src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.jbgui.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 \r
  30 import java.util.*;\r
  31 import javax.swing.JOptionPane;\r
  32 import javax.swing.JInternalFrame;\r
  33 \r
  34 \r
  35 /**\r
  36  * DOCUMENT ME!\r
  37  *\r
  38  * @author $author$\r
  39  * @version $Revision$\r
  40  */\r
  41 public class PCAPanel extends GPCAPanel implements Runnable\r
  42 {\r
  43     PCA pca;\r
  44     int top;\r
  45     RotatableCanvas rc;\r
  46     AlignViewport av;\r
  47     SequenceI [] seqs;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Creates a new PCAPanel object.\r
  51      *\r
  52      * @param av DOCUMENT ME!\r
  53      * @param s DOCUMENT ME!\r
  54      */\r
  55     public PCAPanel(AlignViewport av)\r
  56     {\r
  57         this.av = av;\r
  58 \r
  59         boolean sameLength = true;\r
  60 \r
  61         if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
  62                 (av.getSelectionGroup().getSize() > 3))\r
  63         {\r
  64             seqs = new Sequence[av.getSelectionGroup().getSize()];\r
  65             int length = av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0).getLength();\r
  66             for (int i = 0; i < av.getSelectionGroup().getSize(); i++)\r
  67             {\r
  68                 seqs[i] = av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i);\r
  69                 if(seqs[i].getLength()!=length)\r
  70                 {\r
  71                   sameLength = false;\r
  72                   break;\r
  73                 }\r
  74             }\r
  75         }\r
  76         else\r
  77         {\r
  78             seqs = new Sequence[av.getAlignment().getHeight()];\r
  79             int length = av.alignment.getSequenceAt(0).getLength();\r
  80 \r
  81             for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
  82             {\r
  83                 seqs[i] = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
  84                 if(seqs[i].getLength()!=length)\r
  85                {\r
  86                  sameLength = false;\r
  87                  break;\r
  88                }\r
  89 \r
  90             }\r
  91         }\r
  92 \r
  93         if (!sameLength)\r
  94         {\r
  95           JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
  96                                         "The sequences must be aligned before calculating PCA.\n" +\r
  97                                         "Try using the Pad function in the edit menu,\n" +\r
  98                                         "or one of the multiple sequence alignment web services.",\r
  99                                         "Sequences not aligned",\r
 100                                         JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 101 \r
 102           return;\r
 103         }\r
 104 \r
 105         JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
 106         frame.setContentPane(this);\r
 107         Desktop.addInternalFrame(frame, "Principal component analysis",\r
 108                                400, 400);\r
 109 \r
 110 \r
 111         rc = new RotatableCanvas(av);\r
 112         add(rc, BorderLayout.CENTER);\r
 113         Thread worker = new Thread(this);\r
 114         worker.start();\r
 115     }\r
 116 \r
 117 \r
 118 \r
 119     /**\r
 120      * DOCUMENT ME!\r
 121      */\r
 122     public void run()\r
 123     {\r
 124       try{\r
 125         pca = new PCA(seqs);\r
 126         pca.run();\r
 127 \r
 128         // Now find the component coordinates\r
 129         int ii = 0;\r
 130 \r
 131         while ( (ii < seqs.length) && (seqs[ii] != null))\r
 132         {\r
 133           ii++;\r
 134         }\r
 135 \r
 136         double[][] comps = new double[ii][ii];\r
 137 \r
 138         for (int i = 0; i < ii; i++)\r
 139         {\r
 140           if (pca.getEigenvalue(i) > 1e-4)\r
 141           {\r
 142             comps[i] = pca.component(i);\r
 143           }\r
 144         }\r
 145 \r
 146         //////////////////\r
 147         xCombobox.setSelectedIndex(0);\r
 148         yCombobox.setSelectedIndex(1);\r
 149         zCombobox.setSelectedIndex(2);\r
 150 \r
 151         top = pca.getM().rows - 1;\r
 152 \r
 153         Vector points = new Vector();\r
 154         float[][] scores = pca.getComponents(top - 1, top - 2, top - 3, 100);\r
 155 \r
 156         for (int i = 0; i < pca.getM().rows; i++)\r
 157         {\r
 158           SequencePoint sp = new SequencePoint(seqs[i], scores[i]);\r
 159           points.addElement(sp);\r
 160         }\r
 161 \r
 162         rc.setPoints(points, pca.getM().rows);\r
 163         rc.repaint();\r
 164         seqs = null;\r
 165       }\r
 166      catch(OutOfMemoryError er)\r
 167       { JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 168                                               "Out of memory calculating PCA!!"\r
 169                                               +\r
 170                                               "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 171                                               , "Out of memory",\r
 172                                               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 173         System.out.println("PCAPanel: "+er);\r
 174         System.gc();\r
 175 \r
 176       }\r
 177 \r
 178     }\r
 179 \r
 180     /**\r
 181      * DOCUMENT ME!\r
 182      */\r
 183     void doDimensionChange()\r
 184     {\r
 185         if (top == 0)\r
 186         {\r
 187             return;\r
 188         }\r
 189 \r
 190         int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();\r
 191         int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();\r
 192         int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();\r
 193 \r
 194         float[][] scores = pca.getComponents(dim1, dim2, dim3, 100);\r
 195 \r
 196         for (int i = 0; i < pca.getM().rows; i++)\r
 197         {\r
 198             ((SequencePoint) rc.points.elementAt(i)).coord = scores[i];\r
 199         }\r
 200 \r
 201         rc.img = null;\r
 202         rc.rotmat.setIdentity();\r
 203         rc.initAxes();\r
 204         rc.paint(rc.getGraphics());\r
 205     }\r
 206 \r
 207     /**\r
 208      * DOCUMENT ME!\r
 209      *\r
 210      * @param e DOCUMENT ME!\r
 211      */\r
 212     protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 213     {\r
 214         doDimensionChange();\r
 215     }\r
 216 \r
 217     /**\r
 218      * DOCUMENT ME!\r
 219      *\r
 220      * @param e DOCUMENT ME!\r
 221      */\r
 222     protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 223     {\r
 224         doDimensionChange();\r
 225     }\r
 226 \r
 227     /**\r
 228      * DOCUMENT ME!\r
 229      *\r
 230      * @param e DOCUMENT ME!\r
 231      */\r
 232     protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 233     {\r
 234         doDimensionChange();\r
 235     }\r
 236 }\r