src/jalview/gui/OverviewPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 import java.awt.event.*;\r
  23 import java.awt.image.*;\r
  24 \r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * DOCUMENT ME!\r
  30  *\r
  31  * @author $author$\r
  32  * @version $Revision$\r
  33  */\r
  34 public class OverviewPanel extends JPanel implements Runnable\r
  35 {\r
  36     BufferedImage miniMe;\r
  37     AlignViewport av;\r
  38     AlignmentPanel ap;\r
  39     float scalew = 1f;\r
  40     float scaleh = 1f;\r
  41     int width;\r
  42     int sequencesHeight;\r
  43     int graphHeight = 20;\r
  44     int boxX = -1;\r
  45     int boxY = -1;\r
  46     int boxWidth = -1;\r
  47     int boxHeight = -1;\r
  48     boolean resizing = false;\r
  49 \r
  50     // Can set different properties in this seqCanvas than\r
  51     // main visible SeqCanvas\r
  52     SequenceRenderer sr;\r
  53     FeatureRenderer fr;\r
  54 \r
  55     /**\r
  56      * Creates a new OverviewPanel object.\r
  57      *\r
  58      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  59      */\r
  60     public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)\r
  61     {\r
  62         this.av = ap.av;\r
  63         this.ap = ap;\r
  64         setLayout(null);\r
  65 \r
  66         sr = new SequenceRenderer(av);\r
  67         sr.renderGaps( false );\r
  68         sr.forOverview = true;\r
  69         fr = new FeatureRenderer(av);\r
  70         fr.overview = true;\r
  71 \r
  72 \r
  73         // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment\r
  74         float initialScale = (float) av.alignment.getWidth() / (float) av.alignment.getHeight();\r
  75 \r
  76         if(av.conservation==null)\r
  77           graphHeight = 0;\r
  78 \r
  79 \r
  80         if (av.alignment.getWidth() > av.alignment.getHeight())\r
  81         {\r
  82             // wider\r
  83             width = 400;\r
  84             sequencesHeight = (int) (400f / initialScale);\r
  85             if(sequencesHeight<40)\r
  86               sequencesHeight = 40;\r
  87         }\r
  88         else\r
  89         {\r
  90             // taller\r
  91             width = (int) (400f * initialScale);\r
  92             sequencesHeight = 300;\r
  93 \r
  94             if (width < 120)\r
  95             {\r
  96                 width = 120;\r
  97             }\r
  98         }\r
  99 \r
 100         addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
 101             {\r
 102                 public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
 103                 {\r
 104                     if ((getWidth() != width) ||\r
 105                             (getHeight() != (sequencesHeight + graphHeight)))\r
 106                     {\r
 107                         updateOverviewImage();\r
 108                     }\r
 109                 }\r
 110             });\r
 111 \r
 112         addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
 113             {\r
 114                 public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 115                 {\r
 116                   if(!av.wrapAlignment)\r
 117                     doMouseDragged(evt);\r
 118                 }\r
 119             });\r
 120 \r
 121         addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 122             {\r
 123                 public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 124                 {\r
 125                   if(!av.wrapAlignment)\r
 126                     doMousePressed(evt);\r
 127                 }\r
 128 \r
 129                 public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 130                 {\r
 131                   if(!av.wrapAlignment)\r
 132                     doMouseReleased(evt);\r
 133                 }\r
 134             });\r
 135 \r
 136         updateOverviewImage();\r
 137     }\r
 138 \r
 139     /**\r
 140      * DOCUMENT ME!\r
 141      *\r
 142      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 143      */\r
 144     public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 145     {\r
 146         boxX = evt.getX();\r
 147         boxY = evt.getY();\r
 148 \r
 149         checkValid();\r
 150         repaint();\r
 151     }\r
 152 \r
 153     /**\r
 154      * DOCUMENT ME!\r
 155      *\r
 156      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 157      */\r
 158     public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 159     {\r
 160         boxX = evt.getX();\r
 161         boxY = evt.getY();\r
 162         checkValid();\r
 163 \r
 164         ap.setScrollValues((int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 165                 (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 166     }\r
 167 \r
 168     /**\r
 169      * DOCUMENT ME!\r
 170      *\r
 171      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 172      */\r
 173     public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 174     {\r
 175         boxX = evt.getX();\r
 176         boxY = evt.getY();\r
 177         checkValid();\r
 178 \r
 179         ap.setScrollValues( (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 180                            (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 181        repaint();\r
 182     }\r
 183 \r
 184     /**\r
 185      * DOCUMENT ME!\r
 186      */\r
 187     void checkValid()\r
 188     {\r
 189         if (boxY < 0)\r
 190         {\r
 191             boxY = 0;\r
 192         }\r
 193 \r
 194         if (boxY > (sequencesHeight - boxHeight))\r
 195         {\r
 196             boxY = sequencesHeight - boxHeight + 1;\r
 197         }\r
 198 \r
 199         if (boxX < 0)\r
 200         {\r
 201             boxX = 0;\r
 202         }\r
 203 \r
 204         if (boxX > (width - boxWidth))\r
 205         {\r
 206             boxX = width - boxWidth;\r
 207         }\r
 208     }\r
 209 \r
 210     /**\r
 211      * DOCUMENT ME!\r
 212      */\r
 213     public void updateOverviewImage()\r
 214     {\r
 215         if (resizing)\r
 216         {\r
 217             resizeAgain = true;\r
 218             return;\r
 219         }\r
 220 \r
 221         resizing = true;\r
 222 \r
 223         if ( (getWidth() > 0) && (getHeight() > 0))\r
 224         {\r
 225           width = getWidth();\r
 226           sequencesHeight = getHeight() - graphHeight;\r
 227         }\r
 228 \r
 229         setPreferredSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 230         setBoxPosition();\r
 231 \r
 232         Thread thread = new Thread(this);\r
 233         thread.start();\r
 234         repaint();\r
 235     }\r
 236 \r
 237     // This is set true if the user resizes whilst\r
 238     // the overview is being calculated\r
 239     boolean resizeAgain = false;\r
 240 \r
 241     /**\r
 242      * DOCUMENT ME!\r
 243      */\r
 244     public void run()\r
 245     {\r
 246         miniMe = null;\r
 247 \r
 248        if (av.showSequenceFeatures)\r
 249        {\r
 250          fr.featureGroups = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureGroups;\r
 251          fr.featureColours = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours;\r
 252          fr.transparency = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().transparency;\r
 253          fr.sequenceFeatures = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().sequenceFeatures;\r
 254        }\r
 255 \r
 256         int alwidth = av.alignment.getWidth();\r
 257         int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 258 \r
 259         setPreferredSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 260 \r
 261         int fullsizeWidth = alwidth * av.getCharWidth();\r
 262         int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();\r
 263 \r
 264         scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 265         scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 266 \r
 267         miniMe = new BufferedImage(width, sequencesHeight + graphHeight,\r
 268                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 269 \r
 270 \r
 271         Graphics mg = miniMe.getGraphics();\r
 272         mg.setColor(Color.orange);\r
 273         mg.fillRect(0,0,width, miniMe.getHeight());\r
 274 \r
 275         float sampleCol = (float) alwidth / (float) width;\r
 276         float sampleRow = (float) alheight / (float) sequencesHeight;\r
 277 \r
 278         int lastcol=-1, lastrow=-1;\r
 279         int color = Color.white.getRGB();\r
 280         int row, col;\r
 281         for (row = 0; row < sequencesHeight; row++)\r
 282         {\r
 283             for (col = 0; col < width; col++)\r
 284             {\r
 285             if((int)(col*sampleCol) == lastcol && (int)(row*sampleRow)==lastrow)\r
 286             {\r
 287               miniMe.setRGB(col,row,color);\r
 288               continue;\r
 289             }\r
 290 \r
 291             lastrow = (int)(row*sampleRow);\r
 292             lastcol = (int)(col*sampleCol);\r
 293 \r
 294             if(av.alignment.getSequenceAt(lastrow).getLength()>lastcol)\r
 295             {\r
 296              color = sr.getResidueBoxColour(\r
 297                 av.alignment.getSequenceAt(lastrow), lastcol).getRGB();\r
 298 \r
 299              if(av.showSequenceFeatures)\r
 300                  color = fr.findFeatureColour(color,  lastrow, lastcol);\r
 301 \r
 302              }\r
 303              else\r
 304              {\r
 305                color = -1; //White\r
 306              }\r
 307 \r
 308             miniMe.setRGB(col,row,color);\r
 309 \r
 310 \r
 311           }\r
 312         }\r
 313 \r
 314         if (av.conservation != null)\r
 315         {\r
 316           for (col = 0; col < width; col++)\r
 317           {\r
 318             lastcol = (int) (col * sampleCol);\r
 319             {\r
 320               mg.translate(col, sequencesHeight);\r
 321               ap.annotationPanel.drawGraph(mg, av.conservation,\r
 322                                            (int) (sampleCol) + 1,\r
 323                                            graphHeight,\r
 324                                            (int) (col * sampleCol),\r
 325                                            (int) (col * sampleCol) + 1);\r
 326               mg.translate( -col, -sequencesHeight);\r
 327             }\r
 328           }\r
 329         }\r
 330         System.gc();\r
 331 \r
 332         resizing = false;\r
 333 \r
 334         setBoxPosition();\r
 335 \r
 336         if(resizeAgain)\r
 337         {\r
 338           resizeAgain = false;\r
 339           updateOverviewImage();\r
 340         }\r
 341     }\r
 342 \r
 343     /**\r
 344      * DOCUMENT ME!\r
 345      */\r
 346     public void setBoxPosition()\r
 347     {\r
 348       int fullsizeWidth = av.alignment.getWidth() * av.getCharWidth();\r
 349       int fullsizeHeight = av.alignment.getHeight() * av.getCharHeight();\r
 350 \r
 351       scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 352       scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 353 \r
 354         boxX = (int) (av.getStartRes() * av.getCharWidth() * scalew);\r
 355         boxY = (int) (av.getStartSeq() * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 356         boxWidth = (int) ((av.getEndRes() - av.getStartRes() + 1) * av.getCharWidth() * scalew);\r
 357         boxHeight = (int) (av.getEndSeq() * av.getCharHeight() * scaleh) -\r
 358             boxY;\r
 359         repaint();\r
 360     }\r
 361 \r
 362     /**\r
 363      * DOCUMENT ME!\r
 364      *\r
 365      * @param g DOCUMENT ME!\r
 366      */\r
 367     public void paintComponent(Graphics g)\r
 368     {\r
 369         if (miniMe != null && !resizing)\r
 370         {\r
 371           g.drawImage(miniMe, 0, 0, this);\r
 372         }\r
 373         else\r
 374         {\r
 375           g.setColor(Color.white);\r
 376           g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 377           g.setColor(Color.black);\r
 378           g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 15));\r
 379           g.drawString("Recalculating", 5, sequencesHeight / 2);\r
 380           g.drawString("Overview.....", 5, (sequencesHeight / 2) + 20);\r
 381         }\r
 382 \r
 383 \r
 384         g.setColor(Color.red);\r
 385         g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);\r
 386         g.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);\r
 387 \r
 388     }\r
 389 }\r