src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.analysis.PCA;\r
   5 import jalview.jbgui.*;\r
   6 import java.awt.*;\r
   7 import java.awt.event.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 \r
  10 \r
  11 public class PCAPanel extends GPCAPanel implements Runnable\r
  12 {\r
  13   PCA pca;\r
  14   int top;\r
  15   RotatableCanvas rc;\r
  16   AlignViewport av;\r
  17 \r
  18   public void run()\r
  19   {\r
  20     // do stuff\r
  21   }\r
  22 \r
  23   public PCAPanel(AlignViewport av, SequenceI[] s) {\r
  24 \r
  25     this.av = av;\r
  26     if(s==null)\r
  27     {\r
  28       s = new Sequence[av.getAlignment().getHeight()];\r
  29       for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
  30         s[i] = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
  31      }\r
  32 \r
  33 //////////////////////This part was done in PCATHread originally. Is it too slow???\r
  34     pca = new PCA(s);\r
  35     pca.run();\r
  36 \r
  37     // Now find the component coordinates\r
  38     int ii=0;\r
  39     while (ii < s.length && s[ii] != null)\r
  40     {\r
  41       ii++;\r
  42     }\r
  43 \r
  44     double[][] comps = new double[ii][ii];\r
  45 \r
  46     for (int i=0; i < ii; i++ )\r
  47     {\r
  48       if (pca.getEigenvalue(i) > 1e-4)\r
  49       {\r
  50         comps[i]  = pca.component(i);\r
  51       }\r
  52     }\r
  53 \r
  54     //////////////////\r
  55 \r
  56     xCombobox.setSelectedIndex(0);\r
  57     yCombobox.setSelectedIndex(1);\r
  58     zCombobox.setSelectedIndex(2);\r
  59 \r
  60     top = pca.getM().rows-1;\r
  61 \r
  62     Vector points = new Vector();\r
  63     float[][] scores = pca.getComponents(top-1,top-2,top-3,100);\r
  64 \r
  65     for (int i =0; i < pca.getM().rows; i++ ) {\r
  66       SequencePoint sp = new SequencePoint(s[i],scores[i]);\r
  67       points.addElement(sp);\r
  68     }\r
  69     rc = new RotatableCanvas(av,points,pca.getM().rows);\r
  70 \r
  71     //rc.printPoints();\r
  72 \r
  73     add(rc, BorderLayout.CENTER);\r
  74   }\r
  75 \r
  76 \r
  77   void doDimensionChange()\r
  78   {\r
  79     if(top==0)\r
  80       return;\r
  81 \r
  82     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();\r
  83     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();\r
  84     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();\r
  85 \r
  86     float[][] scores  = pca.getComponents(dim1,dim2,dim3,100);\r
  87     for (int i=0; i < pca.getM().rows; i++) {\r
  88       ((SequencePoint)rc.points.elementAt(i)).coord = scores[i];\r
  89     }\r
  90 \r
  91     rc.img = null;\r
  92     rc.rotmat.setIdentity();\r
  93     rc.initAxes();\r
  94     rc.paint(rc.getGraphics());\r
  95   }\r
  96 \r
  97   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  98   {\r
  99     doDimensionChange();\r
 100   }\r
 101 \r
 102   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 103   {\r
 104     doDimensionChange();\r
 105   }\r
 106 \r
 107   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 108   {\r
 109     doDimensionChange();\r
 110   }\r
 111 \r
 112 }\r