src/jalview/gui/Preferences.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 import java.awt.event.*;\r
  23 import javax.swing.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.bin.*;\r
  26 import jalview.io.*;\r
  27 import jalview.jbgui.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class Preferences\r
  31     extends GPreferences\r
  32 {\r
  33   static boolean preferencesLoaded = false;\r
  34   public static boolean showFullscreen = false;\r
  35   public static boolean showFullId = true;\r
  36   public static boolean showAnnotation = true;\r
  37   public static boolean showConservation = true;\r
  38   public static boolean showQuality = true;\r
  39   public static boolean showIdentity = true;\r
  40   public static String fontName = "SansSerif";\r
  41   public static String fontSize = "10";\r
  42   public static String fontStyle = Font.PLAIN + "";\r
  43   public static char gapSymbol = '-';\r
  44   public static String defaultColour = null;\r
  45   public static boolean showStartupFile = true;\r
  46   public static String startupFile =\r
  47       "http://www.jalview.org/examples/exampleFile.jar";\r
  48   JInternalFrame frame;\r
  49 \r
  50   public Preferences()\r
  51   {\r
  52     initPreferences();\r
  53 \r
  54     frame = new JInternalFrame();\r
  55     frame.setContentPane(this);\r
  56     Desktop.addInternalFrame(frame, "Preferences", 480, 390);\r
  57 \r
  58     fullID.setSelected(showFullId);\r
  59 \r
  60     String string = Cache.getProperty("SHOW_FULLSCREEN");\r
  61     boolean value = false;\r
  62 \r
  63     if (string != null)\r
  64     {\r
  65       value = Boolean.valueOf(string).booleanValue();\r
  66     }\r
  67 \r
  68     fullScreen.setSelected(value);\r
  69     annotations.setSelected(showAnnotation);\r
  70 \r
  71     conservation.setEnabled(showAnnotation);\r
  72     quality.setEnabled(showAnnotation);\r
  73     identity.setEnabled(showAnnotation);\r
  74 \r
  75     conservation.setSelected(showConservation);\r
  76     quality.setSelected(showQuality);\r
  77     identity.setSelected(showIdentity);\r
  78 \r
  79     for (int i = 0; i < 12; i++)\r
  80     {\r
  81       colour.addItem(ColourSchemeProperty.getColourName(i));\r
  82     }\r
  83 \r
  84     string = Cache.getProperty("DEFAULT_COLOUR");\r
  85 \r
  86     if (string != null)\r
  87     {\r
  88       colour.setSelectedItem(string);\r
  89     }\r
  90     else\r
  91     {\r
  92       colour.setSelectedIndex(11);\r
  93     }\r
  94 \r
  95     String[] fonts = java.awt.GraphicsEnvironment.getLocalGraphicsEnvironment()\r
  96         .getAvailableFontFamilyNames();\r
  97 \r
  98     for (int i = 0; i < fonts.length; i++)\r
  99     {\r
 100       fontNameCB.addItem(fonts[i]);\r
 101     }\r
 102 \r
 103     for (int i = 1; i < 31; i++)\r
 104     {\r
 105       fontSizeCB.addItem(i + "");\r
 106     }\r
 107 \r
 108     fontStyleCB.addItem("plain");\r
 109     fontStyleCB.addItem("bold");\r
 110     fontStyleCB.addItem("italic");\r
 111 \r
 112     fontNameCB.setSelectedItem(fontName);\r
 113     fontSizeCB.setSelectedItem(fontSize);\r
 114     fontStyleCB.setSelectedItem(fontStyle);\r
 115 \r
 116     gapSymbolCB.addItem("-");\r
 117     gapSymbolCB.addItem(".");\r
 118 \r
 119     gapSymbolCB.setSelectedItem(gapSymbol + "");\r
 120 \r
 121     startupCheckbox.setSelected(showStartupFile);\r
 122     startupFileTextfield.setText(startupFile);\r
 123   }\r
 124 \r
 125   public static void initPreferences()\r
 126   {\r
 127     String string = Cache.getProperty("SHOW_FULL_ID");\r
 128 \r
 129     if (string != null)\r
 130     {\r
 131       showFullId = Boolean.valueOf(string).booleanValue();\r
 132     }\r
 133 \r
 134     string = Cache.getProperty("SHOW_FULLSCREEN");\r
 135 \r
 136     if (string != null)\r
 137     {\r
 138       showFullscreen = Boolean.valueOf(string).booleanValue();\r
 139     }\r
 140 \r
 141     string = Cache.getProperty("SHOW_ANNOTATIONS");\r
 142 \r
 143     if (string != null)\r
 144     {\r
 145       showAnnotation = Boolean.valueOf(string).booleanValue();\r
 146     }\r
 147 \r
 148     string = Cache.getProperty("SHOW_CONSERVATION");\r
 149 \r
 150     if (string != null)\r
 151     {\r
 152       showConservation = Boolean.valueOf(string).booleanValue();\r
 153     }\r
 154 \r
 155     string = Cache.getProperty("SHOW_QUALITY");\r
 156 \r
 157     if (string != null)\r
 158     {\r
 159       showQuality = Boolean.valueOf(string).booleanValue();\r
 160     }\r
 161 \r
 162     string = Cache.getProperty("SHOW_IDENTITY");\r
 163 \r
 164     if (string != null)\r
 165     {\r
 166       showIdentity = Boolean.valueOf(string).booleanValue();\r
 167     }\r
 168 \r
 169     string = Cache.getProperty("GAP_SYMBOL");\r
 170 \r
 171     if (string != null)\r
 172     {\r
 173       gapSymbol = string.charAt(0);\r
 174     }\r
 175 \r
 176     string = Cache.getProperty("SHOW_FULL_ID");\r
 177 \r
 178     if (string != null)\r
 179     {\r
 180       showFullId = Boolean.valueOf(string).booleanValue();\r
 181     }\r
 182 \r
 183     string = Cache.getProperty("FONT_NAME");\r
 184 \r
 185     if (string != null)\r
 186     {\r
 187       fontName = string;\r
 188     }\r
 189 \r
 190     string = Cache.getProperty("FONT_STYLE");\r
 191 \r
 192     if (string != null)\r
 193     {\r
 194       fontStyle = string;\r
 195     }\r
 196 \r
 197     string = Cache.getProperty("FONT_SIZE");\r
 198 \r
 199     if (string != null)\r
 200     {\r
 201       fontSize = string;\r
 202     }\r
 203 \r
 204     string = Cache.getProperty("DEFAULT_COLOUR");\r
 205 \r
 206     if (string != null)\r
 207     {\r
 208       defaultColour = string;\r
 209     }\r
 210 \r
 211     string = Cache.getProperty("STARTUP_FILE");\r
 212 \r
 213     if (string != null)\r
 214     {\r
 215       startupFile = string;\r
 216     }\r
 217 \r
 218     string = Cache.getProperty("SHOW_STARTUP_FILE");\r
 219 \r
 220     if (string != null)\r
 221     {\r
 222       showStartupFile = Boolean.valueOf(string).booleanValue();\r
 223     }\r
 224 \r
 225     preferencesLoaded = true;\r
 226   }\r
 227 \r
 228   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 229   {\r
 230     showFullId = fullID.isSelected();\r
 231     showFullscreen = fullScreen.isSelected();\r
 232     showAnnotation = annotations.isSelected();\r
 233     showConservation = conservation.isSelected();\r
 234     showQuality = quality.isSelected();\r
 235     showIdentity = identity.isSelected();\r
 236     defaultColour = colour.getSelectedItem().toString();\r
 237     gapSymbol = gapSymbolCB.getSelectedItem().toString().charAt(0);\r
 238     fontName = fontNameCB.getSelectedItem().toString();\r
 239     fontSize = fontSizeCB.getSelectedItem().toString();\r
 240     fontStyle = fontStyleCB.getSelectedItem().toString();\r
 241     startupFile = startupFileTextfield.getText();\r
 242     showStartupFile = startupCheckbox.isSelected();\r
 243 \r
 244     Cache.setProperty("SHOW_FULL_ID", Boolean.toString(showFullId));\r
 245     Cache.setProperty("SHOW_FULLSCREEN", Boolean.toString(showFullscreen));\r
 246 \r
 247     Cache.setProperty("SHOW_ANNOTATIONS", Boolean.toString(showAnnotation));\r
 248     Cache.setProperty("SHOW_CONSERVATION",\r
 249                       Boolean.toString(showConservation));\r
 250     Cache.setProperty("SHOW_QUALITY", Boolean.toString(showQuality));\r
 251     Cache.setProperty("SHOW_IDENTITY", Boolean.toString(showIdentity));\r
 252 \r
 253     Cache.setProperty("DEFAULT_COLOUR", defaultColour);\r
 254     Cache.setProperty("GAP_SYMBOL", gapSymbol + "");\r
 255 \r
 256     Cache.setProperty("FONT_NAME", fontName);\r
 257     Cache.setProperty("FONT_STYLE", fontStyle);\r
 258     Cache.setProperty("FONT_SIZE", fontSize);\r
 259 \r
 260     Cache.setProperty("STARTUP_FILE", startupFile);\r
 261     Cache.setProperty("SHOW_STARTUP_FILE", Boolean.toString(showStartupFile));\r
 262 \r
 263     try\r
 264     {\r
 265       frame.setClosed(true);\r
 266     }\r
 267     catch (Exception ex)\r
 268     {\r
 269     }\r
 270   }\r
 271 \r
 272   public void startupFileTextfield_mouseClicked()\r
 273   {\r
 274     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 275         getProperty(\r
 276             "LAST_DIRECTORY"),\r
 277         new String[]\r
 278         {\r
 279         "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",\r
 280         "jar"\r
 281     },\r
 282         new String[]\r
 283         {\r
 284         "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"\r
 285     }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));\r
 286     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 287     chooser.setDialogTitle("Select startup file");\r
 288 \r
 289     int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 290 \r
 291     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 292     {\r
 293       jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT",\r
 294                                     chooser.getSelectedFormat());\r
 295       startupFileTextfield.setText(chooser.getSelectedFile()\r
 296                                    .getAbsolutePath());\r
 297     }\r
 298   }\r
 299 \r
 300   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 301   {\r
 302     try\r
 303     {\r
 304       frame.setClosed(true);\r
 305     }\r
 306     catch (Exception ex)\r
 307     {\r
 308     }\r
 309   }\r
 310 \r
 311   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 312   {\r
 313     conservation.setEnabled(annotations.isSelected());\r
 314     quality.setEnabled(annotations.isSelected());\r
 315     identity.setEnabled(annotations.isSelected());\r
 316   }\r
 317 }\r