src/jalview/gui/OverviewPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 import java.awt.event.*;\r
  23 import java.awt.image.*;\r
  24 \r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * DOCUMENT ME!\r
  30  *\r
  31  * @author $author$\r
  32  * @version $Revision$\r
  33  */\r
  34 public class OverviewPanel extends JPanel implements Runnable\r
  35 {\r
  36     BufferedImage miniMe;\r
  37     AlignViewport av;\r
  38     AlignmentPanel ap;\r
  39     float scalew = 1f;\r
  40     float scaleh = 1f;\r
  41     int width;\r
  42     int sequencesHeight;\r
  43     int graphHeight = 20;\r
  44     int boxX = -1;\r
  45     int boxY = -1;\r
  46     int boxWidth = -1;\r
  47     int boxHeight = -1;\r
  48     boolean resizing = false;\r
  49 \r
  50     // Can set different properties in this seqCanvas than\r
  51     // main visible SeqCanvas\r
  52     SequenceRenderer sr;\r
  53     FeatureRenderer fr;\r
  54 \r
  55     /**\r
  56      * Creates a new OverviewPanel object.\r
  57      *\r
  58      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  59      */\r
  60     public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)\r
  61     {\r
  62         this.av = ap.av;\r
  63         this.ap = ap;\r
  64         setLayout(null);\r
  65 \r
  66         sr = new SequenceRenderer(av);\r
  67         sr.renderGaps( false );\r
  68         fr = new FeatureRenderer(av);\r
  69 \r
  70 \r
  71         // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment\r
  72         float initialScale = (float) av.alignment.getWidth() / (float) av.alignment.getHeight();\r
  73 \r
  74         if(av.conservation==null)\r
  75           graphHeight = 0;\r
  76 \r
  77 \r
  78         if (av.alignment.getWidth() > av.alignment.getHeight())\r
  79         {\r
  80             // wider\r
  81             width = 400;\r
  82             sequencesHeight = (int) (400f / initialScale);\r
  83             if(sequencesHeight<40)\r
  84               sequencesHeight = 40;\r
  85         }\r
  86         else\r
  87         {\r
  88             // taller\r
  89             width = (int) (400f * initialScale);\r
  90             sequencesHeight = 300;\r
  91 \r
  92             if (width < 120)\r
  93             {\r
  94                 width = 120;\r
  95             }\r
  96         }\r
  97 \r
  98         addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  99             {\r
 100                 public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
 101                 {\r
 102                     if ((getWidth() != width) ||\r
 103                             (getHeight() != (sequencesHeight + graphHeight)))\r
 104                     {\r
 105                         updateOverviewImage();\r
 106                     }\r
 107                 }\r
 108             });\r
 109 \r
 110         addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
 111             {\r
 112                 public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 113                 {\r
 114                   if(!av.wrapAlignment)\r
 115                     doMouseDragged(evt);\r
 116                 }\r
 117             });\r
 118 \r
 119         addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 120             {\r
 121                 public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 122                 {\r
 123                   if(!av.wrapAlignment)\r
 124                     doMousePressed(evt);\r
 125                 }\r
 126 \r
 127                 public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 128                 {\r
 129                   if(!av.wrapAlignment)\r
 130                     doMouseReleased(evt);\r
 131                 }\r
 132             });\r
 133 \r
 134         updateOverviewImage();\r
 135     }\r
 136 \r
 137     /**\r
 138      * DOCUMENT ME!\r
 139      *\r
 140      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 141      */\r
 142     public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 143     {\r
 144         boxX = evt.getX();\r
 145         boxY = evt.getY();\r
 146 \r
 147         checkValid();\r
 148         repaint();\r
 149     }\r
 150 \r
 151     /**\r
 152      * DOCUMENT ME!\r
 153      *\r
 154      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 155      */\r
 156     public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 157     {\r
 158         boxX = evt.getX();\r
 159         boxY = evt.getY();\r
 160         checkValid();\r
 161 \r
 162         ap.setScrollValues((int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 163                 (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 164     }\r
 165 \r
 166     /**\r
 167      * DOCUMENT ME!\r
 168      *\r
 169      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 170      */\r
 171     public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 172     {\r
 173         boxX = evt.getX();\r
 174         boxY = evt.getY();\r
 175         checkValid();\r
 176 \r
 177         ap.setScrollValues( (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 178                            (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 179        repaint();\r
 180     }\r
 181 \r
 182     /**\r
 183      * DOCUMENT ME!\r
 184      */\r
 185     void checkValid()\r
 186     {\r
 187         if (boxY < 0)\r
 188         {\r
 189             boxY = 0;\r
 190         }\r
 191 \r
 192         if (boxY > (sequencesHeight - boxHeight))\r
 193         {\r
 194             boxY = sequencesHeight - boxHeight + 1;\r
 195         }\r
 196 \r
 197         if (boxX < 0)\r
 198         {\r
 199             boxX = 0;\r
 200         }\r
 201 \r
 202         if (boxX > (width - boxWidth))\r
 203         {\r
 204             boxX = width - boxWidth;\r
 205         }\r
 206     }\r
 207 \r
 208     /**\r
 209      * DOCUMENT ME!\r
 210      */\r
 211     public void updateOverviewImage()\r
 212     {\r
 213         if (resizing)\r
 214         {\r
 215             resizeAgain = true;\r
 216             return;\r
 217         }\r
 218 \r
 219         resizing = true;\r
 220 \r
 221         if ( (getWidth() > 0) && (getHeight() > 0))\r
 222         {\r
 223           width = getWidth();\r
 224           sequencesHeight = getHeight() - graphHeight;\r
 225         }\r
 226 \r
 227         setPreferredSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 228         setBoxPosition();\r
 229 \r
 230         Thread thread = new Thread(this);\r
 231         thread.start();\r
 232         repaint();\r
 233     }\r
 234 \r
 235     // This is set true if the user resizes whilst\r
 236     // the overview is being calculated\r
 237     boolean resizeAgain = false;\r
 238 \r
 239     /**\r
 240      * DOCUMENT ME!\r
 241      */\r
 242     public void run()\r
 243     {\r
 244         miniMe = null;\r
 245 \r
 246        if (av.showSequenceFeatures)\r
 247        {\r
 248          fr.featuresDisplayed = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().\r
 249              featuresDisplayed;\r
 250          fr.featureGroups = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureGroups;\r
 251          fr.featureColours = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours;\r
 252          fr.transparency = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().transparency;\r
 253        }\r
 254 \r
 255         int alwidth = av.alignment.getWidth();\r
 256         int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 257 \r
 258         setPreferredSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 259 \r
 260         int fullsizeWidth = alwidth * av.getCharWidth();\r
 261         int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();\r
 262 \r
 263         scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 264         scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 265 \r
 266         miniMe = new BufferedImage(width, sequencesHeight + graphHeight,\r
 267                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 268 \r
 269 \r
 270         Graphics mg = miniMe.getGraphics();\r
 271         mg.setColor(Color.orange);\r
 272         mg.fillRect(0,0,width, miniMe.getHeight());\r
 273 \r
 274         float sampleCol = (float) alwidth / (float) width;\r
 275         float sampleRow = (float) alheight / (float) sequencesHeight;\r
 276 \r
 277         int lastcol=-1, lastrow=-1;\r
 278         Color color = Color.white;\r
 279         for (int col = 0; col < width; col++)\r
 280         {\r
 281           for (int row = 0; row < sequencesHeight; row++)\r
 282           {\r
 283             if((int)(col*sampleCol) == lastcol && (int)(row*sampleRow)==lastrow)\r
 284             {\r
 285               miniMe.setRGB(col,row,color.getRGB());\r
 286               continue;\r
 287             }\r
 288 \r
 289             lastrow = (int)(row*sampleRow);\r
 290             lastcol = (int)(col*sampleCol);\r
 291 \r
 292             if(av.alignment.getSequenceAt(lastrow).getLength()>lastcol)\r
 293             {\r
 294              color = sr.getResidueBoxColour(\r
 295                 av.alignment.getSequenceAt(lastrow), lastcol);\r
 296 \r
 297              if(av.showSequenceFeatures)\r
 298                  color = fr.findFeatureColour(color,  av.alignment.getSequenceAt(lastrow),\r
 299                                              lastcol);\r
 300 \r
 301             }\r
 302 \r
 303             miniMe.setRGB(col,row,color.getRGB());\r
 304 \r
 305             if (av.conservation != null)\r
 306             {\r
 307               mg.translate(col, sequencesHeight);\r
 308               ap.annotationPanel.drawGraph(mg, av.conservation,\r
 309                                            (int) (sampleCol) + 1,\r
 310                                            graphHeight,\r
 311                                            (int) (col * sampleCol),\r
 312                                            (int) (col * sampleCol) + 1);\r
 313               mg.translate(-col, -sequencesHeight);\r
 314             }\r
 315           }\r
 316         }\r
 317 \r
 318         System.gc();\r
 319 \r
 320         resizing = false;\r
 321 \r
 322         setBoxPosition();\r
 323 \r
 324         if(resizeAgain)\r
 325         {\r
 326           resizeAgain = false;\r
 327           updateOverviewImage();\r
 328         }\r
 329     }\r
 330 \r
 331     /**\r
 332      * DOCUMENT ME!\r
 333      */\r
 334     public void setBoxPosition()\r
 335     {\r
 336       int fullsizeWidth = av.alignment.getWidth() * av.getCharWidth();\r
 337       int fullsizeHeight = av.alignment.getHeight() * av.getCharHeight();\r
 338 \r
 339       scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 340       scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 341 \r
 342         boxX = (int) (av.getStartRes() * av.getCharWidth() * scalew);\r
 343         boxY = (int) (av.getStartSeq() * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 344         boxWidth = (int) ((av.getEndRes() - av.getStartRes() + 1) * av.getCharWidth() * scalew);\r
 345         boxHeight = (int) (av.getEndSeq() * av.getCharHeight() * scaleh) -\r
 346             boxY;\r
 347         repaint();\r
 348     }\r
 349 \r
 350     /**\r
 351      * DOCUMENT ME!\r
 352      *\r
 353      * @param g DOCUMENT ME!\r
 354      */\r
 355     public void paintComponent(Graphics g)\r
 356     {\r
 357         if (miniMe != null && !resizing)\r
 358         {\r
 359           g.drawImage(miniMe, 0, 0, this);\r
 360         }\r
 361         else\r
 362         {\r
 363           g.setColor(Color.white);\r
 364           g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 365           g.setColor(Color.black);\r
 366           g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 15));\r
 367           g.drawString("Recalculating", 5, sequencesHeight / 2);\r
 368           g.drawString("Overview.....", 5, (sequencesHeight / 2) + 20);\r
 369         }\r
 370 \r
 371 \r
 372         g.setColor(Color.red);\r
 373         g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);\r
 374         g.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);\r
 375 \r
 376     }\r
 377 }\r