src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureColourI;
  24 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;
  25 import jalview.bin.Jalview;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
  29 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherI;
  30 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  31 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  32 import jalview.gui.Help.HelpId;
  33 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  34 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  35 import jalview.io.JalviewFileView;
  36 import jalview.schemes.FeatureColour;
  37 import jalview.util.MessageManager;
  38 import jalview.util.Platform;
  39 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel.FeatureSettingsBean;
  40 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours;
  41 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Colour;
  42 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Filter;
  43 import jalview.xml.binding.jalview.ObjectFactory;
  44
  45 import java.awt.BorderLayout;
  46 import java.awt.Color;
  47 import java.awt.Component;
  48 import java.awt.Dimension;
  49 import java.awt.Font;
  50 import java.awt.Graphics;
  51 import java.awt.GridLayout;
  52 import java.awt.Point;
  53 import java.awt.Rectangle;
  54 import java.awt.event.ActionEvent;
  55 import java.awt.event.ActionListener;
  56 import java.awt.event.ItemEvent;
  57 import java.awt.event.ItemListener;
  58 import java.awt.event.MouseAdapter;
  59 import java.awt.event.MouseEvent;
  60 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  61 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  62 import java.beans.PropertyChangeListener;
  63 import java.io.File;
  64 import java.io.FileInputStream;
  65 import java.io.FileOutputStream;
  66 import java.io.InputStreamReader;
  67 import java.io.OutputStreamWriter;
  68 import java.io.PrintWriter;
  69 import java.util.Arrays;
  70 import java.util.Comparator;
  71 import java.util.HashMap;
  72 import java.util.HashSet;
  73 import java.util.Hashtable;
  74 import java.util.Iterator;
  75 import java.util.List;
  76 import java.util.Map;
  77 import java.util.Set;
  78
  79 import javax.help.HelpSetException;
  80 import javax.swing.AbstractCellEditor;
  81 import javax.swing.BorderFactory;
  82 import javax.swing.Icon;
  83 import javax.swing.JButton;
  84 import javax.swing.JCheckBox;
  85 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  86 import javax.swing.JInternalFrame;
  87 import javax.swing.JLabel;
  88 import javax.swing.JLayeredPane;
  89 import javax.swing.JMenuItem;
  90 import javax.swing.JPanel;
  91 import javax.swing.JPopupMenu;
  92 import javax.swing.JScrollPane;
  93 import javax.swing.JSlider;
  94 import javax.swing.JTable;
  95 import javax.swing.ListSelectionModel;
  96 import javax.swing.SwingConstants;
  97 import javax.swing.ToolTipManager;
  98 import javax.swing.border.Border;
  99 import javax.swing.event.ChangeEvent;
 100 import javax.swing.event.ChangeListener;
 101 import javax.swing.plaf.TableUI;
 102 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
 103 import javax.swing.table.TableCellEditor;
 104 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
 105 import javax.swing.table.TableColumn;
 106 import javax.xml.bind.JAXBContext;
 107 import javax.xml.bind.JAXBElement;
 108 import javax.xml.bind.Marshaller;
 109 import javax.xml.stream.XMLInputFactory;
 110 import javax.xml.stream.XMLStreamReader;
 111
 112 public class FeatureSettings extends JPanel
 113         implements FeatureSettingsControllerI
 114 {
 115   private static final String SEQUENCE_FEATURE_COLOURS = MessageManager
 116           .getString("label.sequence_feature_colours");
 117
 118   /*
 119    * column indices of fields in Feature Settings table
 120    */
 121   static final int TYPE_COLUMN = 0;
 122
 123   static final int COLOUR_COLUMN = 1;
 124
 125   static final int FILTER_COLUMN = 2;
 126
 127   static final int SHOW_COLUMN = 3;
 128
 129   private static final int COLUMN_COUNT = 4;
 130
 131   private static final int MIN_WIDTH = 400;
 132
 133   private static final int MIN_HEIGHT = 400;
 134
 135   private final static String BASE_TOOLTIP = MessageManager.getString("label.click_to_edit");
 136
 137   final FeatureRenderer fr;
 138
 139   public final AlignFrame af;
 140
 141   /*
 142    * 'original' fields hold settings to restore on Cancel
 143    */
 144   Object[][] originalData;
 145
 146   float originalTransparency;
 147
 148   Map<String, FeatureMatcherSetI> originalFilters;
 149
 150   final JInternalFrame frame;
 151
 152   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
 153
 154   JTable table;
 155
 156   JPanel groupPanel;
 157
 158   JSlider transparency = new JSlider();
 159
 160   /*
 161    * when true, constructor is still executing - so ignore UI events
 162    */
 163   protected volatile boolean inConstruction = true;
 164
 165   int selectedRow = -1;
 166
 167   JButton fetchDAS = new JButton();
 168
 169   JButton saveDAS = new JButton();
 170
 171   JButton cancelDAS = new JButton();
 172
 173   boolean resettingTable = false;
 174
 175   /*
 176    * true when Feature Settings are updating from feature renderer
 177    */
 178   boolean handlingUpdate = false;
 179
 180   /*
 181    * holds {featureCount, totalExtent} for each feature type
 182    */
 183   Map<String, float[]> typeWidth = null;
 184
 185   /**
 186    * Constructor
 187    *
 188    * @param af
 189    */
 190   public FeatureSettings(AlignFrame alignFrame)
 191   {
 192     this.af = alignFrame;
 193     fr = af.getFeatureRenderer();
 194
 195     // save transparency for restore on Cancel
 196     originalTransparency = fr.getTransparency();
 197     int originalTransparencyAsPercent = (int) (originalTransparency * 100);
 198     transparency.setMaximum(100 - originalTransparencyAsPercent);
 199
 200     originalFilters = new HashMap<>(fr.getFeatureFilters()); // shallow copy
 201
 202     try
 203     {
 204       jbInit();
 205     } catch (Exception ex)
 206     {
 207       ex.printStackTrace();
 208     }
 209
 210     table = new JTable()
 211     {
 212       @Override
 213       public String getToolTipText(MouseEvent e)
 214       {
 215         String tip = null;
 216         int column = table.columnAtPoint(e.getPoint());
 217         int row = table.rowAtPoint(e.getPoint());
 218
 219         switch (column)
 220         {
 221         case TYPE_COLUMN:
 222           tip = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, MessageManager
 223                   .getString("label.feature_settings_click_drag"));
 224           break;
 225         case COLOUR_COLUMN:
 226           FeatureColourI colour = (FeatureColourI) table.getValueAt(row,
 227                   column);
 228           tip = getColorTooltip(colour, true);
 229           break;
 230         case FILTER_COLUMN:
 231           FeatureMatcherSet o = (FeatureMatcherSet) table.getValueAt(row,
 232                   column);
 233           tip = o.isEmpty()
 234                   ? MessageManager.getString("label.filters_tooltip")
 235                   : o.toString();
 236           break;
 237         default:
 238           break;
 239         }
 240
 241         return tip;
 242       }
 243
 244
 245       /**
 246        * Position the tooltip near the bottom edge of, and half way across, the
 247        * current cell
 248        */
 249       @Override
 250       public Point getToolTipLocation(MouseEvent e)
 251       {
 252         Point point = e.getPoint();
 253         int column = table.columnAtPoint(point);
 254         int row = table.rowAtPoint(point);
 255         Rectangle r = getCellRect(row, column, false);
 256         Point loc = new Point(r.x + r.width / 2, r.y + r.height - 3);
 257         return loc;
 258       }
 259     };
 260
 261     // next line is needed to avoid (quiet) exceptions thrown
 262     // when column ordering changes so that the above constants
 263     // no longer apply.
 264     table.getTableHeader().setReorderingAllowed(false); // BH 2018
 265
 266     table.getTableHeader().setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 267     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(table);
 268
 269     table.setDefaultEditor(FeatureColour.class, new ColorEditor(this));
 270     table.setDefaultRenderer(FeatureColour.class, new ColorRenderer());
 271
 272     table.setDefaultEditor(FeatureMatcherSet.class, new FilterEditor(this));
 273     table.setDefaultRenderer(FeatureMatcherSet.class, new FilterRenderer());
 274
 275     TableColumn colourColumn = new TableColumn(COLOUR_COLUMN, 75,
 276             new ColorRenderer(), new ColorEditor(this));
 277     table.addColumn(colourColumn);
 278
 279     TableColumn filterColumn = new TableColumn(FILTER_COLUMN, 75,
 280             new FilterRenderer(), new FilterEditor(this));
 281     table.addColumn(filterColumn);
 282
 283     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 284
 285     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
 286     {
 287       @Override
 288       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 289       {
 290         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 291         String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 292         if (evt.isPopupTrigger())
 293         {
 294           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 295           showPopupMenu(selectedRow, type, colour, evt.getPoint());
 296         }
 297         else if (evt.getClickCount() == 2)
 298         {
 299           boolean invertSelection = evt.isAltDown();
 300           boolean toggleSelection = Platform.isControlDown(evt);
 301           boolean extendSelection = evt.isShiftDown();
 302           fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
 303                   invertSelection, extendSelection, toggleSelection, type);
 304         }
 305       }
 306
 307       // isPopupTrigger fires on mouseReleased on Windows
 308       @Override
 309       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 310       {
 311         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 312         if (evt.isPopupTrigger())
 313         {
 314           String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 315           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 316           showPopupMenu(selectedRow, type, colour, evt.getPoint());
 317         }
 318       }
 319     });
 320
 321     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 322     {
 323       @Override
 324       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 325       {
 326         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 327         if (newRow != selectedRow && selectedRow != -1 && newRow != -1)
 328         {
 329           /*
 330            * reposition 'selectedRow' to 'newRow' (the dragged to location)
 331            * this could be more than one row away for a very fast drag action
 332            * so just swap it with adjacent rows until we get it there
 333            */
 334           Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 335                   .getData();
 336           int direction = newRow < selectedRow ? -1 : 1;
 337           for (int i = selectedRow; i != newRow; i += direction)
 338           {
 339             Object[] temp = data[i];
 340             data[i] = data[i + direction];
 341             data[i + direction] = temp;
 342           }
 343           updateFeatureRenderer(data);
 344           repaintTable();
 345           selectedRow = newRow;
 346         }
 347       }
 348     });
 349     // table.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 350     // MessageManager.getString("label.feature_settings_click_drag")));
 351     scrollPane.setViewportView(table);
 352
 353     if (af.getViewport().isShowSequenceFeatures() || !fr.hasRenderOrder())
 354     {
 355       fr.findAllFeatures(true); // display everything!
 356     }
 357
 358     discoverAllFeatureData();
 359     final PropertyChangeListener change;
 360     final FeatureSettings fs = this;
 361     fr.addPropertyChangeListener(change = new PropertyChangeListener()
 362     {
 363       @Override
 364       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 365       {
 366         if (!fs.resettingTable && !fs.handlingUpdate)
 367         {
 368           fs.handlingUpdate = true;
 369           fs.resetTable(null);
 370           // new groups may be added with new sequence feature types only
 371           fs.handlingUpdate = false;
 372         }
 373       }
 374
 375     });
 376
 377     frame = new JInternalFrame();
 378     frame.setContentPane(this);
 379     if (Platform.isAMac())
 380     {
 381       Desktop.addInternalFrame(frame,
 382               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 383               600, 480);
 384     }
 385     else
 386     {
 387       Desktop.addInternalFrame(frame,
 388               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 389               600, 450);
 390     }
 391     frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 392
 393     frame.addInternalFrameListener(
 394             new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 395             {
 396               @Override
 397               public void internalFrameClosed(
 398                       javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 399               {
 400                 fr.removePropertyChangeListener(change);
 401               };
 402             });
 403     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 404     inConstruction = false;
 405   }
 406
 407         /**
 408          * Constructs and shows a popup menu of possible actions on the selected row and
 409          * feature type
 410          *
 411          * @param rowSelected
 412          * @param type
 413          * @param typeCol
 414          * @param pt
 415          */
 416   protected void showPopupMenu(final int rowSelected, final String type,
 417           final Object typeCol, final Point pt)
 418   {
 419     final FeatureColourI featureColour = (FeatureColourI) typeCol;
 420
 421     JPopupMenu men = new JPopupMenu(MessageManager
 422             .formatMessage("label.settings_for_param", new String[]
 423             { type }));
 424     JMenuItem scr = new JMenuItem(
 425             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
 426     men.add(scr);
 427     final FeatureSettings me = this;
 428     scr.addActionListener(new ActionListener()
 429     {
 430
 431       @Override
 432       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 433       {
 434         me.af.avc
 435                 .sortAlignmentByFeatureScore(Arrays.asList(new String[]
 436                 { type }));
 437       }
 438     });
 439     JMenuItem dens = new JMenuItem(
 440             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
 441     dens.addActionListener(new ActionListener()
 442     {
 443
 444       @Override
 445       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 446       {
 447         me.af.avc
 448                 .sortAlignmentByFeatureDensity(Arrays.asList(new String[]
 449                 { type }));
 450       }
 451     });
 452     men.add(dens);
 453
 454     /*
 455      * variable colour options include colour by label, by score,
 456      * by selected attribute text, or attribute value
 457      */
 458     final JCheckBoxMenuItem variableColourCB = new JCheckBoxMenuItem(
 459             MessageManager.getString("label.variable_colour"));
 460     variableColourCB.setSelected(!featureColour.isSimpleColour());
 461     men.add(variableColourCB);
 462
 463     /*
 464      * checkbox action listener doubles up as listener to OK
 465      * from the variable colour / filters dialog
 466      */
 467     variableColourCB.addActionListener(new ActionListener()
 468     {
 469       @Override
 470       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 471       {
 472         if (e.getSource() == variableColourCB)
 473         {
 474           men.setVisible(true); // BH 2018 for JavaScript because this is a checkbox
 475           men.setVisible(false); // BH 2018 for JavaScript because this is a checkbox
 476           if (featureColour.isSimpleColour())
 477           {
 478             /*
 479              * toggle simple colour to variable colour - show dialog
 480              */
 481             FeatureTypeSettings fc = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
 482             fc.addActionListener(this);
 483           }
 484           else
 485           {
 486             /*
 487              * toggle variable to simple colour - show colour chooser
 488              */
 489             String title = MessageManager.formatMessage("label.select_colour_for", type);
 490             ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
 491             {
 492               @Override
 493               public void colourSelected(Color c)
 494               {
 495                 table.setValueAt(new FeatureColour(c), rowSelected,
 496                         COLOUR_COLUMN);
 497                 table.validate();
 498                 me.updateFeatureRenderer(
 499                         ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData(),
 500                         false);
 501               }
 502             };
 503             JalviewColourChooser.showColourChooser(me, title, featureColour.getMaxColour(), listener);
 504           }
 505         }
 506         else
 507         {
 508           if (e.getSource() instanceof FeatureTypeSettings)
 509           {
 510             /*
 511              * update after OK in feature colour dialog; the updated
 512              * colour will have already been set in the FeatureRenderer
 513              */
 514             FeatureColourI fci = fr.getFeatureColours().get(type);
 515             table.setValueAt(fci, rowSelected, COLOUR_COLUMN);
 516             // BH 2018 setting a table value does not invalidate it.
 517             System.out.println("FeatureSettings is valied" + table.isValid());
 518 //            table.validate();
 519           }
 520         }
 521       }
 522     });
 523
 524     JMenuItem selCols = new JMenuItem(
 525             MessageManager.getString("label.select_columns_containing"));
 526     selCols.addActionListener(new ActionListener()
 527     {
 528       @Override
 529       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 530       {
 531         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(false, false,
 532                 false, type);
 533       }
 534     });
 535     JMenuItem clearCols = new JMenuItem(MessageManager
 536             .getString("label.select_columns_not_containing"));
 537     clearCols.addActionListener(new ActionListener()
 538     {
 539       @Override
 540       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 541       {
 542         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(true, false,
 543                 false, type);
 544       }
 545     });
 546     JMenuItem hideCols = new JMenuItem(
 547             MessageManager.getString("label.hide_columns_containing"));
 548     hideCols.addActionListener(new ActionListener()
 549     {
 550       @Override
 551       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 552       {
 553         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, true);
 554       }
 555     });
 556     JMenuItem hideOtherCols = new JMenuItem(
 557             MessageManager.getString("label.hide_columns_not_containing"));
 558     hideOtherCols.addActionListener(new ActionListener()
 559     {
 560       @Override
 561       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 562       {
 563         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, false);
 564       }
 565     });
 566     men.add(selCols);
 567     men.add(clearCols);
 568     men.add(hideCols);
 569     men.add(hideOtherCols);
 570     men.show(table, pt.x, pt.y);
 571   }
 572
 573   @Override
 574   synchronized public void discoverAllFeatureData()
 575   {
 576     Set<String> allGroups = new HashSet<>();
 577     AlignmentI alignment = af.getViewport().getAlignment();
 578
 579     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 580     {
 581       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(i);
 582       for (String group : seq.getFeatures().getFeatureGroups(true))
 583       {
 584         if (group != null && !allGroups.contains(group))
 585         {
 586           allGroups.add(group);
 587           checkGroupState(group);
 588         }
 589       }
 590     }
 591
 592     resetTable(null);
 593
 594     validate();
 595   }
 596
 597   /**
 598    * Synchronise gui group list and check visibility of group
 599    *
 600    * @param group
 601    * @return true if group is visible
 602    */
 603   private boolean checkGroupState(String group)
 604   {
 605     boolean visible = fr.checkGroupVisibility(group, true);
 606
 607     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 608     {
 609       if (((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).getText().equals(group))
 610       {
 611         ((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).setSelected(visible);
 612         return visible;
 613       }
 614     }
 615
 616     final String grp = group;
 617     final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);
 618     check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 619     check.setToolTipText(group);
 620     check.addItemListener(new ItemListener()
 621     {
 622       @Override
 623       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 624       {
 625         fr.setGroupVisibility(check.getText(), check.isSelected());
 626         resetTable(new String[] { grp });
 627         af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
 628       }
 629     });
 630     groupPanel.add(check);
 631     return visible;
 632   }
 633
 634   synchronized void resetTable(String[] groupChanged)
 635   {
 636     if (resettingTable)
 637     {
 638       return;
 639     }
 640     resettingTable = true;
 641     typeWidth = new Hashtable<>();
 642     // TODO: change avWidth calculation to 'per-sequence' average and use long
 643     // rather than float
 644
 645     Set<String> displayableTypes = new HashSet<>();
 646     Set<String> foundGroups = new HashSet<>();
 647
 648     /*
 649      * determine which feature types may be visible depending on
 650      * which groups are selected, and recompute average width data
 651      */
 652     for (int i = 0; i < af.getViewport().getAlignment().getHeight(); i++)
 653     {
 654
 655       SequenceI seq = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(i);
 656
 657       /*
 658        * get the sequence's groups for positional features
 659        * and keep track of which groups are visible
 660        */
 661       Set<String> groups = seq.getFeatures().getFeatureGroups(true);
 662       Set<String> visibleGroups = new HashSet<>();
 663       for (String group : groups)
 664       {
 665         if (group == null || checkGroupState(group))
 666         {
 667           visibleGroups.add(group);
 668         }
 669       }
 670       foundGroups.addAll(groups);
 671
 672       /*
 673        * get distinct feature types for visible groups
 674        * record distinct visible types, and their count and total length
 675        */
 676       Set<String> types = seq.getFeatures().getFeatureTypesForGroups(true,
 677               visibleGroups.toArray(new String[visibleGroups.size()]));
 678       for (String type : types)
 679       {
 680         displayableTypes.add(type);
 681         float[] avWidth = typeWidth.get(type);
 682         if (avWidth == null)
 683         {
 684           avWidth = new float[2];
 685           typeWidth.put(type, avWidth);
 686         }
 687         // todo this could include features with a non-visible group
 688         // - do we greatly care?
 689         // todo should we include non-displayable features here, and only
 690         // update when features are added?
 691         avWidth[0] += seq.getFeatures().getFeatureCount(true, type);
 692         avWidth[1] += seq.getFeatures().getTotalFeatureLength(type);
 693       }
 694     }
 695
 696     Object[][] data = new Object[displayableTypes.size()][COLUMN_COUNT];
 697     int dataIndex = 0;
 698
 699     if (fr.hasRenderOrder())
 700     {
 701       if (!handlingUpdate)
 702       {
 703         fr.findAllFeatures(groupChanged != null); // prod to update
 704         // colourschemes. but don't
 705         // affect display
 706         // First add the checks in the previous render order,
 707         // in case the window has been closed and reopened
 708       }
 709       List<String> frl = fr.getRenderOrder();
 710       for (int ro = frl.size() - 1; ro > -1; ro--)
 711       {
 712         String type = frl.get(ro);
 713
 714         if (!displayableTypes.contains(type))
 715         {
 716           continue;
 717         }
 718
 719         data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 720         data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 721         FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 722         data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 723                 ? new FeatureMatcherSet()
 724                 : featureFilter;
 725         data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = new Boolean(
 726                 af.getViewport().getFeaturesDisplayed().isVisible(type));
 727         dataIndex++;
 728         displayableTypes.remove(type);
 729       }
 730     }
 731
 732     /*
 733      * process any extra features belonging only to
 734      * a group which was just selected
 735      */
 736     while (!displayableTypes.isEmpty())
 737     {
 738       String type = displayableTypes.iterator().next();
 739       data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 740
 741       data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 742       if (data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] == null)
 743       {
 744         // "Colour has been updated in another view!!"
 745         fr.clearRenderOrder();
 746         return;
 747       }
 748       FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 749       data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 750               ? new FeatureMatcherSet()
 751               : featureFilter;
 752       data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = new Boolean(true);
 753       dataIndex++;
 754       displayableTypes.remove(type);
 755     }
 756
 757     if (originalData == null)
 758     {
 759       originalData = new Object[data.length][COLUMN_COUNT];
 760       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 761       {
 762         System.arraycopy(data[i], 0, originalData[i], 0, COLUMN_COUNT);
 763       }
 764     }
 765     else
 766     {
 767       updateOriginalData(data);
 768     }
 769
 770     table.setModel(new FeatureTableModel(data));
 771     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);
 772
 773     groupPanel.setLayout(
 774             new GridLayout(fr.getFeatureGroupsSize() / 4 + 1, 4));
 775     pruneGroups(foundGroups);
 776     groupPanel.validate();
 777
 778     updateFeatureRenderer(data, groupChanged != null);
 779     resettingTable = false;
 780   }
 781
 782   /**
 783    * Updates 'originalData' (used for restore on Cancel) if we detect that changes
 784    * have been made outwith this dialog
 785    * <ul>
 786    * <li>a new feature type added (and made visible)</li>
 787    * <li>a feature colour changed (in the Amend Features dialog)</li>
 788    * </ul>
 789    *
 790    * @param foundData
 791    */
 792   protected void updateOriginalData(Object[][] foundData)
 793   {
 794     // todo LinkedHashMap instead of Object[][] would be nice
 795
 796     Object[][] currentData = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 797             .getData();
 798     for (Object[] row : foundData)
 799     {
 800       String type = (String) row[TYPE_COLUMN];
 801       boolean found = false;
 802       for (Object[] current : currentData)
 803       {
 804         if (type.equals(current[TYPE_COLUMN]))
 805         {
 806           found = true;
 807           /*
 808            * currently dependent on object equality here;
 809            * really need an equals method on FeatureColour
 810            */
 811           if (!row[COLOUR_COLUMN].equals(current[COLOUR_COLUMN]))
 812           {
 813             /*
 814              * feature colour has changed externally - update originalData
 815              */
 816             for (Object[] original : originalData)
 817             {
 818               if (type.equals(original[TYPE_COLUMN]))
 819               {
 820                 original[COLOUR_COLUMN] = row[COLOUR_COLUMN];
 821                 break;
 822               }
 823             }
 824           }
 825           break;
 826         }
 827       }
 828       if (!found)
 829       {
 830         /*
 831          * new feature detected - add to original data (on top)
 832          */
 833         Object[][] newData = new Object[originalData.length
 834                 + 1][COLUMN_COUNT];
 835         for (int i = 0; i < originalData.length; i++)
 836         {
 837           System.arraycopy(originalData[i], 0, newData[i + 1], 0,
 838                   COLUMN_COUNT);
 839         }
 840         newData[0] = row;
 841         originalData = newData;
 842       }
 843     }
 844   }
 845
 846   /**
 847    * Remove from the groups panel any checkboxes for groups that are not in the
 848    * foundGroups set. This enables removing a group from the display when the last
 849    * feature in that group is deleted.
 850    *
 851    * @param foundGroups
 852    */
 853   protected void pruneGroups(Set<String> foundGroups)
 854   {
 855     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 856     {
 857       JCheckBox checkbox = (JCheckBox) groupPanel.getComponent(g);
 858       if (!foundGroups.contains(checkbox.getText()))
 859       {
 860         groupPanel.remove(checkbox);
 861       }
 862     }
 863   }
 864
 865   /**
 866    * reorder data based on the featureRenderers global priority list.
 867    *
 868    * @param data
 869    */
 870   private void ensureOrder(Object[][] data)
 871   {
 872     boolean sort = false;
 873     float[] order = new float[data.length];
 874     for (int i = 0; i < order.length; i++)
 875     {
 876       order[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 877       if (order[i] < 0)
 878       {
 879         order[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / order.length);
 880       }
 881       if (i > 1)
 882       {
 883         sort = sort || order[i - 1] > order[i];
 884       }
 885     }
 886     if (sort)
 887     {
 888       jalview.util.QuickSort.sort(order, data);
 889     }
 890   }
 891
 892   /**
 893    * Offers a file chooser dialog, and then loads the feature colours and
 894    * filters from file in XML format and unmarshals to Jalview feature settings
 895    */
 896   void load()
 897   {
 898     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 899             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
 900     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 901     chooser.setDialogTitle(
 902             MessageManager.getString("label.load_feature_colours"));
 903     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 904     chooser.setResponseHandler(0, new Runnable()
 905     {
 906           @Override
 907           public void run()
 908           {
 909             File file = chooser.getSelectedFile();
 910                 load(file);
 911           }
 912         });
 913     chooser.showOpenDialog(this);
 914   }
 915
 916   /**
 917    * Loads feature colours and filters from XML stored in the given file
 918    *
 919    * @param file
 920    */
 921   void load(File file)
 922   {
 923     try
 924     {
 925       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 926               new FileInputStream(file), "UTF-8");
 927
 928       JAXBContext jc = JAXBContext
 929               .newInstance("jalview.xml.binding.jalview");
 930       javax.xml.bind.Unmarshaller um = jc.createUnmarshaller();
 931       XMLStreamReader streamReader = XMLInputFactory.newInstance()
 932               .createXMLStreamReader(in);
 933       JAXBElement<JalviewUserColours> jbe = um.unmarshal(streamReader,
 934               JalviewUserColours.class);
 935       JalviewUserColours jucs = jbe.getValue();
 936
 937       // JalviewUserColours jucs = JalviewUserColours.unmarshal(in);
 938
 939       /*
 940        * load feature colours
 941        */
 942       for (int i = jucs.getColour().size() - 1; i >= 0; i--)
 943       {
 944         Colour newcol = jucs.getColour().get(i);
 945         FeatureColourI colour = jalview.project.Jalview2XML
 946                 .parseColour(newcol);
 947         fr.setColour(newcol.getName(), colour);
 948         fr.setOrder(newcol.getName(), i / (float) jucs.getColour().size());
 949       }
 950
 951       /*
 952        * load feature filters; loaded filters will replace any that are
 953        * currently defined, other defined filters are left unchanged
 954        */
 955       for (int i = 0; i < jucs.getFilter().size(); i++)
 956       {
 957         Filter filterModel = jucs.getFilter().get(i);
 958         String featureType = filterModel.getFeatureType();
 959         FeatureMatcherSetI filter = jalview.project.Jalview2XML
 960                 .parseFilter(featureType, filterModel.getMatcherSet());
 961         if (!filter.isEmpty())
 962         {
 963           fr.setFeatureFilter(featureType, filter);
 964         }
 965       }
 966
 967       /*
 968        * update feature settings table
 969        */
 970       if (table != null)
 971       {
 972         resetTable(null);
 973         Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 974                 .getData();
 975         ensureOrder(data);
 976         updateFeatureRenderer(data, false);
 977         repaintTable();
 978       }
 979     } catch (Exception ex)
 980     {
 981       System.out.println("Error loading User Colour File\n" + ex);
 982     }
 983   }
 984
 985   /**
 986    * Offers a file chooser dialog, and then saves the current feature colours
 987    * and any filters to the selected file in XML format
 988    */
 989   void save()
 990   {
 991     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 992             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
 993     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 994     chooser.setDialogTitle(
 995             MessageManager.getString("label.save_feature_colours"));
 996     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 997     int option = chooser.showSaveDialog(this);
 998         if (option == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 999         {
1000           File file = chooser.getSelectedFile();
1001           save(file);
1002         }
1003   }
1004
1005   /**
1006    * Saves feature colours and filters to the given file
1007    *
1008    * @param file
1009    */
1010   void save(File file)
1011   {
1012     JalviewUserColours ucs = new JalviewUserColours();
1013     ucs.setSchemeName("Sequence Features");
1014     try
1015     {
1016       PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
1017               new FileOutputStream(file), "UTF-8"));
1018
1019       /*
1020        * sort feature types by colour order, from 0 (highest)
1021        * to 1 (lowest)
1022        */
1023       Set<String> fr_colours = fr.getAllFeatureColours();
1024       String[] sortedTypes = fr_colours
1025               .toArray(new String[fr_colours.size()]);
1026       Arrays.sort(sortedTypes, new Comparator<String>()
1027       {
1028         @Override
1029         public int compare(String type1, String type2)
1030         {
1031           return Float.compare(fr.getOrder(type1), fr.getOrder(type2));
1032         }
1033       });
1034
1035       /*
1036        * save feature colours
1037        */
1038       for (String featureType : sortedTypes)
1039       {
1040         FeatureColourI fcol = fr.getFeatureStyle(featureType);
1041         Colour col = jalview.project.Jalview2XML.marshalColour(featureType,
1042                 fcol);
1043         ucs.getColour().add(col);
1044       }
1045
1046       /*
1047        * save any feature filters
1048        */
1049       for (String featureType : sortedTypes)
1050       {
1051         FeatureMatcherSetI filter = fr.getFeatureFilter(featureType);
1052         if (filter != null && !filter.isEmpty())
1053         {
1054           Iterator<FeatureMatcherI> iterator = filter.getMatchers().iterator();
1055           FeatureMatcherI firstMatcher = iterator.next();
1056           jalview.xml.binding.jalview.FeatureMatcherSet ms = jalview.project.Jalview2XML
1057                   .marshalFilter(firstMatcher, iterator,
1058                   filter.isAnded());
1059           Filter filterModel = new Filter();
1060           filterModel.setFeatureType(featureType);
1061           filterModel.setMatcherSet(ms);
1062           ucs.getFilter().add(filterModel);
1063         }
1064       }
1065       JAXBContext jaxbContext = JAXBContext
1066               .newInstance(JalviewUserColours.class);
1067       Marshaller jaxbMarshaller = jaxbContext.createMarshaller();
1068       jaxbMarshaller.marshal(
1069               new ObjectFactory().createJalviewUserColours(ucs), out);
1070
1071       // jaxbMarshaller.marshal(object, pout);
1072       // marshaller.marshal(object);
1073       out.flush();
1074
1075       // ucs.marshal(out);
1076       out.close();
1077     } catch (Exception ex)
1078     {
1079       ex.printStackTrace();
1080     }
1081   }
1082
1083   public void invertSelection()
1084   {
1085     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1086     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1087     {
1088       data[i][SHOW_COLUMN] = !(Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1089     }
1090     updateFeatureRenderer(data, true);
1091     repaintTable();
1092   }
1093
1094   public void orderByAvWidth()
1095   {
1096     if (table == null || table.getModel() == null)
1097     {
1098       return;
1099     }
1100     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1101     float[] width = new float[data.length];
1102     float[] awidth;
1103     float max = 0;
1104
1105     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1106     {
1107       awidth = typeWidth.get(data[i][TYPE_COLUMN]);
1108       if (awidth[0] > 0)
1109       {
1110         width[i] = awidth[1] / awidth[0];// *awidth[0]*awidth[2]; - better
1111         // weight - but have to make per
1112         // sequence, too (awidth[2])
1113         // if (width[i]==1) // hack to distinguish single width sequences.
1114       }
1115       else
1116       {
1117         width[i] = 0;
1118       }
1119       if (max < width[i])
1120       {
1121         max = width[i];
1122       }
1123     }
1124     boolean sort = false;
1125     for (int i = 0; i < width.length; i++)
1126     {
1127       // awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
1128       if (width[i] == 0)
1129       {
1130         width[i] = fr.getOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString());
1131         if (width[i] < 0)
1132         {
1133           width[i] = fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(),
1134                   i / data.length);
1135         }
1136       }
1137       else
1138       {
1139         width[i] /= max; // normalize
1140         fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(), width[i]); // store for later
1141       }
1142       if (i > 0)
1143       {
1144         sort = sort || width[i - 1] > width[i];
1145       }
1146     }
1147     if (sort)
1148     {
1149       jalview.util.QuickSort.sort(width, data);
1150       // update global priority order
1151     }
1152
1153     updateFeatureRenderer(data, false);
1154     table.repaint();
1155   }
1156
1157   /**
1158    * Repaints the table using alternative code for Java and J2S
1159    */
1160   private void repaintTable()
1161   {
1162           if (true)
1163                   return;
1164         // BH 2018
1165         // Here is a needed intervention
1166         // because generally we don't "repaint"
1167         // the table. We re-create the HTML divs
1168         // that is associated with it. A better
1169         // way to do this would be to fire a property change.
1170         @SuppressWarnings("unused")
1171         TableUI ui = table.getUI();
1172         /**
1173          * @j2sNative ui.repaintTable$();
1174          */
1175         {
1176           table.repaint();
1177         }
1178   }
1179
1180   public void close()
1181   {
1182     try
1183     {
1184       frame.setClosed(true);
1185     } catch (Exception exe)
1186     {
1187     }
1188
1189   }
1190
1191   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)
1192   {
1193     updateFeatureRenderer(data, true);
1194   }
1195
1196   /**
1197    * Update the priority order of features; only repaint if this changed the order
1198    * of visible features
1199    *
1200    * @param data
1201    * @param visibleNew
1202    */
1203   void updateFeatureRenderer(Object[][] data, boolean visibleNew)
1204   {
1205     FeatureSettingsBean[] rowData = getTableAsBeans(data);
1206
1207     if (fr.setFeaturePriority(rowData, visibleNew))
1208     {
1209       af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1210     }
1211   }
1212
1213   /**
1214    * Converts table data into an array of data beans
1215    */
1216   private FeatureSettingsBean[] getTableAsBeans(Object[][] data)
1217   {
1218     FeatureSettingsBean[] rowData = new FeatureSettingsBean[data.length];
1219     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1220     {
1221       String type = (String) data[i][TYPE_COLUMN];
1222       FeatureColourI colour = (FeatureColourI) data[i][COLOUR_COLUMN];
1223       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) data[i][FILTER_COLUMN];
1224       Boolean isShown = (Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1225       rowData[i] = new FeatureSettingsBean(type, colour, theFilter,
1226               isShown);
1227     }
1228     return rowData;
1229   }
1230
1231   private void jbInit() throws Exception
1232   {
1233     this.setLayout(new BorderLayout());
1234
1235     JPanel settingsPane = new JPanel();
1236     settingsPane.setLayout(new BorderLayout());
1237
1238     JPanel bigPanel = new JPanel();
1239     bigPanel.setLayout(new BorderLayout());
1240
1241     groupPanel = new JPanel();
1242     bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
1243
1244     JButton invert = new JButton(
1245             MessageManager.getString("label.invert_selection"));
1246     invert.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1247     invert.addActionListener(new ActionListener()
1248     {
1249       @Override
1250       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1251       {
1252         invertSelection();
1253       }
1254     });
1255
1256     JButton optimizeOrder = new JButton(
1257             MessageManager.getString("label.optimise_order"));
1258     optimizeOrder.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1259     optimizeOrder.addActionListener(new ActionListener()
1260     {
1261       @Override
1262       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1263       {
1264         orderByAvWidth();
1265       }
1266     });
1267
1268     JButton sortByScore = new JButton(
1269             MessageManager.getString("label.seq_sort_by_score"));
1270     sortByScore.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1271     sortByScore.addActionListener(new ActionListener()
1272     {
1273       @Override
1274       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1275       {
1276         af.avc.sortAlignmentByFeatureScore(null);
1277       }
1278     });
1279     JButton sortByDens = new JButton(
1280             MessageManager.getString("label.sequence_sort_by_density"));
1281     sortByDens.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1282     sortByDens.addActionListener(new ActionListener()
1283     {
1284       @Override
1285       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1286       {
1287         af.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(null);
1288       }
1289     });
1290
1291     JButton help = new JButton(MessageManager.getString("action.help"));
1292     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1293     help.addActionListener(new ActionListener()
1294     {
1295       @Override
1296       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1297       {
1298         try
1299         {
1300           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1301         } catch (HelpSetException e1)
1302         {
1303           e1.printStackTrace();
1304         }
1305       }
1306     });
1307     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1308     help.setText(MessageManager.getString("action.help"));
1309     help.addActionListener(new ActionListener()
1310     {
1311       @Override
1312       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1313       {
1314         try
1315         {
1316           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1317         } catch (HelpSetException e1)
1318         {
1319           e1.printStackTrace();
1320         }
1321       }
1322     });
1323
1324     JButton cancel = new JButton(MessageManager.getString("action.cancel"));
1325     cancel.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1326     cancel.addActionListener(new ActionListener()
1327     {
1328       @Override
1329       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1330       {
1331         fr.setTransparency(originalTransparency);
1332         fr.setFeatureFilters(originalFilters);
1333         updateFeatureRenderer(originalData);
1334         close();
1335       }
1336     });
1337
1338     JButton ok = new JButton(MessageManager.getString("action.ok"));
1339     ok.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1340     ok.addActionListener(new ActionListener()
1341     {
1342       @Override
1343       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1344       {
1345         close();
1346       }
1347     });
1348
1349     JButton loadColours = new JButton(
1350             MessageManager.getString("label.load_colours"));
1351     loadColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1352     loadColours.setToolTipText(
1353             MessageManager.getString("label.load_colours_tooltip"));
1354     loadColours.addActionListener(new ActionListener()
1355     {
1356       @Override
1357       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1358       {
1359         load();
1360       }
1361     });
1362
1363     JButton saveColours = new JButton(
1364             MessageManager.getString("label.save_colours"));
1365     saveColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1366     saveColours.setToolTipText(
1367             MessageManager.getString("label.save_colours_tooltip"));
1368     saveColours.addActionListener(new ActionListener()
1369     {
1370       @Override
1371       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1372       {
1373         save();
1374       }
1375     });
1376     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()
1377     {
1378       @Override
1379       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
1380       {
1381         if (!inConstruction)
1382         {
1383           fr.setTransparency((100 - transparency.getValue()) / 100f);
1384           af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1385         }
1386       }
1387     });
1388
1389     transparency.setMaximum(70);
1390     transparency.setToolTipText(
1391             MessageManager.getString("label.transparency_tip"));
1392
1393     JPanel transPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 2));
1394     bigPanel.add(transPanel, BorderLayout.SOUTH);
1395
1396     JPanel transbuttons = new JPanel(new GridLayout(5, 1));
1397     transbuttons.add(optimizeOrder);
1398     transbuttons.add(invert);
1399     transbuttons.add(sortByScore);
1400     transbuttons.add(sortByDens);
1401     transbuttons.add(help);
1402     transPanel.add(transparency);
1403     transPanel.add(transbuttons);
1404
1405     JPanel buttonPanel = new JPanel();
1406     buttonPanel.add(ok);
1407     buttonPanel.add(cancel);
1408     buttonPanel.add(loadColours);
1409     buttonPanel.add(saveColours);
1410     bigPanel.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
1411     settingsPane.add(bigPanel, BorderLayout.CENTER);
1412     settingsPane.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
1413     this.add(settingsPane);
1414   }
1415
1416   /**
1417    * Answers a suitable tooltip to show on the colour cell of the table
1418    *
1419    * @param fcol
1420    * @param withHint
1421    *          if true include 'click to edit' and similar text
1422    * @return
1423    */
1424   public static String getColorTooltip(FeatureColourI fcol,
1425           boolean withHint)
1426   {
1427     if (fcol == null)
1428     {
1429       return null;
1430     }
1431     if (fcol.isSimpleColour())
1432     {
1433       return withHint ? BASE_TOOLTIP : null;
1434     }
1435     String description = fcol.getDescription();
1436     description = description.replaceAll("<", "&lt;");
1437     description = description.replaceAll(">", "&gt;");
1438     StringBuilder tt = new StringBuilder(description);
1439     if (withHint)
1440     {
1441       tt.append("<br>").append(BASE_TOOLTIP).append("</br>");
1442     }
1443     return JvSwingUtils.wrapTooltip(true, tt.toString());
1444   }
1445
1446   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol,
1447           int w, int h)
1448   {
1449     boolean thr = false;
1450     StringBuilder tx = new StringBuilder();
1451
1452     if (gcol.isColourByAttribute())
1453     {
1454       tx.append(FeatureMatcher
1455               .toAttributeDisplayName(gcol.getAttributeName()));
1456     }
1457     else if (!gcol.isColourByLabel())
1458     {
1459       tx.append(MessageManager.getString("label.score"));
1460     }
1461     tx.append(" ");
1462     if (gcol.isAboveThreshold())
1463     {
1464       thr = true;
1465       tx.append(">");
1466     }
1467     if (gcol.isBelowThreshold())
1468     {
1469       thr = true;
1470       tx.append("<");
1471     }
1472     if (gcol.isColourByLabel())
1473     {
1474       if (thr)
1475       {
1476         tx.append(" ");
1477       }
1478       if (!gcol.isColourByAttribute())
1479       {
1480         tx.append("Label");
1481       }
1482       comp.setIcon(null);
1483     }
1484     else
1485     {
1486       Color newColor = gcol.getMaxColour();
1487       comp.setBackground(newColor);
1488       // System.err.println("Width is " + w / 2);
1489       Icon ficon = new FeatureIcon(gcol, comp.getBackground(), w, h, thr);
1490       comp.setIcon(ficon);
1491       // tt+="RGB value: Max (" + newColor.getRed() + ", "
1492       // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue()
1493       // + ")\nMin (" + minCol.getRed() + ", " + minCol.getGreen()
1494       // + ", " + minCol.getBlue() + ")");
1495     }
1496     comp.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
1497     comp.setText(tx.toString());
1498   }
1499
1500   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1501   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html
1502   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1503   class FeatureTableModel extends AbstractTableModel
1504   {
1505     private String[] columnNames = {
1506         MessageManager.getString("label.feature_type"),
1507         MessageManager.getString("action.colour"),
1508         MessageManager.getString("label.filter"),
1509         MessageManager.getString("label.show") };
1510
1511     private Object[][] data;
1512
1513     FeatureTableModel(Object[][] data)
1514     {
1515       this.data = data;
1516     }
1517
1518     public Object[][] getData()
1519     {
1520       return data;
1521     }
1522
1523     public void setData(Object[][] data)
1524     {
1525       this.data = data;
1526     }
1527
1528     @Override
1529     public int getColumnCount()
1530     {
1531       return columnNames.length;
1532     }
1533
1534     public Object[] getRow(int row)
1535     {
1536       return data[row];
1537     }
1538
1539     @Override
1540     public int getRowCount()
1541     {
1542       return data.length;
1543     }
1544
1545     @Override
1546     public String getColumnName(int col)
1547     {
1548       return columnNames[col];
1549     }
1550
1551     @Override
1552     public Object getValueAt(int row, int col)
1553     {
1554       return data[row][col];
1555     }
1556
1557     /**
1558      * Answers the class of the object in column c of the first row of the table
1559      */
1560     @Override
1561     public Class<?> getColumnClass(int c)
1562     {
1563       Object v = getValueAt(0, c);
1564       return v == null ? null : v.getClass();
1565     }
1566
1567     @Override
1568     public boolean isCellEditable(int row, int col)
1569     {
1570       return col == 0 ? false : true;
1571     }
1572
1573     @Override
1574     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
1575     {
1576       data[row][col] = value;
1577       fireTableCellUpdated(row, col);
1578       updateFeatureRenderer(data);
1579     }
1580
1581   }
1582
1583   class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1584   {
1585     Border unselectedBorder = null;
1586
1587     Border selectedBorder = null;
1588
1589     public ColorRenderer()
1590     {
1591       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1592       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1593       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1594     }
1595
1596     @Override
1597     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl, Object color,
1598             boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column)
1599     {
1600       FeatureColourI cellColour = (FeatureColourI) color;
1601       setOpaque(true);
1602       setBackground(tbl.getBackground());
1603       if (!cellColour.isSimpleColour())
1604       {
1605         Rectangle cr = tbl.getCellRect(row, column, false);
1606         FeatureSettings.renderGraduatedColor(this, cellColour,
1607                 (int) cr.getWidth(), (int) cr.getHeight());
1608       }
1609       else
1610       {
1611         this.setText("");
1612         this.setIcon(null);
1613         setBackground(cellColour.getColour());
1614       }
1615       if (isSelected)
1616       {
1617         if (selectedBorder == null)
1618         {
1619           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1620                   tbl.getSelectionBackground());
1621         }
1622         setBorder(selectedBorder);
1623       }
1624       else
1625       {
1626         if (unselectedBorder == null)
1627         {
1628           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1629                   tbl.getBackground());
1630         }
1631         setBorder(unselectedBorder);
1632       }
1633
1634       return this;
1635     }
1636   }
1637
1638   class FilterRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1639   {
1640     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1641
1642     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1643
1644     public FilterRenderer()
1645     {
1646       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1647       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1648       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1649     }
1650
1651     @Override
1652     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl,
1653             Object filter, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
1654             int column)
1655     {
1656       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) filter;
1657       setOpaque(true);
1658       String asText = theFilter.toString();
1659       setBackground(tbl.getBackground());
1660       this.setText(asText);
1661       this.setIcon(null);
1662
1663       if (isSelected)
1664       {
1665         if (selectedBorder == null)
1666         {
1667           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1668                   tbl.getSelectionBackground());
1669         }
1670         setBorder(selectedBorder);
1671       }
1672       else
1673       {
1674         if (unselectedBorder == null)
1675         {
1676           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1677                   tbl.getBackground());
1678         }
1679         setBorder(unselectedBorder);
1680       }
1681
1682       return this;
1683     }
1684   }
1685
1686   /**
1687    * update comp using rendering settings from gcol
1688    *
1689    * @param comp
1690    * @param gcol
1691    */
1692   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol)
1693   {
1694     int w = comp.getWidth(), h = comp.getHeight();
1695     if (w < 20)
1696     {
1697       w = (int) comp.getPreferredSize().getWidth();
1698       h = (int) comp.getPreferredSize().getHeight();
1699       if (w < 20)
1700       {
1701         w = 80;
1702         h = 12;
1703       }
1704     }
1705     renderGraduatedColor(comp, gcol, w, h);
1706   }
1707
1708   class ColorEditor extends AbstractCellEditor
1709           implements TableCellEditor, ActionListener
1710   {
1711     FeatureSettings me;
1712
1713     FeatureColourI currentColor;
1714
1715     FeatureTypeSettings chooser;
1716
1717     String type;
1718
1719     JButton button;
1720
1721     protected static final String EDIT = "edit";
1722
1723     int rowSelected = 0;
1724
1725     public ColorEditor(FeatureSettings fs)
1726     {
1727       this.me = fs;
1728       // Set up the editor (from the table's point of view),
1729       // which is a button.
1730       // This button brings up the color chooser dialog,
1731       // which is the editor from the user's point of view.
1732       button = new JButton();
1733       button.setActionCommand(EDIT);
1734       button.addActionListener(this);
1735       button.setBorderPainted(false);
1736     }
1737
1738     /**
1739      * Handles events from the editor button, and from the colour/filters
1740      * dialog's OK button
1741      */
1742     @Override
1743     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1744     {
1745       if (button == e.getSource())
1746       {
1747         if (currentColor.isSimpleColour())
1748         {
1749           /*
1750            * simple colour chooser
1751            */
1752           String ttl = MessageManager.formatMessage("label.select_colour_for", type);
1753           ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
1754           {
1755             @Override
1756             public void colourSelected(Color c)
1757             {
1758               currentColor = new FeatureColour(c);
1759               me.table.setValueAt(currentColor, rowSelected, COLOUR_COLUMN);
1760               fireEditingStopped();
1761             }
1762                         @Override
1763                         public void cancel()
1764                         {
1765                   fireEditingStopped();
1766                         }
1767           };
1768           JalviewColourChooser.showColourChooser(button,  ttl,  currentColor.getColour(), listener);
1769         }
1770         else
1771         {
1772           /*
1773            * variable colour and filters dialog
1774            */
1775           chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
1776           if (!Jalview.isJS())
1777           {
1778             chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1779             chooser.requestFocus();
1780           }
1781           chooser.addActionListener(this);
1782           fireEditingStopped();
1783         }
1784       }
1785       else
1786       {
1787         /*
1788          * after OK in variable colour dialog, any changes to colour
1789          * (or filters!) are already set in FeatureRenderer, so just
1790          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
1791          */
1792         currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
1793         FeatureMatcherSetI currentFilter = me.fr.getFeatureFilter(type);
1794         if (currentFilter == null)
1795         {
1796           currentFilter = new FeatureMatcherSet();
1797         }
1798         Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1799                 .getData()[rowSelected];
1800         data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
1801         data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
1802
1803         fireEditingStopped();
1804         me.table.validate();
1805       }
1806     }
1807
1808     // Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.
1809     @Override
1810     public Object getCellEditorValue()
1811     {
1812       return currentColor;
1813     }
1814
1815     // Implement the one method defined by TableCellEditor.
1816     @Override
1817     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
1818             boolean isSelected, int row, int column)
1819     {
1820       currentColor = (FeatureColourI) value;
1821       this.rowSelected = row;
1822       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
1823       button.setOpaque(true);
1824       button.setBackground(me.getBackground());
1825       if (!currentColor.isSimpleColour())
1826       {
1827         JLabel btn = new JLabel();
1828         btn.setSize(button.getSize());
1829         FeatureSettings.renderGraduatedColor(btn, currentColor);
1830         button.setBackground(btn.getBackground());
1831         button.setIcon(btn.getIcon());
1832         button.setText(btn.getText());
1833       }
1834       else
1835       {
1836         button.setText("");
1837         button.setIcon(null);
1838         button.setBackground(currentColor.getColour());
1839       }
1840       return button;
1841     }
1842   }
1843
1844   /**
1845    * The cell editor for the Filter column. It displays the text of any filters
1846    * for the feature type in that row (in full as a tooltip, possible abbreviated
1847    * as display text). On click in the cell, opens the Feature Display Settings
1848    * dialog at the Filters tab.
1849    */
1850   class FilterEditor extends AbstractCellEditor
1851           implements TableCellEditor, ActionListener
1852   {
1853     FeatureSettings me;
1854
1855     FeatureMatcherSetI currentFilter;
1856
1857     Point lastLocation;
1858
1859     String type;
1860
1861     JButton button;
1862
1863     protected static final String EDIT = "edit";
1864
1865     int rowSelected = 0;
1866
1867     public FilterEditor(FeatureSettings me)
1868     {
1869       this.me = me;
1870       button = new JButton();
1871       button.setActionCommand(EDIT);
1872       button.addActionListener(this);
1873       button.setBorderPainted(false);
1874     }
1875
1876     /**
1877      * Handles events from the editor button
1878      */
1879     @Override
1880     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1881     {
1882       if (button == e.getSource())
1883       {
1884         FeatureTypeSettings chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
1885         chooser.addActionListener(this);
1886         chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1887         chooser.requestFocus();
1888         if (lastLocation != null)
1889         {
1890           // todo open at its last position on screen
1891           chooser.setBounds(lastLocation.x, lastLocation.y,
1892                   chooser.getWidth(), chooser.getHeight());
1893           chooser.validate();
1894         }
1895         fireEditingStopped();
1896       }
1897       else if (e.getSource() instanceof Component)
1898       {
1899
1900         /*
1901          * after OK in variable colour dialog, any changes to filter
1902          * (or colours!) are already set in FeatureRenderer, so just
1903          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
1904          */
1905         FeatureColourI currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
1906         currentFilter = me.fr.getFeatureFilter(type);
1907         if (currentFilter == null)
1908         {
1909           currentFilter = new FeatureMatcherSet();
1910         }
1911         Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1912                 .getData()[rowSelected];
1913         data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
1914         data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
1915         fireEditingStopped();
1916         me.table.validate();
1917       }
1918     }
1919
1920     @Override
1921     public Object getCellEditorValue()
1922     {
1923       return currentFilter;
1924     }
1925
1926     @Override
1927     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
1928             boolean isSelected, int row, int column)
1929     {
1930       currentFilter = (FeatureMatcherSetI) value;
1931       this.rowSelected = row;
1932       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
1933       button.setOpaque(true);
1934       button.setBackground(me.getBackground());
1935       button.setText(currentFilter.toString());
1936       button.setIcon(null);
1937       return button;
1938     }
1939   }
1940 }
1941
1942 class FeatureIcon implements Icon
1943 {
1944   FeatureColourI gcol;
1945
1946   Color backg;
1947
1948   boolean midspace = false;
1949
1950   int width = 50, height = 20;
1951
1952   int s1, e1; // start and end of midpoint band for thresholded symbol
1953
1954   Color mpcolour = Color.white;
1955
1956   FeatureIcon(FeatureColourI gfc, Color bg, int w, int h, boolean mspace)
1957   {
1958     gcol = gfc;
1959     backg = bg;
1960     width = w;
1961     height = h;
1962     midspace = mspace;
1963     if (midspace)
1964     {
1965       s1 = width / 3;
1966       e1 = s1 * 2;
1967     }
1968     else
1969     {
1970       s1 = width / 2;
1971       e1 = s1;
1972     }
1973   }
1974
1975   @Override
1976   public int getIconWidth()
1977   {
1978     return width;
1979   }
1980
1981   @Override
1982   public int getIconHeight()
1983   {
1984     return height;
1985   }
1986
1987   @Override
1988   public void paintIcon(Component c, Graphics g, int x, int y)
1989   {
1990
1991     if (gcol.isColourByLabel())
1992     {
1993       g.setColor(backg);
1994       g.fillRect(0, 0, width, height);
1995       // need an icon here.
1996       g.setColor(gcol.getMaxColour());
1997
1998       g.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 9));
1999
2000       // g.setFont(g.getFont().deriveFont(
2001       // AffineTransform.getScaleInstance(
2002       // width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"),
2003       // height/g.getFontMetrics().getHeight())));
2004
2005       g.drawString(MessageManager.getString("label.label"), 0, 0);
2006
2007     }
2008     else
2009     {
2010       Color minCol = gcol.getMinColour();
2011       g.setColor(minCol);
2012       g.fillRect(0, 0, s1, height);
2013       if (midspace)
2014       {
2015         g.setColor(Color.white);
2016         g.fillRect(s1, 0, e1 - s1, height);
2017       }
2018       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2019 //      g.fillRect(0, e1, width - e1, height);  // BH 2018
2020       g.fillRect(e1, 0, width - e1, height);
2021     }
2022   }
2023 }