src/jalview/gui/PopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 import MCview.*;\r
  28 import jalview.analysis.*;\r
  29 import jalview.commands.*;\r
  30 import jalview.datamodel.*;\r
  31 import jalview.io.*;\r
  32 import jalview.schemes.*;\r
  33 \r
  34 /**\r
  35  * DOCUMENT ME!\r
  36  *\r
  37  * @author $author$\r
  38  * @version $Revision$\r
  39  */\r
  40 public class PopupMenu\r
  41     extends JPopupMenu\r
  42 {\r
  43   JMenu groupMenu = new JMenu();\r
  44   JMenuItem groupName = new JMenuItem();\r
  45   protected JRadioButtonMenuItem clustalColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  46   protected JRadioButtonMenuItem zappoColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  47   protected JRadioButtonMenuItem taylorColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  48   protected JRadioButtonMenuItem hydrophobicityColour = new\r
  49       JRadioButtonMenuItem();\r
  50   protected JRadioButtonMenuItem helixColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  51   protected JRadioButtonMenuItem strandColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  52   protected JRadioButtonMenuItem turnColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  53   protected JRadioButtonMenuItem buriedColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  54   protected JCheckBoxMenuItem abovePIDColour = new JCheckBoxMenuItem();\r
  55   protected JRadioButtonMenuItem userDefinedColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  56   protected JRadioButtonMenuItem PIDColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  57   protected JRadioButtonMenuItem BLOSUM62Colour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  58   JRadioButtonMenuItem noColourmenuItem = new JRadioButtonMenuItem();\r
  59   protected JCheckBoxMenuItem conservationMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();\r
  60   AlignmentPanel ap;\r
  61   JMenu sequenceMenu = new JMenu();\r
  62   JMenuItem sequenceName = new JMenuItem();\r
  63   Sequence sequence;\r
  64   JMenuItem unGroupMenuItem = new JMenuItem();\r
  65   JMenuItem outline = new JMenuItem();\r
  66   JRadioButtonMenuItem nucleotideMenuItem = new JRadioButtonMenuItem();\r
  67   JMenu colourMenu = new JMenu();\r
  68   JCheckBoxMenuItem showBoxes = new JCheckBoxMenuItem();\r
  69   JCheckBoxMenuItem showText = new JCheckBoxMenuItem();\r
  70   JCheckBoxMenuItem showColourText = new JCheckBoxMenuItem();\r
  71   JMenu editMenu = new JMenu();\r
  72   JMenuItem cut = new JMenuItem();\r
  73   JMenuItem copy = new JMenuItem();\r
  74   JMenuItem upperCase = new JMenuItem();\r
  75   JMenuItem lowerCase = new JMenuItem();\r
  76   JMenuItem toggle = new JMenuItem();\r
  77   JMenu pdbMenu = new JMenu();\r
  78   JMenuItem pdbFromFile = new JMenuItem();\r
  79   JMenuItem enterPDB = new JMenuItem();\r
  80   JMenuItem discoverPDB = new JMenuItem();\r
  81   JMenu outputMenu = new JMenu();\r
  82   JMenuItem sequenceFeature = new JMenuItem();\r
  83   JMenuItem textColour = new JMenuItem();\r
  84   JMenu jMenu1 = new JMenu();\r
  85 \r
  86   /**\r
  87    * Creates a new PopupMenu object.\r
  88    *\r
  89    * @param ap DOCUMENT ME!\r
  90    * @param seq DOCUMENT ME!\r
  91    */\r
  92   public PopupMenu(final AlignmentPanel ap, Sequence seq, Vector links)\r
  93   {\r
  94     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  95     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  96     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  97     //\r
  98     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  99     //////////////////////////////////////////////////////////\r
 100     this.ap = ap;\r
 101     sequence = seq;\r
 102 \r
 103     ButtonGroup colours = new ButtonGroup();\r
 104     colours.add(noColourmenuItem);\r
 105     colours.add(clustalColour);\r
 106     colours.add(zappoColour);\r
 107     colours.add(taylorColour);\r
 108     colours.add(hydrophobicityColour);\r
 109     colours.add(helixColour);\r
 110     colours.add(strandColour);\r
 111     colours.add(turnColour);\r
 112     colours.add(buriedColour);\r
 113     colours.add(abovePIDColour);\r
 114     colours.add(userDefinedColour);\r
 115     colours.add(PIDColour);\r
 116     colours.add(BLOSUM62Colour);\r
 117 \r
 118     for (int i = 0; i < jalview.io.FormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
 119     {\r
 120       JMenuItem item = new JMenuItem(jalview.io.FormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[\r
 121                                      i]);\r
 122 \r
 123       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 124       {\r
 125         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 126         {\r
 127           outputText_actionPerformed(e);\r
 128         }\r
 129       });\r
 130 \r
 131       outputMenu.add(item);\r
 132     }\r
 133 \r
 134     try\r
 135     {\r
 136       jbInit();\r
 137     }\r
 138     catch (Exception e)\r
 139     {\r
 140       e.printStackTrace();\r
 141     }\r
 142 \r
 143     if (seq != null)\r
 144     {\r
 145       sequenceMenu.setText(sequence.getName());\r
 146 \r
 147       JMenuItem menuItem;\r
 148       if (seq.getDatasetSequence().getPDBId() != null)\r
 149       {\r
 150         java.util.Enumeration e = seq.getDatasetSequence().getPDBId().\r
 151             elements();\r
 152 \r
 153         while (e.hasMoreElements())\r
 154         {\r
 155           final PDBEntry pdb = (PDBEntry) e.nextElement();\r
 156 \r
 157           menuItem = new JMenuItem();\r
 158           menuItem.setText("View PDB entry: " + pdb.getId());\r
 159           menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 160           {\r
 161             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 162             {\r
 163               new PDBViewer(pdb, sequence, ap.seqPanel.seqCanvas);\r
 164             }\r
 165           });\r
 166           sequenceMenu.add(menuItem);\r
 167         }\r
 168       }\r
 169 \r
 170       menuItem = new JMenuItem("Hide Sequences");\r
 171       menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 172       {\r
 173         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 174         {\r
 175           hideSequences(false);\r
 176         }\r
 177       });\r
 178       add(menuItem);\r
 179 \r
 180       if (ap.av.getSelectionGroup() != null\r
 181           && ap.av.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
 182       {\r
 183         menuItem = new JMenuItem("Represent Group with " + seq.getName());\r
 184         menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 185         {\r
 186           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 187           {\r
 188             hideSequences(true);\r
 189           }\r
 190         });\r
 191         sequenceMenu.add(menuItem);\r
 192       }\r
 193 \r
 194       if (ap.av.hasHiddenRows)\r
 195       {\r
 196         final int index = ap.av.alignment.findIndex(seq);\r
 197 \r
 198         if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index) -\r
 199             ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)\r
 200         {\r
 201           menuItem = new JMenuItem("Reveal Sequences");\r
 202           menuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
 203           {\r
 204             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 205             {\r
 206               ap.av.showSequence(index);\r
 207               if (ap.overviewPanel != null)\r
 208               {\r
 209                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 210               }\r
 211             }\r
 212           });\r
 213           add(menuItem);\r
 214         }\r
 215 \r
 216         menuItem = new JMenuItem("Reveal All");\r
 217         menuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
 218         {\r
 219           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 220           {\r
 221             ap.av.showAllHiddenSeqs();\r
 222             if (ap.overviewPanel != null)\r
 223             {\r
 224               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 225             }\r
 226           }\r
 227         });\r
 228 \r
 229         add(menuItem);\r
 230       }\r
 231 \r
 232     }\r
 233 \r
 234     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 235 \r
 236     if (sg != null)\r
 237     {\r
 238       groupName.setText(sg.getName());\r
 239 \r
 240       if (sg.cs instanceof ZappoColourScheme)\r
 241       {\r
 242         zappoColour.setSelected(true);\r
 243       }\r
 244       else if (sg.cs instanceof TaylorColourScheme)\r
 245       {\r
 246         taylorColour.setSelected(true);\r
 247       }\r
 248       else if (sg.cs instanceof PIDColourScheme)\r
 249       {\r
 250         PIDColour.setSelected(true);\r
 251       }\r
 252       else if (sg.cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
 253       {\r
 254         BLOSUM62Colour.setSelected(true);\r
 255       }\r
 256       else if (sg.cs instanceof UserColourScheme)\r
 257       {\r
 258         userDefinedColour.setSelected(true);\r
 259       }\r
 260       else if (sg.cs instanceof HydrophobicColourScheme)\r
 261       {\r
 262         hydrophobicityColour.setSelected(true);\r
 263       }\r
 264       else if (sg.cs instanceof HelixColourScheme)\r
 265       {\r
 266         helixColour.setSelected(true);\r
 267       }\r
 268       else if (sg.cs instanceof StrandColourScheme)\r
 269       {\r
 270         strandColour.setSelected(true);\r
 271       }\r
 272       else if (sg.cs instanceof TurnColourScheme)\r
 273       {\r
 274         turnColour.setSelected(true);\r
 275       }\r
 276       else if (sg.cs instanceof BuriedColourScheme)\r
 277       {\r
 278         buriedColour.setSelected(true);\r
 279       }\r
 280       else if (sg.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 281       {\r
 282         clustalColour.setSelected(true);\r
 283       }\r
 284       else\r
 285       {\r
 286         noColourmenuItem.setSelected(true);\r
 287       }\r
 288 \r
 289       if (sg.cs != null && sg.cs.conservationApplied())\r
 290       {\r
 291         conservationMenuItem.setSelected(true);\r
 292       }\r
 293 \r
 294       showText.setSelected(sg.getDisplayText());\r
 295       showColourText.setSelected(sg.getColourText());\r
 296       showBoxes.setSelected(sg.getDisplayBoxes());\r
 297     }\r
 298     else\r
 299     {\r
 300       groupMenu.setVisible(false);\r
 301       editMenu.setVisible(false);\r
 302     }\r
 303 \r
 304     if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
 305     {\r
 306       unGroupMenuItem.setVisible(false);\r
 307     }\r
 308 \r
 309     if (seq == null)\r
 310     {\r
 311       sequenceMenu.setVisible(false);\r
 312       pdbMenu.setVisible(false);\r
 313     }\r
 314 \r
 315     if (links != null && links.size() > 0)\r
 316     {\r
 317       JMenu linkMenu = new JMenu("Link");\r
 318       JMenuItem item;\r
 319       for (int i = 0; i < links.size(); i++)\r
 320       {\r
 321         String link = links.elementAt(i).toString();\r
 322         final String label = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 323         item = new JMenuItem(label);\r
 324         final String url;\r
 325 \r
 326         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)\r
 327         {\r
 328           String id = seq.getName();\r
 329           if (id.indexOf("|") > -1)\r
 330           {\r
 331             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 332           }\r
 333 \r
 334           url = link.substring(link.indexOf("|") + 1,\r
 335                                link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 336               + id +\r
 337               link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 338         }\r
 339         else\r
 340         {\r
 341           url = link.substring(link.lastIndexOf("|") + 1);\r
 342         }\r
 343 \r
 344         item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 345         {\r
 346           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 347           {\r
 348             showLink(url);\r
 349           }\r
 350         });\r
 351 \r
 352         linkMenu.add(item);\r
 353       }\r
 354       if (sequence != null)\r
 355       {\r
 356         sequenceMenu.add(linkMenu);\r
 357       }\r
 358       else\r
 359       {\r
 360         add(linkMenu);\r
 361       }\r
 362     }\r
 363   }\r
 364 \r
 365   /**\r
 366    * DOCUMENT ME!\r
 367    *\r
 368    * @throws Exception DOCUMENT ME!\r
 369    */\r
 370   private void jbInit()\r
 371       throws Exception\r
 372   {\r
 373     groupMenu.setText("Group");\r
 374     groupMenu.setText("Selection");\r
 375     groupName.setText("Name");\r
 376     groupName.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 377     {\r
 378       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 379       {\r
 380         groupName_actionPerformed();\r
 381       }\r
 382     });\r
 383     sequenceMenu.setText("Sequence");\r
 384     sequenceName.setText("Edit Name/Description");\r
 385     sequenceName.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 386     {\r
 387       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 388       {\r
 389         sequenceName_actionPerformed();\r
 390       }\r
 391     });\r
 392     PIDColour.setFocusPainted(false);\r
 393     unGroupMenuItem.setText("Remove Group");\r
 394     unGroupMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 395     {\r
 396       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 397       {\r
 398         unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 399       }\r
 400     });\r
 401 \r
 402     outline.setText("Border colour");\r
 403     outline.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 404     {\r
 405       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 406       {\r
 407         outline_actionPerformed();\r
 408       }\r
 409     });\r
 410     nucleotideMenuItem.setText("Nucleotide");\r
 411     nucleotideMenuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
 412     {\r
 413       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 414       {\r
 415         nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 416       }\r
 417     });\r
 418     colourMenu.setText("Group Colour");\r
 419     showBoxes.setText("Boxes");\r
 420     showBoxes.setState(true);\r
 421     showBoxes.addActionListener(new ActionListener()\r
 422     {\r
 423       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 424       {\r
 425         showBoxes_actionPerformed();\r
 426       }\r
 427     });\r
 428     showText.setText("Text");\r
 429     showText.setState(true);\r
 430     showText.addActionListener(new ActionListener()\r
 431     {\r
 432       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 433       {\r
 434         showText_actionPerformed();\r
 435       }\r
 436     });\r
 437     showColourText.setText("Colour Text");\r
 438     showColourText.addActionListener(new ActionListener()\r
 439     {\r
 440       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 441       {\r
 442         showColourText_actionPerformed();\r
 443       }\r
 444     });\r
 445     editMenu.setText("Edit");\r
 446     cut.setText("Cut");\r
 447     cut.addActionListener(new ActionListener()\r
 448     {\r
 449       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 450       {\r
 451         cut_actionPerformed();\r
 452       }\r
 453     });\r
 454     upperCase.setText("To Upper Case");\r
 455     upperCase.addActionListener(new ActionListener()\r
 456     {\r
 457       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 458       {\r
 459         changeCase(e);\r
 460       }\r
 461     });\r
 462     copy.setText("Copy");\r
 463     copy.addActionListener(new ActionListener()\r
 464     {\r
 465       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 466       {\r
 467         copy_actionPerformed();\r
 468       }\r
 469     });\r
 470     lowerCase.setText("To Lower Case");\r
 471     lowerCase.addActionListener(new ActionListener()\r
 472     {\r
 473       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 474       {\r
 475         changeCase(e);\r
 476       }\r
 477     });\r
 478     toggle.setText("Toggle Case");\r
 479     toggle.addActionListener(new ActionListener()\r
 480     {\r
 481       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 482       {\r
 483         changeCase(e);\r
 484       }\r
 485     });\r
 486     pdbMenu.setText("Associate Structure with Sequence");\r
 487     pdbFromFile.setText("From File");\r
 488     pdbFromFile.addActionListener(new ActionListener()\r
 489     {\r
 490       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 491       {\r
 492         pdbFromFile_actionPerformed();\r
 493       }\r
 494     });\r
 495     enterPDB.setText("Enter PDB Id");\r
 496     enterPDB.addActionListener(new ActionListener()\r
 497     {\r
 498       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 499       {\r
 500         enterPDB_actionPerformed();\r
 501       }\r
 502     });\r
 503     discoverPDB.setText("Discover PDB ids");\r
 504     discoverPDB.addActionListener(new ActionListener()\r
 505     {\r
 506       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 507       {\r
 508         discoverPDB_actionPerformed();\r
 509       }\r
 510     });\r
 511     outputMenu.setText("Output to Textbox...");\r
 512     sequenceFeature.setText("Create Sequence Feature");\r
 513     sequenceFeature.addActionListener(new ActionListener()\r
 514     {\r
 515       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 516       {\r
 517         sequenceFeature_actionPerformed();\r
 518       }\r
 519     });\r
 520     textColour.setText("Text Colour");\r
 521     textColour.addActionListener(new ActionListener()\r
 522     {\r
 523       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 524       {\r
 525         textColour_actionPerformed();\r
 526       }\r
 527     });\r
 528     jMenu1.setText("Group");\r
 529     add(groupMenu);\r
 530 \r
 531     add(sequenceMenu);\r
 532     groupMenu.add(editMenu);\r
 533     groupMenu.add(outputMenu);\r
 534     groupMenu.add(sequenceFeature);\r
 535     groupMenu.add(jMenu1);\r
 536     sequenceMenu.add(sequenceName);\r
 537     sequenceMenu.add(pdbMenu);\r
 538     colourMenu.add(textColour);\r
 539     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 540     colourMenu.add(clustalColour);\r
 541     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 542     colourMenu.add(PIDColour);\r
 543     colourMenu.add(zappoColour);\r
 544     colourMenu.add(taylorColour);\r
 545     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 546     colourMenu.add(helixColour);\r
 547     colourMenu.add(strandColour);\r
 548     colourMenu.add(turnColour);\r
 549     colourMenu.add(buriedColour);\r
 550     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 551     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 552 \r
 553     if (jalview.gui.UserDefinedColours.getUserColourSchemes() != null)\r
 554     {\r
 555       java.util.Enumeration userColours = jalview.gui.UserDefinedColours.\r
 556           getUserColourSchemes().keys();\r
 557 \r
 558       while (userColours.hasMoreElements())\r
 559       {\r
 560         JMenuItem item = new JMenuItem(userColours.\r
 561                                        nextElement().toString());\r
 562         item.addActionListener(new ActionListener()\r
 563         {\r
 564           public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 565           {\r
 566             userDefinedColour_actionPerformed(evt);\r
 567           }\r
 568         });\r
 569         colourMenu.add(item);\r
 570       }\r
 571     }\r
 572 \r
 573     colourMenu.addSeparator();\r
 574     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 575     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 576     editMenu.add(copy);\r
 577     editMenu.add(cut);\r
 578     editMenu.add(upperCase);\r
 579     editMenu.add(lowerCase);\r
 580     editMenu.add(toggle);\r
 581     pdbMenu.add(pdbFromFile);\r
 582     pdbMenu.add(enterPDB);\r
 583     pdbMenu.add(discoverPDB);\r
 584     jMenu1.add(groupName);\r
 585     jMenu1.add(unGroupMenuItem);\r
 586     jMenu1.add(colourMenu);\r
 587     jMenu1.add(showBoxes);\r
 588     jMenu1.add(showText);\r
 589     jMenu1.add(showColourText);\r
 590     jMenu1.add(outline);\r
 591     noColourmenuItem.setText("None");\r
 592     noColourmenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 593     {\r
 594       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 595       {\r
 596         noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 597       }\r
 598     });\r
 599 \r
 600     clustalColour.setText("Clustalx colours");\r
 601     clustalColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 602     {\r
 603       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 604       {\r
 605         clustalColour_actionPerformed();\r
 606       }\r
 607     });\r
 608     zappoColour.setText("Zappo");\r
 609     zappoColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 610     {\r
 611       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 612       {\r
 613         zappoColour_actionPerformed();\r
 614       }\r
 615     });\r
 616     taylorColour.setText("Taylor");\r
 617     taylorColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 618     {\r
 619       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 620       {\r
 621         taylorColour_actionPerformed();\r
 622       }\r
 623     });\r
 624     hydrophobicityColour.setText("Hydrophobicity");\r
 625     hydrophobicityColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 626     {\r
 627       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 628       {\r
 629         hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 630       }\r
 631     });\r
 632     helixColour.setText("Helix propensity");\r
 633     helixColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 634     {\r
 635       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 636       {\r
 637         helixColour_actionPerformed();\r
 638       }\r
 639     });\r
 640     strandColour.setText("Strand propensity");\r
 641     strandColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 642     {\r
 643       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 644       {\r
 645         strandColour_actionPerformed();\r
 646       }\r
 647     });\r
 648     turnColour.setText("Turn propensity");\r
 649     turnColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 650     {\r
 651       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 652       {\r
 653         turnColour_actionPerformed();\r
 654       }\r
 655     });\r
 656     buriedColour.setText("Buried Index");\r
 657     buriedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 658     {\r
 659       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 660       {\r
 661         buriedColour_actionPerformed();\r
 662       }\r
 663     });\r
 664     abovePIDColour.setText("Above % Identity");\r
 665     abovePIDColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 666     {\r
 667       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 668       {\r
 669         abovePIDColour_actionPerformed();\r
 670       }\r
 671     });\r
 672     userDefinedColour.setText("User Defined...");\r
 673     userDefinedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 674     {\r
 675       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 676       {\r
 677         userDefinedColour_actionPerformed(e);\r
 678       }\r
 679     });\r
 680     PIDColour.setText("Percentage Identity");\r
 681     PIDColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 682     {\r
 683       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 684       {\r
 685         PIDColour_actionPerformed();\r
 686       }\r
 687     });\r
 688     BLOSUM62Colour.setText("BLOSUM62");\r
 689     BLOSUM62Colour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 690     {\r
 691       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 692       {\r
 693         BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 694       }\r
 695     });\r
 696     conservationMenuItem.setText("Conservation");\r
 697     conservationMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 698     {\r
 699       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 700       {\r
 701         conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 702       }\r
 703     });\r
 704   }\r
 705 \r
 706   /**\r
 707    * DOCUMENT ME!\r
 708    */\r
 709   void refresh()\r
 710   {\r
 711     if (ap.overviewPanel != null)\r
 712     {\r
 713       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 714     }\r
 715 \r
 716     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId());\r
 717   }\r
 718 \r
 719   /**\r
 720    * DOCUMENT ME!\r
 721    *\r
 722    * @param e DOCUMENT ME!\r
 723    */\r
 724   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 725   {\r
 726     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 727     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences),\r
 728                                      ap.av.alignment.getWidth());\r
 729     refresh();\r
 730   }\r
 731 \r
 732   /**\r
 733    * DOCUMENT ME!\r
 734    *\r
 735    * @param e DOCUMENT ME!\r
 736    */\r
 737   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 738   {\r
 739     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 740     refresh();\r
 741   }\r
 742 \r
 743   /**\r
 744    * DOCUMENT ME!\r
 745    *\r
 746    * @param e DOCUMENT ME!\r
 747    */\r
 748   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 749   {\r
 750     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 751     refresh();\r
 752   }\r
 753 \r
 754   /**\r
 755    * DOCUMENT ME!\r
 756    *\r
 757    * @param e DOCUMENT ME!\r
 758    */\r
 759   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 760   {\r
 761     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 762     refresh();\r
 763   }\r
 764 \r
 765   /**\r
 766    * DOCUMENT ME!\r
 767    *\r
 768    * @param e DOCUMENT ME!\r
 769    */\r
 770   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 771   {\r
 772     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 773     refresh();\r
 774   }\r
 775 \r
 776   /**\r
 777    * DOCUMENT ME!\r
 778    *\r
 779    * @param e DOCUMENT ME!\r
 780    */\r
 781   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 782   {\r
 783     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 784     refresh();\r
 785   }\r
 786 \r
 787   /**\r
 788    * DOCUMENT ME!\r
 789    *\r
 790    * @param e DOCUMENT ME!\r
 791    */\r
 792   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 793   {\r
 794     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 795     refresh();\r
 796   }\r
 797 \r
 798   /**\r
 799    * DOCUMENT ME!\r
 800    *\r
 801    * @param e DOCUMENT ME!\r
 802    */\r
 803   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 804   {\r
 805     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 806     refresh();\r
 807   }\r
 808 \r
 809   /**\r
 810    * DOCUMENT ME!\r
 811    *\r
 812    * @param e DOCUMENT ME!\r
 813    */\r
 814   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 815   {\r
 816     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 817     refresh();\r
 818   }\r
 819 \r
 820   /**\r
 821    * DOCUMENT ME!\r
 822    *\r
 823    * @param e DOCUMENT ME!\r
 824    */\r
 825   protected void abovePIDColour_actionPerformed()\r
 826   {\r
 827     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 828     if (sg.cs == null)\r
 829     {\r
 830       return;\r
 831     }\r
 832 \r
 833     if (abovePIDColour.isSelected())\r
 834     {\r
 835       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(\r
 836           sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), sg.getStartRes(),\r
 837           sg.getEndRes() + 1));\r
 838 \r
 839       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 840           getGroup().getName());\r
 841 \r
 842       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 843 \r
 844       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 845     }\r
 846     else // remove PIDColouring\r
 847     {\r
 848       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 849     }\r
 850 \r
 851     refresh();\r
 852   }\r
 853 \r
 854   /**\r
 855    * DOCUMENT ME!\r
 856    *\r
 857    * @param e DOCUMENT ME!\r
 858    */\r
 859   protected void userDefinedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 860   {\r
 861     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 862 \r
 863     if (e.getActionCommand().equals("User Defined..."))\r
 864     {\r
 865       new UserDefinedColours(ap, sg);\r
 866     }\r
 867     else\r
 868     {\r
 869       UserColourScheme udc = (UserColourScheme) UserDefinedColours.\r
 870           getUserColourSchemes().get(e.getActionCommand());\r
 871 \r
 872       sg.cs = udc;\r
 873     }\r
 874     refresh();\r
 875   }\r
 876 \r
 877   /**\r
 878    * DOCUMENT ME!\r
 879    *\r
 880    * @param e DOCUMENT ME!\r
 881    */\r
 882   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 883   {\r
 884     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 885     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 886     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.\r
 887         hiddenRepSequences),\r
 888                                              sg.getStartRes(),\r
 889                                              sg.getEndRes() + 1));\r
 890     refresh();\r
 891   }\r
 892 \r
 893   /**\r
 894    * DOCUMENT ME!\r
 895    *\r
 896    * @param e DOCUMENT ME!\r
 897    */\r
 898   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 899   {\r
 900     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 901 \r
 902     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 903 \r
 904     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.\r
 905         hiddenRepSequences),\r
 906                                              sg.getStartRes(),\r
 907                                              sg.getEndRes() + 1));\r
 908 \r
 909     refresh();\r
 910   }\r
 911 \r
 912   /**\r
 913    * DOCUMENT ME!\r
 914    *\r
 915    * @param e DOCUMENT ME!\r
 916    */\r
 917   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 918   {\r
 919     getGroup().cs = null;\r
 920     refresh();\r
 921   }\r
 922 \r
 923   /**\r
 924    * DOCUMENT ME!\r
 925    *\r
 926    * @param e DOCUMENT ME!\r
 927    */\r
 928   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
 929   {\r
 930     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 931     if (sg.cs == null)\r
 932     {\r
 933       return;\r
 934     }\r
 935 \r
 936     if (conservationMenuItem.isSelected())\r
 937     {\r
 938       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 939                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 940                                         sg.getSequences(ap.av.\r
 941           hiddenRepSequences),\r
 942                                         sg.getStartRes(),\r
 943                                         sg.getEndRes() + 1);\r
 944 \r
 945       c.calculate();\r
 946       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 947 \r
 948       sg.cs.setConservation(c);\r
 949 \r
 950       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 951       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 952     }\r
 953     else // remove ConservationColouring\r
 954     {\r
 955       sg.cs.setConservation(null);\r
 956     }\r
 957 \r
 958     refresh();\r
 959   }\r
 960 \r
 961   /**\r
 962    * DOCUMENT ME!\r
 963    *\r
 964    * @param e DOCUMENT ME!\r
 965    */\r
 966   protected void groupName_actionPerformed()\r
 967   {\r
 968 \r
 969     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 970     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sg.getName(),\r
 971                                                sg.getDescription(),\r
 972                                                "       Group Name ",\r
 973                                                "Group Description ",\r
 974                                                "Edit Group Name/Description");\r
 975 \r
 976     if (!dialog.accept)\r
 977     {\r
 978       return;\r
 979     }\r
 980 \r
 981     sg.setName(dialog.getName());\r
 982     sg.setDescription(dialog.getDescription());\r
 983   }\r
 984 \r
 985   /**\r
 986    * DOCUMENT ME!\r
 987    *\r
 988    * @return DOCUMENT ME!\r
 989    */\r
 990   SequenceGroup getGroup()\r
 991   {\r
 992     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 993     // this method won't add a new group if it already exists\r
 994     if (sg != null)\r
 995     {\r
 996       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 997     }\r
 998 \r
 999     return sg;\r
1000   }\r
1001 \r
1002   /**\r
1003    * DOCUMENT ME!\r
1004    *\r
1005    * @param e DOCUMENT ME!\r
1006    */\r
1007   void sequenceName_actionPerformed()\r
1008   {\r
1009     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sequence.getName(),\r
1010                                                sequence.getDescription(),\r
1011                                                "       Sequence Name ",\r
1012                                                "Sequence Description ",\r
1013                                                "Edit Sequence Name/Description");\r
1014 \r
1015     if (!dialog.accept)\r
1016     {\r
1017       return;\r
1018     }\r
1019 \r
1020     if (dialog.getName() != null)\r
1021     {\r
1022       if (dialog.getName().indexOf(" ") > -1)\r
1023       {\r
1024         JOptionPane.showMessageDialog(ap,\r
1025                                       "Spaces have been converted to \"_\"",\r
1026                                       "No spaces allowed in Sequence Name",\r
1027                                       JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1028       }\r
1029 \r
1030       sequence.setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));\r
1031       ap.repaint();\r
1032     }\r
1033 \r
1034     sequence.setDescription(dialog.getDescription());\r
1035 \r
1036     ap.av.firePropertyChange("alignment", null,\r
1037                              ap.av.getAlignment().getSequences());\r
1038 \r
1039   }\r
1040 \r
1041   /**\r
1042    * DOCUMENT ME!\r
1043    *\r
1044    * @param e DOCUMENT ME!\r
1045    */\r
1046   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
1047   {\r
1048     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
1049     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
1050     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
1051     refresh();\r
1052   }\r
1053 \r
1054   /**\r
1055    * DOCUMENT ME!\r
1056    *\r
1057    * @param e DOCUMENT ME!\r
1058    */\r
1059   protected void outline_actionPerformed()\r
1060   {\r
1061     SequenceGroup sg = getGroup();\r
1062     Color col = JColorChooser.showDialog(this, "Select Outline Colour",\r
1063                                          Color.BLUE);\r
1064 \r
1065     if (col != null)\r
1066     {\r
1067       sg.setOutlineColour(col);\r
1068     }\r
1069 \r
1070     refresh();\r
1071   }\r
1072 \r
1073   /**\r
1074    * DOCUMENT ME!\r
1075    *\r
1076    * @param e DOCUMENT ME!\r
1077    */\r
1078   public void showBoxes_actionPerformed()\r
1079   {\r
1080     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.isSelected());\r
1081     refresh();\r
1082   }\r
1083 \r
1084   /**\r
1085    * DOCUMENT ME!\r
1086    *\r
1087    * @param e DOCUMENT ME!\r
1088    */\r
1089   public void showText_actionPerformed()\r
1090   {\r
1091     getGroup().setDisplayText(showText.isSelected());\r
1092     refresh();\r
1093   }\r
1094 \r
1095   /**\r
1096    * DOCUMENT ME!\r
1097    *\r
1098    * @param e DOCUMENT ME!\r
1099    */\r
1100   public void showColourText_actionPerformed()\r
1101   {\r
1102     getGroup().setColourText(showColourText.isSelected());\r
1103     refresh();\r
1104   }\r
1105 \r
1106   public void showLink(String url)\r
1107   {\r
1108     try\r
1109     {\r
1110       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);\r
1111     }\r
1112     catch (Exception ex)\r
1113     {\r
1114       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1115                                             "Unixers: Couldn't find default web browser."\r
1116                                             +\r
1117           "\nAdd the full path to your browser in Preferences.",\r
1118                                             "Web browser not found",\r
1119                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1120 \r
1121       ex.printStackTrace();\r
1122     }\r
1123   }\r
1124 \r
1125   void hideSequences(boolean representGroup)\r
1126   {\r
1127     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
1128     if (sg == null || sg.getSize() < 1)\r
1129     {\r
1130       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]\r
1131                          {sequence});\r
1132       return;\r
1133     }\r
1134 \r
1135     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
1136 \r
1137     if (representGroup)\r
1138     {\r
1139       ap.av.hideRepSequences(sequence, sg);\r
1140 \r
1141       return;\r
1142     }\r
1143 \r
1144     int gsize = sg.getSize();\r
1145     SequenceI[] hseqs;\r
1146 \r
1147     hseqs = new SequenceI[gsize];\r
1148 \r
1149     int index = 0;\r
1150     for (int i = 0; i < gsize; i++)\r
1151     {\r
1152       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);\r
1153     }\r
1154 \r
1155     ap.av.hideSequence(hseqs);\r
1156   }\r
1157 \r
1158   public void copy_actionPerformed()\r
1159   {\r
1160     ap.alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
1161   }\r
1162 \r
1163   public void cut_actionPerformed()\r
1164   {\r
1165     ap.alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
1166   }\r
1167 \r
1168   void changeCase(ActionEvent e)\r
1169   {\r
1170     Object source = e.getSource();\r
1171     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
1172     Vector regions = new Vector();\r
1173     if (sg != null)\r
1174     {\r
1175       int start = sg.getStartRes();\r
1176       int end = sg.getEndRes() + 1;\r
1177 \r
1178       do\r
1179       {\r
1180         if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
1181         {\r
1182           if (start == 0)\r
1183           {\r
1184             start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(start);\r
1185           }\r
1186 \r
1187           end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);\r
1188           if (start == end)\r
1189           {\r
1190             end = sg.getEndRes() + 1;\r
1191           }\r
1192           if (end > sg.getEndRes())\r
1193           {\r
1194             end = sg.getEndRes() + 1;\r
1195           }\r
1196         }\r
1197 \r
1198         regions.addElement(new int[]\r
1199                            {start, end});\r
1200 \r
1201         if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
1202         {\r
1203           start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);\r
1204           start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;\r
1205         }\r
1206       }\r
1207       while (end < sg.getEndRes());\r
1208 \r
1209       int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];\r
1210       for (int i = 0; i < regions.size(); i++)\r
1211       {\r
1212         startEnd[i] = (int[]) regions.elementAt(i);\r
1213       }\r
1214 \r
1215       String description;\r
1216       int caseChange;\r
1217 \r
1218       if (source == toggle)\r
1219       {\r
1220         description = "Toggle Case";\r
1221         caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;\r
1222       }\r
1223       else if (source == upperCase)\r
1224       {\r
1225         description = "To Upper Case";\r
1226         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;\r
1227       }\r
1228       else\r
1229       {\r
1230         description = "To Lower Case";\r
1231         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;\r
1232       }\r
1233 \r
1234       ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(\r
1235           description, sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),\r
1236           startEnd, caseChange\r
1237           );\r
1238 \r
1239       ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);\r
1240 \r
1241       ap.av.firePropertyChange("alignment", null,\r
1242                                ap.av.getAlignment().getSequences());\r
1243 \r
1244     }\r
1245   }\r
1246 \r
1247   public void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1248   {\r
1249     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
1250     cap.setForInput(null);\r
1251     Desktop.addInternalFrame(cap,\r
1252                              "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600,\r
1253                              500);\r
1254 \r
1255     String[] omitHidden = null;\r
1256 \r
1257     if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
1258     {\r
1259       System.out.println("PROMPT USER HERE");\r
1260       omitHidden = ap.av.getViewAsString(true);\r
1261     }\r
1262 \r
1263     cap.setText(new FormatAdapter().formatSequences(\r
1264         e.getActionCommand(),\r
1265         ap.av.getSelectionAsNewSequence(),\r
1266         omitHidden));\r
1267   }\r
1268 \r
1269   public void pdbFromFile_actionPerformed()\r
1270   {\r
1271     jalview.io.JalviewFileChooser chooser\r
1272         = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
1273                                             getProperty(\r
1274                                                 "LAST_DIRECTORY"));\r
1275     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
1276     chooser.setDialogTitle("Select a PDB file");\r
1277     chooser.setToolTipText("Load a PDB file");\r
1278 \r
1279     int value = chooser.showOpenDialog(null);\r
1280 \r
1281     if (value == jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
1282     {\r
1283       PDBEntry entry = new PDBEntry();\r
1284       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
1285       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);\r
1286       try\r
1287       {\r
1288         MCview.PDBfile pdbfile = new MCview.PDBfile(choice,\r
1289             jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE);\r
1290 \r
1291         if (pdbfile.id == null)\r
1292         {\r
1293           String reply = JOptionPane.showInternalInputDialog(\r
1294               Desktop.desktop,\r
1295               "Couldn't find a PDB id in the file supplied."\r
1296               + "Please enter an Id to identify this structure.",\r
1297               "No PDB Id in File", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
1298           if (reply == null)\r
1299           {\r
1300             return;\r
1301           }\r
1302 \r
1303           entry.setId(reply);\r
1304         }\r
1305         else\r
1306         {\r
1307           entry.setId(pdbfile.id);\r
1308         }\r
1309       }\r
1310       catch (java.io.IOException ex)\r
1311       {\r
1312         ex.printStackTrace();\r
1313       }\r
1314 \r
1315       entry.setFile(choice);\r
1316       sequence.getDatasetSequence().addPDBId(entry);\r
1317     }\r
1318 \r
1319   }\r
1320 \r
1321   public void enterPDB_actionPerformed()\r
1322   {\r
1323     String id = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,\r
1324         "Enter PDB Id", "Enter PDB Id", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
1325 \r
1326     if (id != null && id.length() > 0)\r
1327     {\r
1328       PDBEntry entry = new PDBEntry();\r
1329       entry.setId(id);\r
1330       sequence.getDatasetSequence()\r
1331           .addPDBId(entry);\r
1332     }\r
1333   }\r
1334 \r
1335   public void discoverPDB_actionPerformed()\r
1336   {\r
1337     new jalview.io.DBRefFetcher(\r
1338         ap.av.getAlignment(), ap.alignFrame).fetchDBRefs(false);\r
1339   }\r
1340 \r
1341   public void sequenceFeature_actionPerformed()\r
1342   {\r
1343     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
1344     if (sg == null)\r
1345     {\r
1346       return;\r
1347     }\r
1348 \r
1349     int gSize = sg.getSize();\r
1350     SequenceI[] seqs = new SequenceI[gSize];\r
1351     SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[gSize];\r
1352 \r
1353     for (int i = 0; i < gSize; i++)\r
1354     {\r
1355       seqs[i] = sg.getSequenceAt(i).getDatasetSequence();\r
1356       int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());\r
1357       int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));\r
1358       features[i] = new SequenceFeature(null, null, null, start, end, "Jalview");\r
1359     }\r
1360 \r
1361     if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer()\r
1362         .createNewFeatures(seqs, features))\r
1363     {\r
1364       ap.alignFrame.showSeqFeatures.setSelected(true);\r
1365       ap.av.setShowSequenceFeatures(true);\r
1366       ap.highlightSearchResults(null);\r
1367     }\r
1368   }\r
1369 \r
1370   public void textColour_actionPerformed()\r
1371   {\r
1372     SequenceGroup sg = getGroup();\r
1373     if (sg != null)\r
1374     {\r
1375       new TextColourChooser().chooseColour(ap, sg);\r
1376     }\r
1377   }\r
1378 }\r