src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.gui;\r
  21 \r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 import jalview.jbgui.GPairwiseAlignPanel;\r
  24 import jalview.analysis.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 public class PairwiseAlignPanel extends GPairwiseAlignPanel\r
  31 {\r
  32     Vector sequences = new Vector();\r
  33     AlignViewport av;\r
  34 \r
  35     public PairwiseAlignPanel(AlignViewport av)\r
  36     {\r
  37       super();\r
  38       this.av = av;\r
  39       Vector selsubset = new Vector();\r
  40       for (int i=0, j=av.getSelectionGroup().getSize(); i<j; i++)\r
  41         if (av.getAlignment().getSequences().contains(av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i)))\r
  42           selsubset.add(av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i));\r
  43       float scores[][] = new float[selsubset.size()][selsubset.size()];\r
  44       double totscore = 0;\r
  45       int count = selsubset.size();\r
  46 \r
  47       int acount = 0;\r
  48       for (int i = 1; i < count; i++)\r
  49       {\r
  50         for (int j = 0; j < i; j++)\r
  51         {\r
  52           acount++;\r
  53           AlignSeq as = new AlignSeq( (SequenceI) selsubset.elementAt(i),\r
  54                                      (SequenceI) selsubset.elementAt(j), "pep");\r
  55           as.calcScoreMatrix();\r
  56           as.traceAlignment();\r
  57           as.printAlignment();\r
  58           scores[i][j] = (float) as.getMaxScore() /\r
  59               (float) as.getASeq1().length;\r
  60           totscore = totscore + scores[i][j];\r
  61 \r
  62           textarea.append(as.getOutput());\r
  63           sequences.add(new Sequence(as.getS1().getName(), as.getAStr1()));\r
  64           sequences.add(new Sequence(as.getS2().getName(), as.getAStr2()));\r
  65         }\r
  66       }\r
  67       if (count > 2)\r
  68       {\r
  69         System.out.println("Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");\r
  70         for (int i = 0; i < count;i++)\r
  71           jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n", (""+i)+" "+((SequenceI) selsubset.elementAt(i)).getName());\r
  72         System.out.println("\n");\r
  73         for (int i = 0; i < count;i++)\r
  74           for (int j = 0; j < i; j++)\r
  75             jalview.util.Format.print(System.out,"%7.3f",scores[i][j]/totscore);\r
  76         System.out.println("\n");\r
  77 \r
  78       }\r
  79     }\r
  80 \r
  81 \r
  82   protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  83   {\r
  84 \r
  85       Sequence [] seq = new Sequence[sequences.size()];\r
  86 \r
  87       for (int i=0;i<sequences.size();i++)\r
  88        seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);\r
  89 \r
  90 \r
  91       AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(seq));\r
  92       Desktop.addInternalFrame(af, "Pairwise Aligned Sequences",\r
  93                                AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,\r
  94                                AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
  95 \r
  96   }\r
  97 \r
  98 }\r