src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26 import java.awt.geom.AffineTransform;
  27 import java.awt.image.BufferedImage;
  28 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  29 import java.beans.PropertyChangeListener;
  30
  31 import javax.swing.*;
  32 import javax.swing.event.*;
  33 import javax.swing.table.*;
  34
  35 import jalview.analysis.AlignmentSorter;
  36 import jalview.bin.Cache;
  37 import jalview.commands.OrderCommand;
  38 import jalview.datamodel.*;
  39 import jalview.io.*;
  40 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  41 import jalview.schemes.GraduatedColor;
  42
  43 public class FeatureSettings extends JPanel
  44 {
  45   DasSourceBrowser dassourceBrowser;
  46
  47   jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher dasFeatureFetcher;
  48
  49   JPanel settingsPane = new JPanel();
  50
  51   JPanel dasSettingsPane = new JPanel();
  52
  53   final FeatureRenderer fr;
  54
  55   public final AlignFrame af;
  56
  57   Object[][] originalData;
  58
  59   final JInternalFrame frame;
  60
  61   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
  62
  63   JTable table;
  64
  65   JPanel groupPanel;
  66
  67   JSlider transparency = new JSlider();
  68
  69   JPanel transPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 2));
  70
  71   public FeatureSettings(AlignFrame af)
  72   {
  73     this.af = af;
  74     fr = af.getFeatureRenderer();
  75
  76     transparency.setMaximum(100 - (int) (fr.transparency * 100));
  77
  78     try
  79     {
  80       jbInit();
  81     } catch (Exception ex)
  82     {
  83       ex.printStackTrace();
  84     }
  85
  86     table = new JTable();
  87     table.getTableHeader().setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
  88     table.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
  89     table.setDefaultRenderer(Color.class, new ColorRenderer());
  90
  91     table.setDefaultEditor(Color.class, new ColorEditor(this));
  92
  93     table.setDefaultEditor(GraduatedColor.class, new ColorEditor(this));
  94     table.setDefaultRenderer(GraduatedColor.class, new ColorRenderer());
  95     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
  96
  97     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
  98     {
  99       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 100       {
 101         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 102         if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 103         {
 104           popupSort(selectedRow, (String) table.getValueAt(selectedRow, 0),
 105                   table.getValueAt(selectedRow, 1), fr.minmax, evt.getX(),
 106                   evt.getY());
 107         }
 108       }
 109     });
 110
 111     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 112     {
 113       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 114       {
 115         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 116         if (newRow != selectedRow && selectedRow != -1 && newRow != -1)
 117         {
 118           Object[] temp = new Object[3];
 119           temp[0] = table.getValueAt(selectedRow, 0);
 120           temp[1] = table.getValueAt(selectedRow, 1);
 121           temp[2] = table.getValueAt(selectedRow, 2);
 122
 123           table.setValueAt(table.getValueAt(newRow, 0), selectedRow, 0);
 124           table.setValueAt(table.getValueAt(newRow, 1), selectedRow, 1);
 125           table.setValueAt(table.getValueAt(newRow, 2), selectedRow, 2);
 126
 127           table.setValueAt(temp[0], newRow, 0);
 128           table.setValueAt(temp[1], newRow, 1);
 129           table.setValueAt(temp[2], newRow, 2);
 130
 131           selectedRow = newRow;
 132         }
 133       }
 134     });
 135
 136     scrollPane.setViewportView(table);
 137
 138     dassourceBrowser = new DasSourceBrowser();
 139     dasSettingsPane.add(dassourceBrowser, BorderLayout.CENTER);
 140
 141     if (af.getViewport().featuresDisplayed == null
 142             || fr.renderOrder == null)
 143     {
 144       fr.findAllFeatures(true); // display everything!
 145     }
 146
 147     setTableData();
 148     final PropertyChangeListener change;
 149     final FeatureSettings fs = this;
 150     fr.addPropertyChangeListener(change = new PropertyChangeListener()
 151     {
 152       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 153       {
 154         if (!fs.resettingTable && !fs.handlingUpdate)
 155         {
 156           fs.handlingUpdate = true;
 157           fs.resetTable(null); // new groups may be added with new seuqence
 158           // feature types only
 159           fs.handlingUpdate = false;
 160         }
 161       }
 162
 163     });
 164
 165     frame = new JInternalFrame();
 166     frame.setContentPane(this);
 167     Desktop.addInternalFrame(frame, "Sequence Feature Settings", 400, 450);
 168     frame
 169             .addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 170             {
 171               public void internalFrameClosed(
 172                       javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 173               {
 174                 fr.removePropertyChangeListener(change);
 175               };
 176             });
 177     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 178   }
 179
 180   protected void popupSort(final int selectedRow, final String type,
 181           final Object typeCol, final Hashtable minmax, int x, int y)
 182   {
 183     JPopupMenu men = new JPopupMenu("Settings for " + type);
 184     JMenuItem scr = new JMenuItem("Sort by Score");
 185     men.add(scr);
 186     final FeatureSettings me = this;
 187     scr.addActionListener(new ActionListener()
 188     {
 189
 190       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 191       {
 192         me.sortByScore(new String[]
 193         { type });
 194       }
 195
 196     });
 197     JMenuItem dens = new JMenuItem("Sort by Density");
 198     dens.addActionListener(new ActionListener()
 199     {
 200
 201       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 202       {
 203         me.sortByDens(new String[]
 204         { type });
 205       }
 206
 207     });
 208     men.add(dens);
 209     if (minmax != null)
 210     {
 211       final Object typeMinMax = minmax.get(type);
 212       /*
 213        * final JCheckBoxMenuItem chb = new JCheckBoxMenuItem("Vary Height"); //
 214        * this is broken at the moment and isn't that useful anyway!
 215        * chb.setSelected(minmax.get(type) != null); chb.addActionListener(new
 216        * ActionListener() {
 217        *
 218        * public void actionPerformed(ActionEvent e) {
 219        * chb.setState(chb.getState()); if (chb.getState()) { minmax.put(type,
 220        * null); } else { minmax.put(type, typeMinMax); } }
 221        *
 222        * });
 223        *
 224        * men.add(chb);
 225        */
 226       if (typeMinMax != null && ((float[][]) typeMinMax)[0] != null)
 227       {
 228         // if (table.getValueAt(row, column));
 229         // graduated colourschemes for those where minmax exists for the
 230         // positional features
 231         final JCheckBoxMenuItem mxcol = new JCheckBoxMenuItem(
 232                 "Graduated Colour");
 233         mxcol.setSelected(!(typeCol instanceof Color));
 234         men.add(mxcol);
 235         mxcol.addActionListener(new ActionListener()
 236         {
 237           JColorChooser colorChooser;
 238
 239           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 240           {
 241             if (e.getSource() == mxcol)
 242             {
 243               if (typeCol instanceof Color)
 244               {
 245                 FeatureColourChooser fc = new FeatureColourChooser(me.fr,
 246                         type);
 247                 fc.addActionListener(this);
 248               }
 249               else
 250               {
 251                 // bring up simple color chooser
 252                 colorChooser = new JColorChooser();
 253                 JDialog dialog = JColorChooser.createDialog(me,
 254                         "Select new Colour", true, // modal
 255                         colorChooser, this, // OK button handler
 256                         null); // no CANCEL button handler
 257                 colorChooser.setColor(((GraduatedColor) typeCol)
 258                         .getMaxColor());
 259                 dialog.setVisible(true);
 260               }
 261             }
 262             else
 263             {
 264               if (e.getSource() instanceof FeatureColourChooser)
 265               {
 266                 FeatureColourChooser fc = (FeatureColourChooser) e
 267                         .getSource();
 268                 table.setValueAt(fc.getLastColour(), selectedRow, 1);
 269                 table.validate();
 270               }
 271               else
 272               {
 273                 // probably the color chooser!
 274                 table.setValueAt(colorChooser.getColor(), selectedRow, 1);
 275                 table.validate();
 276                 me.updateFeatureRenderer(((FeatureTableModel) table
 277                         .getModel()).getData(), false);
 278               }
 279             }
 280           }
 281
 282         });
 283       }
 284     }
 285     men.show(table, x, y);
 286   }
 287
 288   /**
 289    * true when Feature Settings are updating from feature renderer
 290    */
 291   private boolean handlingUpdate = false;
 292
 293   /**
 294    * contains a float[3] for each feature type string. created by setTableData
 295    */
 296   Hashtable typeWidth = null;
 297
 298   synchronized public void setTableData()
 299   {
 300     if (fr.featureGroups == null)
 301     {
 302       fr.featureGroups = new Hashtable();
 303     }
 304     Vector allFeatures = new Vector();
 305     Vector allGroups = new Vector();
 306     SequenceFeature[] tmpfeatures;
 307     String group;
 308     for (int i = 0; i < af.getViewport().alignment.getHeight(); i++)
 309     {
 310       if (af.getViewport().alignment.getSequenceAt(i).getDatasetSequence()
 311               .getSequenceFeatures() == null)
 312       {
 313         continue;
 314       }
 315
 316       tmpfeatures = af.getViewport().alignment.getSequenceAt(i)
 317               .getDatasetSequence().getSequenceFeatures();
 318
 319       int index = 0;
 320       while (index < tmpfeatures.length)
 321       {
 322         if (tmpfeatures[index].begin == 0 && tmpfeatures[index].end == 0)
 323         {
 324           index++;
 325           continue;
 326         }
 327
 328         if (tmpfeatures[index].getFeatureGroup() != null)
 329         {
 330           group = tmpfeatures[index].featureGroup;
 331           if (!allGroups.contains(group))
 332           {
 333             allGroups.addElement(group);
 334             if (group != null)
 335             {
 336               checkGroupState(group);
 337             }
 338           }
 339         }
 340
 341         if (!allFeatures.contains(tmpfeatures[index].getType()))
 342         {
 343           allFeatures.addElement(tmpfeatures[index].getType());
 344         }
 345         index++;
 346       }
 347     }
 348
 349     resetTable(null);
 350
 351     validate();
 352   }
 353
 354   /**
 355    *
 356    * @param group
 357    * @return true if group has been seen before and is already added to set.
 358    */
 359   private boolean checkGroupState(String group)
 360   {
 361     boolean visible;
 362     if (fr.featureGroups.containsKey(group))
 363     {
 364       visible = ((Boolean) fr.featureGroups.get(group)).booleanValue();
 365     }
 366     else
 367     {
 368       visible = true; // new group is always made visible
 369     }
 370
 371     if (groupPanel == null)
 372     {
 373       groupPanel = new JPanel();
 374     }
 375
 376     boolean alreadyAdded = false;
 377     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 378     {
 379       if (((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).getText().equals(group))
 380       {
 381         alreadyAdded = true;
 382         ((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).setSelected(visible);
 383         break;
 384       }
 385     }
 386
 387     if (alreadyAdded)
 388     {
 389
 390       return true;
 391     }
 392
 393     fr.featureGroups.put(group, new Boolean(visible));
 394     final String grp = group;
 395     final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);
 396     check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 397     check.addItemListener(new ItemListener()
 398     {
 399       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 400       {
 401         fr.featureGroups.put(check.getText(), new Boolean(check
 402                 .isSelected()));
 403         af.alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 404         if (af.alignPanel.overviewPanel != null)
 405         {
 406           af.alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();
 407         }
 408
 409         resetTable(new String[]
 410         { grp });
 411       }
 412     });
 413     groupPanel.add(check);
 414     return false;
 415   }
 416
 417   boolean resettingTable = false;
 418
 419   synchronized void resetTable(String[] groupChanged)
 420   {
 421     if (resettingTable == true)
 422     {
 423       return;
 424     }
 425     resettingTable = true;
 426     typeWidth = new Hashtable();
 427     // TODO: change avWidth calculation to 'per-sequence' average and use long
 428     // rather than float
 429     float[] avWidth = null;
 430     SequenceFeature[] tmpfeatures;
 431     String group = null, type;
 432     Vector visibleChecks = new Vector();
 433
 434     // Find out which features should be visible depending on which groups
 435     // are selected / deselected
 436     // and recompute average width ordering
 437     for (int i = 0; i < af.getViewport().alignment.getHeight(); i++)
 438     {
 439
 440       tmpfeatures = af.getViewport().alignment.getSequenceAt(i)
 441               .getDatasetSequence().getSequenceFeatures();
 442       if (tmpfeatures == null)
 443       {
 444         continue;
 445       }
 446
 447       int index = 0;
 448       while (index < tmpfeatures.length)
 449       {
 450         group = tmpfeatures[index].featureGroup;
 451
 452         if (tmpfeatures[index].begin == 0 && tmpfeatures[index].end == 0)
 453         {
 454           index++;
 455           continue;
 456         }
 457
 458         if (group == null || fr.featureGroups.get(group) == null
 459                 || ((Boolean) fr.featureGroups.get(group)).booleanValue())
 460         {
 461           if (group != null)
 462             checkGroupState(group);
 463           type = tmpfeatures[index].getType();
 464           if (!visibleChecks.contains(type))
 465           {
 466             visibleChecks.addElement(type);
 467           }
 468         }
 469         if (!typeWidth.containsKey(tmpfeatures[index].getType()))
 470         {
 471           typeWidth.put(tmpfeatures[index].getType(),
 472                   avWidth = new float[3]);
 473         }
 474         else
 475         {
 476           avWidth = (float[]) typeWidth.get(tmpfeatures[index].getType());
 477         }
 478         avWidth[0]++;
 479         if (tmpfeatures[index].getBegin() > tmpfeatures[index].getEnd())
 480         {
 481           avWidth[1] += 1 + tmpfeatures[index].getBegin()
 482                   - tmpfeatures[index].getEnd();
 483         }
 484         else
 485         {
 486           avWidth[1] += 1 + tmpfeatures[index].getEnd()
 487                   - tmpfeatures[index].getBegin();
 488         }
 489         index++;
 490       }
 491     }
 492
 493     int fSize = visibleChecks.size();
 494     Object[][] data = new Object[fSize][3];
 495     int dataIndex = 0;
 496
 497     if (fr.renderOrder != null)
 498     {
 499       if (!handlingUpdate)
 500         fr.findAllFeatures(groupChanged != null); // prod to update
 501       // colourschemes. but don't
 502       // affect display
 503       // First add the checks in the previous render order,
 504       // in case the window has been closed and reopened
 505       for (int ro = fr.renderOrder.length - 1; ro > -1; ro--)
 506       {
 507         type = fr.renderOrder[ro];
 508
 509         if (!visibleChecks.contains(type))
 510         {
 511           continue;
 512         }
 513
 514         data[dataIndex][0] = type;
 515         data[dataIndex][1] = fr.getFeatureStyle(type);
 516         data[dataIndex][2] = new Boolean(af.getViewport().featuresDisplayed
 517                 .containsKey(type));
 518         dataIndex++;
 519         visibleChecks.removeElement(type);
 520       }
 521     }
 522
 523     fSize = visibleChecks.size();
 524     for (int i = 0; i < fSize; i++)
 525     {
 526       // These must be extra features belonging to the group
 527       // which was just selected
 528       type = visibleChecks.elementAt(i).toString();
 529       data[dataIndex][0] = type;
 530
 531       data[dataIndex][1] = fr.getFeatureStyle(type);
 532       if (data[dataIndex][1] == null)
 533       {
 534         // "Colour has been updated in another view!!"
 535         fr.renderOrder = null;
 536         return;
 537       }
 538
 539       data[dataIndex][2] = new Boolean(true);
 540       dataIndex++;
 541     }
 542
 543     if (originalData == null)
 544     {
 545       originalData = new Object[data.length][3];
 546       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 547       {
 548         System.arraycopy(data[i], 0, originalData[i], 0, 3);
 549       }
 550     }
 551
 552     table.setModel(new FeatureTableModel(data));
 553     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);
 554
 555     if (groupPanel != null)
 556     {
 557       groupPanel.setLayout(new GridLayout(fr.featureGroups.size() / 4 + 1,
 558               4));
 559
 560       groupPanel.validate();
 561       bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
 562     }
 563
 564     updateFeatureRenderer(data, groupChanged != null);
 565     resettingTable = false;
 566   }
 567
 568   /**
 569    * reorder data based on the featureRenderers global priority list.
 570    *
 571    * @param data
 572    */
 573   private void ensureOrder(Object[][] data)
 574   {
 575     boolean sort = false;
 576     float[] order = new float[data.length];
 577     for (int i = 0; i < order.length; i++)
 578     {
 579       order[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 580       if (order[i] < 0)
 581         order[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / order.length);
 582       if (i > 1)
 583         sort = sort || order[i - 1] > order[i];
 584     }
 585     if (sort)
 586       jalview.util.QuickSort.sort(order, data);
 587   }
 588
 589   void load()
 590   {
 591     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache
 592             .getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 593     { "fc" }, new String[]
 594     { "Sequence Feature Colours" }, "Sequence Feature Colours");
 595     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 596     chooser.setDialogTitle("Load Feature Colours");
 597     chooser.setToolTipText("Load");
 598
 599     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 600
 601     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 602     {
 603       File file = chooser.getSelectedFile();
 604
 605       try
 606       {
 607         InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(
 608                 file), "UTF-8");
 609
 610         jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours jucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 611         jucs = (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) jucs.unmarshal(in);
 612
 613         for (int i = jucs.getColourCount() - 1; i >= 0; i--)
 614         {
 615           String name;
 616           jalview.schemabinding.version2.Colour newcol = jucs.getColour(i);
 617           if (newcol.hasMax())
 618           {
 619             Color mincol=null,maxcol=null;
 620             float thrsh=Float.NaN;
 621             try {
 622               mincol = new Color(
 623                       Integer.parseInt(newcol.getMinRGB(), 16));
 624               maxcol = new Color(
 625                       Integer.parseInt(newcol.getRGB(), 16));
 626
 627             } catch (Exception e)
 628             {
 629               Cache.log.warn("Couldn't parse out graduated feature color.",e);
 630             }
 631             GraduatedColor gcol =
 632               new GraduatedColor(mincol,maxcol,
 633                   newcol.getMin(),newcol.getMax());
 634             if (newcol.hasAutoScale())
 635             {
 636               gcol.setAutoScaled(newcol.getAutoScale());
 637             }
 638             if (newcol.hasColourByLabel())
 639             {
 640               gcol.setColourByLabel(newcol.getColourByLabel());
 641             }
 642             if (newcol.hasThreshold())
 643             {
 644               gcol.setThresh(newcol.getThreshold());
 645               gcol.setThreshType(AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD); // default
 646             }
 647             if (newcol.getThreshType().length()>0)
 648             {
 649               String ttyp = newcol.getThreshType();
 650               if (ttyp.equalsIgnoreCase("NONE")) {
 651                 gcol.setThreshType(AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD);
 652               }
 653               if (ttyp.equalsIgnoreCase("ABOVE"))
 654               {
 655                 gcol.setThreshType(AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 656               }
 657               if (ttyp.equalsIgnoreCase("BELOW")){
 658                 gcol.setThreshType(AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 659               }
 660             }
 661             fr.setColour(name = newcol.getName(), gcol);
 662           } else {
 663             fr.setColour(name = jucs.getColour(i).getName(), new Color(
 664                   Integer.parseInt(jucs.getColour(i).getRGB(), 16)));
 665           }
 666           fr.setOrder(name, (i == 0) ? 0 : i / jucs.getColourCount());
 667         }
 668         if (table != null)
 669         {
 670           resetTable(null);
 671           Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 672                   .getData();
 673           ensureOrder(data);
 674           updateFeatureRenderer(data, false);
 675           table.repaint();
 676         }
 677       } catch (Exception ex)
 678       {
 679         System.out.println("Error loading User Colour File\n" + ex);
 680       }
 681     }
 682   }
 683
 684   void save()
 685   {
 686     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache
 687             .getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 688     { "fc" }, new String[]
 689     { "Sequence Feature Colours" }, "Sequence Feature Colours");
 690     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 691     chooser.setDialogTitle("Save Feature Colour Scheme");
 692     chooser.setToolTipText("Save");
 693
 694     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 695
 696     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 697     {
 698       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 699       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours ucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 700       ucs.setSchemeName("Sequence Features");
 701       try
 702       {
 703         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 704                 new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));
 705
 706         Enumeration e = fr.featureColours.keys();
 707         float[] sortOrder = new float[fr.featureColours.size()];
 708         String[] sortTypes = new String[fr.featureColours.size()];
 709         int i = 0;
 710         while (e.hasMoreElements())
 711         {
 712           sortTypes[i] = e.nextElement().toString();
 713           sortOrder[i] = fr.getOrder(sortTypes[i]);
 714           i++;
 715         }
 716         jalview.util.QuickSort.sort(sortOrder, sortTypes);
 717         sortOrder = null;
 718         Object fcol;
 719         GraduatedColor gcol;
 720         for (i = 0; i < sortTypes.length; i++)
 721         {
 722           jalview.schemabinding.version2.Colour col = new jalview.schemabinding.version2.Colour();
 723           col.setName(sortTypes[i]);
 724           col.setRGB(jalview.util.Format.getHexString(fr.getColour(col
 725                   .getName())));
 726           fcol = fr.getFeatureStyle(sortTypes[i]);
 727           if (fcol instanceof GraduatedColor)
 728           {
 729             gcol = (GraduatedColor) fcol;
 730             col.setMin(gcol.getMin());
 731             col.setMax(gcol.getMax());
 732             col.setMinRGB(jalview.util.Format.getHexString(gcol
 733                     .getMinColor()));
 734             col.setAutoScale(gcol.isAutoScale());
 735             col.setThreshold(gcol.getThresh());
 736             col.setColourByLabel(gcol.isColourByLabel());
 737             switch (gcol.getThreshType())
 738             {
 739             case AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD:
 740               col.setThreshType("NONE");
 741               break;
 742             case AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD:
 743               col.setThreshType("ABOVE");
 744               break;
 745             case AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD:
 746               col.setThreshType("BELOW");
 747               break;
 748             }
 749           }
 750           ucs.addColour(col);
 751         }
 752         ucs.marshal(out);
 753         out.close();
 754       } catch (Exception ex)
 755       {
 756         ex.printStackTrace();
 757       }
 758     }
 759   }
 760
 761   public void invertSelection()
 762   {
 763     for (int i = 0; i < table.getRowCount(); i++)
 764     {
 765       Boolean value = (Boolean) table.getValueAt(i, 2);
 766
 767       table.setValueAt(new Boolean(!value.booleanValue()), i, 2);
 768     }
 769   }
 770
 771   public void orderByAvWidth()
 772   {
 773     if (table == null || table.getModel() == null)
 774       return;
 775     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
 776     float[] width = new float[data.length];
 777     float[] awidth;
 778     float max = 0;
 779     int num = 0;
 780     for (int i = 0; i < data.length; i++)
 781     {
 782       awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
 783       if (awidth[0] > 0)
 784       {
 785         width[i] = awidth[1] / awidth[0];// *awidth[0]*awidth[2]; - better
 786         // weight - but have to make per
 787         // sequence, too (awidth[2])
 788         // if (width[i]==1) // hack to distinguish single width sequences.
 789         num++;
 790       }
 791       else
 792       {
 793         width[i] = 0;
 794       }
 795       if (max < width[i])
 796         max = width[i];
 797     }
 798     boolean sort = false;
 799     for (int i = 0; i < width.length; i++)
 800     {
 801       // awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
 802       if (width[i] == 0)
 803       {
 804         width[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 805         if (width[i] < 0)
 806         {
 807           width[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / data.length);
 808         }
 809       }
 810       else
 811       {
 812         width[i] /= max; // normalize
 813         fr.setOrder(data[i][0].toString(), width[i]); // store for later
 814       }
 815       if (i > 0)
 816         sort = sort || width[i - 1] > width[i];
 817     }
 818     if (sort)
 819       jalview.util.QuickSort.sort(width, data);
 820     // update global priority order
 821
 822     updateFeatureRenderer(data, false);
 823     table.repaint();
 824   }
 825
 826   public void close()
 827   {
 828     try
 829     {
 830       frame.setClosed(true);
 831     } catch (Exception exe)
 832     {
 833     }
 834
 835   }
 836
 837   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)
 838   {
 839     updateFeatureRenderer(data, true);
 840   }
 841
 842   private void updateFeatureRenderer(Object[][] data, boolean visibleNew)
 843   {
 844     fr.setFeaturePriority(data, visibleNew);
 845     af.alignPanel.paintAlignment(true);
 846   }
 847
 848   int selectedRow = -1;
 849
 850   JTabbedPane tabbedPane = new JTabbedPane();
 851
 852   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 853
 854   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 855
 856   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
 857
 858   JPanel bigPanel = new JPanel();
 859
 860   BorderLayout borderLayout4 = new BorderLayout();
 861
 862   JButton invert = new JButton();
 863
 864   JPanel buttonPanel = new JPanel();
 865
 866   JButton cancel = new JButton();
 867
 868   JButton ok = new JButton();
 869
 870   JButton loadColours = new JButton();
 871
 872   JButton saveColours = new JButton();
 873
 874   JPanel dasButtonPanel = new JPanel();
 875
 876   JButton fetchDAS = new JButton();
 877
 878   JButton saveDAS = new JButton();
 879
 880   JButton cancelDAS = new JButton();
 881
 882   JButton optimizeOrder = new JButton();
 883
 884   JButton sortByScore = new JButton();
 885
 886   JButton sortByDens = new JButton();
 887
 888   JPanel transbuttons = new JPanel(new GridLayout(4, 1));
 889
 890   private void jbInit() throws Exception
 891   {
 892     this.setLayout(borderLayout1);
 893     settingsPane.setLayout(borderLayout2);
 894     dasSettingsPane.setLayout(borderLayout3);
 895     bigPanel.setLayout(borderLayout4);
 896     invert.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 897     invert.setText("Invert Selection");
 898     invert.addActionListener(new ActionListener()
 899     {
 900       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 901       {
 902         invertSelection();
 903       }
 904     });
 905     optimizeOrder.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 906     optimizeOrder.setText("Optimise Order");
 907     optimizeOrder.addActionListener(new ActionListener()
 908     {
 909       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 910       {
 911         orderByAvWidth();
 912       }
 913     });
 914     sortByScore.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 915     sortByScore.setText("Seq sort by Score");
 916     sortByScore.addActionListener(new ActionListener()
 917     {
 918       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 919       {
 920         sortByScore(null);
 921       }
 922     });
 923     sortByDens.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 924     sortByDens.setText("Seq Sort by density");
 925     sortByDens.addActionListener(new ActionListener()
 926     {
 927       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 928       {
 929         sortByDens(null);
 930       }
 931     });
 932     cancel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 933     cancel.setText("Cancel");
 934     cancel.addActionListener(new ActionListener()
 935     {
 936       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 937       {
 938         updateFeatureRenderer(originalData);
 939         close();
 940       }
 941     });
 942     ok.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 943     ok.setText("OK");
 944     ok.addActionListener(new ActionListener()
 945     {
 946       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 947       {
 948         close();
 949       }
 950     });
 951     loadColours.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 952     loadColours.setText("Load Colours");
 953     loadColours.addActionListener(new ActionListener()
 954     {
 955       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 956       {
 957         load();
 958       }
 959     });
 960     saveColours.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 961     saveColours.setText("Save Colours");
 962     saveColours.addActionListener(new ActionListener()
 963     {
 964       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 965       {
 966         save();
 967       }
 968     });
 969     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()
 970     {
 971       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
 972       {
 973         fr.setTransparency((float) (100 - transparency.getValue()) / 100f);
 974         af.alignPanel.paintAlignment(true);
 975       }
 976     });
 977
 978     transparency.setMaximum(70);
 979     fetchDAS.setText("Fetch DAS Features");
 980     fetchDAS.addActionListener(new ActionListener()
 981     {
 982       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 983       {
 984         fetchDAS_actionPerformed(e);
 985       }
 986     });
 987     saveDAS.setText("Save as default");
 988     saveDAS.addActionListener(new ActionListener()
 989     {
 990       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 991       {
 992         saveDAS_actionPerformed(e);
 993       }
 994     });
 995     dasButtonPanel.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());
 996     dasSettingsPane.setBorder(null);
 997     cancelDAS.setEnabled(false);
 998     cancelDAS.setText("Cancel Fetch");
 999     cancelDAS.addActionListener(new ActionListener()
1000     {
1001       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1002       {
1003         cancelDAS_actionPerformed(e);
1004       }
1005     });
1006     this.add(tabbedPane, java.awt.BorderLayout.CENTER);
1007     tabbedPane.addTab("Feature Settings", settingsPane);
1008     tabbedPane.addTab("DAS Settings", dasSettingsPane);
1009     bigPanel.add(transPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
1010     transbuttons.add(optimizeOrder);
1011     transbuttons.add(invert);
1012     transbuttons.add(sortByScore);
1013     transbuttons.add(sortByDens);
1014     transPanel.add(transparency);
1015     transPanel.add(transbuttons);
1016     buttonPanel.add(ok);
1017     buttonPanel.add(cancel);
1018     buttonPanel.add(loadColours);
1019     buttonPanel.add(saveColours);
1020     bigPanel.add(scrollPane, java.awt.BorderLayout.CENTER);
1021     dasSettingsPane.add(dasButtonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
1022     dasButtonPanel.add(fetchDAS);
1023     dasButtonPanel.add(cancelDAS);
1024     dasButtonPanel.add(saveDAS);
1025     settingsPane.add(bigPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);
1026     settingsPane.add(buttonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
1027   }
1028
1029   protected void sortByDens(String[] typ)
1030   {
1031     sortBy(typ, "Sort by Density", AlignmentSorter.FEATURE_DENSITY);
1032   }
1033
1034   protected void sortBy(String[] typ, String methodText, final String method)
1035   {
1036     if (typ == null)
1037     {
1038       typ = getDisplayedFeatureTypes();
1039     }
1040     String gps[] = null;
1041     gps = getDisplayedFeatureGroups();
1042     if (typ != null)
1043     {
1044       for (int i = 0; i < typ.length; i++)
1045       {
1046         System.err.println("Sorting on Types:" + typ[i]);
1047       }
1048     }
1049     if (gps != null)
1050     {
1051
1052       for (int i = 0; i < gps.length; i++)
1053       {
1054         System.err.println("Sorting on groups:" + gps[i]);
1055       }
1056     }
1057     AlignmentPanel alignPanel = af.alignPanel;
1058     AlignmentI al = alignPanel.av.getAlignment();
1059
1060     int start, stop;
1061     SequenceGroup sg = alignPanel.av.getSelectionGroup();
1062     if (sg != null)
1063     {
1064       start = sg.getStartRes();
1065       stop = sg.getEndRes();
1066     }
1067     else
1068     {
1069       start = 0;
1070       stop = al.getWidth();
1071     }
1072     SequenceI[] oldOrder = al.getSequencesArray();
1073     AlignmentSorter.sortByFeature(typ, gps, start, stop, al, method);
1074     af.addHistoryItem(new OrderCommand(methodText, oldOrder, alignPanel.av
1075             .getAlignment()));
1076     alignPanel.paintAlignment(true);
1077
1078   }
1079
1080   protected void sortByScore(String[] typ)
1081   {
1082     sortBy(typ, "Sort by Feature Score", AlignmentSorter.FEATURE_SCORE);
1083   }
1084
1085   private String[] getDisplayedFeatureTypes()
1086   {
1087     String[] typ = null;
1088     if (fr != null)
1089     {
1090       synchronized (fr.renderOrder)
1091       {
1092         typ = new String[fr.renderOrder.length];
1093         System.arraycopy(fr.renderOrder, 0, typ, 0, typ.length);
1094         for (int i = 0; i < typ.length; i++)
1095         {
1096           if (af.viewport.featuresDisplayed.get(typ[i]) == null)
1097           {
1098             typ[i] = null;
1099           }
1100         }
1101       }
1102     }
1103     return typ;
1104   }
1105
1106   private String[] getDisplayedFeatureGroups()
1107   {
1108     String[] gps = null;
1109     if (fr != null)
1110     {
1111
1112       if (fr.featureGroups != null)
1113       {
1114         Enumeration en = fr.featureGroups.keys();
1115         gps = new String[fr.featureColours.size()];
1116         int g = 0;
1117         boolean valid = false;
1118         while (en.hasMoreElements())
1119         {
1120           String gp = (String) en.nextElement();
1121           Boolean on = (Boolean) fr.featureGroups.get(gp);
1122           if (on != null && on.booleanValue())
1123           {
1124             valid = true;
1125             gps[g++] = gp;
1126           }
1127         }
1128         while (g < gps.length)
1129         {
1130           gps[g++] = null;
1131         }
1132         if (!valid)
1133         {
1134           return null;
1135         }
1136       }
1137     }
1138     return gps;
1139   }
1140
1141   public void fetchDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1142   {
1143     fetchDAS.setEnabled(false);
1144     cancelDAS.setEnabled(true);
1145     Vector selectedSources = dassourceBrowser.getSelectedSources();
1146     doDasFeatureFetch(selectedSources, true, true);
1147   }
1148
1149   /**
1150    * get the features from selectedSources for all or the current selection
1151    *
1152    * @param selectedSources
1153    * @param checkDbRefs
1154    * @param promptFetchDbRefs
1155    */
1156   private void doDasFeatureFetch(Vector selectedSources,
1157           boolean checkDbRefs, boolean promptFetchDbRefs)
1158   {
1159     SequenceI[] dataset, seqs;
1160     int iSize;
1161     AlignViewport vp = af.getViewport();
1162     if (vp.getSelectionGroup() != null
1163             && vp.getSelectionGroup().getSize() > 0)
1164     {
1165       iSize = vp.getSelectionGroup().getSize();
1166       dataset = new SequenceI[iSize];
1167       seqs = vp.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(vp.getAlignment());
1168     }
1169     else
1170     {
1171       iSize = vp.getAlignment().getHeight();
1172       seqs = vp.getAlignment().getSequencesArray();
1173     }
1174
1175     dataset = new SequenceI[iSize];
1176     for (int i = 0; i < iSize; i++)
1177     {
1178       dataset[i] = seqs[i].getDatasetSequence();
1179     }
1180
1181     cancelDAS.setEnabled(true);
1182     dasFeatureFetcher = new jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher(dataset,
1183             this, selectedSources, checkDbRefs, promptFetchDbRefs);
1184     af.getViewport().setShowSequenceFeatures(true);
1185     af.showSeqFeatures.setSelected(true);
1186   }
1187
1188   /**
1189    * blocking call to initialise the das source browser
1190    */
1191   public void initDasSources()
1192   {
1193     dassourceBrowser.initDasSources();
1194   }
1195
1196   /**
1197    * examine the current list of das sources and return any matching the given
1198    * nicknames in sources
1199    *
1200    * @param sources
1201    *          Vector of Strings to resolve to DAS source nicknames.
1202    * @return sources that are present in source list.
1203    */
1204   public Vector resolveSourceNicknames(Vector sources)
1205   {
1206     return dassourceBrowser.resolveSourceNicknames(sources);
1207   }
1208
1209   /**
1210    * get currently selected das sources. ensure you have called initDasSources
1211    * before calling this.
1212    *
1213    * @return vector of selected das source nicknames
1214    */
1215   public Vector getSelectedSources()
1216   {
1217     return dassourceBrowser.getSelectedSources();
1218   }
1219
1220   /**
1221    * properly initialise DAS fetcher and then initiate a new thread to fetch
1222    * features from the named sources (rather than any turned on by default)
1223    *
1224    * @param sources
1225    * @param block
1226    *          if true then runs in same thread, otherwise passes to the Swing
1227    *          executor
1228    */
1229   public void fetchDasFeatures(Vector sources, boolean block)
1230   {
1231     initDasSources();
1232     Vector resolved = resolveSourceNicknames(sources);
1233     if (resolved.size() == 0)
1234     {
1235       resolved = dassourceBrowser.getSelectedSources();
1236     }
1237     if (resolved.size() > 0)
1238     {
1239       final Vector dassources = resolved;
1240       fetchDAS.setEnabled(false);
1241       // cancelDAS.setEnabled(true); doDasFetch does this.
1242       Runnable fetcher = new Runnable()
1243       {
1244
1245         public void run()
1246         {
1247           doDasFeatureFetch(dassources, true, false);
1248
1249         }
1250       };
1251       if (block)
1252       {
1253         fetcher.run();
1254       }
1255       else
1256       {
1257         SwingUtilities.invokeLater(fetcher);
1258       }
1259     }
1260   }
1261
1262   public void saveDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1263   {
1264     dassourceBrowser
1265             .saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);
1266   }
1267
1268   public void complete()
1269   {
1270     fetchDAS.setEnabled(true);
1271     cancelDAS.setEnabled(false);
1272   }
1273
1274   public void cancelDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1275   {
1276     if (dasFeatureFetcher != null)
1277     {
1278       dasFeatureFetcher.cancel();
1279     }
1280     fetchDAS.setEnabled(true);
1281     cancelDAS.setEnabled(false);
1282   }
1283
1284   public void noDasSourceActive()
1285   {
1286     complete();
1287     JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
1288             "No das sources were selected.\n"
1289                     + "Please select some sources and\n" + " try again.",
1290             "No Sources Selected", JOptionPane.DEFAULT_OPTION,
1291             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1292   }
1293
1294   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1295   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html
1296   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1297   class FeatureTableModel extends AbstractTableModel
1298   {
1299     FeatureTableModel(Object[][] data)
1300     {
1301       this.data = data;
1302     }
1303
1304     private String[] columnNames =
1305     { "Feature Type", "Colour", "Display" };
1306
1307     private Object[][] data;
1308
1309     public Object[][] getData()
1310     {
1311       return data;
1312     }
1313
1314     public void setData(Object[][] data)
1315     {
1316       this.data = data;
1317     }
1318
1319     public int getColumnCount()
1320     {
1321       return columnNames.length;
1322     }
1323
1324     public Object[] getRow(int row)
1325     {
1326       return data[row];
1327     }
1328
1329     public int getRowCount()
1330     {
1331       return data.length;
1332     }
1333
1334     public String getColumnName(int col)
1335     {
1336       return columnNames[col];
1337     }
1338
1339     public Object getValueAt(int row, int col)
1340     {
1341       return data[row][col];
1342     }
1343
1344     public Class getColumnClass(int c)
1345     {
1346       return getValueAt(0, c).getClass();
1347     }
1348
1349     public boolean isCellEditable(int row, int col)
1350     {
1351       return col == 0 ? false : true;
1352     }
1353
1354     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
1355     {
1356       data[row][col] = value;
1357       fireTableCellUpdated(row, col);
1358       updateFeatureRenderer(data);
1359     }
1360
1361   }
1362
1363   class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1364   {
1365     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1366
1367     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1368
1369     final String baseTT = "Click to edit, right/apple click for menu.";
1370
1371     public ColorRenderer()
1372     {
1373       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1374     }
1375
1376     public Component getTableCellRendererComponent(JTable table,
1377             Object color, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
1378             int column)
1379     {
1380       // JLabel comp = new JLabel();
1381       // comp.
1382       setOpaque(true);
1383       // comp.
1384       // setBounds(getBounds());
1385       Color newColor;
1386       setToolTipText(baseTT);
1387       setBackground(table.getBackground());
1388       if (color instanceof GraduatedColor)
1389       {
1390         Rectangle cr = table.getCellRect(row, column, false);
1391         FeatureSettings.renderGraduatedColor(this, (GraduatedColor) color,
1392                 (int) cr.getWidth(), (int) cr.getHeight());
1393
1394       }
1395       else
1396       {
1397         this.setText("");
1398         this.setIcon(null);
1399         newColor = (Color) color;
1400         // comp.
1401         setBackground(newColor);
1402         // comp.setToolTipText("RGB value: " + newColor.getRed() + ", "
1403         // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue());
1404       }
1405       if (isSelected)
1406       {
1407         if (selectedBorder == null)
1408         {
1409           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1410                   table.getSelectionBackground());
1411         }
1412         // comp.
1413         setBorder(selectedBorder);
1414       }
1415       else
1416       {
1417         if (unselectedBorder == null)
1418         {
1419           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1420                   table.getBackground());
1421         }
1422         // comp.
1423         setBorder(unselectedBorder);
1424       }
1425
1426       return this;
1427     }
1428   }
1429
1430   /**
1431    * update comp using rendering settings from gcol
1432    *
1433    * @param comp
1434    * @param gcol
1435    */
1436   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, GraduatedColor gcol)
1437   {
1438     int w = comp.getWidth(), h = comp.getHeight();
1439     if (w < 20)
1440     {
1441       w = (int) comp.getPreferredSize().getWidth();
1442       h = (int) comp.getPreferredSize().getHeight();
1443       if (w < 20)
1444       {
1445         w = 80;
1446         h = 12;
1447       }
1448     }
1449     renderGraduatedColor(comp, gcol, w, h);
1450   }
1451
1452   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, GraduatedColor gcol,
1453           int w, int h)
1454   {
1455
1456     String tt = "";
1457     String tx = "";
1458     if (gcol.getThreshType() == AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD)
1459     {
1460       tx += "> ";
1461       tt += "Thresholded (Above " + gcol.getThresh() + ") ";
1462     }
1463     if (gcol.getThreshType() == AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD)
1464     {
1465       tx += "< ";
1466       tt += "Thresholded (Below " + gcol.getThresh() + ") ";
1467     }
1468     if (gcol.isColourByLabel())
1469     {
1470       tt = "Coloured by label text. " + tt;
1471       tx += "Label";
1472       comp.setIcon(null);
1473     }
1474     else
1475     {
1476       Color newColor = gcol.getMaxColor();
1477       comp.setBackground(newColor);
1478       System.err.println("Width is " + w / 2);
1479       Icon ficon = new FeatureIcon(gcol, comp.getBackground(), w / 2, h);
1480       comp.setIcon(ficon);
1481       // tt+="RGB value: Max (" + newColor.getRed() + ", "
1482       // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue()
1483       // + ")\nMin (" + minCol.getRed() + ", " + minCol.getGreen()
1484       // + ", " + minCol.getBlue() + ")");
1485     }
1486     comp.setText(tx);
1487     if (tt.length() > 0)
1488     {
1489       if (comp.getToolTipText() == null)
1490       {
1491         comp.setToolTipText(tt);
1492       }
1493       else
1494       {
1495         comp.setToolTipText(tt + " " + comp.getToolTipText());
1496       }
1497     }
1498   }
1499 }
1500
1501 class FeatureIcon implements Icon
1502 {
1503   GraduatedColor gcol;
1504
1505   Color backg;
1506
1507   int width = 50, height = 20;
1508
1509   FeatureIcon(GraduatedColor gfc, Color bg, int w, int h)
1510   {
1511     gcol = gfc;
1512     backg = bg;
1513     width = w;
1514     height = h;
1515   }
1516
1517   public int getIconWidth()
1518   {
1519     return width;
1520   }
1521
1522   public int getIconHeight()
1523   {
1524     return height;
1525   }
1526
1527   public void paintIcon(Component c, Graphics g, int x, int y)
1528   {
1529
1530     if (gcol.isColourByLabel())
1531     {
1532       g.setColor(backg);
1533       g.fillRect(0, 0, width, height);
1534       // need an icon here.
1535       g.setColor(gcol.getMaxColor());
1536
1537       g.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 9));
1538
1539       // g.setFont(g.getFont().deriveFont(
1540       // AffineTransform.getScaleInstance(
1541       // width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"),
1542       // height/g.getFontMetrics().getHeight())));
1543
1544       g.drawString("Label", 0, 0);
1545
1546     }
1547     else
1548     {
1549       Color minCol = gcol.getMinColor();
1550       g.setColor(minCol);
1551       g.fillRect(0, 0, width, height);
1552     }
1553   }
1554 }
1555
1556 class ColorEditor extends AbstractCellEditor implements TableCellEditor,
1557         ActionListener
1558 {
1559   FeatureSettings me;
1560
1561   GraduatedColor currentGColor;
1562
1563   FeatureColourChooser chooser;
1564
1565   String type;
1566
1567   Color currentColor;
1568
1569   JButton button;
1570
1571   JColorChooser colorChooser;
1572
1573   JDialog dialog;
1574
1575   protected static final String EDIT = "edit";
1576
1577   int selectedRow = 0;
1578
1579   public ColorEditor(FeatureSettings me)
1580   {
1581     this.me = me;
1582     // Set up the editor (from the table's point of view),
1583     // which is a button.
1584     // This button brings up the color chooser dialog,
1585     // which is the editor from the user's point of view.
1586     button = new JButton();
1587     button.setActionCommand(EDIT);
1588     button.addActionListener(this);
1589     button.setBorderPainted(false);
1590     // Set up the dialog that the button brings up.
1591     colorChooser = new JColorChooser();
1592     dialog = JColorChooser.createDialog(button, "Select new Colour", true, // modal
1593             colorChooser, this, // OK button handler
1594             null); // no CANCEL button handler
1595   }
1596
1597   /**
1598    * Handles events from the editor button and from the dialog's OK button.
1599    */
1600   public void actionPerformed(ActionEvent e)
1601   {
1602
1603     if (EDIT.equals(e.getActionCommand()))
1604     {
1605       // The user has clicked the cell, so
1606       // bring up the dialog.
1607       if (currentColor != null)
1608       {
1609         // bring up simple color chooser
1610         button.setBackground(currentColor);
1611         colorChooser.setColor(currentColor);
1612         dialog.setVisible(true);
1613       }
1614       else
1615       {
1616         // bring up graduated chooser.
1617         chooser = new FeatureColourChooser(me.fr, type);
1618         chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1619         chooser.requestFocus();
1620         chooser.addActionListener(this);
1621       }
1622       // Make the renderer reappear.
1623       fireEditingStopped();
1624
1625     }
1626     else
1627     { // User pressed dialog's "OK" button.
1628       if (currentColor != null)
1629       {
1630         currentColor = colorChooser.getColor();
1631       }
1632       else
1633       {
1634         // class cast exceptions may be raised if the chooser created on a
1635         // non-graduated color
1636         currentGColor = (GraduatedColor) chooser.getLastColour();
1637       }
1638       me.table.setValueAt(getCellEditorValue(), selectedRow, 1);
1639       fireEditingStopped();
1640       me.table.validate();
1641     }
1642   }
1643
1644   // Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.
1645   public Object getCellEditorValue()
1646   {
1647     if (currentColor == null)
1648     {
1649       return currentGColor;
1650     }
1651     return currentColor;
1652   }
1653
1654   // Implement the one method defined by TableCellEditor.
1655   public Component getTableCellEditorComponent(JTable table, Object value,
1656           boolean isSelected, int row, int column)
1657   {
1658     currentGColor = null;
1659     currentColor = null;
1660     this.selectedRow = row;
1661     type = me.table.getValueAt(row, 0).toString();
1662     button.setOpaque(true);
1663     button.setBackground(me.getBackground());
1664     if (value instanceof GraduatedColor)
1665     {
1666       currentGColor = (GraduatedColor) value;
1667       JLabel btn = new JLabel();
1668       btn.setSize(button.getSize());
1669       FeatureSettings.renderGraduatedColor(btn, currentGColor);
1670       button.setBackground(btn.getBackground());
1671       button.setIcon(btn.getIcon());
1672       button.setText(btn.getText());
1673     }
1674     else
1675     {
1676       button.setText("");
1677       button.setIcon(null);
1678       currentColor = (Color) value;
1679       button.setBackground(currentColor);
1680     }
1681     return button;
1682   }
1683 }