src/jalview/gui/Preferences.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.gui.Help.HelpId;
  26 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  27 import jalview.io.BackupFiles;
  28 import jalview.io.FileFormatI;
  29 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  30 import jalview.io.JalviewFileView;
  31 import jalview.jbgui.GPreferences;
  32 import jalview.jbgui.GSequenceLink;
  33 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  34 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  35 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  36 import jalview.urls.UrlLinkTableModel;
  37 import jalview.urls.api.UrlProviderFactoryI;
  38 import jalview.urls.api.UrlProviderI;
  39 import jalview.urls.desktop.DesktopUrlProviderFactory;
  40 import jalview.util.BrowserLauncher;
  41 import jalview.util.MessageManager;
  42 import jalview.util.Platform;
  43 import jalview.util.UrlConstants;
  44 import jalview.ws.sifts.SiftsSettings;
  45
  46 import java.awt.BorderLayout;
  47 import java.awt.Color;
  48 import java.awt.Component;
  49 import java.awt.Dimension;
  50 import java.awt.Font;
  51 import java.awt.event.ActionEvent;
  52 import java.awt.event.ActionListener;
  53 import java.awt.event.MouseEvent;
  54 import java.io.File;
  55 import java.util.ArrayList;
  56 import java.util.List;
  57
  58 import javax.help.HelpSetException;
  59 import javax.swing.JComboBox;
  60 import javax.swing.JFileChooser;
  61 import javax.swing.JInternalFrame;
  62 import javax.swing.JPanel;
  63 import javax.swing.ListSelectionModel;
  64 import javax.swing.RowFilter;
  65 import javax.swing.RowSorter;
  66 import javax.swing.SortOrder;
  67 import javax.swing.event.DocumentEvent;
  68 import javax.swing.event.DocumentListener;
  69 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  70 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  71 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
  72 import javax.swing.table.TableColumn;
  73 import javax.swing.table.TableModel;
  74 import javax.swing.table.TableRowSorter;
  75
  76 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager;
  77
  78 /**
  79  * DOCUMENT ME!
  80  *
  81  * @author $author$
  82  * @version $Revision$
  83  */
  84 @SuppressWarnings("serial")
  85 public class Preferences extends GPreferences
  86 {
  87   public static final String ADD_SS_ANN = "ADD_SS_ANN";
  88
  89   public static final String ADD_TEMPFACT_ANN = "ADD_TEMPFACT_ANN";
  90
  91   public static final String ALLOW_UNPUBLISHED_PDB_QUERYING = "ALLOW_UNPUBLISHED_PDB_QUERYING";
  92
  93   public static final String ANNOTATIONCOLOUR_MAX = "ANNOTATIONCOLOUR_MAX";
  94
  95   public static final String ANNOTATIONCOLOUR_MIN = "ANNOTATIONCOLOUR_MIN";
  96
  97   public static final String ANTI_ALIAS = "ANTI_ALIAS";
  98
  99   public static final String AUTO_CALC_CONSENSUS = "AUTO_CALC_CONSENSUS";
 100
 101   public static final String AUTOASSOCIATE_PDBANDSEQS = "AUTOASSOCIATE_PDBANDSEQS";
 102
 103   public static final String CENTRE_COLUMN_LABELS = "CENTRE_COLUMN_LABELS";
 104
 105   public static final String CHIMERA_PATH = "CHIMERA_PATH";
 106
 107   public static final String DBREFFETCH_USEPICR = "DBREFFETCH_USEPICR";
 108
 109   public static final String DEFAULT_COLOUR = "DEFAULT_COLOUR";
 110
 111   public static final String DEFAULT_COLOUR_NUC = "DEFAULT_COLOUR_NUC";
 112
 113   public static final String DEFAULT_COLOUR_PROT = "DEFAULT_COLOUR_PROT";
 114
 115   public static final String ENABLE_SPLIT_FRAME = "ENABLE_SPLIT_FRAME";
 116
 117   public static final String FIGURE_AUTOIDWIDTH = "FIGURE_AUTOIDWIDTH";
 118
 119   public static final String FIGURE_FIXEDIDWIDTH = "FIGURE_FIXEDIDWIDTH";
 120
 121   public static final String FOLLOW_SELECTIONS = "FOLLOW_SELECTIONS";
 122
 123   public static final String FONT_NAME = "FONT_NAME";
 124
 125   public static final String FONT_SIZE = "FONT_SIZE";
 126
 127   public static final String FONT_STYLE = "FONT_STYLE";
 128
 129   public static final String GAP_COLOUR = "GAP_COLOUR";
 130
 131   public static final String GAP_SYMBOL = "GAP_SYMBOL";
 132
 133   public static final String HIDDEN_COLOUR = "HIDDEN_COLOUR";
 134
 135   public static final String HIDE_INTRONS = "HIDE_INTRONS";
 136
 137   public static final String ID_ITALICS = "ID_ITALICS";
 138
 139   public static final String ID_ORG_HOSTURL = "ID_ORG_HOSTURL";
 140
 141   public static final String MAP_WITH_SIFTS = "MAP_WITH_SIFTS";
 142
 143   public static final String NOQUESTIONNAIRES = "NOQUESTIONNAIRES";
 144
 145   public static final String NORMALISE_CONSENSUS_LOGO = "NORMALISE_CONSENSUS_LOGO";
 146
 147   public static final String NORMALISE_LOGO = "NORMALISE_LOGO";
 148
 149   public static final String PAD_GAPS = "PAD_GAPS";
 150
 151   public static final String PDB_DOWNLOAD_FORMAT = "PDB_DOWNLOAD_FORMAT";
 152
 153   public static final String QUESTIONNAIRE = "QUESTIONNAIRE";
 154
 155   public static final String RELAXEDSEQIDMATCHING = "RELAXEDSEQIDMATCHING";
 156
 157   public static final String RIGHT_ALIGN_IDS = "RIGHT_ALIGN_IDS";
 158
 159   public static final String SCALE_PROTEIN_TO_CDNA = "SCALE_PROTEIN_TO_CDNA";
 160
 161   public static final String SHOW_ANNOTATIONS = "SHOW_ANNOTATIONS";
 162
 163   public static final String SHOW_AUTOCALC_ABOVE = "SHOW_AUTOCALC_ABOVE";
 164
 165   public static final String SHOW_CONSENSUS = "SHOW_CONSENSUS";
 166
 167   public static final String SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM = "SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM";
 168
 169   public static final String SHOW_CONSENSUS_LOGO = "SHOW_CONSENSUS_LOGO";
 170
 171   public static final String SHOW_CONSERVATION = "SHOW_CONSERVATION";
 172
 173   public static final String SHOW_DBREFS_TOOLTIP = "SHOW_DBREFS_TOOLTIP";
 174
 175   public static final String SHOW_GROUP_CONSENSUS = "SHOW_GROUP_CONSENSUS";
 176
 177   public static final String SHOW_GROUP_CONSERVATION = "SHOW_GROUP_CONSERVATION";
 178
 179   public static final String SHOW_JVSUFFIX = "SHOW_JVSUFFIX";
 180
 181   public static final String SHOW_NPFEATS_TOOLTIP = "SHOW_NPFEATS_TOOLTIP";
 182
 183   public static final String SHOW_OCCUPANCY = "SHOW_OCCUPANCY";
 184
 185   public static final String SHOW_OV_HIDDEN_AT_START = "SHOW_OV_HIDDEN_AT_START";
 186
 187   public static final String SHOW_OVERVIEW = "SHOW_OVERVIEW";
 188
 189   public static final String SHOW_QUALITY = "SHOW_QUALITY";
 190
 191   public static final String SHOW_UNCONSERVED = "SHOW_UNCONSERVED";
 192
 193   public static final String SORT_ALIGNMENT = "SORT_ALIGNMENT";
 194
 195   public static final String SORT_ANNOTATIONS = "SORT_ANNOTATIONS";
 196
 197   public static final String SORT_BY_TREE = "SORT_BY_TREE";
 198
 199   public static final String STRUCT_FROM_PDB = "STRUCT_FROM_PDB";
 200
 201   public static final String STRUCTURE_DISPLAY = "STRUCTURE_DISPLAY";
 202
 203   public static final String STRUCTURE_DIMENSIONS = "STRUCTURE_DIMENSIONS";
 204
 205   public static final String UNIPROT_DOMAIN = "UNIPROT_DOMAIN";
 206
 207   public static final String USE_FULL_SO = "USE_FULL_SO";
 208
 209   public static final String USE_LEGACY_GAP = "USE_LEGACY_GAP";
 210
 211   public static final String USE_RNAVIEW = "USE_RNAVIEW";
 212
 213   public static final String USER_DEFINED_COLOURS = "USER_DEFINED_COLOURS";
 214
 215   public static final String WRAP_ALIGNMENT = "WRAP_ALIGNMENT";
 216
 217
 218   private static final int MIN_FONT_SIZE = 1;
 219
 220   private static final int MAX_FONT_SIZE = 30;
 221
 222   /**
 223    * Holds name and link separated with | character. Sequence ID must be
 224    * $SEQUENCE_ID$ or $SEQUENCE_ID=/.possible | chars ./=$
 225    */
 226   public static UrlProviderI sequenceUrlLinks; // must be nonfinal for test
 227
 228   public final static UrlLinkTableModel dataModel;
 229
 230   /**
 231    * Holds name and link separated with | character. Sequence IDS and Sequences
 232    * must be $SEQUENCEIDS$ or $SEQUENCEIDS=/.possible | chars ./=$ and
 233    * $SEQUENCES$ or $SEQUENCES=/.possible | chars ./=$ and separation character
 234    * for first and second token specified after a pipe character at end |,|.
 235    * (TODO: proper escape for using | to separate ids or sequences
 236    */
 237
 238   public static final List<String> groupURLLinks; // not implemented
 239
 240   public static final String BLOSUM62_PCA_FOR_NUCLEOTIDE = "BLOSUM62_PCA_FOR_NUCLEOTIDE";
 241
 242   public static final String SHOW_IDENTITY = "SHOW_IDENTITY";
 243
 244   public static final String SHOW_FULLSCREEN = "SHOW_FULLSCREEN";
 245
 246   public static final Dimension DEFAULT_STRUCTURE_DIMENSIONS = new Dimension(
 247           600, 600);
 248
 249   static
 250   {
 251     // get links selected to be in the menu (SEQUENCE_LINKS)
 252     // and links entered by the user but not selected (STORED_LINKS)
 253     String inMenuString = Cache.getDefault("SEQUENCE_LINKS", "");
 254     String notInMenuString = Cache.getDefault("STORED_LINKS", "");
 255     String defaultUrl = Cache.getDefault("DEFAULT_URL",
 256             UrlConstants.DEFAULT_LABEL);
 257
 258     // if both links lists are empty, add the DEFAULT_URL link
 259     // otherwise we assume the default link is in one of the lists
 260     if (inMenuString.isEmpty() && notInMenuString.isEmpty())
 261     {
 262       inMenuString = UrlConstants.DEFAULT_STRING;
 263     }
 264     UrlProviderFactoryI factory = new DesktopUrlProviderFactory(defaultUrl,
 265             inMenuString, notInMenuString);
 266     sequenceUrlLinks = factory.createUrlProvider();
 267     dataModel = new UrlLinkTableModel(sequenceUrlLinks);
 268
 269     /**
 270      * TODO: reformulate groupURL encoding so two or more can be stored in the
 271      * .properties file as '|' separated strings
 272      */
 273
 274     groupURLLinks = new ArrayList<>(); // not implemented
 275   }
 276
 277   JInternalFrame frame;
 278
 279   private WsPreferences wsPrefs;
 280
 281   private OptionsParam promptEachTimeOpt = new OptionsParam(
 282           MessageManager.getString("label.prompt_each_time"),
 283           "Prompt each time");
 284
 285   private OptionsParam lineArtOpt = new OptionsParam(
 286           MessageManager.getString("label.lineart"), "Lineart");
 287
 288   private OptionsParam textOpt = new OptionsParam(
 289           MessageManager.getString("action.text"), "Text");
 290
 291   /**
 292    * Creates a new Preferences object.
 293    */
 294   public Preferences()
 295   {
 296     super();
 297     frame = new JInternalFrame();
 298     frame.setContentPane(this);
 299     if (!Platform.isJS())
 300     /**
 301      * Java only
 302      *
 303      * @j2sIgnore
 304      */
 305     {
 306       wsPrefs = new WsPreferences();
 307       wsTab.add(wsPrefs, BorderLayout.CENTER);
 308     }
 309     int width = 500, height = 510; // BH 2019.07.12 added 60 to height
 310     // (structure panel was too small anyway, and I added a default dimension
 311     // for Jmol
 312     if (Platform.isAMacAndNotJS())
 313     {
 314       width = 570;
 315       height = 540; // BH 2019.07.12 added 30
 316     }
 317
 318     Desktop.addInternalFrame(frame,
 319             MessageManager.getString("label.preferences"), width, height);
 320     frame.setMinimumSize(new Dimension(width, height));
 321
 322     /*
 323      * Set Visual tab defaults
 324      */
 325     seqLimit.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_JVSUFFIX, true));
 326     rightAlign.setSelected(Cache.getDefault(RIGHT_ALIGN_IDS, false));
 327     fullScreen.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_FULLSCREEN, false));
 328     annotations.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_ANNOTATIONS, true));
 329
 330     conservation.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_CONSERVATION, true));
 331     quality.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_QUALITY, true));
 332     identity.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_IDENTITY, true));
 333     openoverv.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_OVERVIEW, false));
 334     showUnconserved
 335             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_UNCONSERVED, false));
 336     showOccupancy.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_OCCUPANCY, false));
 337     showGroupConsensus
 338             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_GROUP_CONSENSUS, false));
 339     showGroupConservation.setSelected(
 340             Cache.getDefault(SHOW_GROUP_CONSERVATION, false));
 341     showConsensHistogram.setSelected(
 342             Cache.getDefault(SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM, true));
 343     showConsensLogo
 344             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_CONSENSUS_LOGO, false));
 345     showNpTooltip
 346             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_NPFEATS_TOOLTIP, true));
 347     showDbRefTooltip
 348             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_DBREFS_TOOLTIP, true));
 349
 350     String[] fonts = java.awt.GraphicsEnvironment
 351             .getLocalGraphicsEnvironment().getAvailableFontFamilyNames();
 352     for (int i = 0; i < fonts.length; i++)
 353     {
 354       fontNameCB.addItem(fonts[i]);
 355     }
 356
 357     for (int i = MIN_FONT_SIZE; i <= MAX_FONT_SIZE; i++)
 358     {
 359       fontSizeCB.addItem(i + "");
 360     }
 361
 362     fontStyleCB.addItem("plain");
 363     fontStyleCB.addItem("bold");
 364     fontStyleCB.addItem("italic");
 365
 366     fontNameCB.setSelectedItem(Cache.getDefault(FONT_NAME, "SansSerif"));
 367     fontSizeCB.setSelectedItem(Cache.getDefault(FONT_SIZE, "10"));
 368     fontStyleCB.setSelectedItem(
 369             Cache.getDefault(FONT_STYLE, Font.PLAIN + ""));
 370
 371     smoothFont.setSelected(Cache.getDefault(ANTI_ALIAS, false));
 372     scaleProteinToCdna
 373             .setSelected(Cache.getDefault(SCALE_PROTEIN_TO_CDNA, false));
 374
 375     idItalics.setSelected(Cache.getDefault(ID_ITALICS, true));
 376
 377     wrap.setSelected(Cache.getDefault(WRAP_ALIGNMENT, false));
 378
 379     gapSymbolCB.addItem("-");
 380     gapSymbolCB.addItem(".");
 381
 382     gapSymbolCB.setSelectedItem(Cache.getDefault(GAP_SYMBOL, "-"));
 383
 384     sortby.addItem("No sort");
 385     sortby.addItem("Id");
 386     sortby.addItem("Pairwise Identity");
 387     sortby.setSelectedItem(Cache.getDefault(SORT_ALIGNMENT, "No sort"));
 388
 389     sortAnnBy.addItem(SequenceAnnotationOrder.NONE.toString());
 390     sortAnnBy
 391             .addItem(SequenceAnnotationOrder.SEQUENCE_AND_LABEL.toString());
 392     sortAnnBy
 393             .addItem(SequenceAnnotationOrder.LABEL_AND_SEQUENCE.toString());
 394     SequenceAnnotationOrder savedSort = SequenceAnnotationOrder
 395             .valueOf(Cache.getDefault(SORT_ANNOTATIONS,
 396                     SequenceAnnotationOrder.NONE.name()));
 397     sortAnnBy.setSelectedItem(savedSort.toString());
 398
 399     sortAutocalc.addItem("Autocalculated first");
 400     sortAutocalc.addItem("Autocalculated last");
 401     final boolean showAbove = Cache.getDefault(SHOW_AUTOCALC_ABOVE, true);
 402     sortAutocalc.setSelectedItem(showAbove ? sortAutocalc.getItemAt(0)
 403             : sortAutocalc.getItemAt(1));
 404     startupCheckbox
 405             .setSelected(Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true));
 406     startupFileTextfield.setText(Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 407             Cache.getDefault("www.jalview.org", "http://www.jalview.org")
 408                     + "/examples/exampleFile_2_3.jar"));
 409
 410     /*
 411      * Set Colours tab defaults
 412      */
 413     protColour.addItem(ResidueColourScheme.NONE);
 414     nucColour.addItem(ResidueColourScheme.NONE);
 415     for (ColourSchemeI cs : ColourSchemes.getInstance().getColourSchemes())
 416     {
 417       String name = cs.getSchemeName();
 418       protColour.addItem(name);
 419       nucColour.addItem(name);
 420     }
 421     String oldProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR,
 422             ResidueColourScheme.NONE);
 423     String newProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR_PROT, null);
 424     protColour.setSelectedItem(newProp != null ? newProp : oldProp);
 425     newProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR_NUC, null);
 426     nucColour.setSelectedItem(newProp != null ? newProp : oldProp);
 427     minColour.setBackground(
 428             Cache.getDefaultColour(ANNOTATIONCOLOUR_MIN, Color.orange));
 429     maxColour.setBackground(
 430             Cache.getDefaultColour(ANNOTATIONCOLOUR_MAX, Color.red));
 431
 432     /*
 433      * Set overview panel defaults
 434      */
 435     gapColour.setBackground(
 436             Cache.getDefaultColour(GAP_COLOUR,
 437                     jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_GAP));
 438     hiddenColour.setBackground(
 439             Cache.getDefaultColour(HIDDEN_COLOUR,
 440                     jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_HIDDEN));
 441     useLegacyGap.setSelected(Cache.getDefault(USE_LEGACY_GAP, false));
 442     gapLabel.setEnabled(!useLegacyGap.isSelected());
 443     gapColour.setEnabled(!useLegacyGap.isSelected());
 444     showHiddenAtStart
 445             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_OV_HIDDEN_AT_START, false));
 446
 447     /*
 448      * Set Structure tab defaults.
 449      */
 450     final boolean structSelected = Cache.getDefault(STRUCT_FROM_PDB, false);
 451     structFromPdb.setSelected(structSelected);
 452     useRnaView.setSelected(Cache.getDefault(USE_RNAVIEW, false));
 453     useRnaView.setEnabled(structSelected);
 454     addSecondaryStructure.setSelected(Cache.getDefault(ADD_SS_ANN, false));
 455     addSecondaryStructure.setEnabled(structSelected);
 456     addTempFactor.setSelected(Cache.getDefault(ADD_TEMPFACT_ANN, false));
 457     addTempFactor.setEnabled(structSelected);
 458     structViewer.setSelectedItem(
 459             Cache.getDefault(STRUCTURE_DISPLAY, ViewerType.JMOL.name()));
 460     Dimension d = Cache.getDefaultDim(STRUCTURE_DIMENSIONS,
 461             DEFAULT_STRUCTURE_DIMENSIONS);
 462     String s = d.width + "," + d.height;
 463     structureDimensions.setText(s);
 464     chimeraPath.setText(Cache.getDefault(CHIMERA_PATH, ""));
 465     chimeraPath.addActionListener(new ActionListener()
 466     {
 467       @Override
 468       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 469       {
 470         validateChimeraPath();
 471       }
 472     });
 473
 474     if (Cache.getDefault(MAP_WITH_SIFTS, false))
 475     {
 476       siftsMapping.setSelected(true);
 477     }
 478     else
 479     {
 480       nwMapping.setSelected(true);
 481     }
 482
 483     SiftsSettings
 484             .setMapWithSifts(Cache.getDefault(MAP_WITH_SIFTS, false));
 485
 486     /*
 487      * Set Connections tab defaults
 488      */
 489
 490     // set up sorting
 491     linkUrlTable.setModel(dataModel);
 492     final TableRowSorter<TableModel> sorter = new TableRowSorter<>(
 493             linkUrlTable.getModel());
 494     linkUrlTable.setRowSorter(sorter);
 495     List<RowSorter.SortKey> sortKeys = new ArrayList<>();
 496
 497     UrlLinkTableModel m = (UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel();
 498     sortKeys.add(new RowSorter.SortKey(m.getPrimaryColumn(),
 499             SortOrder.DESCENDING));
 500     sortKeys.add(new RowSorter.SortKey(m.getSelectedColumn(),
 501             SortOrder.DESCENDING));
 502     sortKeys.add(
 503             new RowSorter.SortKey(m.getNameColumn(), SortOrder.ASCENDING));
 504
 505     sorter.setSortKeys(sortKeys);
 506     // BH 2018 setSortKeys will do the sort
 507     // sorter.sort();
 508
 509     // set up filtering
 510     ActionListener onReset;
 511     onReset = new ActionListener()
 512     {
 513       @Override
 514       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 515       {
 516         filterTB.setText("");
 517         sorter.setRowFilter(RowFilter.regexFilter(""));
 518       }
 519
 520     };
 521     doReset.addActionListener(onReset);
 522
 523     // filter to display only custom urls
 524     final RowFilter<TableModel, Object> customUrlFilter = new RowFilter<TableModel, Object>()
 525     {
 526       @Override
 527       public boolean include(
 528               Entry<? extends TableModel, ? extends Object> entry)
 529       {
 530         return ((UrlLinkTableModel) entry.getModel()).isUserEntry(entry);
 531       }
 532     };
 533
 534     final TableRowSorter<TableModel> customSorter = new TableRowSorter<>(
 535             linkUrlTable.getModel());
 536     customSorter.setRowFilter(customUrlFilter);
 537
 538     ActionListener onCustomOnly;
 539     onCustomOnly = new ActionListener()
 540     {
 541       @Override
 542       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 543       {
 544         filterTB.setText("");
 545         sorter.setRowFilter(customUrlFilter);
 546       }
 547     };
 548     userOnly.addActionListener(onCustomOnly);
 549
 550     filterTB.getDocument().addDocumentListener(new DocumentListener()
 551     {
 552       String caseInsensitiveFlag = "(?i)";
 553
 554       @Override
 555       public void changedUpdate(DocumentEvent e)
 556       {
 557         sorter.setRowFilter(RowFilter
 558                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 559       }
 560
 561       @Override
 562       public void removeUpdate(DocumentEvent e)
 563       {
 564         sorter.setRowFilter(RowFilter
 565                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 566       }
 567
 568       @Override
 569       public void insertUpdate(DocumentEvent e)
 570       {
 571         sorter.setRowFilter(RowFilter
 572                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 573       }
 574     });
 575
 576     // set up list selection functionality
 577     linkUrlTable.getSelectionModel()
 578             .addListSelectionListener(new UrlListSelectionHandler());
 579
 580     // set up radio buttons
 581     int onClickCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
 582             .getPrimaryColumn();
 583     String onClickName = linkUrlTable.getColumnName(onClickCol);
 584     linkUrlTable.getColumn(onClickName)
 585             .setCellRenderer(new RadioButtonRenderer());
 586     linkUrlTable.getColumn(onClickName)
 587             .setCellEditor(new RadioButtonEditor());
 588
 589     // get boolean columns and resize those to min possible
 590     for (int column = 0; column < linkUrlTable.getColumnCount(); column++)
 591     {
 592       if (linkUrlTable.getModel().getColumnClass(column)
 593               .equals(Boolean.class))
 594       {
 595         TableColumn tableColumn = linkUrlTable.getColumnModel()
 596                 .getColumn(column);
 597         int preferredWidth = tableColumn.getMinWidth();
 598
 599         TableCellRenderer cellRenderer = linkUrlTable.getCellRenderer(0,
 600                 column);
 601         Component c = linkUrlTable.prepareRenderer(cellRenderer, 0, column);
 602         int cwidth = c.getPreferredSize().width
 603                 + linkUrlTable.getIntercellSpacing().width;
 604         preferredWidth = Math.max(preferredWidth, cwidth);
 605
 606         tableColumn.setPreferredWidth(preferredWidth);
 607       }
 608     }
 609
 610     useProxy.setSelected(Cache.getDefault("USE_PROXY", false));
 611     useProxy_actionPerformed(); // make sure useProxy is correctly initialised
 612     proxyServerTB.setText(Cache.getDefault("PROXY_SERVER", ""));
 613     proxyPortTB.setText(Cache.getDefault("PROXY_PORT", ""));
 614
 615     defaultBrowser.setText(Cache.getDefault("DEFAULT_BROWSER", ""));
 616
 617     usagestats.setSelected(Cache.getDefault("USAGESTATS", false));
 618     // note antisense here: default is true
 619     questionnaire
 620             .setSelected(Cache.getProperty(NOQUESTIONNAIRES) == null);
 621     versioncheck.setSelected(Cache.getDefault("VERSION_CHECK", true));
 622
 623     /*
 624      * Set Output tab defaults
 625      */
 626     setupOutputCombo(epsRendering, "EPS_RENDERING");
 627     setupOutputCombo(htmlRendering, "HTML_RENDERING");
 628     setupOutputCombo(svgRendering, "SVG_RENDERING");
 629     autoIdWidth.setSelected(Cache.getDefault(FIGURE_AUTOIDWIDTH, false));
 630     userIdWidth.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
 631     userIdWidthlabel.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
 632     Integer wi = Cache.getIntegerProperty(FIGURE_FIXEDIDWIDTH);
 633     userIdWidth.setText(wi == null ? "" : wi.toString());
 634     // TODO: refactor to use common enum via FormatAdapter and allow extension
 635     // for new flat file formats
 636     blcjv.setSelected(Cache.getDefault("BLC_JVSUFFIX", true));
 637     clustaljv.setSelected(Cache.getDefault("CLUSTAL_JVSUFFIX", true));
 638     fastajv.setSelected(Cache.getDefault("FASTA_JVSUFFIX", true));
 639     msfjv.setSelected(Cache.getDefault("MSF_JVSUFFIX", true));
 640     pfamjv.setSelected(Cache.getDefault("PFAM_JVSUFFIX", true));
 641     pileupjv.setSelected(Cache.getDefault("PILEUP_JVSUFFIX", true));
 642     pirjv.setSelected(Cache.getDefault("PIR_JVSUFFIX", true));
 643     modellerOutput.setSelected(Cache.getDefault("PIR_MODELLER", false));
 644     embbedBioJSON
 645             .setSelected(Cache.getDefault("EXPORT_EMBBED_BIOJSON", true));
 646
 647     /*
 648      * Set Editing tab defaults
 649      */
 650     autoCalculateConsCheck
 651             .setSelected(Cache.getDefault(AUTO_CALC_CONSENSUS, true));
 652     padGaps.setSelected(Cache.getDefault(PAD_GAPS, false));
 653     sortByTree.setSelected(Cache.getDefault(SORT_BY_TREE, false));
 654
 655     annotations_actionPerformed(null); // update the display of the annotation
 656                                        // settings
 657
 658
 659     /*
 660      * Set Backups tab defaults
 661      */
 662     loadLastSavedBackupsOptions();
 663   }
 664
 665   /**
 666    * A helper method that sets the items and initial selection in a character
 667    * rendering option list (Prompt each time/Lineart/Text)
 668    *
 669    * @param comboBox
 670    * @param propertyKey
 671    */
 672   protected void setupOutputCombo(JComboBox<Object> comboBox,
 673           String propertyKey)
 674   {
 675     comboBox.addItem(promptEachTimeOpt);
 676     comboBox.addItem(lineArtOpt);
 677     comboBox.addItem(textOpt);
 678
 679     /*
 680      * JalviewJS doesn't support Lineart so force it to Text
 681      */
 682     String defaultOption = Platform.isJS() ? "Text"
 683             : Cache.getDefault(propertyKey, "Prompt each time");
 684     if (defaultOption.equalsIgnoreCase("Text"))
 685     {
 686       comboBox.setSelectedItem(textOpt);
 687     }
 688     else if (defaultOption.equalsIgnoreCase("Lineart"))
 689     {
 690       comboBox.setSelectedItem(lineArtOpt);
 691     }
 692     else
 693     {
 694       comboBox.setSelectedItem(promptEachTimeOpt);
 695     }
 696   }
 697
 698   /**
 699    * Save user selections on the Preferences tabs to the Cache and write out to
 700    * file.
 701    *
 702    * @param e
 703    */
 704   @Override
 705   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 706   {
 707     if (!validateSettings())
 708     {
 709       return;
 710     }
 711
 712     /*
 713      * Save Visual settings
 714      */
 715     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_JVSUFFIX,
 716             Boolean.toString(seqLimit.isSelected()));
 717     Cache.setPropertyNoSave(RIGHT_ALIGN_IDS,
 718             Boolean.toString(rightAlign.isSelected()));
 719     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_FULLSCREEN,
 720             Boolean.toString(fullScreen.isSelected()));
 721     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_OVERVIEW,
 722             Boolean.toString(openoverv.isSelected()));
 723     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_ANNOTATIONS,
 724             Boolean.toString(annotations.isSelected()));
 725     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSERVATION,
 726             Boolean.toString(conservation.isSelected()));
 727     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_QUALITY,
 728             Boolean.toString(quality.isSelected()));
 729     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_IDENTITY,
 730             Boolean.toString(identity.isSelected()));
 731
 732     Cache.setPropertyNoSave(GAP_SYMBOL,
 733             gapSymbolCB.getSelectedItem().toString());
 734
 735     Cache.setPropertyNoSave(FONT_NAME,
 736             fontNameCB.getSelectedItem().toString());
 737     Cache.setPropertyNoSave(FONT_STYLE,
 738             fontStyleCB.getSelectedItem().toString());
 739     Cache.setPropertyNoSave(FONT_SIZE,
 740             fontSizeCB.getSelectedItem().toString());
 741
 742     Cache.setPropertyNoSave(ID_ITALICS,
 743             Boolean.toString(idItalics.isSelected()));
 744     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_UNCONSERVED,
 745             Boolean.toString(showUnconserved.isSelected()));
 746     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_OCCUPANCY,
 747             Boolean.toString(showOccupancy.isSelected()));
 748     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSENSUS,
 749             Boolean.toString(showGroupConsensus.isSelected()));
 750     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSERVATION,
 751             Boolean.toString(showGroupConservation.isSelected()));
 752     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM,
 753             Boolean.toString(showConsensHistogram.isSelected()));
 754     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSENSUS_LOGO,
 755             Boolean.toString(showConsensLogo.isSelected()));
 756     Cache.setPropertyNoSave(ANTI_ALIAS,
 757             Boolean.toString(smoothFont.isSelected()));
 758     Cache.setPropertyNoSave(SCALE_PROTEIN_TO_CDNA,
 759             Boolean.toString(scaleProteinToCdna.isSelected()));
 760     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_NPFEATS_TOOLTIP,
 761             Boolean.toString(showNpTooltip.isSelected()));
 762     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_DBREFS_TOOLTIP,
 763             Boolean.toString(showDbRefTooltip.isSelected()));
 764
 765     Cache.setPropertyNoSave(WRAP_ALIGNMENT,
 766             Boolean.toString(wrap.isSelected()));
 767
 768     Cache.setPropertyNoSave("STARTUP_FILE",
 769             startupFileTextfield.getText());
 770     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_STARTUP_FILE",
 771             Boolean.toString(startupCheckbox.isSelected()));
 772
 773     Cache.setPropertyNoSave(SORT_ALIGNMENT,
 774             sortby.getSelectedItem().toString());
 775
 776     // convert description of sort order to enum name for save
 777     SequenceAnnotationOrder annSortOrder = SequenceAnnotationOrder
 778             .forDescription(sortAnnBy.getSelectedItem().toString());
 779     if (annSortOrder != null)
 780     {
 781       Cache.setPropertyNoSave(SORT_ANNOTATIONS,
 782               annSortOrder.name());
 783     }
 784
 785     final boolean showAutocalcFirst = sortAutocalc.getSelectedIndex() == 0;
 786     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_AUTOCALC_ABOVE,
 787             Boolean.valueOf(showAutocalcFirst).toString());
 788
 789     /*
 790      * Save Colours settings
 791      */
 792     Cache.setPropertyNoSave(DEFAULT_COLOUR_PROT,
 793             protColour.getSelectedItem().toString());
 794     Cache.setPropertyNoSave(DEFAULT_COLOUR_NUC,
 795             nucColour.getSelectedItem().toString());
 796     Cache.setColourProperty(ANNOTATIONCOLOUR_MIN,
 797             minColour.getBackground());
 798     Cache.setColourProperty(ANNOTATIONCOLOUR_MAX,
 799             maxColour.getBackground());
 800
 801     /*
 802      * Save Overview settings
 803      */
 804     Cache.setColourProperty(GAP_COLOUR, gapColour.getBackground());
 805     Cache.setColourProperty(HIDDEN_COLOUR, hiddenColour.getBackground());
 806     Cache.setPropertyNoSave(USE_LEGACY_GAP,
 807             Boolean.toString(useLegacyGap.isSelected()));
 808     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_OV_HIDDEN_AT_START,
 809             Boolean.toString(showHiddenAtStart.isSelected()));
 810
 811     /*
 812      * Save Structure settings
 813      */
 814     Cache.setPropertyNoSave(ADD_TEMPFACT_ANN,
 815             Boolean.toString(addTempFactor.isSelected()));
 816     Cache.setPropertyNoSave(ADD_SS_ANN,
 817             Boolean.toString(addSecondaryStructure.isSelected()));
 818     Cache.setPropertyNoSave(USE_RNAVIEW,
 819             Boolean.toString(useRnaView.isSelected()));
 820     Cache.setPropertyNoSave(STRUCT_FROM_PDB,
 821             Boolean.toString(structFromPdb.isSelected()));
 822     Cache.setPropertyNoSave(STRUCTURE_DISPLAY,
 823             structViewer.getSelectedItem().toString());
 824     Cache.setPropertyNoSave(STRUCTURE_DIMENSIONS,
 825             structureDimensions.getText()); // BH 2019.07.12
 826     Cache.setOrRemove(CHIMERA_PATH, chimeraPath.getText());
 827     Cache.setPropertyNoSave(MAP_WITH_SIFTS,
 828             Boolean.toString(siftsMapping.isSelected()));
 829     SiftsSettings.setMapWithSifts(siftsMapping.isSelected());
 830
 831     /*
 832      * Save Output settings
 833      */
 834     Cache.setPropertyNoSave("EPS_RENDERING",
 835             ((OptionsParam) epsRendering.getSelectedItem()).getCode());
 836     Cache.setPropertyNoSave("HTML_RENDERING",
 837             ((OptionsParam) htmlRendering.getSelectedItem()).getCode());
 838     Cache.setPropertyNoSave("SVG_RENDERING",
 839             ((OptionsParam) svgRendering.getSelectedItem()).getCode());
 840
 841     if (!Platform.isJS())
 842     /**
 843      * @j2sNative
 844      */
 845     {
 846       // Java only
 847       // Save Connections settings
 848       Cache.setOrRemove("DEFAULT_BROWSER", defaultBrowser.getText());
 849       BrowserLauncher.resetBrowser();
 850     }
 851
 852     // save user-defined and selected links
 853     String menuLinks = sequenceUrlLinks.writeUrlsAsString(true);
 854     if (menuLinks.isEmpty())
 855     {
 856       Cache.removePropertyNoSave("SEQUENCE_LINKS");
 857     }
 858     else
 859     {
 860       Cache.setPropertyNoSave("SEQUENCE_LINKS",
 861               menuLinks.toString());
 862     }
 863
 864     String nonMenuLinks = sequenceUrlLinks.writeUrlsAsString(false);
 865     if (nonMenuLinks.isEmpty())
 866     {
 867       Cache.removePropertyNoSave("STORED_LINKS");
 868     }
 869     else
 870     {
 871       Cache.setPropertyNoSave("STORED_LINKS",
 872               nonMenuLinks.toString());
 873     }
 874
 875     Cache.setPropertyNoSave("DEFAULT_URL",
 876             sequenceUrlLinks.getPrimaryUrlId());
 877
 878     Cache.setPropertyNoSave("USE_PROXY",
 879             Boolean.toString(useProxy.isSelected()));
 880
 881     Cache.setOrRemove("PROXY_SERVER", proxyServerTB.getText());
 882
 883     Cache.setOrRemove("PROXY_PORT", proxyPortTB.getText());
 884
 885     if (useProxy.isSelected())
 886     {
 887       System.setProperty("http.proxyHost", proxyServerTB.getText());
 888       System.setProperty("http.proxyPort", proxyPortTB.getText());
 889     }
 890     else
 891     {
 892       System.setProperty("http.proxyHost", "");
 893       System.setProperty("http.proxyPort", "");
 894     }
 895     Cache.setProperty("VERSION_CHECK",
 896             Boolean.toString(versioncheck.isSelected()));
 897     if (Cache.getProperty("USAGESTATS") != null || usagestats.isSelected())
 898     {
 899       // default is false - we only set this if the user has actively agreed
 900       Cache.setProperty("USAGESTATS",
 901               Boolean.toString(usagestats.isSelected()));
 902     }
 903     if (!questionnaire.isSelected())
 904     {
 905       Cache.setProperty(NOQUESTIONNAIRES, "true");
 906     }
 907     else
 908     {
 909       // special - made easy to edit a property file to disable questionnaires
 910       // by just adding the given line
 911       Cache.removeProperty(NOQUESTIONNAIRES);
 912     }
 913
 914     /*
 915      * Save Output settings
 916      */
 917     Cache.setPropertyNoSave("BLC_JVSUFFIX",
 918             Boolean.toString(blcjv.isSelected()));
 919     Cache.setPropertyNoSave("CLUSTAL_JVSUFFIX",
 920             Boolean.toString(clustaljv.isSelected()));
 921     Cache.setPropertyNoSave("FASTA_JVSUFFIX",
 922             Boolean.toString(fastajv.isSelected()));
 923     Cache.setPropertyNoSave("MSF_JVSUFFIX",
 924             Boolean.toString(msfjv.isSelected()));
 925     Cache.setPropertyNoSave("PFAM_JVSUFFIX",
 926             Boolean.toString(pfamjv.isSelected()));
 927     Cache.setPropertyNoSave("PILEUP_JVSUFFIX",
 928             Boolean.toString(pileupjv.isSelected()));
 929     Cache.setPropertyNoSave("PIR_JVSUFFIX",
 930             Boolean.toString(pirjv.isSelected()));
 931     Cache.setPropertyNoSave("PIR_MODELLER",
 932             Boolean.toString(modellerOutput.isSelected()));
 933     Cache.setPropertyNoSave("EXPORT_EMBBED_BIOJSON",
 934             Boolean.toString(embbedBioJSON.isSelected()));
 935     Cache.setPropertyNoSave(FIGURE_AUTOIDWIDTH,
 936             Boolean.toString(autoIdWidth.isSelected()));
 937     userIdWidth_actionPerformed();
 938     Cache.setPropertyNoSave("FIGURE_FIXEDIDWIDTH",
 939             userIdWidth.getText());
 940
 941     /*
 942      * Save Editing settings
 943      */
 944     Cache.setPropertyNoSave(AUTO_CALC_CONSENSUS,
 945             Boolean.toString(autoCalculateConsCheck.isSelected()));
 946     Cache.setPropertyNoSave(SORT_BY_TREE,
 947             Boolean.toString(sortByTree.isSelected()));
 948     Cache.setPropertyNoSave(PAD_GAPS,
 949             Boolean.toString(padGaps.isSelected()));
 950
 951     if (!Platform.isJS())
 952     {
 953       wsPrefs.updateAndRefreshWsMenuConfig(false);
 954     }
 955
 956     /*
 957      * Save Backups settings
 958      */
 959     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.CONFIRM_DELETE_OLD,
 960             Boolean.toString(backupfilesConfirmDelete.isSelected()));
 961     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.ENABLED,
 962             Boolean.toString(enableBackupFiles.isSelected()));
 963     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.NO_MAX,
 964             Boolean.toString(backupfilesKeepAll.isSelected()));
 965     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.REVERSE_ORDER,
 966             Boolean.toString(suffixReverse.isSelected()));
 967     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.SUFFIX,
 968             suffixTemplate.getText());
 969     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.ROLL_MAX,
 970             Integer.toString(getSpinnerInt(backupfilesRollMaxSpinner, 4)));
 971     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.SUFFIX_DIGITS,
 972             Integer.toString(getSpinnerInt(suffixDigitsSpinner, 3)));
 973     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.NS + "_PRESET",
 974             Integer.toString(getComboIntStringKey(backupfilesPresetsCombo)));
 975
 976     Cache.saveProperties();
 977     Desktop.getInstance().doConfigureStructurePrefs();
 978     try
 979     {
 980       frame.setClosed(true);
 981     } catch (Exception ex)
 982     {
 983     }
 984   }
 985
 986   public static void setAppletDefaults()
 987   {
 988
 989     // http://www.jalview.org/old/v2_8/examples/appletParameters.html
 990
 991     // showConservation true or false Default is true.
 992     // showQuality true or false Default is true.
 993     // showConsensus true or false Default is true.
 994     // showFeatureSettings true or false Shows the feature settings window when
 995     // startin
 996     // showTreeBootstraps true or false (default is true) show or hide branch
 997     // bootstraps
 998     // showTreeDistances true or false (default is true) show or hide branch
 999     // lengths
1000     // showUnlinkedTreeNodes true or false (default is false) indicate if
1001     // unassociated nodes should be highlighted in the tree view
1002     // showUnconserved true of false (default is false) When true, only gaps and
1003     // symbols different to the consensus sequence ions of the alignment
1004     // showGroupConsensus true of false (default is false) When true, shows
1005     // consensus annotation row for any groups on the alignment. (since 2.7)
1006     // showGroupConservation true of false (default is false) When true, shows
1007     // amino-acid property conservation annotation row for any groups on the
1008     // showConsensusHistogram true of false (default is true) When true, shows
1009     // the percentage occurence of the consensus symbol for each column as a
1010     // showSequenceLogo true of false (default is false) When true, shows a
1011     // sequence logo above the consensus sequence (overlaid above the Consensus
1012
1013     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSERVATION, "true");
1014     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_QUALITY, "false");
1015     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSENSUS, "true");
1016     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_UNCONSERVED, "false");
1017     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSERVATION, "false");
1018     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSENSUS, "false");
1019
1020     // TODO -- just a start here
1021   }
1022
1023   /**
1024    * Do any necessary validation before saving settings. Return focus to the
1025    * first tab which fails validation.
1026    *
1027    * @return
1028    */
1029   private boolean validateSettings()
1030   {
1031     if (!validateStructure())
1032     {
1033       structureTab.requestFocusInWindow();
1034       return false;
1035     }
1036     return true;
1037   }
1038
1039   @Override
1040   protected boolean validateStructure()
1041   {
1042     return validateChimeraPath();
1043
1044   }
1045
1046   /**
1047    * DOCUMENT ME!
1048    */
1049   @Override
1050   public void startupFileTextfield_mouseClicked()
1051   {
1052     // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS
1053     String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
1054     JalviewFileChooser chooser = JalviewFileChooser
1055             .forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), fileFormat);
1056     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1057     chooser.setDialogTitle(
1058             MessageManager.getString("label.select_startup_file"));
1059
1060     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1061
1062     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1063     {
1064       FileFormatI format = chooser.getSelectedFormat();
1065       if (format != null)
1066       {
1067         Cache.setPropertyNoSave("DEFAULT_FILE_FORMAT",
1068                 format.getName());
1069       }
1070       startupFileTextfield
1071               .setText(chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath());
1072     }
1073   }
1074
1075   /**
1076    * DOCUMENT ME!
1077    *
1078    * @param e
1079    *          DOCUMENT ME!
1080    */
1081   @Override
1082   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
1083   {
1084     try
1085     {
1086       if (!Platform.isJS())
1087       {
1088         wsPrefs.updateWsMenuConfig(true);
1089         wsPrefs.refreshWs_actionPerformed(e);
1090       }
1091       frame.setClosed(true);
1092     } catch (Exception ex)
1093     {
1094     }
1095   }
1096
1097   /**
1098    * DOCUMENT ME!
1099    *
1100    * @param e
1101    *          DOCUMENT ME!
1102    */
1103   @Override
1104   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
1105   {
1106     conservation.setEnabled(annotations.isSelected());
1107     quality.setEnabled(annotations.isSelected());
1108     identity.setEnabled(annotations.isSelected());
1109     showOccupancy.setEnabled(annotations.isSelected());
1110     showGroupConsensus.setEnabled(annotations.isSelected());
1111     showGroupConservation.setEnabled(annotations.isSelected());
1112     showConsensHistogram.setEnabled(annotations.isSelected()
1113             && (identity.isSelected() || showGroupConsensus.isSelected()));
1114     showConsensLogo.setEnabled(annotations.isSelected()
1115             && (identity.isSelected() || showGroupConsensus.isSelected()));
1116   }
1117
1118   @Override
1119   public void newLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1120   {
1121     GSequenceLink link = new GSequenceLink();
1122     boolean valid = false;
1123     while (!valid)
1124     {
1125       if (JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.getDesktopPane(), link,
1126               MessageManager.getString("label.new_sequence_url_link"),
1127               JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION, -1,
1128               null) == JvOptionPane.OK_OPTION)
1129       {
1130         if (link.checkValid())
1131         {
1132           if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1133                   .isUniqueName(link.getName()))
1134           {
1135             ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1136                     .insertRow(link.getName(), link.getURL());
1137             valid = true;
1138           }
1139           else
1140           {
1141             link.notifyDuplicate();
1142             continue;
1143           }
1144         }
1145       }
1146       else
1147       {
1148         break;
1149       }
1150     }
1151   }
1152
1153   @Override
1154   public void editLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1155   {
1156     GSequenceLink link = new GSequenceLink();
1157
1158     int index = linkUrlTable.getSelectedRow();
1159     if (index == -1)
1160     {
1161       // button no longer enabled if row is not selected
1162       Cache.log.debug("Edit with no row selected in linkUrlTable");
1163       return;
1164     }
1165
1166     int nameCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1167             .getNameColumn();
1168     int urlCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1169             .getUrlColumn();
1170     String oldName = linkUrlTable.getValueAt(index, nameCol).toString();
1171     link.setName(oldName);
1172     link.setURL(linkUrlTable.getValueAt(index, urlCol).toString());
1173
1174     boolean valid = false;
1175     while (!valid)
1176     {
1177       if (JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.getDesktopPane(), link,
1178               MessageManager.getString("label.edit_sequence_url_link"),
1179               JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION, -1,
1180               null) == JvOptionPane.OK_OPTION)
1181       {
1182         if (link.checkValid())
1183         {
1184           if ((oldName.equals(link.getName()))
1185                   || (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1186                           .isUniqueName(link.getName())))
1187           {
1188             linkUrlTable.setValueAt(link.getName(), index, nameCol);
1189             linkUrlTable.setValueAt(link.getURL(), index, urlCol);
1190             valid = true;
1191           }
1192           else
1193           {
1194             link.notifyDuplicate();
1195             continue;
1196           }
1197         }
1198       }
1199       else
1200       {
1201         break;
1202       }
1203     }
1204   }
1205
1206   @Override
1207   public void deleteLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1208   {
1209     int index = linkUrlTable.getSelectedRow();
1210     int modelIndex = -1;
1211     if (index == -1)
1212     {
1213       // button no longer enabled if row is not selected
1214       Cache.log.debug("Delete with no row selected in linkUrlTable");
1215       return;
1216     }
1217     else
1218     {
1219       modelIndex = linkUrlTable.convertRowIndexToModel(index);
1220     }
1221
1222     // make sure we use the model index to delete, and not the table index
1223     ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel()).removeRow(modelIndex);
1224   }
1225
1226   @Override
1227   public void defaultBrowser_mouseClicked(MouseEvent e)
1228   {
1229     // TODO: JAL-3048 not needed for j2s
1230     if (!Platform.isJS()) // BH 2019
1231     /**
1232      * Java only
1233      *
1234      * @j2sIgnore
1235      */
1236     {
1237       JFileChooser chooser = new JFileChooser(".");
1238       chooser.setDialogTitle(
1239               MessageManager.getString("label.select_default_browser"));
1240
1241       int value = chooser.showOpenDialog(this);
1242
1243       if (value == JFileChooser.APPROVE_OPTION)
1244       {
1245         defaultBrowser.setText(chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath());
1246       }
1247     }
1248   }
1249
1250   /*
1251    * (non-Javadoc)
1252    *
1253    * @see
1254    * jalview.jbgui.GPreferences#showunconserved_actionPerformed(java.awt.event
1255    * .ActionEvent)
1256    */
1257   @Override
1258   protected void showunconserved_actionPerformed(ActionEvent e)
1259   {
1260     // TODO Auto-generated method stub
1261     super.showunconserved_actionPerformed(e);
1262   }
1263
1264   /**
1265    * not implemented -- returns empty list
1266    *
1267    * @return
1268    */
1269   public static List<String> getGroupURLLinks()
1270   {
1271     return groupURLLinks;
1272   }
1273
1274   @Override
1275   public void minColour_actionPerformed(JPanel panel)
1276   {
1277     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1278             MessageManager.getString("label.select_colour_minimum_value"),
1279             panel);
1280   }
1281
1282   @Override
1283   public void maxColour_actionPerformed(JPanel panel)
1284   {
1285     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1286             MessageManager.getString("label.select_colour_maximum_value"),
1287             panel);
1288   }
1289
1290   @Override
1291   public void gapColour_actionPerformed(JPanel gap)
1292   {
1293     if (!useLegacyGap.isSelected())
1294     {
1295       JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1296               MessageManager.getString("label.select_gap_colour"),
1297               gap);
1298     }
1299   }
1300
1301   @Override
1302   public void hiddenColour_actionPerformed(JPanel hidden)
1303   {
1304     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1305             MessageManager.getString("label.select_hidden_colour"),
1306             hidden);
1307   }
1308
1309   @Override
1310   protected void useLegacyGaps_actionPerformed(ActionEvent e)
1311   {
1312     boolean enabled = useLegacyGap.isSelected();
1313     if (enabled)
1314     {
1315       gapColour.setBackground(
1316               jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_LEGACY_GAP);
1317     }
1318     else
1319     {
1320       gapColour.setBackground(
1321               jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_GAP);
1322     }
1323     gapColour.setEnabled(!enabled);
1324     gapLabel.setEnabled(!enabled);
1325   }
1326
1327   @Override
1328   protected void resetOvDefaults_actionPerformed(ActionEvent e)
1329   {
1330     useLegacyGap.setSelected(false);
1331     useLegacyGaps_actionPerformed(null);
1332     showHiddenAtStart.setSelected(false);
1333     hiddenColour.setBackground(
1334             jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_HIDDEN);
1335   }
1336
1337   @Override
1338   protected void userIdWidth_actionPerformed()
1339   {
1340     try
1341     {
1342       String val = userIdWidth.getText().trim();
1343       if (val.length() > 0)
1344       {
1345         Integer iw = Integer.parseInt(val);
1346         if (iw.intValue() < 12)
1347         {
1348           throw new NumberFormatException();
1349         }
1350         userIdWidth.setText(iw.toString());
1351       }
1352     } catch (NumberFormatException x)
1353     {
1354       userIdWidth.setText("");
1355       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
1356               MessageManager
1357                       .getString("warn.user_defined_width_requirements"),
1358               MessageManager.getString("label.invalid_id_column_width"),
1359               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1360     }
1361   }
1362
1363   @Override
1364   protected void autoIdWidth_actionPerformed()
1365   {
1366     userIdWidth.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
1367     userIdWidthlabel.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
1368   }
1369
1370   /**
1371    * Returns true if chimera path is to a valid executable, else show an error
1372    * dialog.
1373    */
1374   protected boolean validateChimeraPath()
1375   {
1376     if (chimeraPath.getText().trim().length() > 0)
1377     {
1378       File f = new File(chimeraPath.getText());
1379       if (!f.canExecute())
1380       {
1381         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
1382                 MessageManager.getString("label.invalid_chimera_path"),
1383                 MessageManager.getString("label.invalid_name"),
1384                 JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1385         return false;
1386       }
1387     }
1388     return true;
1389   }
1390
1391   /**
1392    * If Chimera is selected, check it can be found on default or user-specified
1393    * path, if not show a warning/help dialog.
1394    */
1395   @Override
1396   protected void structureViewer_actionPerformed(String selectedItem)
1397   {
1398     if (!selectedItem.equals(ViewerType.CHIMERA.name()))
1399     {
1400       return;
1401     }
1402     boolean found = false;
1403
1404     /*
1405      * Try user-specified and standard paths for Chimera executable.
1406      */
1407     List<String> paths = StructureManager.getChimeraPaths();
1408     paths.add(0, chimeraPath.getText());
1409     for (String path : paths)
1410     {
1411       if (new File(path.trim()).canExecute())
1412       {
1413         found = true;
1414         break;
1415       }
1416     }
1417     if (!found)
1418     {
1419       String[] options = { "OK", "Help" };
1420       int showHelp = JvOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.getDesktopPane(),
1421               JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
1422                       MessageManager.getString("label.chimera_missing")),
1423               "", JvOptionPane.YES_NO_OPTION, JvOptionPane.WARNING_MESSAGE,
1424               null, options, options[0]);
1425       if (showHelp == JvOptionPane.NO_OPTION)
1426       {
1427         try
1428         {
1429           Help.showHelpWindow(HelpId.StructureViewer);
1430         } catch (HelpSetException e)
1431         {
1432           e.printStackTrace();
1433         }
1434       }
1435     }
1436   }
1437
1438   public class OptionsParam
1439   {
1440     private String name;
1441
1442     private String code;
1443
1444     public OptionsParam(String name, String code)
1445     {
1446       this.name = name;
1447       this.code = code;
1448     }
1449
1450     public String getName()
1451     {
1452       return name;
1453     }
1454
1455     public void setName(String name)
1456     {
1457       this.name = name;
1458     }
1459
1460     public String getCode()
1461     {
1462       return code;
1463     }
1464
1465     public void setCode(String code)
1466     {
1467       this.code = code;
1468     }
1469
1470     @Override
1471     public String toString()
1472     {
1473       return name;
1474     }
1475
1476     @Override
1477     public boolean equals(Object that)
1478     {
1479       if (!(that instanceof OptionsParam))
1480       {
1481         return false;
1482       }
1483       return this.code.equalsIgnoreCase(((OptionsParam) that).code);
1484     }
1485
1486     @Override
1487     public int hashCode()
1488     {
1489       return name.hashCode() + code.hashCode();
1490     }
1491   }
1492
1493   protected class UrlListSelectionHandler implements ListSelectionListener
1494   {
1495
1496     @Override
1497     public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
1498     {
1499       ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();
1500
1501       int index = lsm.getMinSelectionIndex();
1502       if (index == -1)
1503       {
1504         // no selection, so disable delete/edit buttons
1505         editLink.setEnabled(false);
1506         deleteLink.setEnabled(false);
1507         return;
1508       }
1509       int modelIndex = linkUrlTable.convertRowIndexToModel(index);
1510
1511       // enable/disable edit and delete link buttons
1512       if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1513               .isRowDeletable(modelIndex))
1514       {
1515         deleteLink.setEnabled(true);
1516       }
1517       else
1518       {
1519         deleteLink.setEnabled(false);
1520       }
1521
1522       if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1523               .isRowEditable(modelIndex))
1524       {
1525         editLink.setEnabled(true);
1526       }
1527       else
1528       {
1529         editLink.setEnabled(false);
1530       }
1531     }
1532   }
1533 }