src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.jbgui.GPairwiseAlignPanel;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import java.awt.event.*;\r
   7 import javax.swing.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 \r
  10 \r
  11 public class PairwiseAlignPanel extends GPairwiseAlignPanel\r
  12 {\r
  13     Vector sequences = new Vector();\r
  14     AlignViewport av;\r
  15 \r
  16     public PairwiseAlignPanel(AlignViewport av)\r
  17     {\r
  18       super();\r
  19       this.av = av;\r
  20       Vector selsubset = new Vector();\r
  21       for (int i=0, j=av.getSelectionGroup().getSize(); i<j; i++)\r
  22         if (av.getAlignment().getSequences().contains(av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i)))\r
  23           selsubset.add(av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i));\r
  24       float scores[][] = new float[selsubset.size()][selsubset.size()];\r
  25       double totscore = 0;\r
  26       int count = selsubset.size();\r
  27 \r
  28       int acount = 0;\r
  29       for (int i = 1; i < count; i++)\r
  30       {\r
  31         for (int j = 0; j < i; j++)\r
  32         {\r
  33           acount++;\r
  34           AlignSeq as = new AlignSeq( (SequenceI) selsubset.elementAt(i),\r
  35                                      (SequenceI) selsubset.elementAt(j), "pep");\r
  36           as.calcScoreMatrix();\r
  37           as.traceAlignment();\r
  38           as.printAlignment();\r
  39           scores[i][j] = (float) as.getMaxScore() /\r
  40               (float) as.getASeq1().length;\r
  41           totscore = totscore + scores[i][j];\r
  42 \r
  43           textarea.append(as.getOutput());\r
  44           sequences.add(new Sequence(as.getS1().getName(), as.getAStr1()));\r
  45           sequences.add(new Sequence(as.getS2().getName(), as.getAStr2()));\r
  46         }\r
  47       }\r
  48       if (count > 2)\r
  49       {\r
  50         System.out.println("Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");\r
  51         for (int i = 0; i < count;i++)\r
  52           jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n", (""+i)+" "+((SequenceI) selsubset.elementAt(i)).getName());\r
  53         System.out.println("\n");\r
  54         for (int i = 0; i < count;i++)\r
  55           for (int j = 0; j < i; j++)\r
  56             jalview.util.Format.print(System.out,"%7.3f",scores[i][j]/totscore);\r
  57         System.out.println("\n");\r
  58 \r
  59       }\r
  60     }\r
  61 \r
  62 \r
  63   protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  64   {\r
  65 \r
  66       Sequence [] seq = new Sequence[sequences.size()];\r
  67 \r
  68       for (int i=0;i<sequences.size();i++)\r
  69        seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);\r
  70 \r
  71 \r
  72       AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(seq));\r
  73       Desktop.addInternalFrame(af, "Pairwise Aligned Sequences",\r
  74                                AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,\r
  75                                AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
  76 \r
  77   }\r
  78 \r
  79 }\r