src/jalview/gui/Preferences.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.gui.Help.HelpId;
  26 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  27 import jalview.io.BackupFiles;
  28 import jalview.io.BackupFilesPresetEntry;
  29 import jalview.io.FileFormatI;
  30 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  31 import jalview.io.JalviewFileView;
  32 import jalview.jbgui.GPreferences;
  33 import jalview.jbgui.GSequenceLink;
  34 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  35 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  36 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  37 import jalview.urls.UrlLinkTableModel;
  38 import jalview.urls.api.UrlProviderFactoryI;
  39 import jalview.urls.api.UrlProviderI;
  40 import jalview.urls.desktop.DesktopUrlProviderFactory;
  41 import jalview.util.BrowserLauncher;
  42 import jalview.util.MessageManager;
  43 import jalview.util.Platform;
  44 import jalview.util.UrlConstants;
  45 import jalview.ws.sifts.SiftsSettings;
  46
  47 import java.awt.BorderLayout;
  48 import java.awt.Color;
  49 import java.awt.Component;
  50 import java.awt.Dimension;
  51 import java.awt.Font;
  52 import java.awt.event.ActionEvent;
  53 import java.awt.event.ActionListener;
  54 import java.awt.event.MouseEvent;
  55 import java.io.File;
  56 import java.util.ArrayList;
  57 import java.util.List;
  58
  59 import javax.help.HelpSetException;
  60 import javax.swing.JComboBox;
  61 import javax.swing.JFileChooser;
  62 import javax.swing.JInternalFrame;
  63 import javax.swing.JPanel;
  64 import javax.swing.ListSelectionModel;
  65 import javax.swing.RowFilter;
  66 import javax.swing.RowSorter;
  67 import javax.swing.SortOrder;
  68 import javax.swing.event.DocumentEvent;
  69 import javax.swing.event.DocumentListener;
  70 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  71 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  72 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
  73 import javax.swing.table.TableColumn;
  74 import javax.swing.table.TableModel;
  75 import javax.swing.table.TableRowSorter;
  76
  77 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager;
  78
  79 /**
  80  * DOCUMENT ME!
  81  *
  82  * @author $author$
  83  * @version $Revision$
  84  */
  85 @SuppressWarnings("serial")
  86 public class Preferences extends GPreferences
  87 {
  88
  89   // original to develop
  90
  91   public static final String ENABLE_SPLIT_FRAME = "ENABLE_SPLIT_FRAME";
  92
  93   public static final String SCALE_PROTEIN_TO_CDNA = "SCALE_PROTEIN_TO_CDNA";
  94
  95   public static final String DEFAULT_COLOUR = "DEFAULT_COLOUR";
  96
  97   public static final String DEFAULT_COLOUR_PROT = "DEFAULT_COLOUR_PROT";
  98
  99   public static final String DEFAULT_COLOUR_NUC = "DEFAULT_COLOUR_NUC";
 100
 101   public static final String ADD_TEMPFACT_ANN = "ADD_TEMPFACT_ANN";
 102
 103   public static final String ADD_SS_ANN = "ADD_SS_ANN";
 104
 105   public static final String USE_RNAVIEW = "USE_RNAVIEW";
 106
 107   public static final String STRUCT_FROM_PDB = "STRUCT_FROM_PDB";
 108
 109   public static final String STRUCTURE_DISPLAY = "STRUCTURE_DISPLAY";
 110
 111   public static final String CHIMERA_PATH = "CHIMERA_PATH";
 112
 113   public static final String SORT_ANNOTATIONS = "SORT_ANNOTATIONS";
 114
 115   public static final String SHOW_AUTOCALC_ABOVE = "SHOW_AUTOCALC_ABOVE";
 116
 117   public static final String SHOW_OCCUPANCY = "SHOW_OCCUPANCY";
 118
 119   public static final String SHOW_OV_HIDDEN_AT_START = "SHOW_OV_HIDDEN_AT_START";
 120
 121   public static final String USE_LEGACY_GAP = "USE_LEGACY_GAP";
 122
 123   public static final String GAP_COLOUR = "GAP_COLOUR";
 124
 125   public static final String HIDDEN_COLOUR = "HIDDEN_COLOUR";
 126
 127   private static final int MIN_FONT_SIZE = 1;
 128
 129   private static final int MAX_FONT_SIZE = 30;
 130
 131   // new for applet
 132
 133   public static final String ALLOW_UNPUBLISHED_PDB_QUERYING = "ALLOW_UNPUBLISHED_PDB_QUERYING";
 134
 135   public static final String ANNOTATIONCOLOUR_MAX = "ANNOTATIONCOLOUR_MAX";
 136
 137   public static final String ANNOTATIONCOLOUR_MIN = "ANNOTATIONCOLOUR_MIN";
 138
 139   public static final String ANTI_ALIAS = "ANTI_ALIAS";
 140
 141   public static final String AUTO_CALC_CONSENSUS = "AUTO_CALC_CONSENSUS";
 142
 143   public static final String AUTOASSOCIATE_PDBANDSEQS = "AUTOASSOCIATE_PDBANDSEQS";
 144
 145   public static final String BLOSUM62_PCA_FOR_NUCLEOTIDE = "BLOSUM62_PCA_FOR_NUCLEOTIDE";
 146
 147   public static final String CENTRE_COLUMN_LABELS = "CENTRE_COLUMN_LABELS";
 148
 149   public static final String DBREFFETCH_USEPICR = "DBREFFETCH_USEPICR";
 150
 151   public static final String FIGURE_AUTOIDWIDTH = "FIGURE_AUTOIDWIDTH";
 152
 153   public static final String FIGURE_FIXEDIDWIDTH = "FIGURE_FIXEDIDWIDTH";
 154
 155   public static final String FOLLOW_SELECTIONS = "FOLLOW_SELECTIONS";
 156
 157   public static final String FONT_NAME = "FONT_NAME";
 158
 159   public static final String FONT_SIZE = "FONT_SIZE";
 160
 161   public static final String FONT_STYLE = "FONT_STYLE";
 162
 163   public static final String GAP_SYMBOL = "GAP_SYMBOL";
 164
 165   public static final String HIDE_INTRONS = "HIDE_INTRONS";
 166
 167   public static final String ID_ITALICS = "ID_ITALICS";
 168
 169   public static final String ID_ORG_HOSTURL = "ID_ORG_HOSTURL";
 170
 171   public static final String MAP_WITH_SIFTS = "MAP_WITH_SIFTS";
 172
 173   public static final String NOQUESTIONNAIRES = "NOQUESTIONNAIRES";
 174
 175   public static final String NORMALISE_CONSENSUS_LOGO = "NORMALISE_CONSENSUS_LOGO";
 176
 177   public static final String NORMALISE_LOGO = "NORMALISE_LOGO";
 178
 179   public static final String PAD_GAPS = "PAD_GAPS";
 180
 181   public static final String PDB_DOWNLOAD_FORMAT = "PDB_DOWNLOAD_FORMAT";
 182
 183   public static final String QUESTIONNAIRE = "QUESTIONNAIRE";
 184
 185   public static final String RELAXEDSEQIDMATCHING = "RELAXEDSEQIDMATCHING";
 186
 187   public static final String RIGHT_ALIGN_IDS = "RIGHT_ALIGN_IDS";
 188
 189   public static final String SHOW_ANNOTATIONS = "SHOW_ANNOTATIONS";
 190
 191   public static final String SHOW_CONSENSUS = "SHOW_CONSENSUS";
 192
 193   public static final String SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM = "SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM";
 194
 195   public static final String SHOW_CONSENSUS_LOGO = "SHOW_CONSENSUS_LOGO";
 196
 197   public static final String SHOW_CONSERVATION = "SHOW_CONSERVATION";
 198
 199   public static final String SHOW_DBREFS_TOOLTIP = "SHOW_DBREFS_TOOLTIP";
 200
 201   public static final String SHOW_GROUP_CONSENSUS = "SHOW_GROUP_CONSENSUS";
 202
 203   public static final String SHOW_GROUP_CONSERVATION = "SHOW_GROUP_CONSERVATION";
 204
 205   public static final String SHOW_IDENTITY = "SHOW_IDENTITY";
 206
 207   public static final String SHOW_FULLSCREEN = "SHOW_FULLSCREEN";
 208
 209   public static final String SHOW_JVSUFFIX = "SHOW_JVSUFFIX";
 210
 211   public static final String SHOW_NPFEATS_TOOLTIP = "SHOW_NPFEATS_TOOLTIP";
 212
 213   public static final String SHOW_OVERVIEW = "SHOW_OVERVIEW";
 214
 215   public static final String SHOW_QUALITY = "SHOW_QUALITY";
 216
 217   public static final String SHOW_UNCONSERVED = "SHOW_UNCONSERVED";
 218
 219   public static final String SORT_ALIGNMENT = "SORT_ALIGNMENT";
 220
 221   public static final String SORT_BY_TREE = "SORT_BY_TREE";
 222
 223   public static final String STRUCTURE_DIMENSIONS = "STRUCTURE_DIMENSIONS";
 224
 225   public static final String UNIPROT_DOMAIN = "UNIPROT_DOMAIN";
 226
 227   public static final String USE_FULL_SO = "USE_FULL_SO";
 228
 229   public static final String USER_DEFINED_COLOURS = "USER_DEFINED_COLOURS";
 230
 231   public static final String WRAP_ALIGNMENT = "WRAP_ALIGNMENT";
 232
 233
 234   public static final Dimension DEFAULT_STRUCTURE_DIMENSIONS = new Dimension(
 235           600, 600);
 236
 237   /**
 238    * Holds name and link separated with | character. Sequence ID must be
 239    * $SEQUENCE_ID$ or $SEQUENCE_ID=/.possible | chars ./=$
 240    */
 241   public static UrlProviderI sequenceUrlLinks; // must be nonfinal for test
 242
 243   public final static UrlLinkTableModel dataModel;
 244
 245   /**
 246    * Holds name and link separated with | character. Sequence IDS and Sequences
 247    * must be $SEQUENCEIDS$ or $SEQUENCEIDS=/.possible | chars ./=$ and
 248    * $SEQUENCES$ or $SEQUENCES=/.possible | chars ./=$ and separation character
 249    * for first and second token specified after a pipe character at end |,|.
 250    * (TODO: proper escape for using | to separate ids or sequences
 251    */
 252
 253   public static final List<String> groupURLLinks; // not implemented
 254
 255   static
 256   {
 257     // get links selected to be in the menu (SEQUENCE_LINKS)
 258     // and links entered by the user but not selected (STORED_LINKS)
 259     String inMenuString = Cache.getDefault("SEQUENCE_LINKS", "");
 260     String notInMenuString = Cache.getDefault("STORED_LINKS", "");
 261     String defaultUrl = Cache.getDefault("DEFAULT_URL",
 262             UrlConstants.DEFAULT_LABEL);
 263
 264     // if both links lists are empty, add the DEFAULT_URL link
 265     // otherwise we assume the default link is in one of the lists
 266     if (inMenuString.isEmpty() && notInMenuString.isEmpty())
 267     {
 268       inMenuString = UrlConstants.DEFAULT_STRING;
 269     }
 270     UrlProviderFactoryI factory = new DesktopUrlProviderFactory(defaultUrl,
 271             inMenuString, notInMenuString);
 272     sequenceUrlLinks = factory.createUrlProvider();
 273     dataModel = new UrlLinkTableModel(sequenceUrlLinks);
 274
 275     /**
 276      * TODO: reformulate groupURL encoding so two or more can be stored in the
 277      * .properties file as '|' separated strings
 278      */
 279
 280     groupURLLinks = new ArrayList<>(); // not implemented
 281   }
 282
 283   JInternalFrame frame;
 284
 285   private WsPreferences wsPrefs;
 286
 287   private OptionsParam promptEachTimeOpt = new OptionsParam(
 288           MessageManager.getString("label.prompt_each_time"),
 289           "Prompt each time");
 290
 291   private OptionsParam lineArtOpt = new OptionsParam(
 292           MessageManager.getString("label.lineart"), "Lineart");
 293
 294   private OptionsParam textOpt = new OptionsParam(
 295           MessageManager.getString("action.text"), "Text");
 296
 297   /**
 298    * Creates a new Preferences object.
 299    */
 300   public Preferences()
 301   {
 302     super();
 303     frame = new JInternalFrame();
 304     frame.setContentPane(this);
 305     if (!Platform.isJS())
 306     /**
 307      * Java only
 308      *
 309      * @j2sIgnore
 310      */
 311     {
 312       wsPrefs = new WsPreferences();
 313       wsTab.add(wsPrefs, BorderLayout.CENTER);
 314     }
 315     int width = 700, height = 510; // BH 2019.07.12 added 60 to height and 40 to
 316                                    // width (for Visual check boxes and Links
 317                                    // "Double Click" header)
 318     // BH 2019.09.24 added 20 to width
 319     // (structure panel was too small anyway, and I added a default dimension
 320     // for Jmol
 321     if (Platform.isAMacAndNotJS())
 322     {
 323       width = 570;
 324       height = 540; // BH 2019.07.12 added 30
 325     }
 326
 327     Desktop.addInternalFrame(frame,
 328             MessageManager.getString("label.preferences"), width, height);
 329     frame.setMinimumSize(new Dimension(width, height));
 330
 331     /*
 332      * Set Visual tab defaults
 333      */
 334     seqLimit.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_JVSUFFIX, true));
 335     rightAlign.setSelected(Cache.getDefault(RIGHT_ALIGN_IDS, false));
 336     fullScreen.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_FULLSCREEN, false));
 337     annotations.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_ANNOTATIONS, true));
 338
 339     conservation.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_CONSERVATION, true));
 340     quality.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_QUALITY, true));
 341     identity.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_IDENTITY, true));
 342     openoverv.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_OVERVIEW, false));
 343     showUnconserved
 344             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_UNCONSERVED, false));
 345     showOccupancy.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_OCCUPANCY, false));
 346     showGroupConsensus
 347             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_GROUP_CONSENSUS, false));
 348     showGroupConservation.setSelected(
 349             Cache.getDefault(SHOW_GROUP_CONSERVATION, false));
 350     showConsensHistogram.setSelected(
 351             Cache.getDefault(SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM, true));
 352     showConsensLogo
 353             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_CONSENSUS_LOGO, false));
 354     showNpTooltip
 355             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_NPFEATS_TOOLTIP, true));
 356     showDbRefTooltip
 357             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_DBREFS_TOOLTIP, true));
 358
 359     String[] fonts = java.awt.GraphicsEnvironment
 360             .getLocalGraphicsEnvironment().getAvailableFontFamilyNames();
 361     for (int i = 0; i < fonts.length; i++)
 362     {
 363       fontNameCB.addItem(fonts[i]);
 364     }
 365
 366     for (int i = MIN_FONT_SIZE; i <= MAX_FONT_SIZE; i++)
 367     {
 368       fontSizeCB.addItem(i + "");
 369     }
 370
 371     fontStyleCB.addItem("plain");
 372     fontStyleCB.addItem("bold");
 373     fontStyleCB.addItem("italic");
 374
 375     fontNameCB.setSelectedItem(Cache.getDefault(FONT_NAME, "SansSerif"));
 376     fontSizeCB.setSelectedItem(Cache.getDefault(FONT_SIZE, "10"));
 377     fontStyleCB.setSelectedItem(
 378             Cache.getDefault(FONT_STYLE, Font.PLAIN + ""));
 379
 380     smoothFont.setSelected(Cache.getDefault(ANTI_ALIAS, false));
 381     scaleProteinToCdna
 382             .setSelected(Cache.getDefault(SCALE_PROTEIN_TO_CDNA, false));
 383
 384     idItalics.setSelected(Cache.getDefault(ID_ITALICS, true));
 385
 386     wrap.setSelected(Cache.getDefault(WRAP_ALIGNMENT, false));
 387
 388     gapSymbolCB.addItem("-");
 389     gapSymbolCB.addItem(".");
 390
 391     gapSymbolCB.setSelectedItem(Cache.getDefault(GAP_SYMBOL, "-"));
 392
 393     sortby.addItem("No sort");
 394     sortby.addItem("Id");
 395     sortby.addItem("Pairwise Identity");
 396     sortby.setSelectedItem(Cache.getDefault(SORT_ALIGNMENT, "No sort"));
 397
 398     sortAnnBy.addItem(SequenceAnnotationOrder.NONE.toString());
 399     sortAnnBy
 400             .addItem(SequenceAnnotationOrder.SEQUENCE_AND_LABEL.toString());
 401     sortAnnBy
 402             .addItem(SequenceAnnotationOrder.LABEL_AND_SEQUENCE.toString());
 403     SequenceAnnotationOrder savedSort = SequenceAnnotationOrder
 404             .valueOf(Cache.getDefault(SORT_ANNOTATIONS,
 405                     SequenceAnnotationOrder.NONE.name()));
 406     sortAnnBy.setSelectedItem(savedSort.toString());
 407
 408     sortAutocalc.addItem("Autocalculated first");
 409     sortAutocalc.addItem("Autocalculated last");
 410     final boolean showAbove = Cache.getDefault(SHOW_AUTOCALC_ABOVE, true);
 411     sortAutocalc.setSelectedItem(showAbove ? sortAutocalc.getItemAt(0)
 412             : sortAutocalc.getItemAt(1));
 413     startupCheckbox
 414             .setSelected(Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true));
 415     startupFileTextfield.setText(Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 416             Cache.getDefault("www.jalview.org", "http://www.jalview.org")
 417                     + "/examples/exampleFile_2_3.jar"));
 418
 419     /*
 420      * Set Colours tab defaults
 421      */
 422     protColour.addItem(ResidueColourScheme.NONE);
 423     nucColour.addItem(ResidueColourScheme.NONE);
 424     for (ColourSchemeI cs : ColourSchemes.getInstance().getColourSchemes())
 425     {
 426       String name = cs.getSchemeName();
 427       protColour.addItem(name);
 428       nucColour.addItem(name);
 429     }
 430     String oldProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR,
 431             ResidueColourScheme.NONE);
 432     String newProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR_PROT, null);
 433     protColour.setSelectedItem(newProp != null ? newProp : oldProp);
 434     newProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR_NUC, null);
 435     nucColour.setSelectedItem(newProp != null ? newProp : oldProp);
 436     minColour.setBackground(
 437             Cache.getDefaultColour(ANNOTATIONCOLOUR_MIN, Color.orange));
 438     maxColour.setBackground(
 439             Cache.getDefaultColour(ANNOTATIONCOLOUR_MAX, Color.red));
 440
 441     /*
 442      * Set overview panel defaults
 443      */
 444     gapColour.setBackground(
 445             Cache.getDefaultColour(GAP_COLOUR,
 446                     jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_GAP));
 447     hiddenColour.setBackground(
 448             Cache.getDefaultColour(HIDDEN_COLOUR,
 449                     jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_HIDDEN));
 450     useLegacyGap.setSelected(Cache.getDefault(USE_LEGACY_GAP, false));
 451     gapLabel.setEnabled(!useLegacyGap.isSelected());
 452     gapColour.setEnabled(!useLegacyGap.isSelected());
 453     showHiddenAtStart
 454             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_OV_HIDDEN_AT_START, false));
 455
 456     /*
 457      * Set Structure tab defaults.
 458      */
 459     final boolean structSelected = Cache.getDefault(STRUCT_FROM_PDB, false);
 460     structFromPdb.setSelected(structSelected);
 461     useRnaView.setSelected(Cache.getDefault(USE_RNAVIEW, false));
 462     useRnaView.setEnabled(structSelected);
 463     addSecondaryStructure.setSelected(Cache.getDefault(ADD_SS_ANN, false));
 464     addSecondaryStructure.setEnabled(structSelected);
 465     addTempFactor.setSelected(Cache.getDefault(ADD_TEMPFACT_ANN, false));
 466     addTempFactor.setEnabled(structSelected);
 467     structViewer.setSelectedItem(
 468             Cache.getDefault(STRUCTURE_DISPLAY, ViewerType.JMOL.name()));
 469     Dimension d = Cache.getDefaultDim(STRUCTURE_DIMENSIONS,
 470             DEFAULT_STRUCTURE_DIMENSIONS);
 471     String s = d.width + "," + d.height;
 472     structureDimensions.setText(s);
 473     chimeraPath.setText(Cache.getDefault(CHIMERA_PATH, ""));
 474     chimeraPath.addActionListener(new ActionListener()
 475     {
 476       @Override
 477       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 478       {
 479         validateChimeraPath();
 480       }
 481     });
 482
 483     if (Cache.getDefault(MAP_WITH_SIFTS, false))
 484     {
 485       siftsMapping.setSelected(true);
 486     }
 487     else
 488     {
 489       nwMapping.setSelected(true);
 490     }
 491
 492     SiftsSettings
 493             .setMapWithSifts(Cache.getDefault(MAP_WITH_SIFTS, false));
 494
 495     /*
 496      * Set Connections tab defaults
 497      */
 498
 499     // set up sorting
 500     linkUrlTable.setModel(dataModel);
 501     final TableRowSorter<TableModel> sorter = new TableRowSorter<>(
 502             linkUrlTable.getModel());
 503     linkUrlTable.setRowSorter(sorter);
 504     List<RowSorter.SortKey> sortKeys = new ArrayList<>();
 505
 506     UrlLinkTableModel m = (UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel();
 507     sortKeys.add(new RowSorter.SortKey(m.getPrimaryColumn(),
 508             SortOrder.DESCENDING));
 509     sortKeys.add(new RowSorter.SortKey(m.getSelectedColumn(),
 510             SortOrder.DESCENDING));
 511     sortKeys.add(
 512             new RowSorter.SortKey(m.getNameColumn(), SortOrder.ASCENDING));
 513
 514     sorter.setSortKeys(sortKeys);
 515     // BH 2018 setSortKeys will do the sort
 516     // sorter.sort();
 517
 518     // set up filtering
 519     ActionListener onReset;
 520     onReset = new ActionListener()
 521     {
 522       @Override
 523       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 524       {
 525         filterTB.setText("");
 526         sorter.setRowFilter(RowFilter.regexFilter(""));
 527       }
 528
 529     };
 530     doReset.addActionListener(onReset);
 531
 532     // filter to display only custom urls
 533     final RowFilter<TableModel, Object> customUrlFilter = new RowFilter<TableModel, Object>()
 534     {
 535       @Override
 536       public boolean include(
 537               Entry<? extends TableModel, ? extends Object> entry)
 538       {
 539         return ((UrlLinkTableModel) entry.getModel()).isUserEntry(entry);
 540       }
 541     };
 542
 543     final TableRowSorter<TableModel> customSorter = new TableRowSorter<>(
 544             linkUrlTable.getModel());
 545     customSorter.setRowFilter(customUrlFilter);
 546
 547     ActionListener onCustomOnly;
 548     onCustomOnly = new ActionListener()
 549     {
 550       @Override
 551       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 552       {
 553         filterTB.setText("");
 554         sorter.setRowFilter(customUrlFilter);
 555       }
 556     };
 557     userOnly.addActionListener(onCustomOnly);
 558
 559     filterTB.getDocument().addDocumentListener(new DocumentListener()
 560     {
 561       String caseInsensitiveFlag = "(?i)";
 562
 563       @Override
 564       public void changedUpdate(DocumentEvent e)
 565       {
 566         sorter.setRowFilter(RowFilter
 567                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 568       }
 569
 570       @Override
 571       public void removeUpdate(DocumentEvent e)
 572       {
 573         sorter.setRowFilter(RowFilter
 574                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 575       }
 576
 577       @Override
 578       public void insertUpdate(DocumentEvent e)
 579       {
 580         sorter.setRowFilter(RowFilter
 581                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 582       }
 583     });
 584
 585     // set up list selection functionality
 586     linkUrlTable.getSelectionModel()
 587             .addListSelectionListener(new UrlListSelectionHandler());
 588
 589     // set up radio buttons
 590     int onClickCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
 591             .getPrimaryColumn();
 592     String onClickName = linkUrlTable.getColumnName(onClickCol);
 593     linkUrlTable.getColumn(onClickName)
 594             .setCellRenderer(new RadioButtonRenderer());
 595     linkUrlTable.getColumn(onClickName)
 596             .setCellEditor(new RadioButtonEditor());
 597
 598     // get boolean columns and resize those to min possible
 599     for (int column = 0; column < linkUrlTable.getColumnCount(); column++)
 600     {
 601       if (linkUrlTable.getModel().getColumnClass(column)
 602               .equals(Boolean.class))
 603       {
 604         TableColumn tableColumn = linkUrlTable.getColumnModel()
 605                 .getColumn(column);
 606         int preferredWidth = tableColumn.getMinWidth();
 607
 608         TableCellRenderer cellRenderer = linkUrlTable.getCellRenderer(0,
 609                 column);
 610         Component c = linkUrlTable.prepareRenderer(cellRenderer, 0, column);
 611         int cwidth = c.getPreferredSize().width
 612                 + linkUrlTable.getIntercellSpacing().width;
 613         preferredWidth = Math.max(preferredWidth, cwidth);
 614
 615         tableColumn.setPreferredWidth(preferredWidth);
 616       }
 617     }
 618
 619     useProxy.setSelected(Cache.getDefault("USE_PROXY", false));
 620     useProxy_actionPerformed(); // make sure useProxy is correctly initialised
 621     proxyServerTB.setText(Cache.getDefault("PROXY_SERVER", ""));
 622     proxyPortTB.setText(Cache.getDefault("PROXY_PORT", ""));
 623
 624     defaultBrowser.setText(Cache.getDefault("DEFAULT_BROWSER", ""));
 625
 626     usagestats.setSelected(Cache.getDefault("USAGESTATS", false));
 627     // note antisense here: default is true
 628     questionnaire
 629             .setSelected(Cache.getProperty(NOQUESTIONNAIRES) == null);
 630     versioncheck.setSelected(Cache.getDefault("VERSION_CHECK", true));
 631
 632     /*
 633      * Set Output tab defaults
 634      */
 635     setupOutputCombo(epsRendering, "EPS_RENDERING");
 636     setupOutputCombo(htmlRendering, "HTML_RENDERING");
 637     setupOutputCombo(svgRendering, "SVG_RENDERING");
 638     autoIdWidth.setSelected(Cache.getDefault(FIGURE_AUTOIDWIDTH, false));
 639     userIdWidth.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
 640     userIdWidthlabel.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
 641     Integer wi = Cache.getIntegerProperty(FIGURE_FIXEDIDWIDTH);
 642     userIdWidth.setText(wi == null ? "" : wi.toString());
 643     // TODO: refactor to use common enum via FormatAdapter and allow extension
 644     // for new flat file formats
 645     blcjv.setSelected(Cache.getDefault("BLC_JVSUFFIX", true));
 646     clustaljv.setSelected(Cache.getDefault("CLUSTAL_JVSUFFIX", true));
 647     fastajv.setSelected(Cache.getDefault("FASTA_JVSUFFIX", true));
 648     msfjv.setSelected(Cache.getDefault("MSF_JVSUFFIX", true));
 649     pfamjv.setSelected(Cache.getDefault("PFAM_JVSUFFIX", true));
 650     pileupjv.setSelected(Cache.getDefault("PILEUP_JVSUFFIX", true));
 651     pirjv.setSelected(Cache.getDefault("PIR_JVSUFFIX", true));
 652     modellerOutput.setSelected(Cache.getDefault("PIR_MODELLER", false));
 653     embbedBioJSON
 654             .setSelected(Cache.getDefault("EXPORT_EMBBED_BIOJSON", true));
 655
 656     /*
 657      * Set Editing tab defaults
 658      */
 659     autoCalculateConsCheck
 660             .setSelected(Cache.getDefault(AUTO_CALC_CONSENSUS, true));
 661     padGaps.setSelected(Cache.getDefault(PAD_GAPS, false));
 662     sortByTree.setSelected(Cache.getDefault(SORT_BY_TREE, false));
 663
 664     annotations_actionPerformed(null); // update the display of the annotation
 665                                        // settings
 666
 667
 668     /*
 669      * Set Backups tab defaults
 670      */
 671     if (!Platform.isJS())
 672     {
 673       loadLastSavedBackupsOptions();
 674     }
 675
 676   }
 677
 678   /**
 679    * A helper method that sets the items and initial selection in a character
 680    * rendering option list (Prompt each time/Lineart/Text)
 681    *
 682    * @param comboBox
 683    * @param propertyKey
 684    */
 685   protected void setupOutputCombo(JComboBox<Object> comboBox,
 686           String propertyKey)
 687   {
 688     comboBox.addItem(promptEachTimeOpt);
 689     comboBox.addItem(lineArtOpt);
 690     comboBox.addItem(textOpt);
 691
 692     /*
 693      * JalviewJS doesn't support Lineart so force it to Text
 694      */
 695     String defaultOption = Platform.isJS() ? "Text"
 696             : Cache.getDefault(propertyKey, "Prompt each time");
 697     if (defaultOption.equalsIgnoreCase("Text"))
 698     {
 699       comboBox.setSelectedItem(textOpt);
 700     }
 701     else if (defaultOption.equalsIgnoreCase("Lineart"))
 702     {
 703       comboBox.setSelectedItem(lineArtOpt);
 704     }
 705     else
 706     {
 707       comboBox.setSelectedItem(promptEachTimeOpt);
 708     }
 709   }
 710
 711   /**
 712    * Save user selections on the Preferences tabs to the Cache and write out to
 713    * file.
 714    *
 715    * @param e
 716    */
 717   @Override
 718   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 719   {
 720     if (!validateSettings())
 721     {
 722       return;
 723     }
 724
 725     /*
 726      * Save Visual settings
 727      */
 728     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_JVSUFFIX,
 729             Boolean.toString(seqLimit.isSelected()));
 730     Cache.setPropertyNoSave(RIGHT_ALIGN_IDS,
 731             Boolean.toString(rightAlign.isSelected()));
 732     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_FULLSCREEN,
 733             Boolean.toString(fullScreen.isSelected()));
 734     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_OVERVIEW,
 735             Boolean.toString(openoverv.isSelected()));
 736     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_ANNOTATIONS,
 737             Boolean.toString(annotations.isSelected()));
 738     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSERVATION,
 739             Boolean.toString(conservation.isSelected()));
 740     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_QUALITY,
 741             Boolean.toString(quality.isSelected()));
 742     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_IDENTITY,
 743             Boolean.toString(identity.isSelected()));
 744
 745     Cache.setPropertyNoSave(GAP_SYMBOL,
 746             gapSymbolCB.getSelectedItem().toString());
 747
 748     Cache.setPropertyNoSave(FONT_NAME,
 749             fontNameCB.getSelectedItem().toString());
 750     Cache.setPropertyNoSave(FONT_STYLE,
 751             fontStyleCB.getSelectedItem().toString());
 752     Cache.setPropertyNoSave(FONT_SIZE,
 753             fontSizeCB.getSelectedItem().toString());
 754
 755     Cache.setPropertyNoSave(ID_ITALICS,
 756             Boolean.toString(idItalics.isSelected()));
 757     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_UNCONSERVED,
 758             Boolean.toString(showUnconserved.isSelected()));
 759     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_OCCUPANCY,
 760             Boolean.toString(showOccupancy.isSelected()));
 761     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSENSUS,
 762             Boolean.toString(showGroupConsensus.isSelected()));
 763     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSERVATION,
 764             Boolean.toString(showGroupConservation.isSelected()));
 765     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM,
 766             Boolean.toString(showConsensHistogram.isSelected()));
 767     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSENSUS_LOGO,
 768             Boolean.toString(showConsensLogo.isSelected()));
 769     Cache.setPropertyNoSave(ANTI_ALIAS,
 770             Boolean.toString(smoothFont.isSelected()));
 771     Cache.setPropertyNoSave(SCALE_PROTEIN_TO_CDNA,
 772             Boolean.toString(scaleProteinToCdna.isSelected()));
 773     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_NPFEATS_TOOLTIP,
 774             Boolean.toString(showNpTooltip.isSelected()));
 775     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_DBREFS_TOOLTIP,
 776             Boolean.toString(showDbRefTooltip.isSelected()));
 777
 778     Cache.setPropertyNoSave(WRAP_ALIGNMENT,
 779             Boolean.toString(wrap.isSelected()));
 780
 781     Cache.setPropertyNoSave("STARTUP_FILE", startupFileTextfield.getText());
 782     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_STARTUP_FILE",
 783             Boolean.toString(startupCheckbox.isSelected()));
 784
 785     Cache.setPropertyNoSave(SORT_ALIGNMENT,
 786             sortby.getSelectedItem().toString());
 787
 788     // convert description of sort order to enum name for save
 789     SequenceAnnotationOrder annSortOrder = SequenceAnnotationOrder
 790             .forDescription(sortAnnBy.getSelectedItem().toString());
 791     if (annSortOrder != null)
 792     {
 793       Cache.setPropertyNoSave(SORT_ANNOTATIONS, annSortOrder.name());
 794     }
 795
 796     final boolean showAutocalcFirst = sortAutocalc.getSelectedIndex() == 0;
 797     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_AUTOCALC_ABOVE,
 798             Boolean.valueOf(showAutocalcFirst).toString());
 799
 800     /*
 801      * Save Colours settings
 802      */
 803     Cache.setPropertyNoSave(DEFAULT_COLOUR_PROT,
 804             protColour.getSelectedItem().toString());
 805     Cache.setPropertyNoSave(DEFAULT_COLOUR_NUC,
 806             nucColour.getSelectedItem().toString());
 807     Cache.setColourPropertyNoSave(ANNOTATIONCOLOUR_MIN,
 808             minColour.getBackground());
 809     Cache.setColourPropertyNoSave(ANNOTATIONCOLOUR_MAX,
 810             maxColour.getBackground());
 811
 812     /*
 813      * Save Overview settings
 814      */
 815     Cache.setColourPropertyNoSave(GAP_COLOUR, gapColour.getBackground());
 816     Cache.setColourPropertyNoSave(HIDDEN_COLOUR,
 817             hiddenColour.getBackground());
 818     Cache.setPropertyNoSave(USE_LEGACY_GAP,
 819             Boolean.toString(useLegacyGap.isSelected()));
 820     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_OV_HIDDEN_AT_START,
 821             Boolean.toString(showHiddenAtStart.isSelected()));
 822
 823     /*
 824      * Save Structure settings
 825      */
 826     Cache.setPropertyNoSave(ADD_TEMPFACT_ANN,
 827             Boolean.toString(addTempFactor.isSelected()));
 828     Cache.setPropertyNoSave(ADD_SS_ANN,
 829             Boolean.toString(addSecondaryStructure.isSelected()));
 830     Cache.setPropertyNoSave(USE_RNAVIEW,
 831             Boolean.toString(useRnaView.isSelected()));
 832     Cache.setPropertyNoSave(STRUCT_FROM_PDB,
 833             Boolean.toString(structFromPdb.isSelected()));
 834     Cache.setPropertyNoSave(STRUCTURE_DISPLAY,
 835             structViewer.getSelectedItem().toString());
 836     Cache.setPropertyNoSave(STRUCTURE_DIMENSIONS,
 837             structureDimensions.getText()); // BH 2019.07.12
 838     Cache.setOrRemove(CHIMERA_PATH, chimeraPath.getText());
 839     Cache.setPropertyNoSave(MAP_WITH_SIFTS,
 840             Boolean.toString(siftsMapping.isSelected()));
 841     SiftsSettings.setMapWithSifts(siftsMapping.isSelected());
 842
 843     /*
 844      * Save Output settings
 845      */
 846     Cache.setPropertyNoSave("EPS_RENDERING",
 847             ((OptionsParam) epsRendering.getSelectedItem()).getCode());
 848     Cache.setPropertyNoSave("HTML_RENDERING",
 849             ((OptionsParam) htmlRendering.getSelectedItem()).getCode());
 850     Cache.setPropertyNoSave("SVG_RENDERING",
 851             ((OptionsParam) svgRendering.getSelectedItem()).getCode());
 852
 853     if (!Platform.isJS())
 854     /**
 855      * @j2sNative
 856      */
 857     {
 858       // Java only
 859       // Save Connections settings
 860       Cache.setOrRemove("DEFAULT_BROWSER", defaultBrowser.getText());
 861       BrowserLauncher.resetBrowser();
 862     }
 863
 864     // save user-defined and selected links
 865     String menuLinks = sequenceUrlLinks.writeUrlsAsString(true);
 866     if (menuLinks.isEmpty())
 867     {
 868       Cache.removePropertyNoSave("SEQUENCE_LINKS");
 869     }
 870     else
 871     {
 872       Cache.setPropertyNoSave("SEQUENCE_LINKS", menuLinks.toString());
 873     }
 874
 875     String nonMenuLinks = sequenceUrlLinks.writeUrlsAsString(false);
 876     if (nonMenuLinks.isEmpty())
 877     {
 878       Cache.removePropertyNoSave("STORED_LINKS");
 879     }
 880     else
 881     {
 882       Cache.setPropertyNoSave("STORED_LINKS", nonMenuLinks.toString());
 883     }
 884
 885     Cache.setPropertyNoSave("DEFAULT_URL",
 886             sequenceUrlLinks.getPrimaryUrlId());
 887
 888     Cache.setPropertyNoSave("USE_PROXY",
 889             Boolean.toString(useProxy.isSelected()));
 890
 891     Cache.setOrRemove("PROXY_SERVER", proxyServerTB.getText());
 892
 893     Cache.setOrRemove("PROXY_PORT", proxyPortTB.getText());
 894
 895     if (useProxy.isSelected())
 896     {
 897       System.setProperty("http.proxyHost", proxyServerTB.getText());
 898       System.setProperty("http.proxyPort", proxyPortTB.getText());
 899     }
 900     else
 901     {
 902       System.setProperty("http.proxyHost", "");
 903       System.setProperty("http.proxyPort", "");
 904     }
 905     Cache.setProperty("VERSION_CHECK",
 906             Boolean.toString(versioncheck.isSelected()));
 907     if (Cache.getProperty("USAGESTATS") != null || usagestats.isSelected())
 908     {
 909       // default is false - we only set this if the user has actively agreed
 910       Cache.setProperty("USAGESTATS",
 911               Boolean.toString(usagestats.isSelected()));
 912     }
 913     if (!questionnaire.isSelected())
 914     {
 915       Cache.setProperty(NOQUESTIONNAIRES, "true");
 916     }
 917     else
 918     {
 919       // special - made easy to edit a property file to disable questionnaires
 920       // by just adding the given line
 921       Cache.removeProperty(NOQUESTIONNAIRES);
 922     }
 923
 924     /*
 925      * Save Output settings
 926      */
 927     Cache.setPropertyNoSave("BLC_JVSUFFIX",
 928             Boolean.toString(blcjv.isSelected()));
 929     Cache.setPropertyNoSave("CLUSTAL_JVSUFFIX",
 930             Boolean.toString(clustaljv.isSelected()));
 931     Cache.setPropertyNoSave("FASTA_JVSUFFIX",
 932             Boolean.toString(fastajv.isSelected()));
 933     Cache.setPropertyNoSave("MSF_JVSUFFIX",
 934             Boolean.toString(msfjv.isSelected()));
 935     Cache.setPropertyNoSave("PFAM_JVSUFFIX",
 936             Boolean.toString(pfamjv.isSelected()));
 937     Cache.setPropertyNoSave("PILEUP_JVSUFFIX",
 938             Boolean.toString(pileupjv.isSelected()));
 939     Cache.setPropertyNoSave("PIR_JVSUFFIX",
 940             Boolean.toString(pirjv.isSelected()));
 941     Cache.setPropertyNoSave("PIR_MODELLER",
 942             Boolean.toString(modellerOutput.isSelected()));
 943     Cache.setPropertyNoSave("EXPORT_EMBBED_BIOJSON",
 944             Boolean.toString(embbedBioJSON.isSelected()));
 945     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = modellerOutput.isSelected();
 946
 947     Cache.setPropertyNoSave("FIGURE_AUTOIDWIDTH",
 948             Boolean.toString(autoIdWidth.isSelected()));
 949     userIdWidth_actionPerformed();
 950     Cache.setPropertyNoSave("FIGURE_FIXEDIDWIDTH", userIdWidth.getText());
 951
 952     /*
 953      * Save Editing settings
 954      */
 955     Cache.setPropertyNoSave(AUTO_CALC_CONSENSUS,
 956             Boolean.toString(autoCalculateConsCheck.isSelected()));
 957     Cache.setPropertyNoSave(SORT_BY_TREE,
 958             Boolean.toString(sortByTree.isSelected()));
 959     Cache.setPropertyNoSave(PAD_GAPS,
 960             Boolean.toString(padGaps.isSelected()));
 961
 962     if (!Platform.isJS())
 963     {
 964       wsPrefs.updateAndRefreshWsMenuConfig(false);
 965     }
 966
 967       /*
 968        * Save Backups settings
 969        */
 970     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.ENABLED,
 971               Boolean.toString(enableBackupFiles.isSelected()));
 972     int preset = getComboIntStringKey(backupfilesPresetsCombo);
 973     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.NS + "_PRESET",
 974             Integer.toString(preset));
 975
 976     if (preset == BackupFilesPresetEntry.BACKUPFILESSCHEMECUSTOM)
 977     {
 978       BackupFilesPresetEntry customBFPE = getBackupfilesCurrentEntry();
 979       BackupFilesPresetEntry.backupfilesPresetEntriesValues.put(
 980               BackupFilesPresetEntry.BACKUPFILESSCHEMECUSTOM, customBFPE);
 981       Cache.setPropertyNoSave(BackupFilesPresetEntry.CUSTOMCONFIG,
 982               customBFPE.toString());
 983     }
 984
 985     BackupFilesPresetEntry savedBFPE = BackupFilesPresetEntry.backupfilesPresetEntriesValues
 986             .get(preset);
 987     Cache.setPropertyNoSave(BackupFilesPresetEntry.SAVEDCONFIG,
 988             savedBFPE.toString());
 989
 990     Cache.saveProperties();
 991     Desktop.getInstance().doConfigureStructurePrefs();
 992     try
 993     {
 994       frame.setClosed(true);
 995     } catch (Exception ex)
 996     {
 997     }
 998   }
 999
1000   public static void setAppletDefaults()
1001   {
1002
1003     // http://www.jalview.org/old/v2_8/examples/appletParameters.html
1004
1005     // showConservation true or false Default is true.
1006     // showQuality true or false Default is true.
1007     // showConsensus true or false Default is true.
1008     // showFeatureSettings true or false Shows the feature settings window when
1009     // startin
1010     // showTreeBootstraps true or false (default is true) show or hide branch
1011     // bootstraps
1012     // showTreeDistances true or false (default is true) show or hide branch
1013     // lengths
1014     // showUnlinkedTreeNodes true or false (default is false) indicate if
1015     // unassociated nodes should be highlighted in the tree view
1016     // showUnconserved true of false (default is false) When true, only gaps and
1017     // symbols different to the consensus sequence ions of the alignment
1018     // showGroupConsensus true of false (default is false) When true, shows
1019     // consensus annotation row for any groups on the alignment. (since 2.7)
1020     // showGroupConservation true of false (default is false) When true, shows
1021     // amino-acid property conservation annotation row for any groups on the
1022     // showConsensusHistogram true of false (default is true) When true, shows
1023     // the percentage occurence of the consensus symbol for each column as a
1024     // showSequenceLogo true of false (default is false) When true, shows a
1025     // sequence logo above the consensus sequence (overlaid above the Consensus
1026
1027     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSERVATION, "true");
1028     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_QUALITY, "false");
1029     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSENSUS, "true");
1030     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_UNCONSERVED, "false");
1031     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSERVATION, "false");
1032     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSENSUS, "false");
1033
1034     // TODO -- just a start here
1035   }
1036
1037   /**
1038    * Do any necessary validation before saving settings. Return focus to the
1039    * first tab which fails validation.
1040    *
1041    * @return
1042    */
1043   private boolean validateSettings()
1044   {
1045     if (!validateStructure())
1046     {
1047       structureTab.requestFocusInWindow();
1048       return false;
1049     }
1050     return true;
1051   }
1052
1053   @Override
1054   protected boolean validateStructure()
1055   {
1056     return validateChimeraPath();
1057
1058   }
1059
1060   /**
1061    * Opens a file browser, and if a file is chosen, sets its path as the text of
1062    * the 'startup file' text field
1063    */
1064   @Override
1065   public void startupFileTextfield_mouseClicked()
1066   {
1067     // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS
1068     String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
1069     JalviewFileChooser chooser = JalviewFileChooser
1070             .forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), fileFormat);
1071     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1072     chooser.setDialogTitle(
1073             MessageManager.getString("label.select_startup_file"));
1074
1075     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1076
1077     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1078     {
1079       FileFormatI format = chooser.getSelectedFormat();
1080       if (format != null)
1081       {
1082         /*
1083          * saving properties to file is deferred to the 'OK' action
1084          */
1085         Cache.setPropertyNoSave("DEFAULT_FILE_FORMAT", format.getName());
1086       }
1087       startupFileTextfield
1088               .setText(chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath());
1089     }
1090   }
1091
1092   /**
1093    * DOCUMENT ME!
1094    *
1095    * @param e
1096    *          DOCUMENT ME!
1097    */
1098   @Override
1099   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
1100   {
1101     try
1102     {
1103       if (!Platform.isJS())
1104       {
1105         wsPrefs.updateWsMenuConfig(true);
1106         wsPrefs.refreshWs_actionPerformed(e);
1107       }
1108       frame.setClosed(true);
1109     } catch (Exception ex)
1110     {
1111     }
1112   }
1113
1114   /**
1115    * DOCUMENT ME!
1116    *
1117    * @param e
1118    *          DOCUMENT ME!
1119    */
1120   @Override
1121   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
1122   {
1123     conservation.setEnabled(annotations.isSelected());
1124     quality.setEnabled(annotations.isSelected());
1125     identity.setEnabled(annotations.isSelected());
1126     showOccupancy.setEnabled(annotations.isSelected());
1127     showGroupConsensus.setEnabled(annotations.isSelected());
1128     showGroupConservation.setEnabled(annotations.isSelected());
1129     showConsensHistogram.setEnabled(annotations.isSelected()
1130             && (identity.isSelected() || showGroupConsensus.isSelected()));
1131     showConsensLogo.setEnabled(annotations.isSelected()
1132             && (identity.isSelected() || showGroupConsensus.isSelected()));
1133   }
1134
1135   @Override
1136   public void newLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1137   {
1138     GSequenceLink link = new GSequenceLink();
1139     boolean valid = false;
1140     while (!valid)
1141     {
1142       if (JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.getDesktopPane(), link,
1143               MessageManager.getString("label.new_sequence_url_link"),
1144               JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION, -1,
1145               null) == JvOptionPane.OK_OPTION)
1146       {
1147         if (link.checkValid())
1148         {
1149           if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1150                   .isUniqueName(link.getName()))
1151           {
1152             ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1153                     .insertRow(link.getName(), link.getURL());
1154             valid = true;
1155           }
1156           else
1157           {
1158             link.notifyDuplicate();
1159             continue;
1160           }
1161         }
1162       }
1163       else
1164       {
1165         break;
1166       }
1167     }
1168   }
1169
1170   @Override
1171   public void editLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1172   {
1173     GSequenceLink link = new GSequenceLink();
1174
1175     int index = linkUrlTable.getSelectedRow();
1176     if (index == -1)
1177     {
1178       // button no longer enabled if row is not selected
1179       Cache.log.debug("Edit with no row selected in linkUrlTable");
1180       return;
1181     }
1182
1183     int nameCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1184             .getNameColumn();
1185     int urlCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1186             .getUrlColumn();
1187     String oldName = linkUrlTable.getValueAt(index, nameCol).toString();
1188     link.setName(oldName);
1189     link.setURL(linkUrlTable.getValueAt(index, urlCol).toString());
1190
1191     boolean valid = false;
1192     while (!valid)
1193     {
1194       if (JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.getDesktopPane(), link,
1195               MessageManager.getString("label.edit_sequence_url_link"),
1196               JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION, -1,
1197               null) == JvOptionPane.OK_OPTION)
1198       {
1199         if (link.checkValid())
1200         {
1201           if ((oldName.equals(link.getName()))
1202                   || (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1203                           .isUniqueName(link.getName())))
1204           {
1205             linkUrlTable.setValueAt(link.getName(), index, nameCol);
1206             linkUrlTable.setValueAt(link.getURL(), index, urlCol);
1207             valid = true;
1208           }
1209           else
1210           {
1211             link.notifyDuplicate();
1212             continue;
1213           }
1214         }
1215       }
1216       else
1217       {
1218         break;
1219       }
1220     }
1221   }
1222
1223   @Override
1224   public void deleteLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1225   {
1226     int index = linkUrlTable.getSelectedRow();
1227     int modelIndex = -1;
1228     if (index == -1)
1229     {
1230       // button no longer enabled if row is not selected
1231       Cache.log.debug("Delete with no row selected in linkUrlTable");
1232       return;
1233     }
1234     else
1235     {
1236       modelIndex = linkUrlTable.convertRowIndexToModel(index);
1237     }
1238
1239     // make sure we use the model index to delete, and not the table index
1240     ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel()).removeRow(modelIndex);
1241   }
1242
1243   @Override
1244   public void defaultBrowser_mouseClicked(MouseEvent e)
1245   {
1246     // TODO: JAL-3048 not needed for j2s
1247     if (!Platform.isJS()) // BH 2019
1248     /**
1249      * Java only
1250      *
1251      * @j2sIgnore
1252      */
1253     {
1254       JFileChooser chooser = new JFileChooser(".");
1255       chooser.setDialogTitle(
1256               MessageManager.getString("label.select_default_browser"));
1257
1258       int value = chooser.showOpenDialog(this);
1259
1260       if (value == JFileChooser.APPROVE_OPTION)
1261       {
1262         defaultBrowser.setText(chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath());
1263       }
1264     }
1265   }
1266
1267   /*
1268    * (non-Javadoc)
1269    *
1270    * @see
1271    * jalview.jbgui.GPreferences#showunconserved_actionPerformed(java.awt.event
1272    * .ActionEvent)
1273    */
1274   @Override
1275   protected void showunconserved_actionPerformed(ActionEvent e)
1276   {
1277     // TODO Auto-generated method stub
1278     super.showunconserved_actionPerformed(e);
1279   }
1280
1281   /**
1282    * not implemented -- returns empty list
1283    *
1284    * @return
1285    */
1286   public static List<String> getGroupURLLinks()
1287   {
1288     return groupURLLinks;
1289   }
1290
1291   @Override
1292   public void minColour_actionPerformed(JPanel panel)
1293   {
1294     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1295             MessageManager.getString("label.select_colour_minimum_value"),
1296             panel);
1297   }
1298
1299   @Override
1300   public void maxColour_actionPerformed(JPanel panel)
1301   {
1302     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1303             MessageManager.getString("label.select_colour_maximum_value"),
1304             panel);
1305   }
1306
1307   @Override
1308   public void gapColour_actionPerformed(JPanel gap)
1309   {
1310     if (!useLegacyGap.isSelected())
1311     {
1312       JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1313               MessageManager.getString("label.select_gap_colour"),
1314               gap);
1315     }
1316   }
1317
1318   @Override
1319   public void hiddenColour_actionPerformed(JPanel hidden)
1320   {
1321     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1322             MessageManager.getString("label.select_hidden_colour"),
1323             hidden);
1324   }
1325
1326   @Override
1327   protected void useLegacyGaps_actionPerformed(ActionEvent e)
1328   {
1329     boolean enabled = useLegacyGap.isSelected();
1330     if (enabled)
1331     {
1332       gapColour.setBackground(
1333               jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_LEGACY_GAP);
1334     }
1335     else
1336     {
1337       gapColour.setBackground(
1338               jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_GAP);
1339     }
1340     gapColour.setEnabled(!enabled);
1341     gapLabel.setEnabled(!enabled);
1342   }
1343
1344   @Override
1345   protected void resetOvDefaults_actionPerformed(ActionEvent e)
1346   {
1347     useLegacyGap.setSelected(false);
1348     useLegacyGaps_actionPerformed(null);
1349     showHiddenAtStart.setSelected(false);
1350     hiddenColour.setBackground(
1351             jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_HIDDEN);
1352   }
1353
1354   @Override
1355   protected void userIdWidth_actionPerformed()
1356   {
1357     try
1358     {
1359       String val = userIdWidth.getText().trim();
1360       if (val.length() > 0)
1361       {
1362         Integer iw = Integer.parseInt(val);
1363         if (iw.intValue() < 12)
1364         {
1365           throw new NumberFormatException();
1366         }
1367         userIdWidth.setText(iw.toString());
1368       }
1369     } catch (NumberFormatException x)
1370     {
1371       userIdWidth.setText("");
1372       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
1373               MessageManager
1374                       .getString("warn.user_defined_width_requirements"),
1375               MessageManager.getString("label.invalid_id_column_width"),
1376               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1377     }
1378   }
1379
1380   @Override
1381   protected void autoIdWidth_actionPerformed()
1382   {
1383     userIdWidth.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
1384     userIdWidthlabel.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
1385   }
1386
1387   /**
1388    * Returns true if chimera path is to a valid executable, else show an error
1389    * dialog.
1390    */
1391   protected boolean validateChimeraPath()
1392   {
1393     if (chimeraPath.getText().trim().length() > 0)
1394     {
1395       File f = new File(chimeraPath.getText());
1396       if (!f.canExecute())
1397       {
1398         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
1399                 MessageManager.getString("label.invalid_chimera_path"),
1400                 MessageManager.getString("label.invalid_name"),
1401                 JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1402         return false;
1403       }
1404     }
1405     return true;
1406   }
1407
1408   /**
1409    * If Chimera is selected, check it can be found on default or user-specified
1410    * path, if not show a warning/help dialog.
1411    */
1412   @Override
1413   protected void structureViewer_actionPerformed(String selectedItem)
1414   {
1415     if (!selectedItem.equals(ViewerType.CHIMERA.name()))
1416     {
1417       return;
1418     }
1419     boolean found = false;
1420
1421     /*
1422      * Try user-specified and standard paths for Chimera executable.
1423      */
1424     List<String> paths = StructureManager.getChimeraPaths();
1425     paths.add(0, chimeraPath.getText());
1426     for (String path : paths)
1427     {
1428       if (new File(path.trim()).canExecute())
1429       {
1430         found = true;
1431         break;
1432       }
1433     }
1434     if (!found)
1435     {
1436       String[] options = { "OK", "Help" };
1437       int showHelp = JvOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.getDesktopPane(),
1438               JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
1439                       MessageManager.getString("label.chimera_missing")),
1440               "", JvOptionPane.YES_NO_OPTION, JvOptionPane.WARNING_MESSAGE,
1441               null, options, options[0]);
1442       if (showHelp == JvOptionPane.NO_OPTION)
1443       {
1444         try
1445         {
1446           Help.showHelpWindow(HelpId.StructureViewer);
1447         } catch (HelpSetException e)
1448         {
1449           e.printStackTrace();
1450         }
1451       }
1452     }
1453   }
1454
1455   public class OptionsParam
1456   {
1457     private String name;
1458
1459     private String code;
1460
1461     public OptionsParam(String name, String code)
1462     {
1463       this.name = name;
1464       this.code = code;
1465     }
1466
1467     public String getName()
1468     {
1469       return name;
1470     }
1471
1472     public void setName(String name)
1473     {
1474       this.name = name;
1475     }
1476
1477     public String getCode()
1478     {
1479       return code;
1480     }
1481
1482     public void setCode(String code)
1483     {
1484       this.code = code;
1485     }
1486
1487     @Override
1488     public String toString()
1489     {
1490       return name;
1491     }
1492
1493     @Override
1494     public boolean equals(Object that)
1495     {
1496       if (!(that instanceof OptionsParam))
1497       {
1498         return false;
1499       }
1500       return this.code.equalsIgnoreCase(((OptionsParam) that).code);
1501     }
1502
1503     @Override
1504     public int hashCode()
1505     {
1506       return name.hashCode() + code.hashCode();
1507     }
1508   }
1509
1510   protected class UrlListSelectionHandler implements ListSelectionListener
1511   {
1512
1513     @Override
1514     public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
1515     {
1516       ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();
1517
1518       updateValueChanged(lsm.getMinSelectionIndex());
1519     }
1520   }
1521
1522   public void updateValueChanged(int index)
1523   {
1524     if (index == -1)
1525     {
1526       // no selection, so disable delete/edit buttons
1527       editLink.setEnabled(false);
1528       deleteLink.setEnabled(false);
1529       return;
1530     }
1531     int modelIndex = linkUrlTable.convertRowIndexToModel(index);
1532
1533     // enable/disable edit and delete link buttons
1534     if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1535             .isRowDeletable(modelIndex))
1536     {
1537       deleteLink.setEnabled(true);
1538     }
1539     else
1540     {
1541       deleteLink.setEnabled(false);
1542     }
1543
1544     if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1545             .isRowEditable(modelIndex))
1546     {
1547       editLink.setEnabled(true);
1548     }
1549     else
1550     {
1551       editLink.setEnabled(false);
1552     }
1553   }
1554 }