src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.jbgui.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 \r
  30 import java.util.*;\r
  31 import javax.swing.JOptionPane;\r
  32 \r
  33 \r
  34 /**\r
  35  * DOCUMENT ME!\r
  36  *\r
  37  * @author $author$\r
  38  * @version $Revision$\r
  39  */\r
  40 public class PCAPanel extends GPCAPanel implements Runnable\r
  41 {\r
  42     PCA pca;\r
  43     int top;\r
  44     RotatableCanvas rc;\r
  45     AlignViewport av;\r
  46     SequenceI [] seqs;\r
  47 \r
  48     /**\r
  49      * Creates a new PCAPanel object.\r
  50      *\r
  51      * @param av DOCUMENT ME!\r
  52      * @param s DOCUMENT ME!\r
  53      */\r
  54     public PCAPanel(AlignViewport av)\r
  55     {\r
  56         this.av = av;\r
  57 \r
  58         if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
  59                 (av.getSelectionGroup().getSize() > 3))\r
  60         {\r
  61             seqs = new Sequence[av.getSelectionGroup().getSize()];\r
  62 \r
  63             for (int i = 0; i < av.getSelectionGroup().getSize(); i++)\r
  64             {\r
  65                 seqs[i] = av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i);\r
  66             }\r
  67         }\r
  68         else\r
  69         {\r
  70             seqs = new Sequence[av.getAlignment().getHeight()];\r
  71 \r
  72             for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
  73             {\r
  74                 seqs[i] = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
  75             }\r
  76         }\r
  77 \r
  78 \r
  79         rc = new RotatableCanvas(av);\r
  80         add(rc, BorderLayout.CENTER);\r
  81         Thread worker = new Thread(this);\r
  82         worker.start();\r
  83     }\r
  84 \r
  85 \r
  86 \r
  87     /**\r
  88      * DOCUMENT ME!\r
  89      */\r
  90     public void run()\r
  91     {\r
  92       try{\r
  93         pca = new PCA(seqs);\r
  94         pca.run();\r
  95 \r
  96         // Now find the component coordinates\r
  97         int ii = 0;\r
  98 \r
  99         while ( (ii < seqs.length) && (seqs[ii] != null))\r
 100         {\r
 101           ii++;\r
 102         }\r
 103 \r
 104         double[][] comps = new double[ii][ii];\r
 105 \r
 106         for (int i = 0; i < ii; i++)\r
 107         {\r
 108           if (pca.getEigenvalue(i) > 1e-4)\r
 109           {\r
 110             comps[i] = pca.component(i);\r
 111           }\r
 112         }\r
 113 \r
 114         //////////////////\r
 115         xCombobox.setSelectedIndex(0);\r
 116         yCombobox.setSelectedIndex(1);\r
 117         zCombobox.setSelectedIndex(2);\r
 118 \r
 119         top = pca.getM().rows - 1;\r
 120 \r
 121         Vector points = new Vector();\r
 122         float[][] scores = pca.getComponents(top - 1, top - 2, top - 3, 100);\r
 123 \r
 124         for (int i = 0; i < pca.getM().rows; i++)\r
 125         {\r
 126           SequencePoint sp = new SequencePoint(seqs[i], scores[i]);\r
 127           points.addElement(sp);\r
 128         }\r
 129 \r
 130         rc.setPoints(points, pca.getM().rows);\r
 131         rc.repaint();\r
 132         seqs = null;\r
 133       }\r
 134      catch(OutOfMemoryError er)\r
 135       { JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 136                                               "Out of memory calculating PCA!!"\r
 137                                               +\r
 138                                               "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 139                                               , "Out of memory",\r
 140                                               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 141         System.out.println("PCAPanel: "+er);\r
 142         System.gc();\r
 143 \r
 144       }\r
 145 \r
 146     }\r
 147 \r
 148     /**\r
 149      * DOCUMENT ME!\r
 150      */\r
 151     void doDimensionChange()\r
 152     {\r
 153         if (top == 0)\r
 154         {\r
 155             return;\r
 156         }\r
 157 \r
 158         int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();\r
 159         int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();\r
 160         int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();\r
 161 \r
 162         float[][] scores = pca.getComponents(dim1, dim2, dim3, 100);\r
 163 \r
 164         for (int i = 0; i < pca.getM().rows; i++)\r
 165         {\r
 166             ((SequencePoint) rc.points.elementAt(i)).coord = scores[i];\r
 167         }\r
 168 \r
 169         rc.img = null;\r
 170         rc.rotmat.setIdentity();\r
 171         rc.initAxes();\r
 172         rc.paint(rc.getGraphics());\r
 173     }\r
 174 \r
 175     /**\r
 176      * DOCUMENT ME!\r
 177      *\r
 178      * @param e DOCUMENT ME!\r
 179      */\r
 180     protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 181     {\r
 182         doDimensionChange();\r
 183     }\r
 184 \r
 185     /**\r
 186      * DOCUMENT ME!\r
 187      *\r
 188      * @param e DOCUMENT ME!\r
 189      */\r
 190     protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 191     {\r
 192         doDimensionChange();\r
 193     }\r
 194 \r
 195     /**\r
 196      * DOCUMENT ME!\r
 197      *\r
 198      * @param e DOCUMENT ME!\r
 199      */\r
 200     protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 201     {\r
 202         doDimensionChange();\r
 203     }\r
 204 }\r