src/jalview/gui/IdPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 \r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 \r
   8 import javax.swing.*;\r
   9 \r
  10 public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener {\r
  11 \r
  12   protected IdCanvas       idCanvas;\r
  13   protected AlignViewport  av;\r
  14   protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  15   ScrollThread scrollThread = null;\r
  16 \r
  17   int            offy;\r
  18   int            width;\r
  19   int lastid = -1;\r
  20   boolean mouseDragging = false;\r
  21 \r
  22   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  23   {\r
  24     this.av         = av;\r
  25     alignPanel = parent;\r
  26     idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  27     setLayout(new BorderLayout());\r
  28     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  29     addMouseListener(this);\r
  30     addMouseMotionListener(this);\r
  31   }\r
  32 \r
  33   public void mouseMoved(MouseEvent e) {}\r
  34 \r
  35 \r
  36   public void mouseDragged(MouseEvent e) {\r
  37     mouseDragging = true;\r
  38 \r
  39     int y = e.getY();\r
  40     if(av.getWrapAlignment())\r
  41       y-=2*av.charHeight;\r
  42     int seq = av.getIndex(y);\r
  43 \r
  44     if(seq<0)\r
  45       return;\r
  46 \r
  47     if (seq < lastid)\r
  48       selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
  49     else if (seq > lastid)\r
  50       selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
  51 \r
  52     lastid = seq;\r
  53     alignPanel.repaint();\r
  54   }\r
  55 \r
  56   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
  57   {\r
  58     if (e.getClickCount() == 2)\r
  59     {\r
  60        int y = e.getY();\r
  61        if(av.getWrapAlignment())\r
  62          y-=2*av.charHeight;\r
  63 \r
  64        int seq = av.getIndex(y);\r
  65        String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
  66 \r
  67        try{\r
  68          jalview.util.BrowserLauncher.openURL(\r
  69              "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[swall-id:" + id +\r
  70              "]+-vn+2");\r
  71        }catch(Exception ex){System.err.println(\r
  72            "Try adding the jalview.browser property to your jalview.properties file:\n"\r
  73                             +"jalview.browser=firefox"); ex.printStackTrace();}\r
  74     }\r
  75 \r
  76   }\r
  77   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
  78   {\r
  79     if(scrollThread!=null)\r
  80       scrollThread.running = false;\r
  81   }\r
  82 \r
  83   public void mouseExited (MouseEvent e)\r
  84   {\r
  85     if(av.getWrapAlignment())\r
  86       return;\r
  87 \r
  88     if(mouseDragging && e.getY()<0 && av.getStartSeq()>0)\r
  89     {\r
  90       scrollThread = new ScrollThread(true);\r
  91     }\r
  92 \r
  93     if(mouseDragging && e.getY()>=getHeight() && av.alignment.getHeight()>av.getEndSeq())\r
  94     {\r
  95       scrollThread = new ScrollThread(false);\r
  96     }\r
  97   }\r
  98 \r
  99 \r
 100   public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 101     if (e.getClickCount() == 2)\r
 102       return;\r
 103 \r
 104     int y = e.getY();\r
 105     if(av.getWrapAlignment())\r
 106       y-=2*av.charHeight;\r
 107 \r
 108     int seq = av.getIndex(y);\r
 109     if (seq == -1)\r
 110       return;\r
 111 \r
 112     if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))\r
 113     {\r
 114       jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(alignPanel,\r
 115           (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seq));\r
 116       pop.show(this, e.getX(), y);\r
 117       return;\r
 118     }\r
 119 \r
 120     if(!e.isControlDown() && !e.isShiftDown() && av.alignment.findGroup( av.alignment.getSequenceAt(seq))!=null)\r
 121     {\r
 122 \r
 123       SequenceGroup selection = new SequenceGroup();\r
 124       SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(seq));\r
 125       selection.setStartRes(0);\r
 126       selection.setEndRes(av.alignment.getWidth()-1);\r
 127       for (int i =0; i< sg.getSize(); i++)\r
 128         selection.addSequence(sg.getSequenceAt(i));\r
 129 \r
 130       av.setSelectionGroup(selection);\r
 131       return;\r
 132     }\r
 133 \r
 134     if(av.getSelectionGroup()==null || ( !e.isControlDown() && av.getSelectionGroup()!=null))\r
 135       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 136 \r
 137     av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
 138     av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth()-1);\r
 139 \r
 140     if(e.isShiftDown() && lastid!=-1)\r
 141       selectSeqs(lastid, seq);\r
 142     else\r
 143       selectSeq(seq);\r
 144 \r
 145     alignPanel.repaint();\r
 146   }\r
 147 \r
 148   void selectSeq(int seq)\r
 149   {\r
 150     lastid = seq;\r
 151     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 152     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq);\r
 153   }\r
 154 \r
 155   void selectSeqs(int start, int end) {\r
 156 \r
 157     lastid = start;\r
 158     if (end < start)\r
 159      {\r
 160        int tmp = start;\r
 161        start = end;\r
 162        end   = tmp;\r
 163        lastid = end;\r
 164      }\r
 165 \r
 166      for (int i = start; i <= end; i++)\r
 167         av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 168 \r
 169    }\r
 170 \r
 171 \r
 172   public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 173   {\r
 174     if(scrollThread!=null)\r
 175       scrollThread.running = false;\r
 176 \r
 177     mouseDragging = false;\r
 178     PaintRefresher.Refresh(this);\r
 179   }\r
 180 \r
 181   public void highlightSearchResults( java.util.Vector found )\r
 182   {\r
 183     idCanvas.setHighlighted( found );\r
 184 \r
 185     if(found == null)\r
 186       return;\r
 187 \r
 188     int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI)found.get(0));\r
 189 \r
 190     // do we need to scroll the panel?\r
 191     if(av.getStartSeq()>index || av.getEndSeq()<index)\r
 192         alignPanel.setScrollValues( av.getStartRes(), index);\r
 193   }\r
 194 \r
 195   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 196   class ScrollThread\r
 197       extends Thread\r
 198   {\r
 199     boolean running = false;\r
 200     boolean up = true;\r
 201     public ScrollThread(boolean up)\r
 202     {\r
 203       this.up = up;\r
 204       start();\r
 205     }\r
 206 \r
 207     public void stopScrolling()\r
 208     {\r
 209       running = false;\r
 210     }\r
 211 \r
 212     public void run()\r
 213     {\r
 214       running = true;\r
 215       while (running)\r
 216       {\r
 217         if(alignPanel.scrollUp(up))\r
 218         {\r
 219           // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
 220           int seq = av.getStartSeq();\r
 221           if(!up)\r
 222             seq = av.getEndSeq();\r
 223 \r
 224           if (seq < lastid)\r
 225             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 226           else if (seq > lastid)\r
 227             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 228 \r
 229           lastid = seq;\r
 230         }\r
 231         else\r
 232           running = false;\r
 233 \r
 234         alignPanel.repaint();\r
 235         try\r
 236         {\r
 237           Thread.sleep(100);\r
 238         }\r
 239         catch (Exception ex)\r
 240         {}\r
 241       }\r
 242     }\r
 243 }\r
 244 \r
 245 }\r