src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  24 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  25 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  26 import jalview.api.analysis.ViewBasedAnalysisI;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.datamodel.Alignment;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  31 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  32 import jalview.datamodel.SeqCigar;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  37 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  38
  39 import java.awt.BorderLayout;
  40 import java.awt.Color;
  41 import java.awt.Graphics;
  42 import java.awt.event.ActionEvent;
  43 import java.awt.event.ActionListener;
  44 import java.awt.print.PageFormat;
  45 import java.awt.print.Printable;
  46 import java.awt.print.PrinterException;
  47 import java.awt.print.PrinterJob;
  48
  49 import javax.swing.ButtonGroup;
  50 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  51 import javax.swing.JColorChooser;
  52 import javax.swing.JMenuItem;
  53 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  54 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  55 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  56
  57 /**
  58  * DOCUMENT ME!
  59  *
  60  * @author $author$
  61  * @version $Revision$
  62  */
  63 public class PCAPanel extends GPCAPanel implements Runnable,
  64         IProgressIndicator
  65 {
  66
  67   private IProgressIndicator progressBar;
  68
  69   RotatableCanvas rc;
  70
  71   AlignmentPanel ap;
  72
  73   AlignmentViewport av;
  74
  75   PCAModel pcaModel;
  76
  77   int top = 0;
  78
  79   /**
  80    * Creates a new PCAPanel object.
  81    *
  82    * @param av
  83    *          DOCUMENT ME!
  84    * @param s
  85    *          DOCUMENT ME!
  86    */
  87   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel)
  88   {
  89     super();
  90     this.av = alignPanel.av;
  91     this.ap = alignPanel;
  92
  93     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
  94
  95     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
  96     {
  97       @Override
  98       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
  99       {
 100         close_actionPerformed();
 101       }
 102     });
 103
 104     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
 105             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
 106     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
 107     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
 108     SequenceI[] seqs;
 109     if (!selected)
 110     {
 111       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 112     }
 113     else
 114     {
 115       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 116     }
 117
 118     // TODO can we allow PCA on unaligned data given choice of
 119     // similarity measure parameters?
 120     if (!checkAligned(seqstrings))
 121     {
 122       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
 123               MessageManager.getString("label.pca_sequences_not_aligned"),
 124               MessageManager.getString("label.sequences_not_aligned"),
 125               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 126
 127       return;
 128     }
 129
 130     pcaModel = new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide,
 131             SimilarityParams.SeqSpace);
 132     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 133
 134     rc = new RotatableCanvas(alignPanel);
 135     this.getContentPane().add(rc, BorderLayout.CENTER);
 136     Thread worker = new Thread(this);
 137     worker.start();
 138   }
 139
 140   /**
 141    * Answers true if all sequences have the same aligned length, else false
 142    *
 143    * @param seqstrings
 144    * @return
 145    */
 146   protected boolean checkAligned(AlignmentView seqstrings)
 147   {
 148     SeqCigar sq[] = seqstrings.getSequences();
 149     int length = sq[0].getWidth();
 150     boolean sameLength = true;
 151     for (int i = 0; i < sq.length; i++)
 152     {
 153       if (sq[i].getWidth() != length)
 154       {
 155         sameLength = false;
 156         break;
 157       }
 158     }
 159     return sameLength;
 160   }
 161
 162   /**
 163    * Ensure references to potentially very large objects (the PCA matrices) are
 164    * nulled when the frame is closed
 165    */
 166   protected void close_actionPerformed()
 167   {
 168     pcaModel = null;
 169   }
 170
 171   /**
 172    * Repopulate the options and actions under the score model menu when it is
 173    * selected. Options will depend on whether 'nucleotide' or 'peptide'
 174    * modelling is selected (and also possibly on whether any additional score
 175    * models have been added).
 176    */
 177   @Override
 178   protected void scoreModel_menuSelected()
 179   {
 180     scoreModelMenu.removeAll();
 181     for (final ScoreModelI sm : ScoreModels.getInstance().getModels())
 182     {
 183       final String name = sm.getName();
 184       // create an entry for this score matrix for use in PCA
 185       JCheckBoxMenuItem jm = new JCheckBoxMenuItem();
 186       jm.setText(MessageManager.getStringOrReturn("label.score_model_",
 187               name));
 188       jm.setSelected(pcaModel.getScoreModelName().equals(name));
 189       if ((pcaModel.isNucleotide() && sm.isDNA())
 190               || (!pcaModel.isNucleotide() && sm.isProtein()))
 191       {
 192         jm.addActionListener(new ActionListener()
 193         {
 194           @Override
 195           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 196           {
 197             if (!pcaModel.getScoreModelName().equals(name))
 198             {
 199               ScoreModelI sm2 = configureScoreModel(sm);
 200               pcaModel.setScoreModel(sm2);
 201               Thread worker = new Thread(PCAPanel.this);
 202               worker.start();
 203             }
 204           }
 205         });
 206         scoreModelMenu.add(jm);
 207       }
 208     }
 209   }
 210
 211   @Override
 212   public void bgcolour_actionPerformed(ActionEvent e)
 213   {
 214     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 215             MessageManager.getString("label.select_background_colour"),
 216             rc.bgColour);
 217
 218     if (col != null)
 219     {
 220       rc.bgColour = col;
 221     }
 222     rc.repaint();
 223   }
 224
 225   /**
 226    * DOCUMENT ME!
 227    */
 228   @Override
 229   public void run()
 230   {
 231     long progId = System.currentTimeMillis();
 232     IProgressIndicator progress = this;
 233     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 234     if (getParent() == null)
 235     {
 236       progress = ap.alignFrame;
 237       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 238     }
 239     progress.setProgressBar(message, progId);
 240     try
 241     {
 242       calcSettings.setEnabled(false);
 243       pcaModel.run();
 244       // ////////////////
 245       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 246       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 247       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 248
 249       pcaModel.updateRc(rc);
 250       // rc.invalidate();
 251       nuclSetting.setSelected(pcaModel.isNucleotide());
 252       protSetting.setSelected(!pcaModel.isNucleotide());
 253       jvVersionSetting.setSelected(pcaModel.isJvCalcMode());
 254       top = pcaModel.getTop();
 255
 256     } catch (OutOfMemoryError er)
 257     {
 258       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 259       return;
 260     } finally
 261     {
 262       progress.setProgressBar("", progId);
 263     }
 264     calcSettings.setEnabled(true);
 265     repaint();
 266     if (getParent() == null)
 267     {
 268       addKeyListener(rc);
 269       Desktop.addInternalFrame(this, MessageManager
 270               .getString("label.principal_component_analysis"), 475, 450);
 271     }
 272   }
 273
 274   @Override
 275   protected void nuclSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 276   {
 277     if (!pcaModel.isNucleotide())
 278     {
 279       pcaModel.setNucleotide(true);
 280       pcaModel.setScoreModel(ScoreModels.getInstance().getDefaultModel(
 281               false));
 282       Thread worker = new Thread(this);
 283       worker.start();
 284     }
 285
 286   }
 287
 288   @Override
 289   protected void protSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 290   {
 291
 292     if (pcaModel.isNucleotide())
 293     {
 294       pcaModel.setNucleotide(false);
 295       pcaModel.setScoreModel(ScoreModels.getInstance()
 296               .getDefaultModel(true));
 297       Thread worker = new Thread(this);
 298       worker.start();
 299     }
 300   }
 301
 302   @Override
 303   protected void jvVersionSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 304   {
 305     pcaModel.setJvCalcMode(jvVersionSetting.isSelected());
 306     Thread worker = new Thread(this);
 307     worker.start();
 308   }
 309
 310   /**
 311    * DOCUMENT ME!
 312    */
 313   void doDimensionChange()
 314   {
 315     if (top == 0)
 316     {
 317       return;
 318     }
 319
 320     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();
 321     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();
 322     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();
 323     pcaModel.updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 324     rc.img = null;
 325     rc.rotmat.setIdentity();
 326     rc.initAxes();
 327     rc.paint(rc.getGraphics());
 328   }
 329
 330   /**
 331    * DOCUMENT ME!
 332    *
 333    * @param e
 334    *          DOCUMENT ME!
 335    */
 336   @Override
 337   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 338   {
 339     doDimensionChange();
 340   }
 341
 342   /**
 343    * DOCUMENT ME!
 344    *
 345    * @param e
 346    *          DOCUMENT ME!
 347    */
 348   @Override
 349   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 350   {
 351     doDimensionChange();
 352   }
 353
 354   /**
 355    * DOCUMENT ME!
 356    *
 357    * @param e
 358    *          DOCUMENT ME!
 359    */
 360   @Override
 361   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 362   {
 363     doDimensionChange();
 364   }
 365
 366   @Override
 367   public void outputValues_actionPerformed(ActionEvent e)
 368   {
 369     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 370     try
 371     {
 372       cap.setText(pcaModel.getDetails());
 373       Desktop.addInternalFrame(cap,
 374               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 375     } catch (OutOfMemoryError oom)
 376     {
 377       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 378       cap.dispose();
 379     }
 380   }
 381
 382   @Override
 383   public void showLabels_actionPerformed(ActionEvent e)
 384   {
 385     rc.showLabels(showLabels.getState());
 386   }
 387
 388   @Override
 389   public void print_actionPerformed(ActionEvent e)
 390   {
 391     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 392     printer.start();
 393   }
 394
 395   @Override
 396   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 397   {
 398     // this was cut'n'pasted from the equivalent TreePanel method - we should
 399     // make this an abstract function of all jalview analysis windows
 400     if (pcaModel.getSeqtrings() == null)
 401     {
 402       jalview.bin.Cache.log
 403               .info("Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 404       return;
 405     }
 406     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 407     // warrant a new window to be created
 408     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 409     // yields unaligned seqs)
 410     // or create a selection box around columns in alignment view
 411     // test Alignment(SeqCigar[])
 412     char gc = '-';
 413     try
 414     {
 415       // we try to get the associated view's gap character
 416       // but this may fail if the view was closed...
 417       gc = av.getGapCharacter();
 418     } catch (Exception ex)
 419     {
 420     }
 421     ;
 422     Object[] alAndColsel = pcaModel.getSeqtrings()
 423             .getAlignmentAndColumnSelection(gc);
 424
 425     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 426     {
 427       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 428
 429       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 430       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null) ? av
 431               .getAlignment().getDataset() : null;
 432       if (dataset != null)
 433       {
 434         al.setDataset(dataset);
 435       }
 436
 437       if (true)
 438       {
 439         // make a new frame!
 440         AlignFrame af = new AlignFrame(al,
 441                 (ColumnSelection) alAndColsel[1], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 442                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 443
 444         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 445         // found!!<<<
 446         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 447
 448         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 449         // msaorder);
 450
 451         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 452                 "label.original_data_for_params",
 453                 new String[] { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 454                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 455       }
 456     }
 457     /*
 458      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 459      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 460      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 461      * "\n"); }
 462      *
 463      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 464      */
 465   }
 466
 467   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 468   {
 469     @Override
 470     public void run()
 471     {
 472       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 473       PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());
 474
 475       printJob.setPrintable(this, pf);
 476
 477       if (printJob.printDialog())
 478       {
 479         try
 480         {
 481           printJob.print();
 482         } catch (Exception PrintException)
 483         {
 484           PrintException.printStackTrace();
 485         }
 486       }
 487     }
 488
 489     @Override
 490     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 491             throws PrinterException
 492     {
 493       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 494
 495       rc.drawBackground(pg, rc.bgColour);
 496       rc.drawScene(pg);
 497       if (rc.drawAxes == true)
 498       {
 499         rc.drawAxes(pg);
 500       }
 501
 502       if (pi == 0)
 503       {
 504         return Printable.PAGE_EXISTS;
 505       }
 506       else
 507       {
 508         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 509       }
 510     }
 511   }
 512
 513   /**
 514    * DOCUMENT ME!
 515    *
 516    * @param e
 517    *          DOCUMENT ME!
 518    */
 519   @Override
 520   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 521   {
 522     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS);
 523   }
 524
 525   /**
 526    * DOCUMENT ME!
 527    *
 528    * @param e
 529    *          DOCUMENT ME!
 530    */
 531   @Override
 532   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 533   {
 534     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG);
 535   }
 536
 537   void makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE type)
 538   {
 539     int width = rc.getWidth();
 540     int height = rc.getHeight();
 541
 542     jalview.util.ImageMaker im;
 543
 544     if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG)
 545     {
 546       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 547               jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG, "Make PNG image from PCA",
 548               width, height, null, null, null, 0, false);
 549     }
 550     else if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS)
 551     {
 552       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 553               jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS, "Make EPS file from PCA",
 554               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 555     }
 556     else
 557     {
 558       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 559               jalview.util.ImageMaker.TYPE.SVG, "Make SVG file from PCA",
 560               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 561
 562     }
 563
 564     if (im.getGraphics() != null)
 565     {
 566       rc.drawBackground(im.getGraphics(), Color.black);
 567       rc.drawScene(im.getGraphics());
 568       if (rc.drawAxes == true)
 569       {
 570         rc.drawAxes(im.getGraphics());
 571       }
 572       im.writeImage();
 573     }
 574   }
 575
 576   @Override
 577   public void viewMenu_menuSelected()
 578   {
 579     buildAssociatedViewMenu();
 580   }
 581
 582   void buildAssociatedViewMenu()
 583   {
 584     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 585             .getSequenceSetId());
 586     if (aps.length == 1 && rc.av == aps[0].av)
 587     {
 588       associateViewsMenu.setVisible(false);
 589       return;
 590     }
 591
 592     associateViewsMenu.setVisible(true);
 593
 594     if ((viewMenu.getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 595     {
 596       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 597     }
 598
 599     associateViewsMenu.removeAll();
 600
 601     JRadioButtonMenuItem item;
 602     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 603     int i, iSize = aps.length;
 604     final PCAPanel thisPCAPanel = this;
 605     for (i = 0; i < iSize; i++)
 606     {
 607       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 608       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap.av == rc.av);
 609       buttonGroup.add(item);
 610       item.addActionListener(new ActionListener()
 611       {
 612         @Override
 613         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 614         {
 615           rc.applyToAllViews = false;
 616           rc.av = ap.av;
 617           rc.ap = ap;
 618           PaintRefresher.Register(thisPCAPanel, ap.av.getSequenceSetId());
 619         }
 620       });
 621
 622       associateViewsMenu.add(item);
 623     }
 624
 625     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem("All Views");
 626
 627     buttonGroup.add(itemf);
 628
 629     itemf.setSelected(rc.applyToAllViews);
 630     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 631     {
 632       @Override
 633       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 634       {
 635         rc.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 636       }
 637     });
 638     associateViewsMenu.add(itemf);
 639
 640   }
 641
 642   /*
 643    * (non-Javadoc)
 644    *
 645    * @see
 646    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 647    * )
 648    */
 649   @Override
 650   protected void outputPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 651   {
 652     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 653     try
 654     {
 655       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(false,
 656               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 657               zCombobox.getSelectedIndex()));
 658       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 659               "label.points_for_params", new String[] { this.getTitle() }),
 660               500, 500);
 661     } catch (OutOfMemoryError oom)
 662     {
 663       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 664       cap.dispose();
 665     }
 666   }
 667
 668   /*
 669    * (non-Javadoc)
 670    *
 671    * @see
 672    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 673    * .ActionEvent)
 674    */
 675   @Override
 676   protected void outputProjPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 677   {
 678     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 679     try
 680     {
 681       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(true,
 682               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 683               zCombobox.getSelectedIndex()));
 684       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 685               "label.transformed_points_for_params",
 686               new String[] { this.getTitle() }), 500, 500);
 687     } catch (OutOfMemoryError oom)
 688     {
 689       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 690       cap.dispose();
 691     }
 692   }
 693
 694   /*
 695    * (non-Javadoc)
 696    *
 697    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 698    */
 699   @Override
 700   public void setProgressBar(String message, long id)
 701   {
 702     progressBar.setProgressBar(message, id);
 703     // if (progressBars == null)
 704     // {
 705     // progressBars = new Hashtable();
 706     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 707     // }
 708     //
 709     // JPanel progressPanel;
 710     // Long lId = new Long(id);
 711     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 712     // if (progressBars.get(lId) != null)
 713     // {
 714     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 715     // statusPanel.remove(progressPanel);
 716     // progressBars.remove(lId);
 717     // progressPanel = null;
 718     // if (message != null)
 719     // {
 720     // statusBar.setText(message);
 721     // }
 722     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 723     // {
 724     // progressBarHandlers.remove(lId);
 725     // }
 726     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 727     // }
 728     // else
 729     // {
 730     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 731     //
 732     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 733     // progressBar.setIndeterminate(true);
 734     //
 735     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 736     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 737     //
 738     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 739     // statusPanel.add(progressPanel);
 740     //
 741     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 742     // }
 743     // // update GUI
 744     // // setMenusForViewport();
 745     // validate();
 746   }
 747
 748   @Override
 749   public void registerHandler(final long id,
 750           final IProgressIndicatorHandler handler)
 751   {
 752     progressBar.registerHandler(id, handler);
 753     // if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(new Long(id)))
 754     // {
 755     // throw new
 756     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 757     // }
 758     // progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
 759     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 760     // if (handler.canCancel())
 761     // {
 762     // JButton cancel = new JButton(
 763     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 764     // final IProgressIndicator us = this;
 765     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 766     // {
 767     //
 768     // @Override
 769     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 770     // {
 771     // handler.cancelActivity(id);
 772     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 773     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 774     // }
 775     // });
 776     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 777     // }
 778   }
 779
 780   /**
 781    *
 782    * @return true if any progress bars are still active
 783    */
 784   @Override
 785   public boolean operationInProgress()
 786   {
 787     return progressBar.operationInProgress();
 788   }
 789
 790   @Override
 791   protected void resetButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 792   {
 793     int t = top;
 794     top = 0; // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 795     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 796     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 797     top = t;
 798     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 799   }
 800
 801   /**
 802    * If the score model is one that requires to get state data from the current
 803    * view, allow it to do so
 804    *
 805    * @param sm
 806    * @return
 807    */
 808   protected ScoreModelI configureScoreModel(ScoreModelI sm)
 809   {
 810     if (sm instanceof ViewBasedAnalysisI)
 811     {
 812       try
 813       {
 814         sm = sm.getClass().newInstance();
 815         ((ViewBasedAnalysisI) sm).configureFromAlignmentView(ap);
 816       } catch (Exception q)
 817       {
 818         Cache.log.error("Couldn't create a scoremodel instance for "
 819                 + sm.getName());
 820       }
 821     }
 822     return sm;
 823   }
 824 }