src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.analysis.*;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24
  25 import jalview.jbgui.*;
  26
  27 import java.awt.event.*;
  28
  29 import java.util.*;
  30
  31
  32 /**
  33  * DOCUMENT ME!
  34  *
  35  * @author $author$
  36  * @version $Revision$
  37  */
  38 public class PairwiseAlignPanel extends GPairwiseAlignPanel
  39 {
  40
  41     AlignViewport av;
  42     Vector sequences;
  43
  44     /**
  45      * Creates a new PairwiseAlignPanel object.
  46      *
  47      * @param av DOCUMENT ME!
  48      */
  49     public PairwiseAlignPanel(AlignViewport av)
  50     {
  51         super();
  52         this.av = av;
  53
  54         sequences = new Vector();
  55
  56         SequenceI [] seqs;
  57         String []  seqStrings = av.getViewAsString(true);
  58
  59         if(av.getSelectionGroup()==null)
  60         {
  61           seqs = av.alignment.getSequencesArray();
  62         }
  63         else
  64         {
  65           seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.alignment);
  66         }
  67
  68         String type=(av.alignment.isNucleotide()) ? AlignSeq.DNA : AlignSeq.PEP;
  69
  70         float[][] scores = new float[seqs.length][seqs.length];
  71         double totscore = 0;
  72         int count = seqs.length;
  73
  74         Sequence seq;
  75
  76         for (int i = 1; i < count; i++)
  77         {
  78             for (int j = 0; j < i; j++)
  79             {
  80
  81                 AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i],
  82                         seqs[j], seqStrings[j], type);
  83
  84                 if(as.s1str.length()==0 || as.s2str.length()==0)
  85                 {
  86                   continue;
  87                 }
  88
  89                 as.calcScoreMatrix();
  90                 as.traceAlignment();
  91
  92
  93                 as.printAlignment(System.out);
  94                 scores[i][j] = (float) as.getMaxScore() / (float) as.getASeq1().length;
  95                 totscore = totscore + scores[i][j];
  96
  97                 textarea.append(as.getOutput());
  98                 seq = new Sequence(as.getS1().getName(),
  99                                    as.getAStr1(),
 100                                    as.getS1().getStart(),
 101                                    as.getS1().getEnd()
 102                 );
 103                 sequences.add(seq);
 104
 105                 seq = new Sequence(as.getS2().getName(),
 106                                    as.getAStr2(),
 107                                    as.getS2().getStart(),
 108                                    as.getS2().getEnd() );
 109                 sequences.add(seq);
 110             }
 111         }
 112
 113         if (count > 2)
 114         {
 115             System.out.println(
 116                 "Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");
 117
 118             for (int i = 0; i < count; i++)
 119             {
 120                 jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n",
 121                     ("" + i) + " " +
 122                     seqs[i].getName());
 123             }
 124
 125             System.out.println("\n");
 126
 127             for (int i = 0; i < count; i++)
 128             {
 129                 for (int j = 0; j < i; j++)
 130                 {
 131                     jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f",
 132                         scores[i][j] / totscore);
 133                 }
 134             }
 135
 136             System.out.println("\n");
 137         }
 138     }
 139
 140     /**
 141      * DOCUMENT ME!
 142      *
 143      * @param e DOCUMENT ME!
 144      */
 145     protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 146     {
 147         Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];
 148
 149         for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 150         {
 151             seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);
 152         }
 153
 154         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(seq),
 155                                            AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 156                                            AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 157
 158         Desktop.addInternalFrame(af, "Pairwise Aligned Sequences",
 159             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 160     }
 161 }