src/jalview/gui/Finder.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GFinder;\r
   4 import jalview.datamodel.*;\r
   5 import java.awt.event.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import javax.swing.event.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 import java.awt.*;\r
  10 \r
  11 public class Finder extends GFinder\r
  12 {\r
  13   AlignViewport av;\r
  14   AlignmentPanel ap;\r
  15   JInternalFrame frame;\r
  16   String searchString;\r
  17   SuperGroup searchGroup;\r
  18 \r
  19   int seqIndex = 0;\r
  20   int resIndex = 0;\r
  21   public Finder(AlignViewport av, AlignmentPanel ap, JInternalFrame f)\r
  22   {\r
  23     this.av = av;\r
  24     this.ap = ap;\r
  25     frame = f;\r
  26 \r
  27     // all a big pain, but we need to wait until the frame is visible before the textfield can\r
  28     // obtain the focus/////////////////////////\r
  29     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()\r
  30     {\r
  31       public void internalFrameOpened(InternalFrameEvent evt)\r
  32       {\r
  33         SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
  34         {\r
  35           public void run()\r
  36           {   textfield.requestFocus();      }\r
  37        });\r
  38      }\r
  39 \r
  40      public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent evt)\r
  41      {\r
  42        cancel_actionPerformed(null);\r
  43      }\r
  44 });\r
  45 \r
  46   }\r
  47 \r
  48   public void textfield_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  49   {\r
  50     doSearch(false);\r
  51   }\r
  52 \r
  53   public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  54   {\r
  55     doSearch(false);\r
  56   }\r
  57 \r
  58   public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  59   {\r
  60     resIndex=0;\r
  61     seqIndex=0;\r
  62     doSearch(true);\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  66   {\r
  67     try{\r
  68       // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
  69       ap.highlightSearchResults( null );\r
  70      // frame.setClosed(true);\r
  71     }catch(Exception ex){ }\r
  72   }\r
  73 \r
  74 \r
  75   public void createNewGroup_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  76   {\r
  77     for(int i=0; i<searchGroup.getSize(); i++)\r
  78       av.alignment.addGroup( searchGroup.getGroupeAt(i));\r
  79 \r
  80     ap.av.alignment.addSuperGroup(searchGroup);\r
  81     ap.highlightSearchResults( null );\r
  82   }\r
  83 \r
  84 \r
  85   void doSearch(boolean findAll)\r
  86   {\r
  87     createNewGroup.setEnabled(false);\r
  88     searchString = textfield.getText().toUpperCase();\r
  89 \r
  90     ArrayList searchResults = new ArrayList();\r
  91     int [] allResults = null;\r
  92 \r
  93     Sequence seq;\r
  94     String item=null;\r
  95     boolean found = false;\r
  96 \r
  97     /// is the searchString a residue number?\r
  98     try{\r
  99       int res = Integer.parseInt(searchString);\r
 100       found = true;\r
 101 \r
 102       if(av.getSelectionGroup().getSize()>0)\r
 103         seq = (Sequence)(av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));\r
 104       else\r
 105         seq = (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
 106 \r
 107       searchResults.add( Integer.toString( av.getAlignment().findIndex(seq) ) );\r
 108       searchResults.add( Integer.toString( seq.findIndex(res)-1 ) );\r
 109       searchResults.add( Integer.toString( seq.findIndex(res)-1 ) );\r
 110 \r
 111     }catch(NumberFormatException ex){}\r
 112 \r
 113     jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme();\r
 114     Color [] newColors = new Color[24];\r
 115     for(int i=0; i<24; i++)\r
 116       newColors[i] = new Color(60,160,115);\r
 117 \r
 118     ucs.setColourScheme(newColors);\r
 119 \r
 120     searchGroup = new SuperGroup(searchString, ucs , true, true, false);\r
 121 \r
 122     int end = av.alignment.getHeight();\r
 123 \r
 124 \r
 125     SequenceGroup rubberband = av.getSelectionGroup();\r
 126     if(rubberband!=null)\r
 127       end = rubberband.getEndRes();\r
 128 \r
 129 \r
 130 \r
 131     while( !found && seqIndex<end)\r
 132     {\r
 133       seq = (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seqIndex);\r
 134 \r
 135       if(   av.getSelectionGroup().getSize()>0 && !av.getSelectionGroup().sequences.contains(seq)\r
 136             || (rubberband!=null && !rubberband.sequences.contains(seq))  )\r
 137       {\r
 138         // if a selection has been made, only search within that selection\r
 139         seqIndex++;\r
 140         resIndex=0;\r
 141         continue;\r
 142       }\r
 143 \r
 144       item = seq.getSequence();\r
 145 \r
 146       if(rubberband!=null)\r
 147         item = item.substring(0, rubberband.getEndRes()+1);\r
 148 \r
 149       ///Shall we ignore gaps????\r
 150       StringBuffer noGaps = new StringBuffer();\r
 151       int insertCount=0;\r
 152       ArrayList spaces = new ArrayList();\r
 153 \r
 154       for (int j=0; j < item.length(); j++)\r
 155       {\r
 156 \r
 157         if(!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
 158          {\r
 159            noGaps.append(item.charAt(j));\r
 160            spaces.add(new Integer(insertCount));\r
 161          }\r
 162         else\r
 163            insertCount++;\r
 164       }\r
 165 \r
 166 \r
 167       com.stevesoft.pat.Regex regex = new  com.stevesoft.pat.Regex(searchString);\r
 168 \r
 169       for(int r = resIndex; r<noGaps.length(); r++)\r
 170       {\r
 171 \r
 172        if( regex.searchFrom( noGaps.toString(), r ) )\r
 173        {\r
 174          resIndex = regex.matchedFrom();\r
 175 \r
 176 \r
 177          if(rubberband!=null && ( resIndex+ Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString()) )<rubberband.getStartRes())\r
 178            continue;\r
 179 \r
 180          searchResults.add( Integer.toString( seqIndex) );\r
 181          searchResults.add( Integer.toString( resIndex+ Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString()) ) );\r
 182          searchResults.add( Integer.toString( regex.matchedTo()-1 + Integer.parseInt(spaces.get(regex.matchedTo()-1).toString()) ) );\r
 183 \r
 184          SequenceGroup sg = new SequenceGroup(searchString, ucs, true, true, false,\r
 185                                              resIndex+ Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString()) ,\r
 186                                       regex.matchedTo()-1 + Integer.parseInt(spaces.get(regex.matchedTo()-1).toString())\r
 187             );\r
 188          sg.addSequence((Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seqIndex));\r
 189          searchGroup.addGroup( sg );\r
 190 \r
 191          if(!findAll)\r
 192          {\r
 193            // thats enough, break and display the result\r
 194            found = true;\r
 195            resIndex++;\r
 196            break;\r
 197          }\r
 198 \r
 199          r=resIndex;\r
 200        }\r
 201       }\r
 202       if(!found)\r
 203       {\r
 204         seqIndex++;\r
 205         resIndex = 0;\r
 206       }\r
 207     }\r
 208 \r
 209     if(searchResults.size()>0)\r
 210     {\r
 211       allResults = new int[searchResults.size()];\r
 212       for(int i=0; i<searchResults.size(); i++)\r
 213         allResults[i] = Integer.parseInt(searchResults.get(i).toString());\r
 214 \r
 215       createNewGroup.setEnabled(true);\r
 216     }\r
 217     else\r
 218     {\r
 219       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, "Finished searching", null, JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 220       resIndex=0;\r
 221       seqIndex=0;\r
 222     }\r
 223 \r
 224     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
 225     ap.highlightSearchResults( allResults );\r
 226 \r
 227     if (findAll)\r
 228     {\r
 229       String message =  (searchResults.size()/3) + " matches found.";\r
 230       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, message, null,\r
 231                                             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 232     }\r
 233 \r
 234   }\r
 235 \r
 236 }\r