src/jalview/gui/PopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 import MCview.*;\r
  28 import jalview.analysis.*;\r
  29 import jalview.commands.*;\r
  30 import jalview.datamodel.*;\r
  31 import jalview.io.*;\r
  32 import jalview.schemes.*;\r
  33 \r
  34 /**\r
  35  * DOCUMENT ME!\r
  36  *\r
  37  * @author $author$\r
  38  * @version $Revision$\r
  39  */\r
  40 public class PopupMenu\r
  41     extends JPopupMenu\r
  42 {\r
  43   JMenu groupMenu = new JMenu();\r
  44   JMenuItem groupName = new JMenuItem();\r
  45   protected JRadioButtonMenuItem clustalColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  46   protected JRadioButtonMenuItem zappoColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  47   protected JRadioButtonMenuItem taylorColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  48   protected JRadioButtonMenuItem hydrophobicityColour = new\r
  49       JRadioButtonMenuItem();\r
  50   protected JRadioButtonMenuItem helixColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  51   protected JRadioButtonMenuItem strandColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  52   protected JRadioButtonMenuItem turnColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  53   protected JRadioButtonMenuItem buriedColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  54   protected JCheckBoxMenuItem abovePIDColour = new JCheckBoxMenuItem();\r
  55   protected JRadioButtonMenuItem userDefinedColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  56   protected JRadioButtonMenuItem PIDColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  57   protected JRadioButtonMenuItem BLOSUM62Colour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  58   JRadioButtonMenuItem noColourmenuItem = new JRadioButtonMenuItem();\r
  59   protected JCheckBoxMenuItem conservationMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();\r
  60   AlignmentPanel ap;\r
  61   JMenu sequenceMenu = new JMenu();\r
  62   JMenuItem sequenceName = new JMenuItem();\r
  63   Sequence sequence;\r
  64   JMenuItem unGroupMenuItem = new JMenuItem();\r
  65   JMenuItem outline = new JMenuItem();\r
  66   JRadioButtonMenuItem nucleotideMenuItem = new JRadioButtonMenuItem();\r
  67   JMenu colourMenu = new JMenu();\r
  68   JCheckBoxMenuItem showBoxes = new JCheckBoxMenuItem();\r
  69   JCheckBoxMenuItem showText = new JCheckBoxMenuItem();\r
  70   JCheckBoxMenuItem showColourText = new JCheckBoxMenuItem();\r
  71   JMenu editMenu = new JMenu();\r
  72   JMenuItem cut = new JMenuItem();\r
  73   JMenuItem copy = new JMenuItem();\r
  74   JMenuItem upperCase = new JMenuItem();\r
  75   JMenuItem lowerCase = new JMenuItem();\r
  76   JMenuItem toggle = new JMenuItem();\r
  77   JMenu pdbMenu = new JMenu();\r
  78   JMenuItem pdbFromFile = new JMenuItem();\r
  79   JMenuItem enterPDB = new JMenuItem();\r
  80   JMenuItem discoverPDB = new JMenuItem();\r
  81   JMenu outputMenu = new JMenu();\r
  82   JMenuItem sequenceFeature = new JMenuItem();\r
  83   JMenuItem textColour = new JMenuItem();\r
  84   JMenu jMenu1 = new JMenu();\r
  85   JMenu structureMenu = new JMenu();\r
  86   JMenu viewStructureMenu = new JMenu();\r
  87   JMenu colStructureMenu = new JMenu();\r
  88 \r
  89   /**\r
  90    * Creates a new PopupMenu object.\r
  91    *\r
  92    * @param ap DOCUMENT ME!\r
  93    * @param seq DOCUMENT ME!\r
  94    */\r
  95   public PopupMenu(final AlignmentPanel ap, Sequence seq, Vector links)\r
  96   {\r
  97     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  98     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  99     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
 100     //\r
 101     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
 102     //////////////////////////////////////////////////////////\r
 103     this.ap = ap;\r
 104     sequence = seq;\r
 105 \r
 106     ButtonGroup colours = new ButtonGroup();\r
 107     colours.add(noColourmenuItem);\r
 108     colours.add(clustalColour);\r
 109     colours.add(zappoColour);\r
 110     colours.add(taylorColour);\r
 111     colours.add(hydrophobicityColour);\r
 112     colours.add(helixColour);\r
 113     colours.add(strandColour);\r
 114     colours.add(turnColour);\r
 115     colours.add(buriedColour);\r
 116     colours.add(abovePIDColour);\r
 117     colours.add(userDefinedColour);\r
 118     colours.add(PIDColour);\r
 119     colours.add(BLOSUM62Colour);\r
 120 \r
 121     for (int i = 0; i < jalview.io.FormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
 122     {\r
 123       JMenuItem item = new JMenuItem(jalview.io.FormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[\r
 124                                      i]);\r
 125 \r
 126       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 127       {\r
 128         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 129         {\r
 130           outputText_actionPerformed(e);\r
 131         }\r
 132       });\r
 133 \r
 134       outputMenu.add(item);\r
 135     }\r
 136 \r
 137     try\r
 138     {\r
 139       jbInit();\r
 140     }\r
 141     catch (Exception e)\r
 142     {\r
 143       e.printStackTrace();\r
 144     }\r
 145 \r
 146     if (seq != null)\r
 147     {\r
 148       sequenceMenu.setText(sequence.getName());\r
 149 \r
 150       JMenuItem menuItem;\r
 151       if (seq.getDatasetSequence().getPDBId() != null)\r
 152       {\r
 153         java.util.Enumeration e = seq.getDatasetSequence().getPDBId().\r
 154             elements();\r
 155 \r
 156         while (e.hasMoreElements())\r
 157         {\r
 158           final PDBEntry pdb = (PDBEntry) e.nextElement();\r
 159 \r
 160           menuItem = new JMenuItem();\r
 161           menuItem.setText(pdb.getId());\r
 162           menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 163           {\r
 164             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 165             {\r
 166               Vector seqs = new Vector();\r
 167               for (int i = 0; i < ap.av.alignment.getHeight(); i++)\r
 168               {\r
 169                 Vector pdbs = ap.av.alignment.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().getPDBId();\r
 170                 if(pdbs==null)\r
 171                   continue;\r
 172 \r
 173                 for(int p=0; p<pdbs.size(); p++)\r
 174                 {\r
 175                   PDBEntry p1 = (PDBEntry)pdbs.elementAt(p);\r
 176                   if(p1.getId().equals(pdb.getId()))\r
 177                   {\r
 178                     if (!seqs.contains(ap.av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 179                         seqs.addElement(ap.av.alignment.getSequenceAt(i));\r
 180 \r
 181                       continue;\r
 182                   }\r
 183                 }\r
 184               }\r
 185 \r
 186               SequenceI [] seqs2 = new SequenceI[seqs.size()];\r
 187               seqs.toArray(seqs2);\r
 188 \r
 189               new AppJMol(pdb, seqs2, ap);\r
 190             }\r
 191           });\r
 192           viewStructureMenu.add(menuItem);\r
 193 \r
 194           menuItem = new JMenuItem();\r
 195           menuItem.setText(pdb.getId());\r
 196           menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 197           {\r
 198             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 199             {\r
 200               colourByStructure(pdb.getId());\r
 201             }\r
 202           });\r
 203           colStructureMenu.add(menuItem);\r
 204         }\r
 205       }\r
 206 \r
 207       menuItem = new JMenuItem("Hide Sequences");\r
 208       menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 209       {\r
 210         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 211         {\r
 212           hideSequences(false);\r
 213         }\r
 214       });\r
 215       add(menuItem);\r
 216 \r
 217       if (ap.av.getSelectionGroup() != null\r
 218           && ap.av.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
 219       {\r
 220         menuItem = new JMenuItem("Represent Group with " + seq.getName());\r
 221         menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 222         {\r
 223           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 224           {\r
 225             hideSequences(true);\r
 226           }\r
 227         });\r
 228         sequenceMenu.add(menuItem);\r
 229       }\r
 230 \r
 231       if (ap.av.hasHiddenRows)\r
 232       {\r
 233         final int index = ap.av.alignment.findIndex(seq);\r
 234 \r
 235         if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index) -\r
 236             ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)\r
 237         {\r
 238           menuItem = new JMenuItem("Reveal Sequences");\r
 239           menuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
 240           {\r
 241             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 242             {\r
 243               ap.av.showSequence(index);\r
 244               if (ap.overviewPanel != null)\r
 245               {\r
 246                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 247               }\r
 248             }\r
 249           });\r
 250           add(menuItem);\r
 251         }\r
 252 \r
 253         menuItem = new JMenuItem("Reveal All");\r
 254         menuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
 255         {\r
 256           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 257           {\r
 258             ap.av.showAllHiddenSeqs();\r
 259             if (ap.overviewPanel != null)\r
 260             {\r
 261               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 262             }\r
 263           }\r
 264         });\r
 265 \r
 266         add(menuItem);\r
 267       }\r
 268 \r
 269     }\r
 270 \r
 271     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 272 \r
 273     if (sg != null)\r
 274     {\r
 275       groupName.setText(sg.getName());\r
 276 \r
 277       if (sg.cs instanceof ZappoColourScheme)\r
 278       {\r
 279         zappoColour.setSelected(true);\r
 280       }\r
 281       else if (sg.cs instanceof TaylorColourScheme)\r
 282       {\r
 283         taylorColour.setSelected(true);\r
 284       }\r
 285       else if (sg.cs instanceof PIDColourScheme)\r
 286       {\r
 287         PIDColour.setSelected(true);\r
 288       }\r
 289       else if (sg.cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
 290       {\r
 291         BLOSUM62Colour.setSelected(true);\r
 292       }\r
 293       else if (sg.cs instanceof UserColourScheme)\r
 294       {\r
 295         userDefinedColour.setSelected(true);\r
 296       }\r
 297       else if (sg.cs instanceof HydrophobicColourScheme)\r
 298       {\r
 299         hydrophobicityColour.setSelected(true);\r
 300       }\r
 301       else if (sg.cs instanceof HelixColourScheme)\r
 302       {\r
 303         helixColour.setSelected(true);\r
 304       }\r
 305       else if (sg.cs instanceof StrandColourScheme)\r
 306       {\r
 307         strandColour.setSelected(true);\r
 308       }\r
 309       else if (sg.cs instanceof TurnColourScheme)\r
 310       {\r
 311         turnColour.setSelected(true);\r
 312       }\r
 313       else if (sg.cs instanceof BuriedColourScheme)\r
 314       {\r
 315         buriedColour.setSelected(true);\r
 316       }\r
 317       else if (sg.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 318       {\r
 319         clustalColour.setSelected(true);\r
 320       }\r
 321       else\r
 322       {\r
 323         noColourmenuItem.setSelected(true);\r
 324       }\r
 325 \r
 326       if (sg.cs != null && sg.cs.conservationApplied())\r
 327       {\r
 328         conservationMenuItem.setSelected(true);\r
 329       }\r
 330 \r
 331       showText.setSelected(sg.getDisplayText());\r
 332       showColourText.setSelected(sg.getColourText());\r
 333       showBoxes.setSelected(sg.getDisplayBoxes());\r
 334     }\r
 335     else\r
 336     {\r
 337       groupMenu.setVisible(false);\r
 338       editMenu.setVisible(false);\r
 339     }\r
 340 \r
 341     if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
 342     {\r
 343       unGroupMenuItem.setVisible(false);\r
 344     }\r
 345 \r
 346     if (seq == null)\r
 347     {\r
 348       sequenceMenu.setVisible(false);\r
 349       structureMenu.setVisible(false);\r
 350     }\r
 351 \r
 352     if (links != null && links.size() > 0)\r
 353     {\r
 354       JMenu linkMenu = new JMenu("Link");\r
 355       JMenuItem item;\r
 356       for (int i = 0; i < links.size(); i++)\r
 357       {\r
 358         String link = links.elementAt(i).toString();\r
 359         final String label = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 360         item = new JMenuItem(label);\r
 361         final String url;\r
 362 \r
 363         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)\r
 364         {\r
 365           String id = seq.getName();\r
 366           if (id.indexOf("|") > -1)\r
 367           {\r
 368             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 369           }\r
 370 \r
 371           url = link.substring(link.indexOf("|") + 1,\r
 372                                link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 373               + id +\r
 374               link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 375         }\r
 376         else\r
 377         {\r
 378           url = link.substring(link.lastIndexOf("|") + 1);\r
 379         }\r
 380 \r
 381         item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 382         {\r
 383           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 384           {\r
 385             showLink(url);\r
 386           }\r
 387         });\r
 388 \r
 389         linkMenu.add(item);\r
 390       }\r
 391       if (sequence != null)\r
 392       {\r
 393         sequenceMenu.add(linkMenu);\r
 394       }\r
 395       else\r
 396       {\r
 397         add(linkMenu);\r
 398       }\r
 399     }\r
 400   }\r
 401 \r
 402   /**\r
 403    * DOCUMENT ME!\r
 404    *\r
 405    * @throws Exception DOCUMENT ME!\r
 406    */\r
 407   private void jbInit()\r
 408       throws Exception\r
 409   {\r
 410     groupMenu.setText("Group");\r
 411     groupMenu.setText("Selection");\r
 412     groupName.setText("Name");\r
 413     groupName.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 414     {\r
 415       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 416       {\r
 417         groupName_actionPerformed();\r
 418       }\r
 419     });\r
 420     sequenceMenu.setText("Sequence");\r
 421     sequenceName.setText("Edit Name/Description");\r
 422     sequenceName.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 423     {\r
 424       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 425       {\r
 426         sequenceName_actionPerformed();\r
 427       }\r
 428     });\r
 429     PIDColour.setFocusPainted(false);\r
 430     unGroupMenuItem.setText("Remove Group");\r
 431     unGroupMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 432     {\r
 433       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 434       {\r
 435         unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 436       }\r
 437     });\r
 438 \r
 439     outline.setText("Border colour");\r
 440     outline.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 441     {\r
 442       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 443       {\r
 444         outline_actionPerformed();\r
 445       }\r
 446     });\r
 447     nucleotideMenuItem.setText("Nucleotide");\r
 448     nucleotideMenuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
 449     {\r
 450       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 451       {\r
 452         nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 453       }\r
 454     });\r
 455     colourMenu.setText("Group Colour");\r
 456     showBoxes.setText("Boxes");\r
 457     showBoxes.setState(true);\r
 458     showBoxes.addActionListener(new ActionListener()\r
 459     {\r
 460       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 461       {\r
 462         showBoxes_actionPerformed();\r
 463       }\r
 464     });\r
 465     showText.setText("Text");\r
 466     showText.setState(true);\r
 467     showText.addActionListener(new ActionListener()\r
 468     {\r
 469       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 470       {\r
 471         showText_actionPerformed();\r
 472       }\r
 473     });\r
 474     showColourText.setText("Colour Text");\r
 475     showColourText.addActionListener(new ActionListener()\r
 476     {\r
 477       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 478       {\r
 479         showColourText_actionPerformed();\r
 480       }\r
 481     });\r
 482     editMenu.setText("Edit");\r
 483     cut.setText("Cut");\r
 484     cut.addActionListener(new ActionListener()\r
 485     {\r
 486       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 487       {\r
 488         cut_actionPerformed();\r
 489       }\r
 490     });\r
 491     upperCase.setText("To Upper Case");\r
 492     upperCase.addActionListener(new ActionListener()\r
 493     {\r
 494       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 495       {\r
 496         changeCase(e);\r
 497       }\r
 498     });\r
 499     copy.setText("Copy");\r
 500     copy.addActionListener(new ActionListener()\r
 501     {\r
 502       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 503       {\r
 504         copy_actionPerformed();\r
 505       }\r
 506     });\r
 507     lowerCase.setText("To Lower Case");\r
 508     lowerCase.addActionListener(new ActionListener()\r
 509     {\r
 510       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 511       {\r
 512         changeCase(e);\r
 513       }\r
 514     });\r
 515     toggle.setText("Toggle Case");\r
 516     toggle.addActionListener(new ActionListener()\r
 517     {\r
 518       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 519       {\r
 520         changeCase(e);\r
 521       }\r
 522     });\r
 523     pdbMenu.setText("Associate Structure with Sequence");\r
 524     pdbFromFile.setText("From File");\r
 525     pdbFromFile.addActionListener(new ActionListener()\r
 526     {\r
 527       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 528       {\r
 529         pdbFromFile_actionPerformed();\r
 530       }\r
 531     });\r
 532     enterPDB.setText("Enter PDB Id");\r
 533     enterPDB.addActionListener(new ActionListener()\r
 534     {\r
 535       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 536       {\r
 537         enterPDB_actionPerformed();\r
 538       }\r
 539     });\r
 540     discoverPDB.setText("Discover PDB ids");\r
 541     discoverPDB.addActionListener(new ActionListener()\r
 542     {\r
 543       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 544       {\r
 545         discoverPDB_actionPerformed();\r
 546       }\r
 547     });\r
 548     outputMenu.setText("Output to Textbox...");\r
 549     sequenceFeature.setText("Create Sequence Feature");\r
 550     sequenceFeature.addActionListener(new ActionListener()\r
 551     {\r
 552       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 553       {\r
 554         sequenceFeature_actionPerformed();\r
 555       }\r
 556     });\r
 557     textColour.setText("Text Colour");\r
 558     textColour.addActionListener(new ActionListener()\r
 559     {\r
 560       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 561       {\r
 562         textColour_actionPerformed();\r
 563       }\r
 564     });\r
 565     jMenu1.setText("Group");\r
 566     structureMenu.setText("Structure");\r
 567     viewStructureMenu.setText("View Structure");\r
 568     colStructureMenu.setText("Colour By Structure");\r
 569 \r
 570     add(groupMenu);\r
 571 \r
 572     add(sequenceMenu);\r
 573     this.add(structureMenu);\r
 574     groupMenu.add(editMenu);\r
 575     groupMenu.add(outputMenu);\r
 576     groupMenu.add(sequenceFeature);\r
 577     groupMenu.add(jMenu1);\r
 578     sequenceMenu.add(sequenceName);\r
 579     colourMenu.add(textColour);\r
 580     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 581     colourMenu.add(clustalColour);\r
 582     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 583     colourMenu.add(PIDColour);\r
 584     colourMenu.add(zappoColour);\r
 585     colourMenu.add(taylorColour);\r
 586     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 587     colourMenu.add(helixColour);\r
 588     colourMenu.add(strandColour);\r
 589     colourMenu.add(turnColour);\r
 590     colourMenu.add(buriedColour);\r
 591     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 592     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 593 \r
 594     if (jalview.gui.UserDefinedColours.getUserColourSchemes() != null)\r
 595     {\r
 596       java.util.Enumeration userColours = jalview.gui.UserDefinedColours.\r
 597           getUserColourSchemes().keys();\r
 598 \r
 599       while (userColours.hasMoreElements())\r
 600       {\r
 601         JMenuItem item = new JMenuItem(userColours.\r
 602                                        nextElement().toString());\r
 603         item.addActionListener(new ActionListener()\r
 604         {\r
 605           public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 606           {\r
 607             userDefinedColour_actionPerformed(evt);\r
 608           }\r
 609         });\r
 610         colourMenu.add(item);\r
 611       }\r
 612     }\r
 613 \r
 614     colourMenu.addSeparator();\r
 615     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 616     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 617     editMenu.add(copy);\r
 618     editMenu.add(cut);\r
 619     editMenu.add(upperCase);\r
 620     editMenu.add(lowerCase);\r
 621     editMenu.add(toggle);\r
 622     pdbMenu.add(pdbFromFile);\r
 623     pdbMenu.add(enterPDB);\r
 624     pdbMenu.add(discoverPDB);\r
 625     jMenu1.add(groupName);\r
 626     jMenu1.add(unGroupMenuItem);\r
 627     jMenu1.add(colourMenu);\r
 628     jMenu1.add(showBoxes);\r
 629     jMenu1.add(showText);\r
 630     jMenu1.add(showColourText);\r
 631     jMenu1.add(outline);\r
 632     structureMenu.add(pdbMenu);\r
 633     structureMenu.add(viewStructureMenu);\r
 634     structureMenu.add(colStructureMenu);\r
 635     noColourmenuItem.setText("None");\r
 636     noColourmenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 637     {\r
 638       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 639       {\r
 640         noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 641       }\r
 642     });\r
 643 \r
 644     clustalColour.setText("Clustalx colours");\r
 645     clustalColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 646     {\r
 647       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 648       {\r
 649         clustalColour_actionPerformed();\r
 650       }\r
 651     });\r
 652     zappoColour.setText("Zappo");\r
 653     zappoColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 654     {\r
 655       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 656       {\r
 657         zappoColour_actionPerformed();\r
 658       }\r
 659     });\r
 660     taylorColour.setText("Taylor");\r
 661     taylorColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 662     {\r
 663       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 664       {\r
 665         taylorColour_actionPerformed();\r
 666       }\r
 667     });\r
 668     hydrophobicityColour.setText("Hydrophobicity");\r
 669     hydrophobicityColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 670     {\r
 671       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 672       {\r
 673         hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 674       }\r
 675     });\r
 676     helixColour.setText("Helix propensity");\r
 677     helixColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 678     {\r
 679       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 680       {\r
 681         helixColour_actionPerformed();\r
 682       }\r
 683     });\r
 684     strandColour.setText("Strand propensity");\r
 685     strandColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 686     {\r
 687       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 688       {\r
 689         strandColour_actionPerformed();\r
 690       }\r
 691     });\r
 692     turnColour.setText("Turn propensity");\r
 693     turnColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 694     {\r
 695       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 696       {\r
 697         turnColour_actionPerformed();\r
 698       }\r
 699     });\r
 700     buriedColour.setText("Buried Index");\r
 701     buriedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 702     {\r
 703       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 704       {\r
 705         buriedColour_actionPerformed();\r
 706       }\r
 707     });\r
 708     abovePIDColour.setText("Above % Identity");\r
 709     abovePIDColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 710     {\r
 711       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 712       {\r
 713         abovePIDColour_actionPerformed();\r
 714       }\r
 715     });\r
 716     userDefinedColour.setText("User Defined...");\r
 717     userDefinedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 718     {\r
 719       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 720       {\r
 721         userDefinedColour_actionPerformed(e);\r
 722       }\r
 723     });\r
 724     PIDColour.setText("Percentage Identity");\r
 725     PIDColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 726     {\r
 727       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 728       {\r
 729         PIDColour_actionPerformed();\r
 730       }\r
 731     });\r
 732     BLOSUM62Colour.setText("BLOSUM62");\r
 733     BLOSUM62Colour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 734     {\r
 735       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 736       {\r
 737         BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 738       }\r
 739     });\r
 740     conservationMenuItem.setText("Conservation");\r
 741     conservationMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 742     {\r
 743       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 744       {\r
 745         conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 746       }\r
 747     });\r
 748   }\r
 749 \r
 750   /**\r
 751    * DOCUMENT ME!\r
 752    */\r
 753   void refresh()\r
 754   {\r
 755     ap.paintAlignment(true);\r
 756 \r
 757     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId());\r
 758   }\r
 759 \r
 760   /**\r
 761    * DOCUMENT ME!\r
 762    *\r
 763    * @param e DOCUMENT ME!\r
 764    */\r
 765   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 766   {\r
 767     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 768     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences),\r
 769                                      ap.av.alignment.getWidth());\r
 770     refresh();\r
 771   }\r
 772 \r
 773   /**\r
 774    * DOCUMENT ME!\r
 775    *\r
 776    * @param e DOCUMENT ME!\r
 777    */\r
 778   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 779   {\r
 780     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 781     refresh();\r
 782   }\r
 783 \r
 784   /**\r
 785    * DOCUMENT ME!\r
 786    *\r
 787    * @param e DOCUMENT ME!\r
 788    */\r
 789   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 790   {\r
 791     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 792     refresh();\r
 793   }\r
 794 \r
 795   /**\r
 796    * DOCUMENT ME!\r
 797    *\r
 798    * @param e DOCUMENT ME!\r
 799    */\r
 800   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 801   {\r
 802     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 803     refresh();\r
 804   }\r
 805 \r
 806   /**\r
 807    * DOCUMENT ME!\r
 808    *\r
 809    * @param e DOCUMENT ME!\r
 810    */\r
 811   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 812   {\r
 813     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 814     refresh();\r
 815   }\r
 816 \r
 817   /**\r
 818    * DOCUMENT ME!\r
 819    *\r
 820    * @param e DOCUMENT ME!\r
 821    */\r
 822   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 823   {\r
 824     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 825     refresh();\r
 826   }\r
 827 \r
 828   /**\r
 829    * DOCUMENT ME!\r
 830    *\r
 831    * @param e DOCUMENT ME!\r
 832    */\r
 833   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 834   {\r
 835     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 836     refresh();\r
 837   }\r
 838 \r
 839   /**\r
 840    * DOCUMENT ME!\r
 841    *\r
 842    * @param e DOCUMENT ME!\r
 843    */\r
 844   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 845   {\r
 846     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 847     refresh();\r
 848   }\r
 849 \r
 850   /**\r
 851    * DOCUMENT ME!\r
 852    *\r
 853    * @param e DOCUMENT ME!\r
 854    */\r
 855   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 856   {\r
 857     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 858     refresh();\r
 859   }\r
 860 \r
 861   /**\r
 862    * DOCUMENT ME!\r
 863    *\r
 864    * @param e DOCUMENT ME!\r
 865    */\r
 866   protected void abovePIDColour_actionPerformed()\r
 867   {\r
 868     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 869     if (sg.cs == null)\r
 870     {\r
 871       return;\r
 872     }\r
 873 \r
 874     if (abovePIDColour.isSelected())\r
 875     {\r
 876       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(\r
 877           sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), sg.getStartRes(),\r
 878           sg.getEndRes() + 1));\r
 879 \r
 880       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 881           getGroup().getName());\r
 882 \r
 883       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 884 \r
 885       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 886     }\r
 887     else // remove PIDColouring\r
 888     {\r
 889       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 890     }\r
 891 \r
 892     refresh();\r
 893   }\r
 894 \r
 895   /**\r
 896    * DOCUMENT ME!\r
 897    *\r
 898    * @param e DOCUMENT ME!\r
 899    */\r
 900   protected void userDefinedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 901   {\r
 902     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 903 \r
 904     if (e.getActionCommand().equals("User Defined..."))\r
 905     {\r
 906       new UserDefinedColours(ap, sg);\r
 907     }\r
 908     else\r
 909     {\r
 910       UserColourScheme udc = (UserColourScheme) UserDefinedColours.\r
 911           getUserColourSchemes().get(e.getActionCommand());\r
 912 \r
 913       sg.cs = udc;\r
 914     }\r
 915     refresh();\r
 916   }\r
 917 \r
 918   /**\r
 919    * DOCUMENT ME!\r
 920    *\r
 921    * @param e DOCUMENT ME!\r
 922    */\r
 923   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 924   {\r
 925     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 926     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 927     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.\r
 928         hiddenRepSequences),\r
 929                                              sg.getStartRes(),\r
 930                                              sg.getEndRes() + 1));\r
 931     refresh();\r
 932   }\r
 933 \r
 934   /**\r
 935    * DOCUMENT ME!\r
 936    *\r
 937    * @param e DOCUMENT ME!\r
 938    */\r
 939   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 940   {\r
 941     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 942 \r
 943     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 944 \r
 945     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.\r
 946         hiddenRepSequences),\r
 947                                              sg.getStartRes(),\r
 948                                              sg.getEndRes() + 1));\r
 949 \r
 950     refresh();\r
 951   }\r
 952 \r
 953   /**\r
 954    * DOCUMENT ME!\r
 955    *\r
 956    * @param e DOCUMENT ME!\r
 957    */\r
 958   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 959   {\r
 960     getGroup().cs = null;\r
 961     refresh();\r
 962   }\r
 963 \r
 964   /**\r
 965    * DOCUMENT ME!\r
 966    *\r
 967    * @param e DOCUMENT ME!\r
 968    */\r
 969   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
 970   {\r
 971     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 972     if (sg.cs == null)\r
 973     {\r
 974       return;\r
 975     }\r
 976 \r
 977     if (conservationMenuItem.isSelected())\r
 978     {\r
 979       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 980                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 981                                         sg.getSequences(ap.av.\r
 982           hiddenRepSequences),\r
 983                                         sg.getStartRes(),\r
 984                                         sg.getEndRes() + 1);\r
 985 \r
 986       c.calculate();\r
 987       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 988 \r
 989       sg.cs.setConservation(c);\r
 990 \r
 991       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 992       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 993     }\r
 994     else // remove ConservationColouring\r
 995     {\r
 996       sg.cs.setConservation(null);\r
 997     }\r
 998 \r
 999     refresh();\r
1000   }\r
1001 \r
1002   /**\r
1003    * DOCUMENT ME!\r
1004    *\r
1005    * @param e DOCUMENT ME!\r
1006    */\r
1007   protected void groupName_actionPerformed()\r
1008   {\r
1009 \r
1010     SequenceGroup sg = getGroup();\r
1011     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sg.getName(),\r
1012                                                sg.getDescription(),\r
1013                                                "       Group Name ",\r
1014                                                "Group Description ",\r
1015                                                "Edit Group Name/Description");\r
1016 \r
1017     if (!dialog.accept)\r
1018     {\r
1019       return;\r
1020     }\r
1021 \r
1022     sg.setName(dialog.getName());\r
1023     sg.setDescription(dialog.getDescription());\r
1024   }\r
1025 \r
1026   /**\r
1027    * DOCUMENT ME!\r
1028    *\r
1029    * @return DOCUMENT ME!\r
1030    */\r
1031   SequenceGroup getGroup()\r
1032   {\r
1033     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
1034     // this method won't add a new group if it already exists\r
1035     if (sg != null)\r
1036     {\r
1037       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
1038     }\r
1039 \r
1040     return sg;\r
1041   }\r
1042 \r
1043   /**\r
1044    * DOCUMENT ME!\r
1045    *\r
1046    * @param e DOCUMENT ME!\r
1047    */\r
1048   void sequenceName_actionPerformed()\r
1049   {\r
1050     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sequence.getName(),\r
1051                                                sequence.getDescription(),\r
1052                                                "       Sequence Name ",\r
1053                                                "Sequence Description ",\r
1054                                                "Edit Sequence Name/Description");\r
1055 \r
1056     if (!dialog.accept)\r
1057     {\r
1058       return;\r
1059     }\r
1060 \r
1061     if (dialog.getName() != null)\r
1062     {\r
1063       if (dialog.getName().indexOf(" ") > -1)\r
1064       {\r
1065         JOptionPane.showMessageDialog(ap,\r
1066                                       "Spaces have been converted to \"_\"",\r
1067                                       "No spaces allowed in Sequence Name",\r
1068                                       JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1069       }\r
1070 \r
1071       sequence.setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));\r
1072       ap.paintAlignment(false);\r
1073     }\r
1074 \r
1075     sequence.setDescription(dialog.getDescription());\r
1076 \r
1077     ap.av.firePropertyChange("alignment", null,\r
1078                              ap.av.getAlignment().getSequences());\r
1079 \r
1080   }\r
1081 \r
1082   /**\r
1083    * DOCUMENT ME!\r
1084    *\r
1085    * @param e DOCUMENT ME!\r
1086    */\r
1087   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
1088   {\r
1089     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
1090     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
1091     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
1092     refresh();\r
1093   }\r
1094 \r
1095   /**\r
1096    * DOCUMENT ME!\r
1097    *\r
1098    * @param e DOCUMENT ME!\r
1099    */\r
1100   protected void outline_actionPerformed()\r
1101   {\r
1102     SequenceGroup sg = getGroup();\r
1103     Color col = JColorChooser.showDialog(this, "Select Outline Colour",\r
1104                                          Color.BLUE);\r
1105 \r
1106     if (col != null)\r
1107     {\r
1108       sg.setOutlineColour(col);\r
1109     }\r
1110 \r
1111     refresh();\r
1112   }\r
1113 \r
1114   /**\r
1115    * DOCUMENT ME!\r
1116    *\r
1117    * @param e DOCUMENT ME!\r
1118    */\r
1119   public void showBoxes_actionPerformed()\r
1120   {\r
1121     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.isSelected());\r
1122     refresh();\r
1123   }\r
1124 \r
1125   /**\r
1126    * DOCUMENT ME!\r
1127    *\r
1128    * @param e DOCUMENT ME!\r
1129    */\r
1130   public void showText_actionPerformed()\r
1131   {\r
1132     getGroup().setDisplayText(showText.isSelected());\r
1133     refresh();\r
1134   }\r
1135 \r
1136   /**\r
1137    * DOCUMENT ME!\r
1138    *\r
1139    * @param e DOCUMENT ME!\r
1140    */\r
1141   public void showColourText_actionPerformed()\r
1142   {\r
1143     getGroup().setColourText(showColourText.isSelected());\r
1144     refresh();\r
1145   }\r
1146 \r
1147   public void showLink(String url)\r
1148   {\r
1149     try\r
1150     {\r
1151       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);\r
1152     }\r
1153     catch (Exception ex)\r
1154     {\r
1155       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1156                                             "Unixers: Couldn't find default web browser."\r
1157                                             +\r
1158           "\nAdd the full path to your browser in Preferences.",\r
1159                                             "Web browser not found",\r
1160                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1161 \r
1162       ex.printStackTrace();\r
1163     }\r
1164   }\r
1165 \r
1166   void hideSequences(boolean representGroup)\r
1167   {\r
1168     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
1169     if (sg == null || sg.getSize() < 1)\r
1170     {\r
1171       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]\r
1172                          {sequence});\r
1173       return;\r
1174     }\r
1175 \r
1176     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
1177 \r
1178     if (representGroup)\r
1179     {\r
1180       ap.av.hideRepSequences(sequence, sg);\r
1181 \r
1182       return;\r
1183     }\r
1184 \r
1185     int gsize = sg.getSize();\r
1186     SequenceI[] hseqs;\r
1187 \r
1188     hseqs = new SequenceI[gsize];\r
1189 \r
1190     int index = 0;\r
1191     for (int i = 0; i < gsize; i++)\r
1192     {\r
1193       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);\r
1194     }\r
1195 \r
1196     ap.av.hideSequence(hseqs);\r
1197   }\r
1198 \r
1199   public void copy_actionPerformed()\r
1200   {\r
1201     ap.alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
1202   }\r
1203 \r
1204   public void cut_actionPerformed()\r
1205   {\r
1206     ap.alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
1207   }\r
1208 \r
1209   void changeCase(ActionEvent e)\r
1210   {\r
1211     Object source = e.getSource();\r
1212     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
1213 \r
1214     if (sg != null)\r
1215     {\r
1216       int[][] startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(\r
1217           sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);\r
1218 \r
1219       String description;\r
1220       int caseChange;\r
1221 \r
1222       if (source == toggle)\r
1223       {\r
1224         description = "Toggle Case";\r
1225         caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;\r
1226       }\r
1227       else if (source == upperCase)\r
1228       {\r
1229         description = "To Upper Case";\r
1230         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;\r
1231       }\r
1232       else\r
1233       {\r
1234         description = "To Lower Case";\r
1235         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;\r
1236       }\r
1237 \r
1238       ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(\r
1239           description, sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),\r
1240           startEnd, caseChange\r
1241           );\r
1242 \r
1243       ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);\r
1244 \r
1245       ap.av.firePropertyChange("alignment", null,\r
1246                                ap.av.getAlignment().getSequences());\r
1247 \r
1248     }\r
1249   }\r
1250 \r
1251   public void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1252   {\r
1253     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
1254     cap.setForInput(null);\r
1255     Desktop.addInternalFrame(cap,\r
1256                              "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600,\r
1257                              500);\r
1258 \r
1259     String[] omitHidden = null;\r
1260 \r
1261     if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
1262     {\r
1263       System.out.println("PROMPT USER HERE");\r
1264       omitHidden = ap.av.getViewAsString(true);\r
1265     }\r
1266 \r
1267     cap.setText(new FormatAdapter().formatSequences(\r
1268         e.getActionCommand(),\r
1269         ap.av.getSelectionAsNewSequence(),\r
1270         omitHidden));\r
1271   }\r
1272 \r
1273   public void pdbFromFile_actionPerformed()\r
1274   {\r
1275     jalview.io.JalviewFileChooser chooser\r
1276         = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
1277                                             getProperty(\r
1278                                                 "LAST_DIRECTORY"));\r
1279     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
1280     chooser.setDialogTitle("Select a PDB file");\r
1281     chooser.setToolTipText("Load a PDB file");\r
1282 \r
1283     int value = chooser.showOpenDialog(null);\r
1284 \r
1285     if (value == jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
1286     {\r
1287       PDBEntry entry = new PDBEntry();\r
1288       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
1289       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);\r
1290       try\r
1291       {\r
1292         MCview.PDBfile pdbfile = new MCview.PDBfile(choice,\r
1293             jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE);\r
1294 \r
1295         if (pdbfile.id == null)\r
1296         {\r
1297           String reply = JOptionPane.showInternalInputDialog(\r
1298               Desktop.desktop,\r
1299               "Couldn't find a PDB id in the file supplied."\r
1300               + "Please enter an Id to identify this structure.",\r
1301               "No PDB Id in File", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
1302           if (reply == null)\r
1303           {\r
1304             return;\r
1305           }\r
1306 \r
1307           entry.setId(reply);\r
1308         }\r
1309         else\r
1310         {\r
1311           entry.setId(pdbfile.id);\r
1312         }\r
1313       }\r
1314       catch (java.io.IOException ex)\r
1315       {\r
1316         ex.printStackTrace();\r
1317       }\r
1318 \r
1319       entry.setFile(choice);\r
1320       sequence.getDatasetSequence().addPDBId(entry);\r
1321     }\r
1322 \r
1323   }\r
1324 \r
1325   public void enterPDB_actionPerformed()\r
1326   {\r
1327     String id = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,\r
1328         "Enter PDB Id", "Enter PDB Id", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
1329 \r
1330     if (id != null && id.length() > 0)\r
1331     {\r
1332       PDBEntry entry = new PDBEntry();\r
1333       entry.setId(id);\r
1334       sequence.getDatasetSequence()\r
1335           .addPDBId(entry);\r
1336     }\r
1337   }\r
1338 \r
1339   public void discoverPDB_actionPerformed()\r
1340   {\r
1341     SequenceI[] sequences =\r
1342          ap.av.selectionGroup == null ?\r
1343            new Sequence[]{sequence}\r
1344          : ap.av.selectionGroup.getSequencesInOrder(ap.av.alignment);\r
1345 \r
1346     new jalview.io.DBRefFetcher(sequences,\r
1347         ap.alignFrame).fetchDBRefs(false);\r
1348   }\r
1349 \r
1350   public void sequenceFeature_actionPerformed()\r
1351   {\r
1352     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
1353     if (sg == null)\r
1354     {\r
1355       return;\r
1356     }\r
1357 \r
1358     int gSize = sg.getSize();\r
1359     SequenceI[] seqs = new SequenceI[gSize];\r
1360     SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[gSize];\r
1361 \r
1362     for (int i = 0; i < gSize; i++)\r
1363     {\r
1364       seqs[i] = sg.getSequenceAt(i).getDatasetSequence();\r
1365       int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());\r
1366       int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));\r
1367       features[i] = new SequenceFeature(null, null, null, start, end, "Jalview");\r
1368     }\r
1369 \r
1370     if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer()\r
1371         .amendFeatures(seqs, features, true, ap))\r
1372     {\r
1373       ap.alignFrame.showSeqFeatures.setSelected(true);\r
1374       ap.av.setShowSequenceFeatures(true);\r
1375       ap.highlightSearchResults(null);\r
1376     }\r
1377   }\r
1378 \r
1379   public void textColour_actionPerformed()\r
1380   {\r
1381     SequenceGroup sg = getGroup();\r
1382     if (sg != null)\r
1383     {\r
1384       new TextColourChooser().chooseColour(ap, sg);\r
1385     }\r
1386   }\r
1387 \r
1388   public void colourByStructure(String pdbid)\r
1389   {\r
1390     Annotation [] anots = jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()\r
1391         .colourSequenceFromStructure(sequence, pdbid);\r
1392 \r
1393     AlignmentAnnotation an = new AlignmentAnnotation(\r
1394       "Structure", "Coloured by "+pdbid, anots);\r
1395 \r
1396     ap.av.alignment.addAnnotation(an);\r
1397     an.createSequenceMapping(sequence, 0, true);\r
1398     //an.adjustForAlignment();\r
1399     ap.av.alignment.setAnnotationIndex(an,0);\r
1400 \r
1401     ap.adjustAnnotationHeight();\r
1402 \r
1403     sequence.addAlignmentAnnotation(an);\r
1404 \r
1405     }\r
1406 }\r