src/jalview/gui/Finder.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 import javax.swing.event.*;\r
  27 \r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.jbgui.*;\r
  30 \r
  31 public class Finder\r
  32     extends GFinder\r
  33 {\r
  34   AlignViewport av;\r
  35   AlignmentPanel ap;\r
  36   JInternalFrame frame;\r
  37   SuperGroup searchGroup;\r
  38   Vector searchResults;\r
  39   int seqIndex = 0;\r
  40   int resIndex = 0;\r
  41 \r
  42   public Finder(AlignViewport av, AlignmentPanel ap, JInternalFrame f)\r
  43   {\r
  44     this.av = av;\r
  45     this.ap = ap;\r
  46     frame = f;\r
  47 \r
  48     // all a big pain, but we need to wait until the frame is visible before the textfield can\r
  49     // obtain the focus/////////////////////////\r
  50     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()\r
  51     {\r
  52       public void internalFrameOpened(InternalFrameEvent evt)\r
  53       {\r
  54         SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
  55         {\r
  56           public void run()\r
  57           {\r
  58             textfield.requestFocus();\r
  59           }\r
  60         });\r
  61       }\r
  62 \r
  63       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent evt)\r
  64       {\r
  65         cancel_actionPerformed(null);\r
  66       }\r
  67     });\r
  68   }\r
  69 \r
  70   public void textfield_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  71   {\r
  72     doSearch(false);\r
  73   }\r
  74 \r
  75   public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  76   {\r
  77     doSearch(false);\r
  78   }\r
  79 \r
  80   public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  81   {\r
  82     resIndex = 0;\r
  83     seqIndex = 0;\r
  84     doSearch(true);\r
  85   }\r
  86 \r
  87   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  88   {\r
  89     try\r
  90     {\r
  91       // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
  92       ap.highlightSearchResults(null);\r
  93       ap.idPanel.highlightSearchResults(null);\r
  94 \r
  95       // frame.setClosed(true);\r
  96     }\r
  97     catch (Exception ex)\r
  98     {\r
  99     }\r
 100   }\r
 101 \r
 102   public void createNewGroup_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 103   {\r
 104     Color[] newColors = new Color[24];\r
 105 \r
 106     for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 107     {\r
 108       newColors[i] = new Color(60, 160, 115);\r
 109     }\r
 110 \r
 111     jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(\r
 112         newColors);\r
 113     String searchString = textfield.getText();\r
 114 \r
 115     searchGroup = new SuperGroup(searchString, ucs, true, true, false);\r
 116 \r
 117     for (int i = 0; i < searchResults.size(); i += 3)\r
 118     {\r
 119       // its possible edits may have occurred since search was performed\r
 120       // account for this here\r
 121       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(Integer.parseInt(\r
 122           searchResults.elementAt(i).toString()));\r
 123       int startRes = seq.findIndex(Integer.parseInt(\r
 124           searchResults.elementAt(i + 1).toString())) - 1;\r
 125       int endRes = seq.findIndex(Integer.parseInt(\r
 126           searchResults.elementAt(i + 2).toString())) - 1;\r
 127 \r
 128       SequenceGroup sg = new SequenceGroup(searchString, ucs, true, true,\r
 129                                            false, startRes, endRes);\r
 130       sg.addSequence(seq);\r
 131       av.alignment.addGroup(sg);\r
 132       searchGroup.addGroup(sg);\r
 133     }\r
 134 \r
 135     ap.av.alignment.addSuperGroup(searchGroup);\r
 136     ap.highlightSearchResults(null);\r
 137   }\r
 138 \r
 139   void doSearch(boolean findAll)\r
 140   {\r
 141     createNewGroup.setEnabled(false);\r
 142 \r
 143     String searchString = textfield.getText().toUpperCase();\r
 144 \r
 145     com.stevesoft.pat.Regex regex = new com.stevesoft.pat.Regex(searchString);\r
 146 \r
 147     searchResults = new Vector();\r
 148 \r
 149     int[] allResults = null;\r
 150 \r
 151     Sequence seq;\r
 152     String item = null;\r
 153     boolean found = false;\r
 154 \r
 155     ////// is the searchString a residue number?\r
 156     try\r
 157     {\r
 158       int res = Integer.parseInt(searchString);\r
 159       found = true;\r
 160 \r
 161       if (av.getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
 162       {\r
 163         seq = (Sequence) (av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));\r
 164       }\r
 165       else\r
 166       {\r
 167         seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
 168       }\r
 169 \r
 170       searchResults.add(Integer.toString(av.getAlignment().findIndex(seq)));\r
 171       searchResults.add(Integer.toString(seq.findIndex(res) - 1));\r
 172       searchResults.add(Integer.toString(seq.findIndex(res) - 1));\r
 173     }\r
 174     catch (NumberFormatException ex)\r
 175     {\r
 176     }\r
 177 \r
 178     ///////////////////////////////////////////////\r
 179     Color[] newColors = new Color[24];\r
 180 \r
 181     for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 182     {\r
 183       newColors[i] = new Color(60, 160, 115);\r
 184     }\r
 185 \r
 186     jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(\r
 187         newColors);\r
 188 \r
 189     searchGroup = new SuperGroup(searchString, ucs, true, true, false);\r
 190 \r
 191     int end = av.alignment.getHeight();\r
 192 \r
 193     SequenceGroup selection = av.getSelectionGroup();\r
 194 \r
 195     if (selection != null)\r
 196     {\r
 197       if ( (selection.getSize() < 1) ||\r
 198           ( (selection.getEndRes() - selection.getStartRes()) < 2))\r
 199       {\r
 200         selection = null;\r
 201       }\r
 202     }\r
 203 \r
 204     while (!found && (seqIndex < end))\r
 205     {\r
 206       seq = (Sequence) av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);\r
 207 \r
 208       if ( (selection != null) && !selection.sequences.contains(seq))\r
 209       {\r
 210         seqIndex++;\r
 211         resIndex = 0;\r
 212 \r
 213         continue;\r
 214       }\r
 215 \r
 216       item = seq.getSequence().toUpperCase();\r
 217 \r
 218       if ( (selection != null) &&\r
 219           (selection.getEndRes() < av.alignment.getWidth()))\r
 220       {\r
 221         item = item.substring(0, selection.getEndRes() + 1);\r
 222       }\r
 223 \r
 224       ///Shall we ignore gaps????\r
 225       StringBuffer noGaps = new StringBuffer();\r
 226       int insertCount = 0;\r
 227       Vector spaces = new Vector();\r
 228 \r
 229       for (int j = 0; j < item.length(); j++)\r
 230       {\r
 231         if (!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
 232         {\r
 233           noGaps.append(item.charAt(j));\r
 234           spaces.add(new Integer(insertCount));\r
 235         }\r
 236         else\r
 237         {\r
 238           insertCount++;\r
 239         }\r
 240       }\r
 241 \r
 242       for (int r = resIndex; r < noGaps.length(); r++)\r
 243       {\r
 244         if (regex.searchFrom(noGaps.toString(), r))\r
 245         {\r
 246           resIndex = regex.matchedFrom();\r
 247 \r
 248           if ( (selection != null) &&\r
 249               ( (resIndex +\r
 250                  Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString())) <\r
 251                selection.getStartRes()))\r
 252           {\r
 253             continue;\r
 254           }\r
 255 \r
 256           searchResults.add(Integer.toString(seqIndex));\r
 257 \r
 258           int sres = seq.findPosition(resIndex +\r
 259                                       Integer.parseInt(spaces.elementAt(\r
 260               resIndex)\r
 261               .toString()));\r
 262           int eres = seq.findPosition(regex.matchedTo() - 1 +\r
 263                                       Integer.parseInt(spaces.elementAt(regex.\r
 264               matchedTo() -\r
 265               1).toString()));\r
 266 \r
 267           searchResults.addElement(sres + "");\r
 268           searchResults.addElement(eres + "");\r
 269 \r
 270           if (!findAll)\r
 271           {\r
 272             // thats enough, break and display the result\r
 273             found = true;\r
 274             resIndex++;\r
 275 \r
 276             break;\r
 277           }\r
 278 \r
 279           r = resIndex;\r
 280         }\r
 281       }\r
 282 \r
 283       if (!found)\r
 284       {\r
 285         seqIndex++;\r
 286         resIndex = 0;\r
 287       }\r
 288     }\r
 289 \r
 290     Vector idMatch = new Vector();\r
 291 \r
 292     for (int id = 0; id < av.alignment.getHeight(); id++)\r
 293     {\r
 294       if (regex.search(av.alignment.getSequenceAt(id).getName()))\r
 295       {\r
 296         idMatch.add(av.alignment.getSequenceAt(id));\r
 297       }\r
 298     }\r
 299 \r
 300     if ( (searchResults.size() == 0) && (idMatch.size() > 0))\r
 301     {\r
 302       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);\r
 303     }\r
 304 \r
 305     if (searchResults.size() > 0)\r
 306     {\r
 307       allResults = new int[searchResults.size()];\r
 308 \r
 309       for (int i = 0; i < searchResults.size(); i++)\r
 310       {\r
 311         allResults[i] = Integer.parseInt(searchResults.get(i).toString());\r
 312       }\r
 313 \r
 314       createNewGroup.setEnabled(true);\r
 315     }\r
 316     else\r
 317     {\r
 318       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, "Finished searching",\r
 319                                             null,\r
 320                                             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 321       resIndex = 0;\r
 322       seqIndex = 0;\r
 323     }\r
 324 \r
 325     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
 326     ap.highlightSearchResults(allResults);\r
 327 \r
 328     if (findAll)\r
 329     {\r
 330       String message = (searchResults.size() / 3) + " matches found.";\r
 331       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, message, null,\r
 332                                             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 333     }\r
 334   }\r
 335 }\r