src/jalview/gui/Finder.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GFinder;\r
   4 import jalview.datamodel.*;\r
   5 import java.awt.event.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import javax.swing.event.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 import java.util.regex.*;\r
  10 import java.awt.*;\r
  11 \r
  12 public class Finder extends GFinder\r
  13 {\r
  14   AlignViewport av;\r
  15   AlignmentPanel ap;\r
  16   JInternalFrame frame;\r
  17   String searchString;\r
  18   SuperGroup searchGroup;\r
  19 \r
  20   int seqIndex = 0;\r
  21   int resIndex = 0;\r
  22   public Finder(AlignViewport av, AlignmentPanel ap, JInternalFrame f)\r
  23   {\r
  24     this.av = av;\r
  25     this.ap = ap;\r
  26     frame = f;\r
  27 \r
  28     // all a big pain, but we need to wait until the frame is visible before the textfield can\r
  29     // obtain the focus/////////////////////////\r
  30     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()\r
  31     {\r
  32       public void internalFrameOpened(InternalFrameEvent evt)\r
  33       {\r
  34         SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
  35         {\r
  36           public void run()\r
  37           {   textfield.requestFocus();      }\r
  38        });\r
  39      }\r
  40 \r
  41      public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent evt)\r
  42      {\r
  43        cancel_actionPerformed(null);\r
  44      }\r
  45 });\r
  46 \r
  47   }\r
  48 \r
  49   public void textfield_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  50   {\r
  51     doSearch(false);\r
  52   }\r
  53 \r
  54   public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  55   {\r
  56     doSearch(false);\r
  57   }\r
  58 \r
  59   public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  60   {\r
  61     resIndex=0;\r
  62     seqIndex=0;\r
  63     doSearch(true);\r
  64   }\r
  65 \r
  66   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  67   {\r
  68     try{\r
  69       // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
  70       ap.highlightSearchResults( null );\r
  71      // frame.setClosed(true);\r
  72     }catch(Exception ex){ }\r
  73   }\r
  74 \r
  75 \r
  76   public void createNewGroup_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  77   {\r
  78     for(int i=0; i<searchGroup.getSize(); i++)\r
  79       av.alignment.addGroup( searchGroup.getGroupeAt(i));\r
  80 \r
  81     ap.av.alignment.addSuperGroup(searchGroup);\r
  82     ap.highlightSearchResults( null );\r
  83   }\r
  84 \r
  85 \r
  86   void doSearch(boolean findAll)\r
  87   {\r
  88     createNewGroup.setEnabled(false);\r
  89     searchString = textfield.getText().toUpperCase();\r
  90 \r
  91     ArrayList searchResults = new ArrayList();\r
  92     int [] allResults = null;\r
  93 \r
  94     Sequence seq;\r
  95     String item;\r
  96     boolean found = false;\r
  97 \r
  98     /// is the searchString a residue number?\r
  99     try{\r
 100       int res = Integer.parseInt(searchString);\r
 101       found = true;\r
 102 \r
 103       if(av.getSelection().size()>0)\r
 104         seq = (Sequence)(av.getSelection().sequenceAt(0));\r
 105       else\r
 106         seq = (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
 107 \r
 108       searchResults.add( Integer.toString( av.getAlignment().findIndex(seq) ) );\r
 109       searchResults.add( Integer.toString( seq.findIndex(res)-1 ) );\r
 110       searchResults.add( Integer.toString( seq.findIndex(res)-1 ) );\r
 111 \r
 112 \r
 113       //av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)\r
 114     }catch(NumberFormatException ex){}\r
 115 \r
 116     jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme();\r
 117     Color [] newColors = new Color[24];\r
 118     for(int i=0; i<24; i++)\r
 119       newColors[i] = new Color(60,160,115);\r
 120 \r
 121     ucs.setColourScheme(newColors);\r
 122 \r
 123     searchGroup = new SuperGroup(searchString, ucs , true, true, false);\r
 124 \r
 125     while( !found && seqIndex<av.getAlignment().getHeight())\r
 126     {\r
 127       seq = (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seqIndex);\r
 128       if(av.getSelection().size()>0 && !av.getSelection().contains(seq))\r
 129       {\r
 130         // if a selection has been made, only search within that selection\r
 131         seqIndex++;\r
 132         resIndex=0;\r
 133         continue;\r
 134       }\r
 135 \r
 136       item = seq.getSequence();\r
 137 \r
 138       ///Shall we ignore gaps????\r
 139       StringBuffer noGaps = new StringBuffer();\r
 140       int insertCount=0;\r
 141       ArrayList spaces = new ArrayList();\r
 142 \r
 143       for (int j=0; j < item.length(); j++)\r
 144       {\r
 145 \r
 146         if(!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
 147          {\r
 148            noGaps.append(item.charAt(j));\r
 149            spaces.add(new Integer(insertCount));\r
 150          }\r
 151         else\r
 152            insertCount++;\r
 153       }\r
 154 \r
 155 \r
 156       Pattern pattern = Pattern.compile(searchString);\r
 157       Matcher matcher = pattern.matcher(noGaps);\r
 158 \r
 159       for(int r = resIndex; r<noGaps.length(); r++)\r
 160       {\r
 161 \r
 162        if( matcher.find( r ) )\r
 163        {\r
 164          resIndex = matcher.start();\r
 165 \r
 166          searchResults.add( Integer.toString( seqIndex) );\r
 167          searchResults.add( Integer.toString( resIndex+ Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString()) ) );\r
 168          searchResults.add( Integer.toString( matcher.end()-1 + Integer.parseInt(spaces.get(matcher.end()-1).toString()) ) );\r
 169 \r
 170          SequenceGroup sg = new SequenceGroup(searchString, ucs, true, true, false,\r
 171                                              resIndex+ Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString()) ,\r
 172                                       matcher.end()-1 + Integer.parseInt(spaces.get(matcher.end()-1).toString())\r
 173             );\r
 174          sg.addSequence((Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seqIndex));\r
 175          searchGroup.addGroup( sg );\r
 176 \r
 177          if(!findAll)\r
 178          {\r
 179            // thats enough, break and display the result\r
 180            found = true;\r
 181            resIndex++;\r
 182            break;\r
 183          }\r
 184 \r
 185          r=resIndex+1;\r
 186        }\r
 187       }\r
 188       if(!found)\r
 189       {\r
 190         seqIndex++;\r
 191         resIndex = 0;\r
 192       }\r
 193           }\r
 194 \r
 195     if(searchResults.size()>0)\r
 196     {\r
 197       allResults = new int[searchResults.size()];\r
 198       for(int i=0; i<searchResults.size(); i++)\r
 199         allResults[i] = Integer.parseInt(searchResults.get(i).toString());\r
 200 \r
 201       createNewGroup.setEnabled(true);\r
 202     }\r
 203     else\r
 204     {\r
 205       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, "Finished searching", null, JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 206       resIndex=0;\r
 207       seqIndex=0;\r
 208     }\r
 209 \r
 210     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
 211     ap.highlightSearchResults( allResults );\r
 212 \r
 213     if (findAll)\r
 214     {\r
 215       String message =  (searchResults.size()/3) + " matches found.";\r
 216       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, message, null,\r
 217                                             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 218     }\r
 219 \r
 220   }\r
 221 \r
 222 }\r