src/jalview/gui/Finder.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GFinder;\r
   4 import jalview.datamodel.*;\r
   5 import java.awt.event.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import javax.swing.event.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 \r
  10 \r
  11 public class Finder extends GFinder\r
  12 {\r
  13   AlignViewport av;\r
  14   AlignmentPanel ap;\r
  15   JInternalFrame frame;\r
  16   String searchString;\r
  17 \r
  18   int seqIndex = 0;\r
  19   int resIndex = 0;\r
  20   public Finder(AlignViewport av, AlignmentPanel ap, JInternalFrame f)\r
  21   {\r
  22     this.av = av;\r
  23     this.ap = ap;\r
  24     frame = f;\r
  25 \r
  26     // all a big pain, but we need to wait until the frame is visible before the textfield can\r
  27     // obtain the focus/////////////////////////\r
  28     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()\r
  29     {\r
  30       public void internalFrameOpened(InternalFrameEvent evt)\r
  31       {\r
  32         SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
  33         {\r
  34           public void run()\r
  35           {\r
  36             textfield.requestFocus();\r
  37           }\r
  38        });\r
  39    }\r
  40 });\r
  41 \r
  42   }\r
  43 \r
  44   public void textfield_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  45   {\r
  46     doSearch(false);\r
  47   }\r
  48 \r
  49   public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  50   {\r
  51     doSearch(false);\r
  52   }\r
  53 \r
  54   public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  55   {\r
  56     resIndex=0;\r
  57     seqIndex=0;\r
  58     doSearch(true);\r
  59   }\r
  60 \r
  61   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  62   {\r
  63     try{\r
  64       frame.setClosed(true);\r
  65     }catch(Exception ex){}\r
  66 \r
  67   }\r
  68 \r
  69   void doSearch(boolean findAll)\r
  70   {\r
  71     searchString = textfield.getText().toUpperCase();\r
  72 \r
  73     ArrayList searchResults = new ArrayList();\r
  74     int [] allResults = null;\r
  75 \r
  76     Sequence seq;\r
  77     String item;\r
  78     boolean found = false;\r
  79     while( !found && seqIndex<av.getAlignment().getHeight())\r
  80     {\r
  81       seq = (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seqIndex);\r
  82       item = seq.getSequence();\r
  83 \r
  84       for(int r = resIndex; r<item.length(); r++)\r
  85       {\r
  86        if(item.indexOf(searchString,r)>-1)\r
  87        {\r
  88          resIndex = item.indexOf(searchString,r);\r
  89          searchResults.add( Integer.toString(seqIndex) );\r
  90          searchResults.add( Integer.toString( resIndex) );\r
  91          searchResults.add( Integer.toString( (resIndex+searchString.length()-1) ) );\r
  92          if(!findAll)\r
  93          {\r
  94            // thats enough, break and display the result\r
  95            found = true;\r
  96            resIndex++;\r
  97            break;\r
  98          }\r
  99        }\r
 100       }\r
 101       if(!found)\r
 102       {\r
 103         seqIndex++;\r
 104         resIndex = 0;\r
 105       }\r
 106     }\r
 107 \r
 108     if(searchResults.size()>0)\r
 109     {\r
 110 \r
 111       allResults = new int[searchResults.size()];\r
 112       for(int i=0; i<searchResults.size(); i++)\r
 113         allResults[i] = Integer.parseInt(searchResults.get(i).toString());\r
 114 \r
 115 \r
 116       ap.highlightSearchResults( allResults );\r
 117     }\r
 118     else\r
 119     {\r
 120       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, "Finished searching", null,\r
 121                                             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 122       resIndex=0;\r
 123       seqIndex=0;\r
 124     }\r
 125 \r
 126 \r
 127   }\r
 128 \r
 129 }\r