import java.util.Hashtable;
  75 import java.util.Iterator;
  76 import java.util.List;
  77 import java.util.Map;
  78 import java.util.Set;
  79
  80 import javax.help.HelpSetException;
  81 import javax.swing.AbstractCellEditor;
  82 import javax.swing.BorderFactory;
  83 import javax.swing.Icon;
  84 import javax.swing.JButton;
  85 import javax.swing.JCheckBox;
  86 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  87 import javax.swing.JInternalFrame;
  88 import javax.swing.JLabel;
  89 import javax.swing.JLayeredPane;
  90 import javax.swing.JMenuItem;
  91 import javax.swing.JPanel;
  92 import javax.swing.JPopupMenu;
  93 import javax.swing.JScrollPane;
  94 import javax.swing.JSlider;
  95 import javax.swing.JTable;
  96 import javax.swing.ListSelectionModel;
  97 import javax.swing.SwingConstants;
  98 import javax.swing.ToolTipManager;
  99 import javax.swing.border.Border;
 100 import javax.swing.event.ChangeEvent;
 101 import javax.swing.event.ChangeListener;
 102 import javax.swing.plaf.TableUI;
 103 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
 104 import javax.swing.table.TableCellEditor;
 105 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
 106 import javax.swing.table.TableColumn;
 107 import javax.xml.bind.JAXBContext;
 108 import javax.xml.bind.JAXBElement;
 109 import javax.xml.bind.Marshaller;
 110 import javax.xml.stream.XMLInputFactory;
 111 import javax.xml.stream.XMLStreamReader;
 112
 113 public class FeatureSettings extends JPanel
 114         implements FeatureSettingsControllerI
 115 {
 116   private static final String SEQUENCE_FEATURE_COLOURS = MessageManager
 117           .getString("label.sequence_feature_colours");
 118
 119   /*
 120    * column indices of fields in Feature Settings table
 121    */
 122   static final int TYPE_COLUMN = 0;
 123
 124   static final int COLOUR_COLUMN = 1;
 125
 126   static final int FILTER_COLUMN = 2;
 127
 128   static final int SHOW_COLUMN = 3;
 129
 130   private static final int COLUMN_COUNT = 4;
 131
 132   private static final int MIN_WIDTH = 400;
 133
 134   private static final int MIN_HEIGHT = 400;
 135
 136   private final static String BASE_TOOLTIP = MessageManager.getString("label.click_to_edit");
 137
 138   final FeatureRenderer fr;
 139
 140   public final AlignFrame af;
 141
 142   /*
 143    * 'original' fields hold settings to restore on Cancel
 144    */
 145   Object[][] originalData;
 146
 147   float originalTransparency;
 148
 149   Map<String, FeatureMatcherSetI> originalFilters;
 150
 151   final JInternalFrame frame;
 152
 153   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
 154
 155   JTable table;
 156
 157   JPanel groupPanel;
 158
 159   JSlider transparency = new JSlider();
 160
 161   /*
 162    * when true, constructor is still executing - so ignore UI events
 163    */
 164   protected volatile boolean inConstruction = true;
 165
 166   int selectedRow = -1;
 167
 168   JButton fetchDAS = new JButton();
 169
 170   JButton saveDAS = new JButton();
 171
 172   JButton cancelDAS = new JButton();
 173
 174   boolean resettingTable = false;
 175
 176   /*
 177    * true when Feature Settings are updating from feature renderer
 178    */
 179   boolean handlingUpdate = false;
 180
 181   /*
 182    * holds {featureCount, totalExtent} for each feature type
 183    */
 184   Map<String, float[]> typeWidth = null;
 185
 186   /**
 187    * Constructor
 188    *
 189    * @param af
 190    */
 191   public FeatureSettings(AlignFrame alignFrame)
 192   {
 193     this.af = alignFrame;
 194     fr = af.getFeatureRenderer();
 195
 196     // save transparency for restore on Cancel
 197     originalTransparency = fr.getTransparency();
 198     int originalTransparencyAsPercent = (int) (originalTransparency * 100);
 199     transparency.setMaximum(100 - originalTransparencyAsPercent);
 200
 201     originalFilters = new HashMap<>(fr.getFeatureFilters()); // shallow copy
 202
 203     try
 204     {
 205       jbInit();
 206     } catch (Exception ex)
 207     {
 208       ex.printStackTrace();
 209     }
 210
 211     table = new JTable()
 212     {
 213       @Override
 214       public String getToolTipText(MouseEvent e)
 215       {
 216         String tip = null;
 217         int column = table.columnAtPoint(e.getPoint());
 218         int row = table.rowAtPoint(e.getPoint());
 219
 220         switch (column)
 221         {
 222         case TYPE_COLUMN:
 223           tip = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, MessageManager
 224                   .getString("label.feature_settings_click_drag"));
 225           break;
 226         case COLOUR_COLUMN:
 227           FeatureColourI colour = (FeatureColourI) table.getValueAt(row,
 228                   column);
 229           tip = getColorTooltip(colour, true);
 230           break;
 231         case FILTER_COLUMN:
 232           FeatureMatcherSet o = (FeatureMatcherSet) table.getValueAt(row,
 233                   column);
 234           tip = o.isEmpty()
 235                   ? MessageManager.getString("label.filters_tooltip")
 236                   : o.toString();
 237           break;
 238         default:
 239           break;
 240         }
 241
 242         return tip;
 243       }
 244
 245
 246       /**
 247        * Position the tooltip near the bottom edge of, and half way across, the
 248        * current cell
 249        */
 250       @Override
 251       public Point getToolTipLocation(MouseEvent e)
 252       {
 253         Point point = e.getPoint();
 254         int column = table.columnAtPoint(point);
 255         int row = table.rowAtPoint(point);
 256         Rectangle r = getCellRect(row, column, false);
 257         Point loc = new Point(r.x + r.width / 2, r.y + r.height - 3);
 258         return loc;
 259       }
 260     };
 261
 262     // next line is needed to avoid (quiet) exceptions thrown
 263     // when column ordering changes so that the above constants
 264     // no longer apply.
 265     table.getTableHeader().setReorderingAllowed(false); // BH 2018
 266
 267     table.getTableHeader().setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 268     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(table);
 269
 270     table.setDefaultEditor(FeatureColour.class, new ColorEditor(this));
 271     table.setDefaultRenderer(FeatureColour.class, new ColorRenderer());
 272
 273     table.setDefaultEditor(FeatureMatcherSet.class, new FilterEditor(this));
 274     table.setDefaultRenderer(FeatureMatcherSet.class, new FilterRenderer());
 275
 276     TableColumn colourColumn = new TableColumn(COLOUR_COLUMN, 75,
 277             new ColorRenderer(), new ColorEditor(this));
 278     table.addColumn(colourColumn);
 279
 280     TableColumn filterColumn = new TableColumn(FILTER_COLUMN, 75,
 281             new FilterRenderer(), new FilterEditor(this));
 282     table.addColumn(filterColumn);
 283
 284     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 285
 286     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
 287     {
 288       @Override
 289       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 290       {
 291         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 292         String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 293         if (evt.isPopupTrigger())
 294         {
 295           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 296           showPopupMenu(selectedRow, type, colour, evt.getPoint());
 297         }
 298         else if (evt.getClickCount() == 2)
 299         {
 300           boolean invertSelection = evt.isAltDown();
 301           boolean toggleSelection = Platform.isControlDown(evt);
 302           boolean extendSelection = evt.isShiftDown();
 303           fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
 304                   invertSelection, extendSelection, toggleSelection, type);
 305         }
 306       }
 307
 308       // isPopupTrigger fires on mouseReleased on Windows
 309       @Override
 310       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 311       {
 312         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 313         if (evt.isPopupTrigger())
 314         {
 315           String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 316           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 317           showPopupMenu(selectedRow, type, colour, evt.getPoint());
 318         }
 319       }
 320     });
 321
 322     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 323     {
 324       @Override
 325       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 326       {
 327         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 328         if (newRow != selectedRow && selectedRow != -1 && newRow != -1)
 329         {
 330           /*
 331            * reposition 'selectedRow' to 'newRow' (the dragged to location)
 332            * this could be more than one row away for a very fast drag action
 333            * so just swap it with adjacent rows until we get it there
 334            */
 335           Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 336                   .getData();
 337           int direction = newRow < selectedRow ? -1 : 1;
 338           for (int i = selectedRow; i != newRow; i += direction)
 339           {
 340             Object[] temp = data[i];
 341             data[i] = data[i + direction];
 342             data[i + direction] = temp;
 343           }
 344           updateFeatureRenderer(data);
 345           table.repaint();
 346           selectedRow = newRow;
 347         }
 348       }
 349     });
 350     // table.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 351     // MessageManager.getString("label.feature_settings_click_drag")));
 352     scrollPane.setViewportView(table);
 353
 354     if (af.getViewport().isShowSequenceFeatures() || !fr.hasRenderOrder())
 355     {
 356       fr.findAllFeatures(true); // display everything!
 357     }
 358
 359     discoverAllFeatureData();
 360     final PropertyChangeListener change;
 361     final FeatureSettings fs = this;
 362     fr.addPropertyChangeListener(change = new PropertyChangeListener()
 363     {
 364       @Override
 365       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 366       {
 367         if (!fs.resettingTable && !fs.handlingUpdate)
 368         {
 369           fs.handlingUpdate = true;
 370           fs.resetTable(null);
 371           // new groups may be added with new sequence feature types only
 372           fs.handlingUpdate = false;
 373         }
 374       }
 375
 376     });
 377
 378     frame = new JInternalFrame();
 379     frame.setContentPane(this);
 380     if (Platform.isAMac())
 381     {
 382       Desktop.addInternalFrame(frame,
 383               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 384               600, 480);
 385     }
 386     else
 387     {
 388       Desktop.addInternalFrame(frame,
 389               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 390               600, 450);
 391     }
 392     frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 393
 394     frame.addInternalFrameListener(
 395             new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 396             {
 397               @Override
 398               public void internalFrameClosed(
 399                       javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 400               {
 401                 fr.removePropertyChangeListener(change);
 402               };
 403             });
 404     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 405     inConstruction = false;
 406   }
 407
 408         /**
 409          * Constructs and shows a popup menu of possible actions on the selected row and
 410          * feature type
 411          *
 412          * @param rowSelected
 413          * @param type
 414          * @param typeCol
 415          * @param pt
 416          */
 417   protected void showPopupMenu(final int rowSelected, final String type,
 418           final Object typeCol, final Point pt)
 419   {
 420     final FeatureColourI featureColour = (FeatureColourI) typeCol;
 421
 422     JPopupMenu men = new JPopupMenu(MessageManager
 423             .formatMessage("label.settings_for_param", new String[]
 424             { type }));
 425     JMenuItem scr = new JMenuItem(
 426             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
 427     men.add(scr);
 428     final FeatureSettings me = this;
 429     scr.addActionListener(new ActionListener()
 430     {
 431
 432       @Override
 433       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 434       {
 435         me.af.avc
 436                 .sortAlignmentByFeatureScore(Arrays.asList(new String[]
 437                 { type }));
 438       }
 439     });
 440     JMenuItem dens = new JMenuItem(
 441             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
 442     dens.addActionListener(new ActionListener()
 443     {
 444
 445       @Override
 446       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 447       {
 448         me.af.avc
 449                 .sortAlignmentByFeatureDensity(Arrays.asList(new String[]
 450                 { type }));
 451       }
 452     });
 453     men.add(dens);
 454
 455     /*
 456      * variable colour options include colour by label, by score,
 457      * by selected attribute text, or attribute value
 458      */
 459     final JCheckBoxMenuItem variableColourCB = new JCheckBoxMenuItem(
 460             MessageManager.getString("label.variable_colour"));
 461     variableColourCB.setSelected(!featureColour.isSimpleColour());
 462     men.add(variableColourCB);
 463
 464     /*
 465      * checkbox action listener doubles up as listener to OK
 466      * from the variable colour / filters dialog
 467      */
 468     variableColourCB.addActionListener(new ActionListener()
 469     {
 470       @Override
 471       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 472       {
 473         if (e.getSource() == variableColourCB)
 474         {
 475           men.setVisible(true); // BH 2018 for JavaScript because this is a checkbox
 476           men.setVisible(false); // BH 2018 for JavaScript because this is a checkbox
 477           if (featureColour.isSimpleColour())
 478           {
 479             /*
 480              * toggle simple colour to variable colour - show dialog
 481              */
 482             FeatureTypeSettings fc = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
 483             fc.addActionListener(this);
 484           }
 485           else
 486           {
 487             /*
 488              * toggle variable to simple colour - show colour chooser
 489              */
 490             String title = MessageManager.formatMessage("label.select_colour_for", type);
 491             ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
 492             {
 493               @Override
 494               public void colourSelected(Color c)
 495               {
 496                 table.setValueAt(new FeatureColour(c), rowSelected,
 497                         COLOUR_COLUMN);
 498                 table.validate();
 499                 me.updateFeatureRenderer(
 500                         ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData(),
 501                         false);
 502               }
 503             };
 504             JalviewColourChooser.showColourChooser(me, title, featureColour.getMaxColour(), listener);
 505           }
 506         }
 507         else
 508         {
 509           if (e.getSource() instanceof FeatureTypeSettings)
 510           {
 511             /*
 512              * update after OK in feature colour dialog; the updated
 513              * colour will have already been set in the FeatureRenderer
 514              */
 515             FeatureColourI fci = fr.getFeatureColours().get(type);
 516             table.setValueAt(fci, rowSelected, COLOUR_COLUMN);
 517             // BH 2018 setting a table value does not invalidate it.
 518             System.out.println("FeatureSettings is valied" + table.isValid());
 519 //            table.validate();
 520           }
 521         }
 522       }
 523     });
 524
 525     JMenuItem selCols = new JMenuItem(
 526             MessageManager.getString("label.select_columns_containing"));
 527     selCols.addActionListener(new ActionListener()
 528     {
 529       @Override
 530       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 531       {
 532         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(false, false,
 533                 false, type);
 534       }
 535     });
 536     JMenuItem clearCols = new JMenuItem(MessageManager
 537             .getString("label.select_columns_not_containing"));
 538     clearCols.addActionListener(new ActionListener()
 539     {
 540       @Override
 541       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 542       {
 543         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(true, false,
 544                 false, type);
 545       }
 546     });
 547     JMenuItem hideCols = new JMenuItem(
 548             MessageManager.getString("label.hide_columns_containing"));
 549     hideCols.addActionListener(new ActionListener()
 550     {
 551       @Override
 552       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 553       {
 554         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, true);
 555       }
 556     });
 557     JMenuItem hideOtherCols = new JMenuItem(
 558             MessageManager.getString("label.hide_columns_not_containing"));
 559     hideOtherCols.addActionListener(new ActionListener()
 560     {
 561       @Override
 562       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 563       {
 564         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, false);
 565       }
 566     });
 567     men.add(selCols);
 568     men.add(clearCols);
 569     men.add(hideCols);
 570     men.add(hideOtherCols);
 571     men.show(table, pt.x, pt.y);
 572   }
 573
 574   @Override
 575   synchronized public void discoverAllFeatureData()
 576   {
 577     Set<String> allGroups = new HashSet<>();
 578     AlignmentI alignment = af.getViewport().getAlignment();
 579
 580     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 581     {
 582       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(i);
 583       for (String group : seq.getFeatures().getFeatureGroups(true))
 584       {
 585         if (group != null && !allGroups.contains(group))
 586         {
 587           allGroups.add(group);
 588           checkGroupState(group);
 589         }
 590       }
 591     }
 592
 593     resetTable(null);
 594
 595     validate();
 596   }
 597
 598   /**
 599    * Synchronise gui group list and check visibility of group
 600    *
 601    * @param group
 602    * @return true if group is visible
 603    */
 604   private boolean checkGroupState(String group)
 605   {
 606     boolean visible = fr.checkGroupVisibility(group, true);
 607
 608     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 609     {
 610       if (((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).getText().equals(group))
 611       {
 612         ((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).setSelected(visible);
 613         return visible;
 614       }
 615     }
 616
 617     final String grp = group;
 618     final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);
 619     check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 620     check.setToolTipText(group);
 621     check.addItemListener(new ItemListener()
 622     {
 623       @Override
 624       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 625       {
 626         fr.setGroupVisibility(check.getText(), check.isSelected());
 627         resetTable(new String[] { grp });
 628         af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
 629       }
 630     });
 631     groupPanel.add(check);
 632     return visible;
 633   }
 634
 635   synchronized void resetTable(String[] groupChanged)
 636   {
 637     if (resettingTable)
 638     {
 639       return;
 640     }
 641     resettingTable = true;
 642     typeWidth = new Hashtable<>();
 643     // TODO: change avWidth calculation to 'per-sequence' average and use long
 644     // rather than float
 645
 646     Set<String> displayableTypes = new HashSet<>();
 647     Set<String> foundGroups = new HashSet<>();
 648
 649     /*
 650      * determine which feature types may be visible depending on
 651      * which groups are selected, and recompute average width data
 652      */
 653     for (int i = 0; i < af.getViewport().getAlignment().getHeight(); i++)
 654     {
 655
 656       SequenceI seq = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(i);
 657
 658       /*
 659        * get the sequence's groups for positional features
 660        * and keep track of which groups are visible
 661        */
 662       Set<String> groups = seq.getFeatures().getFeatureGroups(true);
 663       Set<String> visibleGroups = new HashSet<>();
 664       for (String group : groups)
 665       {
 666         if (group == null || checkGroupState(group))
 667         {
 668           visibleGroups.add(group);
 669         }
 670       }
 671       foundGroups.addAll(groups);
 672
 673       /*
 674        * get distinct feature types for visible groups
 675        * record distinct visible types, and their count and total length
 676        */
 677       Set<String> types = seq.getFeatures().getFeatureTypesForGroups(true,
 678               visibleGroups.toArray(new String[visibleGroups.size()]));
 679       for (String type : types)
 680       {
 681         displayableTypes.add(type);
 682         float[] avWidth = typeWidth.get(type);
 683         if (avWidth == null)
 684         {
 685           avWidth = new float[2];
 686           typeWidth.put(type, avWidth);
 687         }
 688         // todo this could include features with a non-visible group
 689         // - do we greatly care?
 690         // todo should we include non-displayable features here, and only
 691         // update when features are added?
 692         avWidth[0] += seq.getFeatures().getFeatureCount(true, type);
 693         avWidth[1] += seq.getFeatures().getTotalFeatureLength(type);
 694       }
 695     }
 696
 697     Object[][] data = new Object[displayableTypes.size()][COLUMN_COUNT];
 698     int dataIndex = 0;
 699
 700     if (fr.hasRenderOrder())
 701     {
 702       if (!handlingUpdate)
 703       {
 704         fr.findAllFeatures(groupChanged != null); // prod to update
 705         // colourschemes. but don't
 706         // affect display
 707         // First add the checks in the previous render order,
 708         // in case the window has been closed and reopened
 709       }
 710       List<String> frl = fr.getRenderOrder();
 711       for (int ro = frl.size() - 1; ro > -1; ro--)
 712       {
 713         String type = frl.get(ro);
 714
 715         if (!displayableTypes.contains(type))
 716         {
 717           continue;
 718         }
 719
 720         data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 721         data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 722         FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 723         data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 724                 ? new FeatureMatcherSet()
 725                 : featureFilter;
 726         data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = new Boolean(
 727                 af.getViewport().getFeaturesDisplayed().isVisible(type));
 728         dataIndex++;
 729         displayableTypes.remove(type);
 730       }
 731     }
 732
 733     /*
 734      * process any extra features belonging only to
 735      * a group which was just selected
 736      */
 737     while (!displayableTypes.isEmpty())
 738     {
 739       String type = displayableTypes.iterator().next();
 740       data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 741
 742       data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 743       if (data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] == null)
 744       {
 745         // "Colour has been updated in another view!!"
 746         fr.clearRenderOrder();
 747         return;
 748       }
 749       FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 750       data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 751               ? new FeatureMatcherSet()
 752               : featureFilter;
 753       data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = new Boolean(true);
 754       dataIndex++;
 755       displayableTypes.remove(type);
 756     }
 757
 758     if (originalData == null)
 759     {
 760       originalData = new Object[data.length][COLUMN_COUNT];
 761       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 762       {
 763         System.arraycopy(data[i], 0, originalData[i], 0, COLUMN_COUNT);
 764       }
 765     }
 766     else
 767     {
 768       updateOriginalData(data);
 769     }
 770
 771     table.setModel(new FeatureTableModel(data));
 772     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);
 773
 774     groupPanel.setLayout(
 775             new GridLayout(fr.getFeatureGroupsSize() / 4 + 1, 4));
 776     pruneGroups(foundGroups);
 777     groupPanel.validate();
 778
 779     updateFeatureRenderer(data, groupChanged != null);
 780     resettingTable = false;
 781   }
 782
 783   /**
 784    * Updates 'originalData' (used for restore on Cancel) if we detect that changes
 785    * have been made outwith this dialog
 786    * <ul>
 787    * <li>a new feature type added (and made visible)</li>
 788    * <li>a feature colour changed (in the Amend Features dialog)</li>
 789    * </ul>
 790    *
 791    * @param foundData
 792    */
 793   protected void updateOriginalData(Object[][] foundData)
 794   {
 795     // todo LinkedHashMap instead of Object[][] would be nice
 796
 797     Object[][] currentData = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 798             .getData();
 799     for (Object[] row : foundData)
 800     {
 801       String type = (String) row[TYPE_COLUMN];
 802       boolean found = false;
 803       for (Object[] current : currentData)
 804       {
 805         if (type.equals(current[TYPE_COLUMN]))
 806         {
 807           found = true;
 808           /*
 809            * currently dependent on object equality here;
 810            * really need an equals method on FeatureColour
 811            */
 812           if (!row[COLOUR_COLUMN].equals(current[COLOUR_COLUMN]))
 813           {
 814             /*
 815              * feature colour has changed externally - update originalData
 816              */
 817             for (Object[] original : originalData)
 818             {
 819               if (type.equals(original[TYPE_COLUMN]))
 820               {
 821                 original[COLOUR_COLUMN] = row[COLOUR_COLUMN];
 822                 break;
 823               }
 824             }
 825           }
 826           break;
 827         }
 828       }
 829       if (!found)
 830       {
 831         /*
 832          * new feature detected - add to original data (on top)
 833          */
 834         Object[][] newData = new Object[originalData.length
 835                 + 1][COLUMN_COUNT];
 836         for (int i = 0; i < originalData.length; i++)
 837         {
 838           System.arraycopy(originalData[i], 0, newData[i + 1], 0,
 839                   COLUMN_COUNT);
 840         }
 841         newData[0] = row;
 842         originalData = newData;
 843       }
 844     }
 845   }
 846
 847   /**
 848    * Remove from the groups panel any checkboxes for groups that are not in the
 849    * foundGroups set. This enables removing a group from the display when the last
 850    * feature in that group is deleted.
 851    *
 852    * @param foundGroups
 853    */
 854   protected void pruneGroups(Set<String> foundGroups)
 855   {
 856     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 857     {
 858       JCheckBox checkbox = (JCheckBox) groupPanel.getComponent(g);
 859       if (!foundGroups.contains(checkbox.getText()))
 860       {
 861         groupPanel.remove(checkbox);
 862       }
 863     }
 864   }
 865
 866   /**
 867    * reorder data based on the featureRenderers global priority list.
 868    *
 869    * @param data
 870    */
 871   private void ensureOrder(Object[][] data)
 872   {
 873     boolean sort = false;
 874     float[] order = new float[data.length];
 875     for (int i = 0; i < order.length; i++)
 876     {
 877       order[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 878       if (order[i] < 0)
 879       {
 880         order[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / order.length);
 881       }
 882       if (i > 1)
 883       {
 884         sort = sort || order[i - 1] > order[i];
 885       }
 886     }
 887     if (sort)
 888     {
 889       jalview.util.QuickSort.sort(order, data);
 890     }
 891   }
 892
 893   /**
 894    * Offers a file chooser dialog, and then loads the feature colours and
 895    * filters from file in XML format and unmarshals to Jalview feature settings
 896    */
 897   void load()
 898   {
 899     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 900             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
 901     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 902     chooser.setDialogTitle(
 903             MessageManager.getString("label.load_feature_colours"));
 904     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 905     chooser.addResponse(new RunResponse(JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION){
 906
 907                 @Override
 908                 public void run() {
 909                       File file = chooser.getSelectedFile();
 910                       load(file);
 911                 }});
 912     chooser.showOpenDialog(this);
 913   }
 914
 915   /**
 916    * Loads feature colours and filters from XML stored in the given file
 917    *
 918    * @param file
 919    */
 920   void load(File file)
 921   {
 922     try
 923     {
 924       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 925               new FileInputStream(file), "UTF-8");
 926
 927       JAXBContext jc = JAXBContext
 928               .newInstance("jalview.xml.binding.jalview");
 929       javax.xml.bind.Unmarshaller um = jc.createUnmarshaller();
 930       XMLStreamReader streamReader = XMLInputFactory.newInstance()
 931               .createXMLStreamReader(in);
 932       JAXBElement<JalviewUserColours> jbe = um.unmarshal(streamReader,
 933               JalviewUserColours.class);
 934       JalviewUserColours jucs = jbe.getValue();
 935
 936       // JalviewUserColours jucs = JalviewUserColours.unmarshal(in);
 937
 938       /*
 939        * load feature colours
 940        */
 941       for (int i = jucs.getColour().size() - 1; i >= 0; i--)
 942       {
 943         Colour newcol = jucs.getColour().get(i);
 944         FeatureColourI colour = jalview.project.Jalview2XML
 945                 .parseColour(newcol);
 946         fr.setColour(newcol.getName(), colour);
 947         fr.setOrder(newcol.getName(), i / (float) jucs.getColour().size());
 948       }
 949
 950       /*
 951        * load feature filters; loaded filters will replace any that are
 952        * currently defined, other defined filters are left unchanged
 953        */
 954       for (int i = 0; i < jucs.getFilter().size(); i++)
 955       {
 956         Filter filterModel = jucs.getFilter().get(i);
 957         String featureType = filterModel.getFeatureType();
 958         FeatureMatcherSetI filter = jalview.project.Jalview2XML
 959                 .parseFilter(featureType, filterModel.getMatcherSet());
 960         if (!filter.isEmpty())
 961         {
 962           fr.setFeatureFilter(featureType, filter);
 963         }
 964       }
 965
 966       /*
 967        * update feature settings table
 968        */
 969       if (table != null)
 970       {
 971         resetTable(null);
 972         Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 973                 .getData();
 974         ensureOrder(data);
 975         updateFeatureRenderer(data, false);
 976         table.repaint();
 977       }
 978     } catch (Exception ex)
 979     {
 980       System.out.println("Error loading User Colour File\n" + ex);
 981     }
 982   }
 983
 984   /**
 985    * Offers a file chooser dialog, and then saves the current feature colours
 986    * and any filters to the selected file in XML format
 987    */
 988   void save()
 989   {
 990     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 991             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
 992     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 993     chooser.setDialogTitle(
 994             MessageManager.getString("label.save_feature_colours"));
 995     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 996     int option = chooser.showSaveDialog(this);
 997         if (option == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 998         {
 999           File file = chooser.getSelectedFile();
1000           save(file);
1001         }
1002   }
1003
1004   /**
1005    * Saves feature colours and filters to the given file
1006    *
1007    * @param file
1008    */
1009   void save(File file)
1010   {
1011     JalviewUserColours ucs = new JalviewUserColours();
1012     ucs.setSchemeName("Sequence Features");
1013     try
1014     {
1015       PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
1016               new FileOutputStream(file), "UTF-8"));
1017
1018       /*
1019        * sort feature types by colour order, from 0 (highest)
1020        * to 1 (lowest)
1021        */
1022       Set<String> fr_colours = fr.getAllFeatureColours();
1023       String[] sortedTypes = fr_colours
1024               .toArray(new String[fr_colours.size()]);
1025       Arrays.sort(sortedTypes, new Comparator<String>()
1026       {
1027         @Override
1028         public int compare(String type1, String type2)
1029         {
1030           return Float.compare(fr.getOrder(type1), fr.getOrder(type2));
1031         }
1032       });
1033
1034       /*
1035        * save feature colours
1036        */
1037       for (String featureType : sortedTypes)
1038       {
1039         FeatureColourI fcol = fr.getFeatureStyle(featureType);
1040         Colour col = jalview.project.Jalview2XML.marshalColour(featureType,
1041                 fcol);
1042         ucs.getColour().add(col);
1043       }
1044
1045       /*
1046        * save any feature filters
1047        */
1048       for (String featureType : sortedTypes)
1049       {
1050         FeatureMatcherSetI filter = fr.getFeatureFilter(featureType);
1051         if (filter != null && !filter.isEmpty())
1052         {
1053           Iterator<FeatureMatcherI> iterator = filter.getMatchers().iterator();
1054           FeatureMatcherI firstMatcher = iterator.next();
1055           jalview.xml.binding.jalview.FeatureMatcherSet ms = jalview.project.Jalview2XML
1056                   .marshalFilter(firstMatcher, iterator,
1057                   filter.isAnded());
1058           Filter filterModel = new Filter();
1059           filterModel.setFeatureType(featureType);
1060           filterModel.setMatcherSet(ms);
1061           ucs.getFilter().add(filterModel);
1062         }
1063       }
1064       JAXBContext jaxbContext = JAXBContext
1065               .newInstance(JalviewUserColours.class);
1066       Marshaller jaxbMarshaller = jaxbContext.createMarshaller();
1067       jaxbMarshaller.marshal(
1068               new ObjectFactory().createJalviewUserColours(ucs), out);
1069
1070       // jaxbMarshaller.marshal(object, pout);
1071       // marshaller.marshal(object);
1072       out.flush();
1073
1074       // ucs.marshal(out);
1075       out.close();
1076     } catch (Exception ex)
1077     {
1078       ex.printStackTrace();
1079     }
1080   }
1081
1082   public void invertSelection()
1083   {
1084     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1085     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1086     {
1087       data[i][SHOW_COLUMN] = !(Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1088     }
1089     updateFeatureRenderer(data, true);
1090     table.repaint();
1091   }
1092
1093   public void orderByAvWidth()
1094   {
1095     if (table == null || table.getModel() == null)
1096     {
1097       return;
1098     }
1099     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1100     float[] width = new float[data.length];
1101     float[] awidth;
1102     float max = 0;
1103
1104     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1105     {
1106       awidth = typeWidth.get(data[i][TYPE_COLUMN]);
1107       if (awidth[0] > 0)
1108       {
1109         width[i] = awidth[1] / awidth[0];// *awidth[0]*awidth[2]; - better
1110         // weight - but have to make per
1111         // sequence, too (awidth[2])
1112         // if (width[i]==1) // hack to distinguish single width sequences.
1113       }
1114       else
1115       {
1116         width[i] = 0;
1117       }
1118       if (max < width[i])
1119       {
1120         max = width[i];
1121       }
1122     }
1123     boolean sort = false;
1124     for (int i = 0; i < width.length; i++)
1125     {
1126       // awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
1127       if (width[i] == 0)
1128       {
1129         width[i] = fr.getOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString());
1130         if (width[i] < 0)
1131         {
1132           width[i] = fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(),
1133                   i / data.length);
1134         }
1135       }
1136       else
1137       {
1138         width[i] /= max; // normalize
1139         fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(), width[i]); // store for later
1140       }
1141       if (i > 0)
1142       {
1143         sort = sort || width[i - 1] > width[i];
1144       }
1145     }
1146     if (sort)
1147     {
1148       jalview.util.QuickSort.sort(width, data);
1149       // update global priority order
1150     }
1151
1152     updateFeatureRenderer(data, false);
1153     table.repaint();
1154   }
1155
1156   public void close()
1157   {
1158     try
1159     {
1160       frame.setClosed(true);
1161     } catch (Exception exe)
1162     {
1163     }
1164
1165   }
1166
1167   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)
1168   {
1169     updateFeatureRenderer(data, true);
1170   }
1171
1172   /**
1173    * Update the priority order of features; only repaint if this changed the order
1174    * of visible features
1175    *
1176    * @param data
1177    * @param visibleNew
1178    */
1179   void updateFeatureRenderer(Object[][] data, boolean visibleNew)
1180   {
1181     FeatureSettingsBean[] rowData = getTableAsBeans(data);
1182
1183     if (fr.setFeaturePriority(rowData, visibleNew))
1184     {
1185       af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1186     }
1187   }
1188
1189   /**
1190    * Converts table data into an array of data beans
1191    */
1192   private FeatureSettingsBean[] getTableAsBeans(Object[][] data)
1193   {
1194     FeatureSettingsBean[] rowData = new FeatureSettingsBean[data.length];
1195     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1196     {
1197       String type = (String) data[i][TYPE_COLUMN];
1198       FeatureColourI colour = (FeatureColourI) data[i][COLOUR_COLUMN];
1199       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) data[i][FILTER_COLUMN];
1200       Boolean isShown = (Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1201       rowData[i] = new FeatureSettingsBean(type, colour, theFilter,
1202               isShown);
1203     }
1204     return rowData;
1205   }
1206
1207   private void jbInit() throws Exception
1208   {
1209     this.setLayout(new BorderLayout());
1210
1211     JPanel settingsPane = new JPanel();
1212     settingsPane.setLayout(new BorderLayout());
1213
1214     JPanel bigPanel = new JPanel();
1215     bigPanel.setLayout(new BorderLayout());
1216
1217     groupPanel = new JPanel();
1218     bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
1219
1220     JButton invert = new JButton(
1221             MessageManager.getString("label.invert_selection"));
1222     invert.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1223     invert.addActionListener(new ActionListener()
1224     {
1225       @Override
1226       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1227       {
1228         invertSelection();
1229       }
1230     });
1231
1232     JButton optimizeOrder = new JButton(
1233             MessageManager.getString("label.optimise_order"));
1234     optimizeOrder.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1235     optimizeOrder.addActionListener(new ActionListener()
1236     {
1237       @Override
1238       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1239       {
1240         orderByAvWidth();
1241       }
1242     });
1243
1244     JButton sortByScore = new JButton(
1245             MessageManager.getString("label.seq_sort_by_score"));
1246     sortByScore.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1247     sortByScore.addActionListener(new ActionListener()
1248     {
1249       @Override
1250       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1251       {
1252         af.avc.sortAlignmentByFeatureScore(null);
1253       }
1254     });
1255     JButton sortByDens = new JButton(
1256             MessageManager.getString("label.sequence_sort_by_density"));
1257     sortByDens.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1258     sortByDens.addActionListener(new ActionListener()
1259     {
1260       @Override
1261       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1262       {
1263         af.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(null);
1264       }
1265     });
1266
1267     JButton help = new JButton(MessageManager.getString("action.help"));
1268     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1269     help.addActionListener(new ActionListener()
1270     {
1271       @Override
1272       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1273       {
1274         try
1275         {
1276           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1277         } catch (HelpSetException e1)
1278         {
1279           e1.printStackTrace();
1280         }
1281       }
1282     });
1283     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1284     help.setText(MessageManager.getString("action.help"));
1285     help.addActionListener(new ActionListener()
1286     {
1287       @Override
1288       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1289       {
1290         try
1291         {
1292           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1293         } catch (HelpSetException e1)
1294         {
1295           e1.printStackTrace();
1296         }
1297       }
1298     });
1299
1300     JButton cancel = new JButton(MessageManager.getString("action.cancel"));
1301     cancel.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1302     cancel.addActionListener(new ActionListener()
1303     {
1304       @Override
1305       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1306       {
1307         fr.setTransparency(originalTransparency);
1308         fr.setFeatureFilters(originalFilters);
1309         updateFeatureRenderer(originalData);
1310         close();
1311       }
1312     });
1313
1314     JButton ok = new JButton(MessageManager.getString("action.ok"));
1315     ok.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1316     ok.addActionListener(new ActionListener()
1317     {
1318       @Override
1319       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1320       {
1321         close();
1322       }
1323     });
1324
1325     JButton loadColours = new JButton(
1326             MessageManager.getString("label.load_colours"));
1327     loadColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1328     loadColours.setToolTipText(
1329             MessageManager.getString("label.load_colours_tooltip"));
1330     loadColours.addActionListener(new ActionListener()
1331     {
1332       @Override
1333       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1334       {
1335         load();
1336       }
1337     });
1338
1339     JButton saveColours = new JButton(
1340             MessageManager.getString("label.save_colours"));
1341     saveColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1342     saveColours.setToolTipText(
1343             MessageManager.getString("label.save_colours_tooltip"));
1344     saveColours.addActionListener(new ActionListener()
1345     {
1346       @Override
1347       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1348       {
1349         save();
1350       }
1351     });
1352     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()
1353     {
1354       @Override
1355       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
1356       {
1357         if (!inConstruction)
1358         {
1359           fr.setTransparency((100 - transparency.getValue()) / 100f);
1360           af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1361         }
1362       }
1363     });
1364
1365     transparency.setMaximum(70);
1366     transparency.setToolTipText(
1367             MessageManager.getString("label.transparency_tip"));
1368
1369     JPanel transPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 2));
1370     bigPanel.add(transPanel, BorderLayout.SOUTH);
1371
1372     JPanel transbuttons = new JPanel(new GridLayout(5, 1));
1373     transbuttons.add(optimizeOrder);
1374     transbuttons.add(invert);
1375     transbuttons.add(sortByScore);
1376     transbuttons.add(sortByDens);
1377     transbuttons.add(help);
1378     transPanel.add(transparency);
1379     transPanel.add(transbuttons);
1380
1381     JPanel buttonPanel = new JPanel();
1382     buttonPanel.add(ok);
1383     buttonPanel.add(cancel);
1384     buttonPanel.add(loadColours);
1385     buttonPanel.add(saveColours);
1386     bigPanel.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
1387     settingsPane.add(bigPanel, BorderLayout.CENTER);
1388     settingsPane.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
1389     this.add(settingsPane);
1390   }
1391
1392   /**
1393    * Answers a suitable tooltip to show on the colour cell of the table
1394    *
1395    * @param fcol
1396    * @param withHint
1397    *          if true include 'click to edit' and similar text
1398    * @return
1399    */
1400   public static String getColorTooltip(FeatureColourI fcol,
1401           boolean withHint)
1402   {
1403     if (fcol == null)
1404     {
1405       return null;
1406     }
1407     if (fcol.isSimpleColour())
1408     {
1409       return withHint ? BASE_TOOLTIP : null;
1410     }
1411     String description = fcol.getDescription();
1412     description = description.replaceAll("<", "&lt;");
1413     description = description.replaceAll(">", "&gt;");
1414     StringBuilder tt = new StringBuilder(description);
1415     if (withHint)
1416     {
1417       tt.append("<br>").append(BASE_TOOLTIP).append("</br>");
1418     }
1419     return JvSwingUtils.wrapTooltip(true, tt.toString());
1420   }
1421
1422   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol,
1423           int w, int h)
1424   {
1425     boolean thr = false;
1426     StringBuilder tx = new StringBuilder();
1427
1428     if (gcol.isColourByAttribute())
1429     {
1430       tx.append(FeatureMatcher
1431               .toAttributeDisplayName(gcol.getAttributeName()));
1432     }
1433     else if (!gcol.isColourByLabel())
1434     {
1435       tx.append(MessageManager.getString("label.score"));
1436     }
1437     tx.append(" ");
1438     if (gcol.isAboveThreshold())
1439     {
1440       thr = true;
1441       tx.append(">");
1442     }
1443     if (gcol.isBelowThreshold())
1444     {
1445       thr = true;
1446       tx.append("<");
1447     }
1448     if (gcol.isColourByLabel())
1449     {
1450       if (thr)
1451       {
1452         tx.append(" ");
1453       }
1454       if (!gcol.isColourByAttribute())
1455       {
1456         tx.append("Label");
1457       }
1458       comp.setIcon(null);
1459     }
1460     else
1461     {
1462       Color newColor = gcol.getMaxColour();
1463       comp.setBackground(newColor);
1464       // System.err.println("Width is " + w / 2);
1465       Icon ficon = new FeatureIcon(gcol, comp.getBackground(), w, h, thr);
1466       comp.setIcon(ficon);
1467       // tt+="RGB value: Max (" + newColor.getRed() + ", "
1468       // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue()
1469       // + ")\nMin (" + minCol.getRed() + ", " + minCol.getGreen()
1470       // + ", " + minCol.getBlue() + ")");
1471     }
1472     comp.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
1473     comp.setText(tx.toString());
1474   }
1475
1476   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1477   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html
1478   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1479   class FeatureTableModel extends AbstractTableModel
1480   {
1481     private String[] columnNames = {
1482         MessageManager.getString("label.feature_type"),
1483         MessageManager.getString("action.colour"),
1484         MessageManager.getString("label.filter"),
1485         MessageManager.getString("label.show") };
1486
1487     private Object[][] data;
1488
1489     FeatureTableModel(Object[][] data)
1490     {
1491       this.data = data;
1492     }
1493
1494     public Object[][] getData()
1495     {
1496       return data;
1497     }
1498
1499     public void setData(Object[][] data)
1500     {
1501       this.data = data;
1502     }
1503
1504     @Override
1505     public int getColumnCount()
1506     {
1507       return columnNames.length;
1508     }
1509
1510     public Object[] getRow(int row)
1511     {
1512       return data[row];
1513     }
1514
1515     @Override
1516     public int getRowCount()
1517     {
1518       return data.length;
1519     }
1520
1521     @Override
1522     public String getColumnName(int col)
1523     {
1524       return columnNames[col];
1525     }
1526
1527     @Override
1528     public Object getValueAt(int row, int col)
1529     {
1530       return data[row][col];
1531     }
1532
1533     /**
1534      * Answers the class of the object in column c of the first row of the table
1535      */
1536     @Override
1537     public Class<?> getColumnClass(int c)
1538     {
1539       Object v = getValueAt(0, c);
1540       return v == null ? null : v.getClass();
1541     }
1542
1543     @Override
1544     public boolean isCellEditable(int row, int col)
1545     {
1546       return col == 0 ? false : true;
1547     }
1548
1549     @Override
1550     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
1551     {
1552       data[row][col] = value;
1553       fireTableCellUpdated(row, col);
1554       updateFeatureRenderer(data);
1555     }
1556
1557   }
1558
1559   class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1560   {
1561     Border unselectedBorder = null;
1562
1563     Border selectedBorder = null;
1564
1565     public ColorRenderer()
1566     {
1567       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1568       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1569       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1570     }
1571
1572     @Override
1573     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl, Object color,
1574             boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column)
1575     {
1576       FeatureColourI cellColour = (FeatureColourI) color;
1577       setOpaque(true);
1578       setBackground(tbl.getBackground());
1579       if (!cellColour.isSimpleColour())
1580       {
1581         Rectangle cr = tbl.getCellRect(row, column, false);
1582         FeatureSettings.renderGraduatedColor(this, cellColour,
1583                 (int) cr.getWidth(), (int) cr.getHeight());
1584       }
1585       else
1586       {
1587         this.setText("");
1588         this.setIcon(null);
1589         setBackground(cellColour.getColour());
1590       }
1591       if (isSelected)
1592       {
1593         if (selectedBorder == null)
1594         {
1595           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1596                   tbl.getSelectionBackground());
1597         }
1598         setBorder(selectedBorder);
1599       }
1600       else
1601       {
1602         if (unselectedBorder == null)
1603         {
1604           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1605                   tbl.getBackground());
1606         }
1607         setBorder(unselectedBorder);
1608       }
1609
1610       return this;
1611     }
1612   }
1613
1614   class FilterRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1615   {
1616     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1617
1618     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1619
1620     public FilterRenderer()
1621     {
1622       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1623       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1624       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1625     }
1626
1627     @Override
1628     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl,
1629             Object filter, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
1630             int column)
1631     {
1632       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) filter;
1633       setOpaque(true);
1634       String asText = theFilter.toString();
1635       setBackground(tbl.getBackground());
1636       this.setText(asText);
1637       this.setIcon(null);
1638
1639       if (isSelected)
1640       {
1641         if (selectedBorder == null)
1642         {
1643           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1644                   tbl.getSelectionBackground());
1645         }
1646         setBorder(selectedBorder);
1647       }
1648       else
1649       {
1650         if (unselectedBorder == null)
1651         {
1652           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1653                   tbl.getBackground());
1654         }
1655         setBorder(unselectedBorder);
1656       }
1657
1658       return this;
1659     }
1660   }
1661
1662   /**
1663    * update comp using rendering settings from gcol
1664    *
1665    * @param comp
1666    * @param gcol
1667    */
1668   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol)
1669   {
1670     int w = comp.getWidth(), h = comp.getHeight();
1671     if (w < 20)
1672     {
1673       w = (int) comp.getPreferredSize().getWidth();
1674       h = (int) comp.getPreferredSize().getHeight();
1675       if (w < 20)
1676       {
1677         w = 80;
1678         h = 12;
1679       }
1680     }
1681     renderGraduatedColor(comp, gcol, w, h);
1682   }
1683
1684   class ColorEditor extends AbstractCellEditor
1685           implements TableCellEditor, ActionListener
1686   {
1687     FeatureSettings me;
1688
1689     FeatureColourI currentColor;
1690
1691     FeatureTypeSettings chooser;
1692
1693     String type;
1694
1695     JButton button;
1696
1697     protected static final String EDIT = "edit";
1698
1699     int rowSelected = 0;
1700
1701     public ColorEditor(FeatureSettings fs)
1702     {
1703       this.me = fs;
1704       // Set up the editor (from the table's point of view),
1705       // which is a button.
1706       // This button brings up the color chooser dialog,
1707       // which is the editor from the user's point of view.
1708       button = new JButton();
1709       button.setActionCommand(EDIT);
1710       button.addActionListener(this);
1711       button.setBorderPainted(false);
1712     }
1713
1714     /**
1715      * Handles events from the editor button, and from the colour/filters
1716      * dialog's OK button
1717      */
1718     @Override
1719     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1720     {
1721       if (button == e.getSource())
1722       {
1723         if (currentColor.isSimpleColour())
1724         {
1725           /*
1726            * simple colour chooser
1727            */
1728           String ttl = MessageManager.formatMessage("label.select_colour_for", type);
1729           ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
1730           {
1731             @Override
1732             public void colourSelected(Color c)
1733             {
1734               currentColor = new FeatureColour(c);
1735               me.table.setValueAt(currentColor, rowSelected, COLOUR_COLUMN);
1736               fireEditingStopped();
1737             }
1738                         @Override
1739                         public void cancel()
1740                         {
1741                   fireEditingStopped();
1742                         }
1743           };
1744           JalviewColourChooser.showColourChooser(button,  ttl,  currentColor.getColour(), listener);
1745         }
1746         else
1747         {
1748           /*
1749            * variable colour and filters dialog
1750            */
1751           chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
1752           if (!Jalview.isJS())
1753           {
1754             chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1755             chooser.requestFocus();
1756           }
1757           chooser.addActionListener(this);
1758           fireEditingStopped();
1759         }
1760       }
1761       else
1762       {
1763         /*
1764          * after OK in variable colour dialog, any changes to colour
1765          * (or filters!) are already set in FeatureRenderer, so just
1766          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
1767          */
1768         currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
1769         FeatureMatcherSetI currentFilter = me.fr.getFeatureFilter(type);
1770         if (currentFilter == null)
1771         {
1772           currentFilter = new FeatureMatcherSet();
1773         }
1774         Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1775                 .getData()[rowSelected];
1776         data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
1777         data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
1778
1779         fireEditingStopped();
1780         me.table.validate();
1781       }
1782     }
1783
1784     // Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.
1785     @Override
1786     public Object getCellEditorValue()
1787     {
1788       return currentColor;
1789     }
1790
1791     // Implement the one method defined by TableCellEditor.
1792     @Override
1793     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
1794             boolean isSelected, int row, int column)
1795     {
1796       currentColor = (FeatureColourI) value;
1797       this.rowSelected = row;
1798       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
1799       button.setOpaque(true);
1800       button.setBackground(me.getBackground());
1801       if (!currentColor.isSimpleColour())
1802       {
1803         JLabel btn = new JLabel();
1804         btn.setSize(button.getSize());
1805         FeatureSettings.renderGraduatedColor(btn, currentColor);
1806         button.setBackground(btn.getBackground());
1807         button.setIcon(btn.getIcon());
1808         button.setText(btn.getText());
1809       }
1810       else
1811       {
1812         button.setText("");
1813         button.setIcon(null);
1814         button.setBackground(currentColor.getColour());
1815       }
1816       return button;
1817     }
1818   }
1819
1820   /**
1821    * The cell editor for the Filter column. It displays the text of any filters
1822    * for the feature type in that row (in full as a tooltip, possible abbreviated
1823    * as display text). On click in the cell, opens the Feature Display Settings
1824    * dialog at the Filters tab.
1825    */
1826   class FilterEditor extends AbstractCellEditor
1827           implements TableCellEditor, ActionListener
1828   {
1829     FeatureSettings me;
1830
1831     FeatureMatcherSetI currentFilter;
1832
1833     Point lastLocation;
1834
1835     String type;
1836
1837     JButton button;
1838
1839     protected static final String EDIT = "edit";
1840
1841     int rowSelected = 0;
1842
1843     public FilterEditor(FeatureSettings me)
1844     {
1845       this.me = me;
1846       button = new JButton();
1847       button.setActionCommand(EDIT);
1848       button.addActionListener(this);
1849       button.setBorderPainted(false);
1850     }
1851
1852     /**
1853      * Handles events from the editor button
1854      */
1855     @Override
1856     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1857     {
1858       if (button == e.getSource())
1859       {
1860         FeatureTypeSettings chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
1861         chooser.addActionListener(this);
1862         chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1863         chooser.requestFocus();
1864         if (lastLocation != null)
1865         {
1866           // todo open at its last position on screen
1867           chooser.setBounds(lastLocation.x, lastLocation.y,
1868                   chooser.getWidth(), chooser.getHeight());
1869           chooser.validate();
1870         }
1871         fireEditingStopped();
1872       }
1873       else if (e.getSource() instanceof Component)
1874       {
1875
1876         /*
1877          * after OK in variable colour dialog, any changes to filter
1878          * (or colours!) are already set in FeatureRenderer, so just
1879          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
1880          */
1881         FeatureColourI currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
1882         currentFilter = me.fr.getFeatureFilter(type);
1883         if (currentFilter == null)
1884         {
1885           currentFilter = new FeatureMatcherSet();
1886         }
1887         Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1888                 .getData()[rowSelected];
1889         data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
1890         data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
1891         fireEditingStopped();
1892         me.table.validate();
1893       }
1894     }
1895
1896     @Override
1897     public Object getCellEditorValue()
1898     {
1899       return currentFilter;
1900     }
1901
1902     @Override
1903     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
1904             boolean isSelected, int row, int column)
1905     {
1906       currentFilter = (FeatureMatcherSetI) value;
1907       this.rowSelected = row;
1908       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
1909       button.setOpaque(true);
1910       button.setBackground(me.getBackground());
1911       button.setText(currentFilter.toString());
1912       button.setIcon(null);
1913       return button;
1914     }
1915   }
1916 }
1917
1918 class FeatureIcon implements Icon
1919 {
1920   FeatureColourI gcol;
1921
1922   Color backg;
1923
1924   boolean midspace = false;
1925
1926   int width = 50, height = 20;
1927
1928   int s1, e1; // start and end of midpoint band for thresholded symbol
1929
1930   Color mpcolour = Color.white;
1931
1932   FeatureIcon(FeatureColourI gfc, Color bg, int w, int h, boolean mspace)
1933   {
1934     gcol = gfc;
1935     backg = bg;
1936     width = w;
1937     height = h;
1938     midspace = mspace;
1939     if (midspace)
1940     {
1941       s1 = width / 3;
1942       e1 = s1 * 2;
1943     }
1944     else
1945     {
1946       s1 = width / 2;
1947       e1 = s1;
1948     }
1949   }
1950
1951   @Override
1952   public int getIconWidth()
1953   {
1954     return width;
1955   }
1956
1957   @Override
1958   public int getIconHeight()
1959   {
1960     return height;
1961   }
1962
1963   @Override
1964   public void paintIcon(Component c, Graphics g, int x, int y)
1965   {
1966
1967     if (gcol.isColourByLabel())
1968     {
1969       g.setColor(backg);
1970       g.fillRect(0, 0, width, height);
1971       // need an icon here.
1972       g.setColor(gcol.getMaxColour());
1973
1974       g.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 9));
1975
1976       // g.setFont(g.getFont().deriveFont(
1977       // AffineTransform.getScaleInstance(
1978       // width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"),
1979       // height/g.getFontMetrics().getHeight())));
1980
1981       g.drawString(MessageManager.getString("label.label"), 0, 0);
1982
1983     }
1984     else
1985     {
1986       Color minCol = gcol.getMinColour();
1987       g.setColor(minCol);
1988       g.fillRect(0, 0, s1, height);
1989       if (midspace)
1990       {
1991         g.setColor(Color.white);
1992         g.fillRect(s1, 0, e1 - s1, height);
1993       }
1994       g.setColor(gcol.getMaxColour());
1995 //      g.fillRect(0, e1, width - e1, height);  // BH 2018
1996       g.fillRect(e1, 0, width - e1, height);
1997     }
1998   }
1999 }