src/jalview/gui/JDatabaseTree.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import jalview.bin.Cache;
   4 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
   5
   6 import java.awt.BorderLayout;
   7 import java.awt.Component;
   8 import java.awt.Container;
   9 import java.awt.Dimension;
  10 import java.awt.FlowLayout;
  11 import java.awt.event.ActionEvent;
  12 import java.awt.event.ActionListener;
  13 import java.util.ArrayList;
  14 import java.util.Hashtable;
  15 import java.util.List;
  16 import java.util.Vector;
  17
  18 import javax.swing.JButton;
  19 import javax.swing.JFrame;
  20 import javax.swing.JLabel;
  21 import javax.swing.JPanel;
  22 import javax.swing.JScrollPane;
  23 import javax.swing.JTree;
  24 import javax.swing.JViewport;
  25 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
  26 import javax.swing.tree.DefaultTreeCellRenderer;
  27 import javax.swing.tree.DefaultTreeModel;
  28 import javax.swing.tree.MutableTreeNode;
  29 import javax.swing.tree.TreeCellRenderer;
  30 import javax.swing.tree.TreeModel;
  31 import javax.swing.tree.TreePath;
  32 import javax.swing.tree.TreeSelectionModel;
  33
  34 import com.sun.java.help.search.DBPartParameters;
  35
  36 public class JDatabaseTree extends JalviewDialog
  37 {
  38   JButton getDatabaseSelectorButton()
  39   {
  40     final JButton viewdbs = new JButton("--- Select Database ---");
  41     viewdbs.addActionListener(new ActionListener()
  42     {
  43
  44       @Override
  45       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
  46       {
  47         showDialog(null);
  48       }
  49     });
  50     return viewdbs;
  51   }
  52
  53   JScrollPane svp;
  54
  55   JTree dbviews;
  56
  57   private jalview.ws.SequenceFetcher sfetcher;
  58
  59   public JDatabaseTree(jalview.ws.SequenceFetcher sfetch)
  60   {
  61     super();
  62     /*
  63      * Dynamically generated database list will need a translation function from
  64      * internal source to externally distinct names. UNIPROT and UP_NAME are
  65      * identical DB sources, and should be collapsed.
  66      */
  67     DefaultMutableTreeNode tn = null, root = new DefaultMutableTreeNode();
  68     Hashtable<DbSourceProxy, DefaultMutableTreeNode> tns = new Hashtable<DbSourceProxy, DefaultMutableTreeNode>();
  69     Hashtable<String, DefaultMutableTreeNode> source = new Hashtable<String, DefaultMutableTreeNode>();
  70     sfetcher = sfetch;
  71     String dbs[] = sfetch.getSupportedDb();
  72     Hashtable ht = new Hashtable();
  73     for (int i = 0; i < dbs.length; i++)
  74     {
  75       tn = source.get(dbs[i]);
  76       List<DbSourceProxy> srcs = sfetch.getSourceProxy(dbs[i]);
  77       if (tn == null)
  78       {
  79         source.put(dbs[i], tn = new DefaultMutableTreeNode(dbs[i], true));
  80       }
  81       for (DbSourceProxy dbp : srcs)
  82       {
  83         if (ht.get(dbp.getDbName()) == null)
  84         {
  85           tn.add(new DefaultMutableTreeNode(dbp, false));
  86           ht.put(dbp.getDbName(), dbp.getDbName());
  87         } else {
  88           System.err.println("dupe ig for : "+dbs[i]+" \t"+dbp.getDbName());
  89         }
  90       }
  91     }
  92     for (int i = 0; i < dbs.length; i++)
  93     {
  94       tn = source.get(dbs[i]);
  95       if (tn == null)
  96       {
  97         continue;
  98       }
  99       if (tn.getChildCount() == 1)
 100       {
 101         // remove nodes with only one child
 102         source.put(dbs[i], tn = (DefaultMutableTreeNode) tn.getChildAt(0));
 103       }
 104       root.add(tn);
 105     }
 106     initDialogFrame(this, true, false, "Select Database Retrieval Source",
 107             400, 300);
 108     svp = new JScrollPane();
 109     //svp.setAutoscrolls(true);
 110     dbviews = new JTree(new DefaultTreeModel(root, false));
 111     dbviews.setCellRenderer(new DbTreeRenderer(this));
 112
 113     dbviews.getSelectionModel().setSelectionMode(
 114             TreeSelectionModel.SINGLE_TREE_SELECTION);
 115     svp.getViewport().setView(dbviews);
 116     svp.getViewport().setMinimumSize(new Dimension(300,250));
 117     //svp.setSize(300,250);
 118 //    JPanel panel=new JPanel();
 119 //    panel.setSize(new Dimension(350,220));
 120 //    panel.add(svp);
 121
 122     add(svp, BorderLayout.NORTH);
 123     JPanel j = new JPanel(new FlowLayout());
 124     j.setPreferredSize(new Dimension(300,50));
 125     j.add(ok);
 126     j.add(cancel);
 127     add(j, BorderLayout.CENTER);
 128     validate();
 129   }
 130
 131   private class DbTreeRenderer extends DefaultTreeCellRenderer implements
 132           TreeCellRenderer
 133   {
 134     JDatabaseTree us;
 135
 136     public DbTreeRenderer(JDatabaseTree me)
 137     {
 138       us = me;
 139     }
 140
 141     private Component returnLabel(String txt)
 142     {
 143       JLabel jl = new JLabel(txt);
 144       jl.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 145       return jl;
 146     }
 147
 148     @Override
 149     public Component getTreeCellRendererComponent(JTree tree, Object value,
 150             boolean selected, boolean expanded, boolean leaf, int row,
 151             boolean hasFocus)
 152     {
 153       String val = "";
 154       if (value != null && value instanceof DefaultMutableTreeNode)
 155       {
 156         DefaultMutableTreeNode vl = (DefaultMutableTreeNode) value;
 157         value = vl.getUserObject();
 158         if (value instanceof DbSourceProxy)
 159         {
 160           val = (((DbSourceProxy) value).getDbName());
 161         }
 162         else
 163         {
 164           if (value instanceof String)
 165           {
 166             val = ((String) value);
 167           }
 168         }
 169       }
 170       if (value == null)
 171       {
 172         val = ("");
 173       }
 174       return super.getTreeCellRendererComponent(tree, val, selected,
 175               expanded, leaf, row, hasFocus);
 176
 177     }
 178   }
 179
 180   List<DbSourceProxy> selection = null;
 181
 182   @Override
 183   protected void raiseClosed()
 184   {
 185     for (ActionListener al : lstners)
 186     {
 187       al.actionPerformed(null);
 188     }
 189   }
 190
 191   @Override
 192   protected void okPressed()
 193   {
 194     _setSelectionState();
 195     closeDialog();
 196   }
 197
 198   @Override
 199   protected void cancelPressed()
 200   {
 201     closeDialog();
 202   }
 203
 204   private void showDialog(Container parent)
 205   {
 206     validate();
 207     waitForInput();
 208   }
 209
 210   public boolean hasSelection()
 211   {
 212     return selection == null ? false : selection.size() == 0 ? false : true;
 213   }
 214
 215   public List<DbSourceProxy> getSelectedSources()
 216   {
 217     return selection;
 218   }
 219
 220   private void _setSelectionState()
 221   {
 222     if (dbviews.getSelectionCount() == 0)
 223     {
 224       selection = null;
 225     }
 226     List<DbSourceProxy> srcs = new ArrayList<DbSourceProxy>();
 227     for (TreePath tp : dbviews.getSelectionPaths())
 228     {
 229       DefaultMutableTreeNode dmt = (DefaultMutableTreeNode) tp
 230               .getLastPathComponent();
 231       if (dmt.getUserObject() != null)
 232       {
 233         if (dmt.getUserObject() instanceof DbSourceProxy)
 234         {
 235           srcs.add((DbSourceProxy) dmt.getUserObject());
 236         }
 237         else
 238         {
 239           srcs.addAll(sfetcher.getSourceProxy((String) dmt.getUserObject()));
 240         }
 241       }
 242     }
 243     selection = srcs;
 244   }
 245
 246   public String getSelectedItem()
 247   {
 248     if (hasSelection())
 249     {
 250       return getSelectedSources().get(0).getDbName();
 251     }
 252     return null;
 253   }
 254
 255   public String getExampleQueries()
 256   {
 257     if (!hasSelection())
 258     {
 259       return null;
 260     }
 261     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 262     for (DbSourceProxy dbs : getSelectedSources())
 263     {
 264       if (sb.length() > 0)
 265       {
 266         sb.append(";");
 267       }
 268       sb.append(dbs.getTestQuery());
 269     }
 270     return sb.toString();
 271   }
 272
 273   List<ActionListener> lstners = new Vector<ActionListener>();
 274
 275   public void addActionListener(ActionListener actionListener)
 276   {
 277     lstners.add(actionListener);
 278   }
 279
 280   public void removeActionListener(ActionListener actionListener)
 281   {
 282     lstners.remove(actionListener);
 283   }
 284
 285   public static void main(String args[])
 286   {
 287     Cache.getDasSourceRegistry();
 288     JDatabaseTree jdt = new JDatabaseTree(new jalview.ws.SequenceFetcher());
 289     JFrame foo = new JFrame();
 290     foo.setLayout(new BorderLayout());
 291     foo.add(jdt.getDatabaseSelectorButton(), BorderLayout.CENTER);
 292     foo.pack();
 293     foo.setVisible(true);
 294     int nultimes = 5;
 295     final Thread us = Thread.currentThread();
 296     jdt.addActionListener(new ActionListener()
 297     {
 298
 299       @Override
 300       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 301       {
 302         us.interrupt();
 303       }
 304     });
 305     do
 306     {
 307       try
 308       {
 309         Thread.sleep(50);
 310       } catch (InterruptedException x)
 311       {
 312         nultimes--;
 313         if (!jdt.hasSelection())
 314         {
 315           System.out.println("No Selection");
 316         }
 317         else
 318         {
 319           System.out.println("Selection: " + jdt.getSelectedItem());
 320           int s = 1;
 321           for (DbSourceProxy pr : jdt.getSelectedSources())
 322           {
 323             System.out.println("Source " + s++ + ": " + pr.getDbName()
 324                     + " (" + pr.getDbSource() + ") Version "
 325                     + pr.getDbVersion() + ". Test:\t" + pr.getTestQuery());
 326           }
 327           System.out.println("Test queries: " + jdt.getExampleQueries());
 328         }
 329       }
 330     } while (nultimes > 0 && foo.isVisible());
 331     foo.setVisible(false);
 332   }
 333 }