src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  27 import java.beans.PropertyChangeListener;
  28
  29 import javax.swing.*;
  30 import javax.swing.event.*;
  31 import javax.swing.table.*;
  32
  33 import jalview.datamodel.*;
  34 import jalview.io.*;
  35
  36 public class FeatureSettings extends JPanel
  37 {
  38   DasSourceBrowser dassourceBrowser;
  39
  40   jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher dasFeatureFetcher;
  41
  42   JPanel settingsPane = new JPanel();
  43
  44   JPanel dasSettingsPane = new JPanel();
  45
  46   final FeatureRenderer fr;
  47
  48   public final AlignFrame af;
  49
  50   Object[][] originalData;
  51
  52   final JInternalFrame frame;
  53
  54   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
  55
  56   JTable table;
  57
  58   JPanel groupPanel;
  59
  60   JSlider transparency = new JSlider();
  61
  62   JPanel transPanel = new JPanel(new FlowLayout());
  63
  64   public FeatureSettings(AlignFrame af)
  65   {
  66     this.af = af;
  67     fr = af.getFeatureRenderer();
  68
  69     transparency.setMaximum(100 - (int) (fr.transparency * 100));
  70
  71     try
  72     {
  73       jbInit();
  74     } catch (Exception ex)
  75     {
  76       ex.printStackTrace();
  77     }
  78
  79     table = new JTable();
  80     table.getTableHeader().setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
  81     table.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
  82     table.setDefaultRenderer(Color.class, new ColorRenderer());
  83
  84     table.setDefaultEditor(Color.class, new ColorEditor());
  85
  86     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
  87
  88     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
  89     {
  90       public void mousePressed(MouseEvent evt)
  91       {
  92         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
  93       }
  94     });
  95
  96     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
  97     {
  98       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
  99       {
 100         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 101         if (newRow != selectedRow && selectedRow != -1 && newRow != -1)
 102         {
 103           Object[] temp = new Object[3];
 104           temp[0] = table.getValueAt(selectedRow, 0);
 105           temp[1] = table.getValueAt(selectedRow, 1);
 106           temp[2] = table.getValueAt(selectedRow, 2);
 107
 108           table.setValueAt(table.getValueAt(newRow, 0), selectedRow, 0);
 109           table.setValueAt(table.getValueAt(newRow, 1), selectedRow, 1);
 110           table.setValueAt(table.getValueAt(newRow, 2), selectedRow, 2);
 111
 112           table.setValueAt(temp[0], newRow, 0);
 113           table.setValueAt(temp[1], newRow, 1);
 114           table.setValueAt(temp[2], newRow, 2);
 115
 116           selectedRow = newRow;
 117         }
 118       }
 119     });
 120
 121     scrollPane.setViewportView(table);
 122
 123     dassourceBrowser = new DasSourceBrowser();
 124     dasSettingsPane.add(dassourceBrowser, BorderLayout.CENTER);
 125
 126     if (af.getViewport().featuresDisplayed == null
 127             || fr.renderOrder == null)
 128     {
 129       fr.findAllFeatures(true); // display everything!
 130     }
 131
 132     setTableData();
 133     final PropertyChangeListener change;
 134     final FeatureSettings fs = this;
 135     fr.addPropertyChangeListener(change = new PropertyChangeListener()
 136     {
 137       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 138       {
 139         if (!fs.resettingTable && !fs.handlingUpdate)
 140         {
 141           fs.handlingUpdate = true;
 142           fs.resetTable(null); // new groups may be added with new seuqence
 143                                 // feature types only
 144           fs.handlingUpdate = false;
 145         }
 146       }
 147
 148     });
 149
 150     frame = new JInternalFrame();
 151     frame.setContentPane(this);
 152     Desktop.addInternalFrame(frame, "Sequence Feature Settings", 400, 450);
 153     frame
 154             .addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 155             {
 156               public void internalFrameClosed(
 157                       javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 158               {
 159                 fr.removePropertyChangeListener(change);
 160               };
 161             });
 162     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 163   }
 164
 165   /**
 166    * true when Feature Settings are updating from feature renderer
 167    */
 168   private boolean handlingUpdate = false;
 169
 170   /**
 171    * contains a float[3] for each feature type string. created by setTableData
 172    */
 173   Hashtable typeWidth = null;
 174
 175   synchronized public void setTableData()
 176   {
 177     if (fr.featureGroups == null)
 178     {
 179       fr.featureGroups = new Hashtable();
 180     }
 181     Vector allFeatures = new Vector();
 182     Vector allGroups = new Vector();
 183     SequenceFeature[] tmpfeatures;
 184     String group;
 185     for (int i = 0; i < af.getViewport().alignment.getHeight(); i++)
 186     {
 187       if (af.getViewport().alignment.getSequenceAt(i).getDatasetSequence()
 188               .getSequenceFeatures() == null)
 189       {
 190         continue;
 191       }
 192
 193       tmpfeatures = af.getViewport().alignment.getSequenceAt(i)
 194               .getDatasetSequence().getSequenceFeatures();
 195
 196       int index = 0;
 197       while (index < tmpfeatures.length)
 198       {
 199         if (tmpfeatures[index].begin == 0 && tmpfeatures[index].end == 0)
 200         {
 201           index++;
 202           continue;
 203         }
 204
 205         if (tmpfeatures[index].getFeatureGroup() != null)
 206         {
 207           group = tmpfeatures[index].featureGroup;
 208           if (!allGroups.contains(group))
 209           {
 210             allGroups.addElement(group);
 211             if (group != null)
 212             {
 213               checkGroupState(group);
 214             }
 215           }
 216         }
 217
 218         if (!allFeatures.contains(tmpfeatures[index].getType()))
 219         {
 220           allFeatures.addElement(tmpfeatures[index].getType());
 221         }
 222         index++;
 223       }
 224     }
 225
 226     resetTable(null);
 227
 228     validate();
 229   }
 230
 231   /**
 232    *
 233    * @param group
 234    * @return true if group has been seen before and is already added to set.
 235    */
 236   private boolean checkGroupState(String group)
 237   {
 238     boolean visible;
 239     if (fr.featureGroups.containsKey(group))
 240     {
 241       visible = ((Boolean) fr.featureGroups.get(group)).booleanValue();
 242     }
 243     else
 244     {
 245       visible = true; // new group is always made visible
 246     }
 247
 248     if (groupPanel == null)
 249     {
 250       groupPanel = new JPanel();
 251     }
 252
 253     boolean alreadyAdded = false;
 254     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 255     {
 256       if (((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).getText().equals(group))
 257       {
 258         alreadyAdded = true;
 259         ((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).setSelected(visible);
 260         break;
 261       }
 262     }
 263
 264     if (alreadyAdded)
 265     {
 266
 267       return true;
 268     }
 269
 270     fr.featureGroups.put(group, new Boolean(visible));
 271     final String grp = group;
 272     final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);
 273     check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 274     check.addItemListener(new ItemListener()
 275     {
 276       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 277       {
 278         fr.featureGroups.put(check.getText(), new Boolean(check
 279                 .isSelected()));
 280         af.alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 281         if (af.alignPanel.overviewPanel != null)
 282         {
 283           af.alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();
 284         }
 285
 286         resetTable(new String[]
 287         { grp });
 288       }
 289     });
 290     groupPanel.add(check);
 291     return false;
 292   }
 293
 294   boolean resettingTable = false;
 295
 296   synchronized void resetTable(String[] groupChanged)
 297   {
 298     if (resettingTable == true)
 299     {
 300       return;
 301     }
 302     resettingTable = true;
 303     typeWidth = new Hashtable();
 304     // TODO: change avWidth calculation to 'per-sequence' average and use long
 305     // rather than float
 306     float[] avWidth = null;
 307     SequenceFeature[] tmpfeatures;
 308     String group = null, type;
 309     Vector visibleChecks = new Vector();
 310
 311     // Find out which features should be visible depending on which groups
 312     // are selected / deselected
 313     // and recompute average width ordering
 314     for (int i = 0; i < af.getViewport().alignment.getHeight(); i++)
 315     {
 316
 317       tmpfeatures = af.getViewport().alignment.getSequenceAt(i)
 318               .getDatasetSequence().getSequenceFeatures();
 319       if (tmpfeatures == null)
 320       {
 321         continue;
 322       }
 323
 324       int index = 0;
 325       while (index < tmpfeatures.length)
 326       {
 327         group = tmpfeatures[index].featureGroup;
 328
 329         if (tmpfeatures[index].begin == 0 && tmpfeatures[index].end == 0)
 330         {
 331           index++;
 332           continue;
 333         }
 334
 335         if (group == null || fr.featureGroups.get(group) == null
 336                 || ((Boolean) fr.featureGroups.get(group)).booleanValue())
 337         {
 338           if (group != null)
 339             checkGroupState(group);
 340           type = tmpfeatures[index].getType();
 341           if (!visibleChecks.contains(type))
 342           {
 343             visibleChecks.addElement(type);
 344           }
 345         }
 346         if (!typeWidth.containsKey(tmpfeatures[index].getType()))
 347         {
 348           typeWidth.put(tmpfeatures[index].getType(),
 349                   avWidth = new float[3]);
 350         }
 351         else
 352         {
 353           avWidth = (float[]) typeWidth.get(tmpfeatures[index].getType());
 354         }
 355         avWidth[0]++;
 356         if (tmpfeatures[index].getBegin() > tmpfeatures[index].getEnd())
 357         {
 358           avWidth[1] += 1 + tmpfeatures[index].getBegin()
 359                   - tmpfeatures[index].getEnd();
 360         }
 361         else
 362         {
 363           avWidth[1] += 1 + tmpfeatures[index].getEnd()
 364                   - tmpfeatures[index].getBegin();
 365         }
 366         index++;
 367       }
 368     }
 369
 370     int fSize = visibleChecks.size();
 371     Object[][] data = new Object[fSize][3];
 372     int dataIndex = 0;
 373
 374     if (fr.renderOrder != null)
 375     {
 376       if (!handlingUpdate)
 377         fr.findAllFeatures(groupChanged != null); // prod to update
 378                                                   // colourschemes. but don't
 379                                                   // affect display
 380       // First add the checks in the previous render order,
 381       // in case the window has been closed and reopened
 382       for (int ro = fr.renderOrder.length - 1; ro > -1; ro--)
 383       {
 384         type = fr.renderOrder[ro];
 385
 386         if (!visibleChecks.contains(type))
 387         {
 388           continue;
 389         }
 390
 391         data[dataIndex][0] = type;
 392         data[dataIndex][1] = fr.getColour(type);
 393         data[dataIndex][2] = new Boolean(af.getViewport().featuresDisplayed
 394                 .containsKey(type));
 395         dataIndex++;
 396         visibleChecks.removeElement(type);
 397       }
 398     }
 399
 400     fSize = visibleChecks.size();
 401     for (int i = 0; i < fSize; i++)
 402     {
 403       // These must be extra features belonging to the group
 404       // which was just selected
 405       type = visibleChecks.elementAt(i).toString();
 406       data[dataIndex][0] = type;
 407
 408       data[dataIndex][1] = fr.getColour(type);
 409       if (data[dataIndex][1] == null)
 410       {
 411         // "Colour has been updated in another view!!"
 412         fr.renderOrder = null;
 413         return;
 414       }
 415
 416       data[dataIndex][2] = new Boolean(true);
 417       dataIndex++;
 418     }
 419
 420     if (originalData == null)
 421     {
 422       originalData = new Object[data.length][3];
 423       System.arraycopy(data, 0, originalData, 0, data.length);
 424     }
 425
 426     table.setModel(new FeatureTableModel(data));
 427     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);
 428
 429     if (groupPanel != null)
 430     {
 431       groupPanel.setLayout(new GridLayout(fr.featureGroups.size() / 4 + 1,
 432               4));
 433
 434       groupPanel.validate();
 435       bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
 436     }
 437
 438     updateFeatureRenderer(data, groupChanged != null);
 439     resettingTable = false;
 440   }
 441
 442   /**
 443    * reorder data based on the featureRenderers global priority list.
 444    *
 445    * @param data
 446    */
 447   private void ensureOrder(Object[][] data)
 448   {
 449     boolean sort = false;
 450     float[] order = new float[data.length];
 451     for (int i = 0; i < order.length; i++)
 452     {
 453       order[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 454       if (order[i] < 0)
 455         order[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / order.length);
 456       if (i > 1)
 457         sort = sort || order[i - 1] > order[i];
 458     }
 459     if (sort)
 460       jalview.util.QuickSort.sort(order, data);
 461   }
 462
 463   void load()
 464   {
 465     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache
 466             .getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 467     { "fc" }, new String[]
 468     { "Sequence Feature Colours" }, "Sequence Feature Colours");
 469     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 470     chooser.setDialogTitle("Load Feature Colours");
 471     chooser.setToolTipText("Load");
 472
 473     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 474
 475     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 476     {
 477       File file = chooser.getSelectedFile();
 478
 479       try
 480       {
 481         InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(
 482                 file), "UTF-8");
 483
 484         jalview.binding.JalviewUserColours jucs = new jalview.binding.JalviewUserColours();
 485         jucs = (jalview.binding.JalviewUserColours) jucs.unmarshal(in);
 486
 487         for (int i = jucs.getColourCount() - 1; i >= 0; i--)
 488         {
 489           String name;
 490           fr.setColour(name = jucs.getColour(i).getName(), new Color(
 491                   Integer.parseInt(jucs.getColour(i).getRGB(), 16)));
 492           fr.setOrder(name, (i == 0) ? 0 : i / jucs.getColourCount());
 493         }
 494         if (table != null)
 495         {
 496           resetTable(null);
 497           Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 498                   .getData();
 499           ensureOrder(data);
 500           updateFeatureRenderer(data, false);
 501           table.repaint();
 502         }
 503       } catch (Exception ex)
 504       {
 505         System.out.println("Error loading User Colour File\n" + ex);
 506       }
 507     }
 508   }
 509
 510   void save()
 511   {
 512     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache
 513             .getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 514     { "fc" }, new String[]
 515     { "Sequence Feature Colours" }, "Sequence Feature Colours");
 516     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 517     chooser.setDialogTitle("Save Feature Colour Scheme");
 518     chooser.setToolTipText("Save");
 519
 520     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 521
 522     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 523     {
 524       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 525       jalview.binding.JalviewUserColours ucs = new jalview.binding.JalviewUserColours();
 526       ucs.setSchemeName("Sequence Features");
 527       try
 528       {
 529         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 530                 new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));
 531
 532         Enumeration e = fr.featureColours.keys();
 533         float[] sortOrder = new float[fr.featureColours.size()];
 534         String[] sortTypes = new String[fr.featureColours.size()];
 535         int i = 0;
 536         while (e.hasMoreElements())
 537         {
 538           sortTypes[i] = e.nextElement().toString();
 539           sortOrder[i] = fr.getOrder(sortTypes[i]);
 540           i++;
 541         }
 542         jalview.util.QuickSort.sort(sortOrder, sortTypes);
 543         sortOrder = null;
 544         for (i = 0; i < sortTypes.length; i++)
 545         {
 546           jalview.binding.Colour col = new jalview.binding.Colour();
 547           col.setName(sortTypes[i]);
 548           col.setRGB(jalview.util.Format.getHexString(fr.getColour(col
 549                   .getName())));
 550           ucs.addColour(col);
 551         }
 552         ucs.marshal(out);
 553         out.close();
 554       } catch (Exception ex)
 555       {
 556         ex.printStackTrace();
 557       }
 558     }
 559   }
 560
 561   public void invertSelection()
 562   {
 563     for (int i = 0; i < table.getRowCount(); i++)
 564     {
 565       Boolean value = (Boolean) table.getValueAt(i, 2);
 566
 567       table.setValueAt(new Boolean(!value.booleanValue()), i, 2);
 568     }
 569   }
 570
 571   public void orderByAvWidth()
 572   {
 573     if (table == null || table.getModel() == null)
 574       return;
 575     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
 576     float[] width = new float[data.length];
 577     float[] awidth;
 578     float max = 0;
 579     int num = 0;
 580     for (int i = 0; i < data.length; i++)
 581     {
 582       awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
 583       if (awidth[0] > 0)
 584       {
 585         width[i] = awidth[1] / awidth[0];// *awidth[0]*awidth[2]; - better
 586                                           // weight - but have to make per
 587                                           // sequence, too (awidth[2])
 588         // if (width[i]==1) // hack to distinguish single width sequences.
 589         num++;
 590       }
 591       else
 592       {
 593         width[i] = 0;
 594       }
 595       if (max < width[i])
 596         max = width[i];
 597     }
 598     boolean sort = false;
 599     for (int i = 0; i < width.length; i++)
 600     {
 601       // awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
 602       if (width[i] == 0)
 603       {
 604         width[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 605         if (width[i] < 0)
 606         {
 607           width[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / data.length);
 608         }
 609       }
 610       else
 611       {
 612         width[i] /= max; // normalize
 613         fr.setOrder(data[i][0].toString(), width[i]); // store for later
 614       }
 615       if (i > 0)
 616         sort = sort || width[i - 1] > width[i];
 617     }
 618     if (sort)
 619       jalview.util.QuickSort.sort(width, data);
 620     // update global priority order
 621
 622     updateFeatureRenderer(data, false);
 623     table.repaint();
 624   }
 625
 626   public void close()
 627   {
 628     try
 629     {
 630       frame.setClosed(true);
 631     } catch (Exception exe)
 632     {
 633     }
 634
 635   }
 636
 637   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)
 638   {
 639     updateFeatureRenderer(data, true);
 640   }
 641
 642   private void updateFeatureRenderer(Object[][] data, boolean visibleNew)
 643   {
 644     fr.setFeaturePriority(data, visibleNew);
 645     af.alignPanel.paintAlignment(true);
 646   }
 647
 648   int selectedRow = -1;
 649
 650   JTabbedPane tabbedPane = new JTabbedPane();
 651
 652   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 653
 654   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 655
 656   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
 657
 658   JPanel bigPanel = new JPanel();
 659
 660   BorderLayout borderLayout4 = new BorderLayout();
 661
 662   JButton invert = new JButton();
 663
 664   JPanel buttonPanel = new JPanel();
 665
 666   JButton cancel = new JButton();
 667
 668   JButton ok = new JButton();
 669
 670   JButton loadColours = new JButton();
 671
 672   JButton saveColours = new JButton();
 673
 674   JPanel dasButtonPanel = new JPanel();
 675
 676   JButton fetchDAS = new JButton();
 677
 678   JButton saveDAS = new JButton();
 679
 680   JButton cancelDAS = new JButton();
 681
 682   JButton optimizeOrder = new JButton();
 683
 684   JPanel transbuttons = new JPanel(new BorderLayout());
 685
 686   private void jbInit() throws Exception
 687   {
 688     this.setLayout(borderLayout1);
 689     settingsPane.setLayout(borderLayout2);
 690     dasSettingsPane.setLayout(borderLayout3);
 691     bigPanel.setLayout(borderLayout4);
 692     invert.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 693     invert.setText("Invert Selection");
 694     invert.addActionListener(new ActionListener()
 695     {
 696       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 697       {
 698         invertSelection();
 699       }
 700     });
 701     optimizeOrder.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 702     optimizeOrder.setText("Optimise Order");
 703     optimizeOrder.addActionListener(new ActionListener()
 704     {
 705       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 706       {
 707         orderByAvWidth();
 708       }
 709     });
 710     cancel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 711     cancel.setText("Cancel");
 712     cancel.addActionListener(new ActionListener()
 713     {
 714       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 715       {
 716         updateFeatureRenderer(originalData);
 717         close();
 718       }
 719     });
 720     ok.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 721     ok.setText("OK");
 722     ok.addActionListener(new ActionListener()
 723     {
 724       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 725       {
 726         close();
 727       }
 728     });
 729     loadColours.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 730     loadColours.setText("Load Colours");
 731     loadColours.addActionListener(new ActionListener()
 732     {
 733       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 734       {
 735         load();
 736       }
 737     });
 738     saveColours.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 739     saveColours.setText("Save Colours");
 740     saveColours.addActionListener(new ActionListener()
 741     {
 742       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 743       {
 744         save();
 745       }
 746     });
 747     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()
 748     {
 749       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
 750       {
 751         fr.setTransparency((float) (100 - transparency.getValue()) / 100f);
 752         af.alignPanel.paintAlignment(true);
 753       }
 754     });
 755
 756     transparency.setMaximum(70);
 757     fetchDAS.setText("Fetch DAS Features");
 758     fetchDAS.addActionListener(new ActionListener()
 759     {
 760       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 761       {
 762         fetchDAS_actionPerformed(e);
 763       }
 764     });
 765     saveDAS.setText("Save as default");
 766     saveDAS.addActionListener(new ActionListener()
 767     {
 768       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 769       {
 770         saveDAS_actionPerformed(e);
 771       }
 772     });
 773     dasButtonPanel.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());
 774     dasSettingsPane.setBorder(null);
 775     cancelDAS.setEnabled(false);
 776     cancelDAS.setText("Cancel Fetch");
 777     cancelDAS.addActionListener(new ActionListener()
 778     {
 779       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 780       {
 781         cancelDAS_actionPerformed(e);
 782       }
 783     });
 784     this.add(tabbedPane, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 785     tabbedPane.addTab("Feature Settings", settingsPane);
 786     tabbedPane.addTab("DAS Settings", dasSettingsPane);
 787     bigPanel.add(transPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 788     transPanel.add(transparency);
 789     transbuttons.add(invert, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 790     transbuttons.add(optimizeOrder, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 791     transPanel.add(transbuttons);
 792     buttonPanel.add(ok);
 793     buttonPanel.add(cancel);
 794     buttonPanel.add(loadColours);
 795     buttonPanel.add(saveColours);
 796     bigPanel.add(scrollPane, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 797     dasSettingsPane.add(dasButtonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 798     dasButtonPanel.add(fetchDAS);
 799     dasButtonPanel.add(cancelDAS);
 800     dasButtonPanel.add(saveDAS);
 801     settingsPane.add(bigPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 802     settingsPane.add(buttonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 803   }
 804
 805   public void fetchDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
 806   {
 807     fetchDAS.setEnabled(false);
 808     cancelDAS.setEnabled(true);
 809     Vector selectedSources = dassourceBrowser.getSelectedSources();
 810     doDasFeatureFetch(selectedSources, true, true);
 811   }
 812
 813   /**
 814    * get the features from selectedSources for all or the current selection
 815    *
 816    * @param selectedSources
 817    * @param checkDbRefs
 818    * @param promptFetchDbRefs
 819    */
 820   private void doDasFeatureFetch(Vector selectedSources,
 821           boolean checkDbRefs, boolean promptFetchDbRefs)
 822   {
 823     SequenceI[] dataset, seqs;
 824     int iSize;
 825     AlignViewport vp = af.getViewport();
 826     if (vp.getSelectionGroup() != null
 827             && vp.getSelectionGroup().getSize() > 0)
 828     {
 829       iSize = vp.getSelectionGroup().getSize();
 830       dataset = new SequenceI[iSize];
 831       seqs = vp.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(vp.getAlignment());
 832     }
 833     else
 834     {
 835       iSize = vp.getAlignment().getHeight();
 836       seqs = vp.getAlignment().getSequencesArray();
 837     }
 838
 839     dataset = new SequenceI[iSize];
 840     for (int i = 0; i < iSize; i++)
 841     {
 842       dataset[i] = seqs[i].getDatasetSequence();
 843     }
 844
 845     cancelDAS.setEnabled(true);
 846     dasFeatureFetcher = new jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher(dataset,
 847             this, selectedSources, checkDbRefs, promptFetchDbRefs);
 848     af.getViewport().setShowSequenceFeatures(true);
 849     af.showSeqFeatures.setSelected(true);
 850   }
 851
 852   /**
 853    * blocking call to initialise the das source browser
 854    */
 855   public void initDasSources()
 856   {
 857     dassourceBrowser.initDasSources();
 858   }
 859   /**
 860    * examine the current list of das sources and return any matching the given nicknames in sources
 861    * @param sources Vector of Strings to resolve to DAS source nicknames.
 862    * @return sources that are present in source list.
 863    */
 864   public Vector resolveSourceNicknames(Vector sources)
 865   {
 866     return dassourceBrowser.resolveSourceNicknames(sources);
 867   }
 868   /**
 869    * get currently selected das sources. ensure you have called initDasSources before calling this.
 870    * @return vector of selected das source nicknames
 871    */
 872   public Vector getSelectedSources()
 873   {
 874     return dassourceBrowser.getSelectedSources();
 875   }
 876   /**
 877    * properly initialise DAS fetcher and then initiate a new thread to fetch
 878    * features from the named sources (rather than any turned on by default)
 879    *
 880    * @param sources
 881    */
 882   public void fetchDasFeatures(Vector sources)
 883   {
 884     initDasSources();
 885     Vector resolved = resolveSourceNicknames(sources);
 886     if (resolved.size() == 0)
 887     {
 888       resolved = dassourceBrowser.getSelectedSources();
 889     }
 890     if (resolved.size() > 0)
 891     {
 892       final Vector dassources = resolved;
 893       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 894       {
 895
 896         public void run()
 897         {
 898           fetchDAS.setEnabled(false);
 899           cancelDAS.setEnabled(true);
 900           doDasFeatureFetch(dassources, true, false);
 901
 902         }
 903       });
 904     }
 905   }
 906
 907   public void saveDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
 908   {
 909     dassourceBrowser
 910             .saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);
 911   }
 912
 913   public void complete()
 914   {
 915     fetchDAS.setEnabled(true);
 916     cancelDAS.setEnabled(false);
 917   }
 918
 919   public void cancelDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
 920   {
 921     if (dasFeatureFetcher != null)
 922     {
 923       dasFeatureFetcher.cancel();
 924     }
 925     fetchDAS.setEnabled(true);
 926     cancelDAS.setEnabled(false);
 927   }
 928
 929   public void noDasSourceActive()
 930   {
 931     complete();
 932     JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 933             "No das sources were selected.\n"
 934                     + "Please select some sources and\n" + " try again.",
 935             "No Sources Selected", JOptionPane.DEFAULT_OPTION,
 936             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 937   }
 938
 939   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
 940   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html
 941   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
 942   class FeatureTableModel extends AbstractTableModel
 943   {
 944     FeatureTableModel(Object[][] data)
 945     {
 946       this.data = data;
 947     }
 948
 949     private String[] columnNames =
 950     { "Feature Type", "Colour", "Display" };
 951
 952     private Object[][] data;
 953
 954     public Object[][] getData()
 955     {
 956       return data;
 957     }
 958
 959     public void setData(Object[][] data)
 960     {
 961       this.data = data;
 962     }
 963
 964     public int getColumnCount()
 965     {
 966       return columnNames.length;
 967     }
 968
 969     public Object[] getRow(int row)
 970     {
 971       return data[row];
 972     }
 973
 974     public int getRowCount()
 975     {
 976       return data.length;
 977     }
 978
 979     public String getColumnName(int col)
 980     {
 981       return columnNames[col];
 982     }
 983
 984     public Object getValueAt(int row, int col)
 985     {
 986       return data[row][col];
 987     }
 988
 989     public Class getColumnClass(int c)
 990     {
 991       return getValueAt(0, c).getClass();
 992     }
 993
 994     public boolean isCellEditable(int row, int col)
 995     {
 996       return col == 0 ? false : true;
 997     }
 998
 999     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
1000     {
1001       data[row][col] = value;
1002       fireTableCellUpdated(row, col);
1003       updateFeatureRenderer(data);
1004     }
1005
1006   }
1007
1008   class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1009   {
1010     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1011
1012     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1013
1014     public ColorRenderer()
1015     {
1016       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1017     }
1018
1019     public Component getTableCellRendererComponent(JTable table,
1020             Object color, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
1021             int column)
1022     {
1023       Color newColor = (Color) color;
1024       setBackground(newColor);
1025       if (isSelected)
1026       {
1027         if (selectedBorder == null)
1028         {
1029           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1030                   table.getSelectionBackground());
1031         }
1032         setBorder(selectedBorder);
1033       }
1034       else
1035       {
1036         if (unselectedBorder == null)
1037         {
1038           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1039                   table.getBackground());
1040         }
1041         setBorder(unselectedBorder);
1042       }
1043
1044       setToolTipText("RGB value: " + newColor.getRed() + ", "
1045               + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue());
1046       return this;
1047     }
1048   }
1049 }
1050
1051 class ColorEditor extends AbstractCellEditor implements TableCellEditor,
1052         ActionListener
1053 {
1054   Color currentColor;
1055
1056   JButton button;
1057
1058   JColorChooser colorChooser;
1059
1060   JDialog dialog;
1061
1062   protected static final String EDIT = "edit";
1063
1064   public ColorEditor()
1065   {
1066     // Set up the editor (from the table's point of view),
1067     // which is a button.
1068     // This button brings up the color chooser dialog,
1069     // which is the editor from the user's point of view.
1070     button = new JButton();
1071     button.setActionCommand(EDIT);
1072     button.addActionListener(this);
1073     button.setBorderPainted(false);
1074     // Set up the dialog that the button brings up.
1075     colorChooser = new JColorChooser();
1076     dialog = JColorChooser.createDialog(button, "Select new Colour", true, // modal
1077             colorChooser, this, // OK button handler
1078             null); // no CANCEL button handler
1079   }
1080
1081   /**
1082    * Handles events from the editor button and from the dialog's OK button.
1083    */
1084   public void actionPerformed(ActionEvent e)
1085   {
1086
1087     if (EDIT.equals(e.getActionCommand()))
1088     {
1089       // The user has clicked the cell, so
1090       // bring up the dialog.
1091       button.setBackground(currentColor);
1092       colorChooser.setColor(currentColor);
1093       dialog.setVisible(true);
1094
1095       // Make the renderer reappear.
1096       fireEditingStopped();
1097
1098     }
1099     else
1100     { // User pressed dialog's "OK" button.
1101       currentColor = colorChooser.getColor();
1102     }
1103   }
1104
1105   // Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.
1106   public Object getCellEditorValue()
1107   {
1108     return currentColor;
1109   }
1110
1111   // Implement the one method defined by TableCellEditor.
1112   public Component getTableCellEditorComponent(JTable table, Object value,
1113           boolean isSelected, int row, int column)
1114   {
1115     currentColor = (Color) value;
1116     return button;
1117   }
1118 }