src/jalview/gui/Finder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.jbgui.GFinder;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  30
  31 import java.awt.event.ActionEvent;
  32 import java.awt.event.KeyEvent;
  33 import java.util.Vector;
  34 import java.util.regex.Pattern;
  35 import java.util.regex.PatternSyntaxException;
  36
  37 import javax.swing.AbstractAction;
  38 import javax.swing.JComponent;
  39 import javax.swing.JInternalFrame;
  40 import javax.swing.JLayeredPane;
  41 import javax.swing.KeyStroke;
  42
  43 /**
  44  * Performs the menu option for searching the alignment, for the next or all
  45  * matches. If matches are found, they are highlighted, and the user has the
  46  * option to create a new feature on the alignment for the matched positions.
  47  *
  48  * Searches can be for a simple base sequence, or may use a regular expression.
  49  * Any gaps are ignored.
  50  *
  51  * @author $author$
  52  * @version $Revision$
  53  */
  54 public class Finder extends GFinder
  55 {
  56   private static final int HEIGHT = 110;
  57
  58   private static final int WIDTH = 340;
  59
  60   AlignmentViewport av;
  61
  62   AlignmentPanel ap;
  63
  64   JInternalFrame frame;
  65
  66   int seqIndex = 0;
  67
  68   int resIndex = -1;
  69
  70   SearchResultsI searchResults;
  71
  72   /**
  73    * Creates a new Finder object with no associated viewport or panel.
  74    */
  75   public Finder()
  76   {
  77     this(null, null);
  78     focusfixed = false;
  79   }
  80
  81   /**
  82    * Constructor given an associated viewport and alignment panel. Constructs
  83    * and displays an internal frame where the user can enter a search string.
  84    *
  85    * @param viewport
  86    * @param alignPanel
  87    */
  88   public Finder(AlignmentViewport viewport, AlignmentPanel alignPanel)
  89   {
  90     av = viewport;
  91     ap = alignPanel;
  92     focusfixed = true;
  93     frame = new JInternalFrame();
  94     frame.setContentPane(this);
  95     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
  96     addEscapeHandler();
  97     Desktop.addInternalFrame(frame, MessageManager.getString("label.find"),
  98             WIDTH, HEIGHT);
  99
 100     searchBox.requestFocus();
 101   }
 102
 103   /**
 104    * Add a handler for the Escape key when the window has focus
 105    */
 106   private void addEscapeHandler()
 107   {
 108     getRootPane().getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW).put(
 109             KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_ESCAPE, 0), "Cancel");
 110     getRootPane().getActionMap().put("Cancel", new AbstractAction()
 111     {
 112       @Override
 113       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 114       {
 115         escapeActionPerformed();
 116       }
 117     });
 118   }
 119
 120   /**
 121    * Close the panel on Escape key press
 122    */
 123   protected void escapeActionPerformed()
 124   {
 125     setVisible(false);
 126     frame.dispose();
 127   }
 128
 129   /**
 130    * Performs the 'Find Next' action.
 131    *
 132    * @param e
 133    */
 134   @Override
 135   public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)
 136   {
 137     if (getFocusedViewport())
 138     {
 139       doSearch(false);
 140     }
 141   }
 142
 143   /**
 144    * Performs the 'Find All' action.
 145    *
 146    * @param e
 147    */
 148   @Override
 149   public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)
 150   {
 151     if (getFocusedViewport())
 152     {
 153       resIndex = -1;
 154       seqIndex = 0;
 155       doSearch(true);
 156     }
 157   }
 158
 159   /**
 160    * do we only search a given alignment view ?
 161    */
 162   private boolean focusfixed;
 163
 164   /**
 165    * if !focusfixed and not in a desktop environment, checks that av and ap are
 166    * valid. Otherwise, gets the topmost alignment window and sets av and ap
 167    * accordingly
 168    *
 169    * @return false if no alignment window was found
 170    */
 171   boolean getFocusedViewport()
 172   {
 173     if (focusfixed || Desktop.desktop == null)
 174     {
 175       if (ap != null && av != null)
 176       {
 177         return true;
 178       }
 179       // we aren't in a desktop environment, so give up now.
 180       return false;
 181     }
 182     // now checks further down the window stack to fix bug
 183     // https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=36008
 184     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
 185     for (int f = 0; f < frames.length; f++)
 186     {
 187       JInternalFrame frame = frames[f];
 188       if (frame != null && frame instanceof AlignFrame)
 189       {
 190         av = ((AlignFrame) frame).viewport;
 191         ap = ((AlignFrame) frame).alignPanel;
 192         return true;
 193       }
 194     }
 195     return false;
 196   }
 197
 198   /**
 199    * DOCUMENT ME!
 200    *
 201    * @param e
 202    *          DOCUMENT ME!
 203    */
 204   @Override
 205   public void createNewGroup_actionPerformed(ActionEvent e)
 206   {
 207     SequenceI[] seqs = new SequenceI[searchResults.getSize()];
 208     SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[searchResults
 209             .getSize()];
 210
 211     int i = 0;
 212     for (SearchResultMatchI match : searchResults.getResults())
 213     {
 214       seqs[i] = match.getSequence().getDatasetSequence();
 215
 216       features[i] = new SequenceFeature(searchBox.getEditor().getItem()
 217               .toString().trim(),
 218               "Search Results", null, match.getStart(), match.getEnd(),
 219               "Search Results");
 220       i++;
 221     }
 222
 223     if (ap.getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 224             features, true, ap))
 225     {
 226       ap.alignFrame.showSeqFeatures.setSelected(true);
 227       av.setShowSequenceFeatures(true);
 228       ap.highlightSearchResults(null);
 229     }
 230   }
 231
 232   /**
 233    * Search the alignment for the next or all matches. If 'all matches', a
 234    * dialog is shown with the number of sequence ids and subsequences matched.
 235    *
 236    * @param findAll
 237    */
 238   void doSearch(boolean findAll)
 239   {
 240     createNewGroup.setEnabled(false);
 241
 242     String searchString = searchBox.getEditor().getItem().toString().trim();
 243
 244     if (isInvalidSearchString(searchString))
 245     {
 246       return;
 247     }
 248     // TODO: extend finder to match descriptions, features and annotation, and
 249     // other stuff
 250     // TODO: add switches to control what is searched - sequences, IDS,
 251     // descriptions, features
 252     jalview.analysis.Finder finder = new jalview.analysis.Finder(
 253             av.getAlignment(), av.getSelectionGroup(), seqIndex, resIndex);
 254     finder.setCaseSensitive(caseSensitive.isSelected());
 255     finder.setIncludeDescription(searchDescription.isSelected());
 256
 257     finder.setFindAll(findAll);
 258
 259     finder.find(searchString); // returns true if anything was actually found
 260
 261     seqIndex = finder.getSeqIndex();
 262     resIndex = finder.getResIndex();
 263
 264     searchResults = finder.getSearchResults(); // find(regex,
 265     // caseSensitive.isSelected(), )
 266     Vector<SequenceI> idMatch = finder.getIdMatch();
 267     boolean haveResults = false;
 268     // set or reset the GUI
 269     if ((idMatch.size() > 0))
 270     {
 271       haveResults = true;
 272       ap.getIdPanel().highlightSearchResults(idMatch);
 273     }
 274     else
 275     {
 276       ap.getIdPanel().highlightSearchResults(null);
 277     }
 278
 279     if (searchResults.getSize() > 0)
 280     {
 281       haveResults = true;
 282       createNewGroup.setEnabled(true);
 283     }
 284     else
 285     {
 286       searchResults = null;
 287     }
 288
 289     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in
 290     // seqCanvas
 291     ap.highlightSearchResults(searchResults);
 292     // TODO: add enablers for 'SelectSequences' or 'SelectColumns' or
 293     // 'SelectRegion' selection
 294     if (!haveResults)
 295     {
 296       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(this,
 297               MessageManager.getString("label.finished_searching"), null,
 298               JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 299       resIndex = -1;
 300       seqIndex = 0;
 301     }
 302     else
 303     {
 304       if (findAll)
 305       {
 306         // then we report the matches that were found
 307         String message = (idMatch.size() > 0) ? "" + idMatch.size()
 308                 + " IDs" : "";
 309         if (searchResults != null)
 310         {
 311           if (idMatch.size() > 0 && searchResults.getSize() > 0)
 312           {
 313             message += " and ";
 314           }
 315           message += searchResults.getSize()
 316                   + " subsequence matches found.";
 317         }
 318         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(this, message, null,
 319                 JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 320         resIndex = -1;
 321         seqIndex = 0;
 322       }
 323     }
 324
 325   }
 326
 327   /**
 328    * Displays an error dialog, and answers false, if the search string is
 329    * invalid, else answers true.
 330    *
 331    * @param searchString
 332    * @return
 333    */
 334   protected boolean isInvalidSearchString(String searchString)
 335   {
 336     String error = getSearchValidationError(searchString);
 337     if (error == null)
 338     {
 339       return false;
 340     }
 341     JvOptionPane.showInternalMessageDialog(this, error,
 342             MessageManager.getString("label.invalid_search"), // $NON-NLS-1$
 343             JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 344     return true;
 345   }
 346
 347   /**
 348    * Returns an error message string if the search string is invalid, else
 349    * returns null.
 350    *
 351    * Currently validation is limited to checking the string is not empty, and is
 352    * a valid regular expression (simple searches for base sub-sequences will
 353    * pass this test). Additional validations may be added in future if the
 354    * search syntax is expanded.
 355    *
 356    * @param searchString
 357    * @return
 358    */
 359   protected String getSearchValidationError(String searchString)
 360   {
 361     String error = null;
 362     if (searchString == null || searchString.length() == 0)
 363     {
 364       error = MessageManager.getString("label.invalid_search");
 365     }
 366     try
 367     {
 368       Pattern.compile(searchString);
 369     } catch (PatternSyntaxException e)
 370     {
 371       error = MessageManager.getString("error.invalid_regex") + ": "
 372               + e.getDescription();
 373     }
 374     return error;
 375   }
 376 }