src/jalview/gui/OverviewCanvas.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import jalview.api.AlignViewportI;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.renderer.AnnotationRenderer;
   6 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureColourFinder;
   7 import jalview.viewmodel.OverviewDimensions;
   8
   9 import java.awt.Color;
  10 import java.awt.Dimension;
  11 import java.awt.Graphics;
  12 import java.awt.image.BufferedImage;
  13
  14 import javax.swing.JComponent;
  15
  16 public class OverviewCanvas extends JComponent
  17 {
  18   private static final Color TRANS_GREY = new Color(100, 100, 100, 25);
  19
  20   private BufferedImage miniMe;
  21
  22   private BufferedImage lastMiniMe = null;
  23
  24   public boolean updating = false;
  25
  26   // This is set true if the user resizes whilst
  27   // the overview is being calculated
  28   public volatile boolean updateAgain = false;
  29
  30   // Can set different properties in this seqCanvas than
  31   // main visible SeqCanvas
  32   private SequenceRenderer sr;
  33
  34   private jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr;
  35
  36   private final AnnotationRenderer renderer = new AnnotationRenderer();
  37
  38   OverviewDimensions od;
  39
  40   OverviewPanel op;
  41
  42   AlignViewport av;
  43
  44   AlignmentPanel ap;
  45
  46   public OverviewCanvas(OverviewDimensions overviewDims,
  47           AlignViewportI alignvp, AlignmentPanel alignp, OverviewPanel overp)
  48   {
  49     od = overviewDims;
  50     av = alignp.av;
  51     ap = alignp;
  52     op = overp;
  53
  54     sr = new SequenceRenderer(av);
  55     sr.renderGaps = false;
  56     sr.forOverview = true;
  57     fr = new FeatureRenderer(ap);
  58   }
  59
  60   public void draw(boolean showSequenceFeatures, boolean showAnnotation)
  61   {
  62     miniMe = null;
  63
  64     if (showSequenceFeatures)
  65     {
  66       fr.transferSettings(ap.getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer());
  67     }
  68
  69     // why do we need to set preferred size again? was set in
  70     // updateOverviewImage
  71     setPreferredSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight()));
  72
  73     miniMe = new BufferedImage(od.getWidth(), od.getHeight(),
  74             BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
  75
  76     Graphics mg = miniMe.getGraphics();
  77     mg.setColor(Color.orange);
  78     mg.fillRect(0, 0, od.getWidth(), miniMe.getHeight());
  79
  80     // calculate sampleCol and sampleRow
  81     // alignment width is max number of residues/bases
  82     // alignment height is number of sequences
  83     int alwidth = av.getAlignment().getWidth();
  84     int alheight = av.getAlignment().getAbsoluteHeight();
  85
  86     // sampleCol or sampleRow is the width/height allocated to each residue
  87     // in particular, sometimes we may need more than one row/col of the
  88     // BufferedImage allocated
  89     // sampleCol is how much of a residue to assign to each pixel
  90     // sampleRow is how many sequences to assign to each pixel
  91     float sampleCol = alwidth / (float) od.getWidth();
  92     float sampleRow = alheight / (float) od.getSequencesHeight();
  93
  94     buildImage(sampleRow, sampleCol);
  95
  96     if (showAnnotation)
  97     {
  98       renderer.updateFromAlignViewport(av);
  99       for (int col = 0; col < od.getWidth() && !updateAgain; col++)
 100       {
 101         mg.translate(col, od.getSequencesHeight());
 102         renderer.drawGraph(mg, av.getAlignmentConservationAnnotation(),
 103                 av.getAlignmentConservationAnnotation().annotations,
 104                 (int) (sampleCol) + 1, od.getGraphHeight(),
 105                 (int) (col * sampleCol), (int) (col * sampleCol) + 1);
 106         mg.translate(-col, -od.getSequencesHeight());
 107
 108       }
 109     }
 110     System.gc();
 111
 112     updating = false;
 113
 114     if (updateAgain)
 115     {
 116       updateAgain = false;
 117       op.updateOverviewImage();
 118     }
 119     else
 120     {
 121       lastMiniMe = miniMe;
 122     }
 123   }
 124
 125   @Override
 126   public void paintComponent(Graphics g)
 127   {
 128     if (updating || updateAgain)
 129     {
 130       if (lastMiniMe == null)
 131       {
 132         g.setColor(Color.white);
 133         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 134       }
 135       else
 136       {
 137         g.drawImage(lastMiniMe, 0, 0, getWidth(), getHeight(), this);
 138       }
 139       g.setColor(TRANS_GREY);
 140       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 141     }
 142     else if (lastMiniMe != null)
 143     {
 144       g.drawImage(lastMiniMe, 0, 0, this);
 145       if (lastMiniMe != miniMe)
 146       {
 147         g.setColor(TRANS_GREY);
 148         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 149       }
 150     }
 151
 152     g.setColor(Color.red);
 153     od.drawBox(g);
 154   }
 155
 156   /*
 157    * Build the overview panel image
 158    */
 159   private void buildImage(float sampleRow, float sampleCol)
 160   {
 161     int lastcol = -1;
 162     int lastrow = -1;
 163     int rgbcolor = Color.white.getRGB();
 164
 165     SequenceI seq = null;
 166     FeatureColourFinder finder = new FeatureColourFinder(fr);
 167
 168     final boolean hasHiddenCols = av.hasHiddenColumns();
 169     boolean hiddenRow = false;
 170     // get hidden row and hidden column map once at beginning.
 171     // clone featureRenderer settings to avoid race conditions... if state is
 172     // updated just need to refresh again
 173     for (int row = 0; row < od.getSequencesHeight() && !updateAgain; row++)
 174     {
 175       boolean doCopy = true;
 176       int currentrow = (int) (row * sampleRow);
 177       if (currentrow != lastrow)
 178       {
 179         doCopy = false;
 180
 181         lastrow = currentrow;
 182
 183         // get the sequence which would be at alignment index 'lastrow' if no
 184         // rows were hidden, and determine whether it is hidden or not
 185         hiddenRow = av.getAlignment().isHidden(lastrow);
 186         seq = av.getAlignment().getSequenceAtAbsoluteIndex(lastrow);
 187       }
 188
 189       for (int col = 0; col < od.getWidth() && !updateAgain; col++)
 190       {
 191         if (doCopy)
 192         {
 193           rgbcolor = miniMe.getRGB(col, row - 1);
 194         }
 195         else if ((int) (col * sampleCol) != lastcol
 196                 || (int) (row * sampleRow) != lastrow)
 197         {
 198           lastcol = (int) (col * sampleCol);
 199           rgbcolor = getColumnColourFromSequence(seq, hiddenRow,
 200                   hasHiddenCols, lastcol, finder);
 201         }
 202         // else we just use the color we already have , so don't need to set it
 203
 204         miniMe.setRGB(col, row, rgbcolor);
 205       }
 206     }
 207   }
 208
 209   /*
 210    * Find the colour of a sequence at a specified column position
 211    */
 212   private int getColumnColourFromSequence(jalview.datamodel.SequenceI seq,
 213           boolean hiddenRow, boolean hasHiddenCols, int lastcol,
 214           FeatureColourFinder finder)
 215   {
 216     Color color = Color.white;
 217
 218     if ((seq != null) && (seq.getLength() > lastcol))
 219     {
 220       color = sr.getResidueColour(seq, lastcol, finder);
 221     }
 222
 223     if (hiddenRow
 224             || (hasHiddenCols && !av.getColumnSelection()
 225                     .isVisible(lastcol)))
 226     {
 227       color = color.darker().darker();
 228     }
 229
 230     return color.getRGB();
 231   }
 232
 233 }