src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.jbgui.*;\r
  29 \r
  30 public class PCAPanel\r
  31     extends GPCAPanel implements Runnable\r
  32 {\r
  33   PCA pca;\r
  34   int top;\r
  35   RotatableCanvas rc;\r
  36   AlignViewport av;\r
  37 \r
  38   public PCAPanel(AlignViewport av, SequenceI[] s)\r
  39   {\r
  40     this.av = av;\r
  41 \r
  42     if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
  43         (av.getSelectionGroup().getSize() > 3))\r
  44     {\r
  45       s = new Sequence[av.getSelectionGroup().getSize()];\r
  46 \r
  47       for (int i = 0; i < s.length; i++)\r
  48       {\r
  49         s[i] = av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i);\r
  50       }\r
  51     }\r
  52 \r
  53     if (s == null)\r
  54     {\r
  55       s = new Sequence[av.getAlignment().getHeight()];\r
  56 \r
  57       for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
  58       {\r
  59         s[i] = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
  60       }\r
  61     }\r
  62 \r
  63     //////////////////////This part was done in PCATHread originally. Is it too slow???\r
  64     pca = new PCA(s);\r
  65     pca.run();\r
  66 \r
  67     // Now find the component coordinates\r
  68     int ii = 0;\r
  69 \r
  70     while ( (ii < s.length) && (s[ii] != null))\r
  71     {\r
  72       ii++;\r
  73     }\r
  74 \r
  75     double[][] comps = new double[ii][ii];\r
  76 \r
  77     for (int i = 0; i < ii; i++)\r
  78     {\r
  79       if (pca.getEigenvalue(i) > 1e-4)\r
  80       {\r
  81         comps[i] = pca.component(i);\r
  82       }\r
  83     }\r
  84 \r
  85     //////////////////\r
  86     xCombobox.setSelectedIndex(0);\r
  87     yCombobox.setSelectedIndex(1);\r
  88     zCombobox.setSelectedIndex(2);\r
  89 \r
  90     top = pca.getM().rows - 1;\r
  91 \r
  92     Vector points = new Vector();\r
  93     float[][] scores = pca.getComponents(top - 1, top - 2, top - 3, 100);\r
  94 \r
  95     for (int i = 0; i < pca.getM().rows; i++)\r
  96     {\r
  97       SequencePoint sp = new SequencePoint(s[i], scores[i]);\r
  98       points.addElement(sp);\r
  99     }\r
 100 \r
 101     rc = new RotatableCanvas(av, points, pca.getM().rows);\r
 102 \r
 103     //rc.printPoints();\r
 104     add(rc, BorderLayout.CENTER);\r
 105   }\r
 106 \r
 107   public void run()\r
 108   {\r
 109     // do stuff\r
 110   }\r
 111 \r
 112   void doDimensionChange()\r
 113   {\r
 114     if (top == 0)\r
 115     {\r
 116       return;\r
 117     }\r
 118 \r
 119     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();\r
 120     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();\r
 121     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();\r
 122 \r
 123     float[][] scores = pca.getComponents(dim1, dim2, dim3, 100);\r
 124 \r
 125     for (int i = 0; i < pca.getM().rows; i++)\r
 126     {\r
 127       ( (SequencePoint) rc.points.elementAt(i)).coord = scores[i];\r
 128     }\r
 129 \r
 130     rc.img = null;\r
 131     rc.rotmat.setIdentity();\r
 132     rc.initAxes();\r
 133     rc.paint(rc.getGraphics());\r
 134   }\r
 135 \r
 136   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 137   {\r
 138     doDimensionChange();\r
 139   }\r
 140 \r
 141   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 142   {\r
 143     doDimensionChange();\r
 144   }\r
 145 \r
 146   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 147   {\r
 148     doDimensionChange();\r
 149   }\r
 150 }\r