src/jalview/gui/IdPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 \r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 \r
   8 import javax.swing.*;\r
   9 \r
  10 public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener {\r
  11 \r
  12   protected IdCanvas       idCanvas;\r
  13   protected AlignViewport  av;\r
  14   protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  15 \r
  16   protected int            offy;\r
  17   public    int            width;\r
  18   public    int            lastid;\r
  19 \r
  20   SequenceGroup selectedSequenceGroup;\r
  21 \r
  22   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  23   {\r
  24     this.av         = av;\r
  25     alignPanel = parent;\r
  26     idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  27     setLayout(new BorderLayout());\r
  28     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  29     addMouseListener(this);\r
  30     addMouseMotionListener(this);\r
  31   }\r
  32 \r
  33   public void mouseMoved(MouseEvent e) {}\r
  34 \r
  35   public void selectSeqs(int start, int end) {\r
  36      if (end < start) {\r
  37        int tmp = start;\r
  38        start = end;\r
  39        end   = tmp;\r
  40      }\r
  41 \r
  42      for (int i = start; i <= end; i++)\r
  43      {\r
  44        SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
  45        if (av.getSelection().contains(pickedSeq))\r
  46        {\r
  47          av.getSelection().removeElement(pickedSeq);\r
  48          selectedSequenceGroup.deleteSequence(pickedSeq);\r
  49        }\r
  50        else\r
  51        {\r
  52          av.getSelection().addElement(pickedSeq);\r
  53          if(selectedSequenceGroup==null)\r
  54          {\r
  55            selectedSequenceGroup = new SequenceGroup();\r
  56            av.alignment.addGroup( selectedSequenceGroup );\r
  57            selectedSequenceGroup.setStartRes(0);\r
  58            selectedSequenceGroup.setEndRes( pickedSeq.getSequence().length());\r
  59          }\r
  60 \r
  61          selectedSequenceGroup.addSequence( pickedSeq );\r
  62        }\r
  63 \r
  64      }\r
  65 \r
  66      alignPanel.seqPanel.seqCanvas.paintFlag=true;\r
  67      alignPanel.repaint();\r
  68      repaint();\r
  69 \r
  70    }\r
  71 \r
  72   public void mouseDragged(MouseEvent e) {\r
  73     int y = e.getY();\r
  74     int seq = av.getIndex(y);\r
  75 \r
  76 \r
  77 \r
  78 \r
  79     if (seq < lastid)\r
  80       selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
  81     else if (seq > lastid)\r
  82       selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
  83 \r
  84     lastid = seq;\r
  85 \r
  86     return;\r
  87   }\r
  88 \r
  89   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
  90   {\r
  91     if (e.getClickCount() == 2)\r
  92     {\r
  93        int seq = av.getIndex(e.getY());\r
  94        String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
  95 \r
  96        try{\r
  97          jalview.util.BrowserLauncher.openURL(\r
  98              "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[swall-id:" + id +\r
  99              "]+-vn+2");\r
 100        }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
 101     }\r
 102 \r
 103   }\r
 104   public void mouseEntered(MouseEvent e) { }\r
 105   public void mouseExited (MouseEvent e) { }\r
 106 \r
 107   public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 108     if (e.getClickCount() == 2)\r
 109       return;\r
 110 \r
 111     int y = e.getY();\r
 112     int seq = av.getIndex(y);\r
 113 \r
 114 \r
 115       if( javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))\r
 116       {\r
 117         String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
 118         String s = (String)JOptionPane.showInternalInputDialog(\r
 119                     this,\r
 120                     "Edit sequence name",\r
 121                     "Edit sequence name",\r
 122                     JOptionPane.PLAIN_MESSAGE,\r
 123                     null,\r
 124                     null,\r
 125                     id);\r
 126 \r
 127         if(s!=null)\r
 128         {\r
 129           av.getAlignment().getSequenceAt(seq).setName(s);\r
 130           alignPanel.RefreshPanels();\r
 131         }\r
 132 \r
 133       }\r
 134       else\r
 135       {\r
 136         selectedSequenceGroup =  av.alignment.findGroup(seq);\r
 137 \r
 138         if (seq != -1)\r
 139           selectSeqs(seq,seq);\r
 140 \r
 141         lastid = seq;\r
 142       }\r
 143     return;\r
 144   }\r
 145 \r
 146   public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 147   {\r
 148     lastid = -1;\r
 149     PaintRefresher.Refresh(this);\r
 150     selectedSequenceGroup = null;\r
 151   }\r
 152 }\r