src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.jbgui.GPairwiseAlignPanel;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import java.awt.event.*;\r
   7 import javax.swing.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 \r
  10 \r
  11 public class PairwiseAlignPanel extends GPairwiseAlignPanel\r
  12 {\r
  13     Vector sequences = new Vector();\r
  14     AlignViewport av;\r
  15 \r
  16     public PairwiseAlignPanel(AlignViewport av)\r
  17     {\r
  18       super();\r
  19       this.av = av;\r
  20       float scores[][] = new float[av.getAlignment().getHeight()][av.getAlignment().getHeight()];\r
  21       double totscore = 0;\r
  22       int count = av.getSelection().size();\r
  23 \r
  24       int acount = 0;\r
  25         for (int i = 1; i < count; i++)\r
  26         {\r
  27           for (int j = 0; j < i; j++)\r
  28           {\r
  29             acount++;\r
  30             AlignSeq as = new AlignSeq(av.getSelection().sequenceAt(i),av.getSelection().sequenceAt(j),"pep");\r
  31 \r
  32             as.calcScoreMatrix();\r
  33             as.traceAlignment();\r
  34             as.printAlignment();\r
  35             scores[i][j] = (float)as.getMaxScore()/(float)as.getASeq1().length;\r
  36             totscore = totscore + scores[i][j];\r
  37 \r
  38             textarea.append(as.getOutput());\r
  39             sequences.add( new Sequence( as.getS1().getName(), as.getAStr1()) );\r
  40             sequences.add( new Sequence( as.getS2().getName(), as.getAStr2()) );\r
  41 \r
  42 \r
  43           }\r
  44         }\r
  45 \r
  46         if (count > 2)\r
  47         {\r
  48           for (int i = 0; i < count;i++)\r
  49             for (int j = 0; j < i; j++)\r
  50               jalview.util.Format.print(System.out,"%7.3f",scores[i][j]/totscore);\r
  51         }\r
  52       }\r
  53 \r
  54 \r
  55   protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  56   {\r
  57 \r
  58       Sequence [] seq = new Sequence[sequences.size()];\r
  59 \r
  60       for (int i=0;i<sequences.size();i++)\r
  61        seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);\r
  62 \r
  63 \r
  64       AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(seq));\r
  65       int newHeight = seq.length * af.viewport.getCharHeight() + 200;\r
  66       if(newHeight>500)\r
  67         newHeight=500;\r
  68 \r
  69       Desktop.addInternalFrame(af, "Pairwise Aligned Sequences", 700,newHeight);\r
  70 \r
  71   }\r
  72 \r
  73 }\r