src/jalview/gui/OverviewPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 import java.awt.event.*;\r
  23 import java.awt.image.*;\r
  24 \r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * DOCUMENT ME!\r
  30  *\r
  31  * @author $author$\r
  32  * @version $Revision$\r
  33  */\r
  34 public class OverviewPanel extends JPanel implements Runnable\r
  35 {\r
  36     BufferedImage miniMe;\r
  37     AlignViewport av;\r
  38     AlignmentPanel ap;\r
  39     float scalew = 1f;\r
  40     float scaleh = 1f;\r
  41     int width;\r
  42     int sequencesHeight;\r
  43     int graphHeight = 20;\r
  44     int boxX = -1;\r
  45     int boxY = -1;\r
  46     int boxWidth = -1;\r
  47     int boxHeight = -1;\r
  48     boolean resizing = false;\r
  49 \r
  50     // Can set different properties in this seqCanvas than\r
  51     // main visible SeqCanvas\r
  52     SeqCanvas overviewSeq;\r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Creates a new OverviewPanel object.\r
  56      *\r
  57      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  58      */\r
  59     public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)\r
  60     {\r
  61         this.av = ap.av;\r
  62         this.ap = ap;\r
  63         setLayout(null);\r
  64 \r
  65         overviewSeq = new SeqCanvas(av);\r
  66         overviewSeq.isOverview = true;\r
  67         overviewSeq.sr.renderGaps = false;\r
  68 \r
  69         // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment\r
  70         float initialScale = (float) av.alignment.getWidth() / (float) av.alignment.getHeight();\r
  71 \r
  72         if(av.vconsensus==null)\r
  73           graphHeight = 0;\r
  74 \r
  75 \r
  76         if (av.alignment.getWidth() > av.alignment.getHeight())\r
  77         {\r
  78             // wider\r
  79             width = 400;\r
  80             sequencesHeight = (int) (400f / initialScale);\r
  81             if(sequencesHeight<40)\r
  82               sequencesHeight = 40;\r
  83         }\r
  84         else\r
  85         {\r
  86             // taller\r
  87             width = (int) (400f * initialScale);\r
  88             sequencesHeight = 300;\r
  89 \r
  90             if (width < 120)\r
  91             {\r
  92                 width = 120;\r
  93             }\r
  94         }\r
  95 \r
  96         addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  97             {\r
  98                 public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  99                 {\r
 100                     if ((getWidth() != width) ||\r
 101                             (getHeight() != (sequencesHeight + graphHeight)))\r
 102                     {\r
 103                         updateOverviewImage();\r
 104                     }\r
 105                 }\r
 106             });\r
 107 \r
 108         addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
 109             {\r
 110                 public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 111                 {\r
 112                     doMouseDragged(evt);\r
 113                 }\r
 114             });\r
 115 \r
 116         addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 117             {\r
 118                 public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 119                 {\r
 120                     doMousePressed(evt);\r
 121                 }\r
 122 \r
 123                 public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 124                 {\r
 125                     doMouseReleased(evt);\r
 126                 }\r
 127             });\r
 128 \r
 129         updateOverviewImage();\r
 130     }\r
 131 \r
 132     /**\r
 133      * DOCUMENT ME!\r
 134      *\r
 135      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 136      */\r
 137     public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 138     {\r
 139         boxX = evt.getX();\r
 140         boxY = evt.getY();\r
 141 \r
 142         checkValid();\r
 143         repaint();\r
 144     }\r
 145 \r
 146     /**\r
 147      * DOCUMENT ME!\r
 148      *\r
 149      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 150      */\r
 151     public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 152     {\r
 153         boxX = evt.getX();\r
 154         boxY = evt.getY();\r
 155         checkValid();\r
 156 \r
 157         ap.setScrollValues((int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 158                 (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 159     }\r
 160 \r
 161     /**\r
 162      * DOCUMENT ME!\r
 163      *\r
 164      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 165      */\r
 166     public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 167     {\r
 168         boxX = evt.getX();\r
 169         boxY = evt.getY();\r
 170         checkValid();\r
 171 \r
 172         ap.setScrollValues( (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 173                            (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 174        repaint();\r
 175     }\r
 176 \r
 177     /**\r
 178      * DOCUMENT ME!\r
 179      */\r
 180     void checkValid()\r
 181     {\r
 182         if (boxY < 0)\r
 183         {\r
 184             boxY = 0;\r
 185         }\r
 186 \r
 187         if (boxY > (sequencesHeight - boxHeight))\r
 188         {\r
 189             boxY = sequencesHeight - boxHeight + 1;\r
 190         }\r
 191 \r
 192         if (boxX < 0)\r
 193         {\r
 194             boxX = 0;\r
 195         }\r
 196 \r
 197         if (boxX > (width - boxWidth))\r
 198         {\r
 199             boxX = width - boxWidth;\r
 200         }\r
 201     }\r
 202 \r
 203     /**\r
 204      * DOCUMENT ME!\r
 205      */\r
 206     public void updateOverviewImage()\r
 207     {\r
 208         if (resizing)\r
 209         {\r
 210             resizeAgain = true;\r
 211             return;\r
 212         }\r
 213 \r
 214         resizing = true;\r
 215 \r
 216         if ( (getWidth() > 0) && (getHeight() > 0))\r
 217         {\r
 218           width = getWidth();\r
 219           sequencesHeight = getHeight() - graphHeight;\r
 220         }\r
 221 \r
 222         setPreferredSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 223         setBoxPosition();\r
 224 \r
 225         Thread thread = new Thread(this);\r
 226         thread.start();\r
 227         repaint();\r
 228     }\r
 229 \r
 230     // This is set true if the user resizes whilst\r
 231     // the overview is being calculated\r
 232     boolean resizeAgain = false;\r
 233 \r
 234     /**\r
 235      * DOCUMENT ME!\r
 236      */\r
 237     public void run()\r
 238     {\r
 239         miniMe = null;\r
 240 \r
 241         int alwidth = av.alignment.getWidth();\r
 242         int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 243 \r
 244         setPreferredSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 245 \r
 246         int fullsizeWidth = alwidth * av.getCharWidth();\r
 247         int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();\r
 248 \r
 249         scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 250         scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 251 \r
 252         miniMe = new BufferedImage(width, sequencesHeight + graphHeight,\r
 253                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 254 \r
 255 \r
 256         Graphics mg = miniMe.getGraphics();\r
 257 \r
 258         float sampleCol = (float) alwidth / (float) width;\r
 259         float sampleRow = (float) alheight / (float) sequencesHeight;\r
 260 \r
 261         for (int col = 0; col < width; col++)\r
 262         {\r
 263           for (int row = 0; row < sequencesHeight; row++)\r
 264           {\r
 265             overviewSeq.drawPanel(mg,\r
 266                                             (int) (col * sampleCol),\r
 267                                             (int) (col * sampleCol),\r
 268                                             (int) (row * sampleRow),\r
 269                                             (int) (row * sampleRow) + 1,\r
 270                                             (int) (col * sampleCol),\r
 271                                             (int) (row * sampleRow), 0);\r
 272             mg.translate(0, 1);\r
 273 \r
 274             if (av.conservation != null)\r
 275               ap.annotationPanel.drawGraph(mg, av.conservation,\r
 276                                            (int) (sampleCol) + 1,\r
 277                                            graphHeight,\r
 278                                            (int) (col * sampleCol),\r
 279                                            (int) (col * sampleCol) + 1);\r
 280 \r
 281           }\r
 282           mg.translate(0, -sequencesHeight);\r
 283           mg.translate(1, 0);\r
 284 \r
 285         }\r
 286 \r
 287         System.gc();\r
 288 \r
 289         resizing = false;\r
 290 \r
 291         setBoxPosition();\r
 292 \r
 293         if(resizeAgain)\r
 294         {\r
 295           resizeAgain = false;\r
 296           updateOverviewImage();\r
 297         }\r
 298     }\r
 299 \r
 300     /**\r
 301      * DOCUMENT ME!\r
 302      */\r
 303     public void setBoxPosition()\r
 304     {\r
 305       int fullsizeWidth = av.alignment.getWidth() * av.getCharWidth();\r
 306       int fullsizeHeight = av.alignment.getHeight() * av.getCharHeight();\r
 307 \r
 308       scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 309       scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 310 \r
 311         boxX = (int) (av.getStartRes() * av.getCharWidth() * scalew);\r
 312         boxY = (int) (av.getStartSeq() * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 313         boxWidth = (int) ((av.getEndRes() - av.getStartRes() + 1) * av.getCharWidth() * scalew);\r
 314         boxHeight = (int) (av.getEndSeq() * av.getCharHeight() * scaleh) -\r
 315             boxY;\r
 316         repaint();\r
 317     }\r
 318 \r
 319     /**\r
 320      * DOCUMENT ME!\r
 321      *\r
 322      * @param g DOCUMENT ME!\r
 323      */\r
 324     public void paintComponent(Graphics g)\r
 325     {\r
 326         if (miniMe != null && !resizing)\r
 327         {\r
 328           g.drawImage(miniMe, 0, 0, this);\r
 329         }\r
 330         else\r
 331         {\r
 332           g.setColor(Color.white);\r
 333           g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 334           g.setColor(Color.black);\r
 335           g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 15));\r
 336           g.drawString("Recalculating", 5, sequencesHeight / 2);\r
 337           g.drawString("Overview.....", 5, (sequencesHeight / 2) + 20);\r
 338         }\r
 339 \r
 340 \r
 341         g.setColor(Color.red);\r
 342         g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);\r
 343         g.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);\r
 344 \r
 345     }\r
 346 }\r