src/jalview/gui/Finder.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import java.util.*;\r
  29 \r
  30 import javax.swing.*;\r
  31 import javax.swing.event.*;\r
  32 \r
  33 \r
  34 /**\r
  35  * DOCUMENT ME!\r
  36  *\r
  37  * @author $author$\r
  38  * @version $Revision$\r
  39  */\r
  40 public class Finder extends GFinder\r
  41 {\r
  42     AlignViewport av;\r
  43     AlignmentPanel ap;\r
  44     JInternalFrame frame;\r
  45     int seqIndex = 0;\r
  46     int resIndex = 0;\r
  47 \r
  48     SearchResults searchResults;\r
  49 \r
  50     /**\r
  51      * Creates a new Finder object.\r
  52      *\r
  53      * @param av DOCUMENT ME!\r
  54      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  55      * @param f DOCUMENT ME!\r
  56      */\r
  57     public Finder(AlignViewport av, AlignmentPanel ap, JInternalFrame f)\r
  58     {\r
  59         this.av = av;\r
  60         this.ap = ap;\r
  61         frame = f;\r
  62 \r
  63         // all a big pain, but we need to wait until the frame is visible before the textfield can\r
  64         // obtain the focus/////////////////////////\r
  65         frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()\r
  66             {\r
  67                 public void internalFrameOpened(InternalFrameEvent evt)\r
  68                 {\r
  69                     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
  70                         {\r
  71                             public void run()\r
  72                             {\r
  73                                 textfield.requestFocus();\r
  74                             }\r
  75                         });\r
  76                 }\r
  77             });\r
  78     }\r
  79 \r
  80 \r
  81     /**\r
  82      * DOCUMENT ME!\r
  83      *\r
  84      * @param e DOCUMENT ME!\r
  85      */\r
  86     public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  87     {\r
  88         doSearch(false);\r
  89     }\r
  90 \r
  91     /**\r
  92      * DOCUMENT ME!\r
  93      *\r
  94      * @param e DOCUMENT ME!\r
  95      */\r
  96     public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  97     {\r
  98         resIndex = 0;\r
  99         seqIndex = 0;\r
 100         doSearch(true);\r
 101     }\r
 102 \r
 103 \r
 104     /**\r
 105      * DOCUMENT ME!\r
 106      *\r
 107      * @param e DOCUMENT ME!\r
 108      */\r
 109     public void createNewGroup_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 110     {\r
 111         JLabel label = new JLabel("Enter name of new sequence feature");\r
 112         JTextField textinput = new JTextField(textfield.getText());\r
 113         JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 114         panel.add(label, BorderLayout.NORTH);\r
 115         panel.add(textinput, BorderLayout.SOUTH);\r
 116 \r
 117          int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 118             panel, "New Sequence Feature Name",\r
 119           JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION );\r
 120 \r
 121          if(reply != JOptionPane.OK_OPTION)\r
 122            return;\r
 123 \r
 124         for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i ++ )\r
 125         {\r
 126             SequenceI seq = searchResults.getResultSequence(i);\r
 127 \r
 128             SequenceFeature sf = new SequenceFeature(textinput.getText(),\r
 129                 "Search Results", null,\r
 130                 searchResults.getResultStart(i),\r
 131                searchResults.getResultEnd(i),\r
 132                "Search Results");\r
 133 \r
 134             ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().addNewFeature(\r
 135                 textinput.getText(), new Color(60,160,115),\r
 136                     "Search Results");\r
 137 \r
 138             seq.getDatasetSequence().addSequenceFeature(sf);\r
 139         }\r
 140 \r
 141         ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().findAllFeatures();\r
 142         ap.alignFrame.showSeqFeatures.setSelected(true);\r
 143         av.setShowSequenceFeatures(true);\r
 144         ap.highlightSearchResults(null);\r
 145     }\r
 146 \r
 147     /**\r
 148      * DOCUMENT ME!\r
 149      *\r
 150      * @param findAll DOCUMENT ME!\r
 151      */\r
 152     void doSearch(boolean findAll)\r
 153     {\r
 154         createNewGroup.setEnabled(false);\r
 155 \r
 156         String searchString = textfield.getText().trim();\r
 157         if(!caseSensitive.isSelected())\r
 158           searchString = searchString.toUpperCase();\r
 159 \r
 160         if(searchString.length()<1)\r
 161           return;\r
 162 \r
 163         com.stevesoft.pat.Regex regex = new com.stevesoft.pat.Regex(searchString);\r
 164 \r
 165         searchResults = new SearchResults();\r
 166 \r
 167         Sequence seq;\r
 168         String item = null;\r
 169         boolean found = false;\r
 170 \r
 171         ////// is the searchString a residue number?\r
 172         try\r
 173         {\r
 174             int res = Integer.parseInt(searchString);\r
 175             found = true;\r
 176             if (av.getSelectionGroup() == null || av.getSelectionGroup().getSize(false) < 1)\r
 177             {\r
 178               seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
 179             }\r
 180             else\r
 181             {\r
 182               seq = (Sequence) (av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));\r
 183             }\r
 184 \r
 185             searchResults.addResult(seq, res, res);\r
 186         }\r
 187         catch (NumberFormatException ex)\r
 188         {\r
 189         }\r
 190 \r
 191         ///////////////////////////////////////////////\r
 192 \r
 193         int end = av.alignment.getHeight();\r
 194 \r
 195         SequenceGroup selection = av.getSelectionGroup();\r
 196 \r
 197         if (selection != null)\r
 198         {\r
 199             if ((selection.getSize(false) < 1) ||\r
 200                     ((selection.getEndRes() - selection.getStartRes()) < 2))\r
 201             {\r
 202                 selection = null;\r
 203             }\r
 204         }\r
 205 \r
 206         while (!found && (seqIndex < end))\r
 207         {\r
 208             seq = (Sequence) av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);\r
 209 \r
 210             if ((selection != null) && !selection.getSequences(false).contains(seq))\r
 211             {\r
 212                 seqIndex++;\r
 213                 resIndex = 0;\r
 214 \r
 215                 continue;\r
 216             }\r
 217 \r
 218             item = seq.getSequence();\r
 219             if(!caseSensitive.isSelected())\r
 220               item = item.toUpperCase();\r
 221 \r
 222             if ((selection != null) &&\r
 223                     (selection.getEndRes() < av.alignment.getWidth()-1))\r
 224             {\r
 225                 item = item.substring(0, selection.getEndRes() + 1);\r
 226             }\r
 227 \r
 228             ///Shall we ignore gaps????\r
 229             StringBuffer noGapsSB = new StringBuffer();\r
 230             int insertCount = 0;\r
 231             Vector spaces = new Vector();\r
 232 \r
 233             for (int j = 0; j < item.length(); j++)\r
 234             {\r
 235                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
 236                 {\r
 237                     noGapsSB.append(item.charAt(j));\r
 238                     spaces.add(new Integer(insertCount));\r
 239                 }\r
 240                 else\r
 241                 {\r
 242                     insertCount++;\r
 243                 }\r
 244             }\r
 245 \r
 246             String noGaps = noGapsSB.toString();\r
 247 \r
 248             for (int r = resIndex; r < noGaps.length(); r++)\r
 249             {\r
 250 \r
 251                 if (regex.searchFrom(noGaps, r))\r
 252                 {\r
 253                     resIndex = regex.matchedFrom();\r
 254 \r
 255                     if ((selection != null) &&\r
 256                             ((resIndex +\r
 257                             Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString())) < selection.getStartRes()))\r
 258                     {\r
 259                         continue;\r
 260                     }\r
 261 \r
 262 \r
 263                     int sres = seq.findPosition(resIndex +\r
 264                             Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex)\r
 265                                                    .toString()));\r
 266                     int eres = seq.findPosition(regex.matchedTo() - 1 +\r
 267                             Integer.parseInt(spaces.elementAt(regex.matchedTo() -\r
 268                                     1).toString()));\r
 269 \r
 270                     searchResults.addResult(seq, sres, eres);\r
 271 \r
 272                     if (!findAll)\r
 273                     {\r
 274                         // thats enough, break and display the result\r
 275                         found = true;\r
 276                         resIndex++;\r
 277 \r
 278                         break;\r
 279                     }\r
 280 \r
 281                     r = resIndex;\r
 282                 }\r
 283                 else\r
 284                 {\r
 285                   break;\r
 286                 }\r
 287             }\r
 288 \r
 289             if (!found)\r
 290             {\r
 291                 seqIndex++;\r
 292                 resIndex = 0;\r
 293             }\r
 294         }\r
 295 \r
 296         Vector idMatch = new Vector();\r
 297 \r
 298         for (int id = 0; id < av.alignment.getHeight(); id++)\r
 299         {\r
 300             if (regex.search(av.alignment.getSequenceAt(id).getName()))\r
 301             {\r
 302                 idMatch.add(av.alignment.getSequenceAt(id));\r
 303             }\r
 304         }\r
 305 \r
 306         if ((searchResults.getSize() == 0) && (idMatch.size() > 0))\r
 307         {\r
 308             ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);\r
 309         }\r
 310 \r
 311 \r
 312         int resultSize = searchResults.getSize();\r
 313 \r
 314         if (searchResults.getSize() > 0)\r
 315           createNewGroup.setEnabled(true);\r
 316         else\r
 317           searchResults = null;\r
 318 \r
 319         // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
 320         ap.highlightSearchResults(searchResults);\r
 321 \r
 322         if(!findAll && resultSize==0)\r
 323         {\r
 324             JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, "Finished searching",\r
 325                 null, JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 326             resIndex = 0;\r
 327             seqIndex = 0;\r
 328         }\r
 329 \r
 330         if (findAll)\r
 331         {\r
 332           String message = resultSize + " matches found.";\r
 333           JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, message, null,\r
 334                                                 JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 335         }\r
 336 \r
 337     }\r
 338 }\r