src/jalview/gui/RedundancyPanel.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.gui;\r
  21 \r
  22 import jalview.jbgui.*;\r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.util.*;\r
  26 import javax.swing.event.*;\r
  27 \r
  28 public class RedundancyPanel\r
  29     extends GSliderPanel\r
  30 {\r
  31   AlignFrame af;\r
  32   AlignmentPanel ap;\r
  33   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.\r
  34 \r
  35   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap, AlignFrame af)\r
  36   {\r
  37     this.ap = ap;\r
  38     this.af = af;\r
  39     label.setText("Enter the redundancy threshold");\r
  40 \r
  41     slider.addChangeListener(new ChangeListener()\r
  42     {\r
  43       public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  44       {\r
  45         valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
  46       }\r
  47     });\r
  48 \r
  49     slider.setMinimum(0);\r
  50     slider.setMaximum(100);\r
  51     slider.setValue(100);\r
  52 \r
  53   }\r
  54 \r
  55   public void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  56   {\r
  57     float threshold = slider.getValue();\r
  58     Vector del;\r
  59     HistoryItem it;\r
  60     historyList.push(it=new HistoryItem("Remove redundancy",\r
  61                                       ap.av.alignment, HistoryItem.HIDE));\r
  62     if (historyList.size()==1\r
  63         || !af.historyList.contains(historyList.firstElement())) {\r
  64       af.addHistoryItem((HistoryItem) historyList.firstElement());\r
  65       af.updateEditMenuBar();\r
  66     }\r
  67     undoButton.setEnabled(true);\r
  68     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
  69     if (sg != null && sg.getSize() >= 1)\r
  70     {\r
  71 \r
  72       del = ap.av.alignment.removeRedundancy(threshold, sg.sequences);\r
  73       for (int i = 0; i < del.size(); i++)\r
  74       {\r
  75         if (sg.sequences.contains( (SequenceI) del.elementAt(i)))\r
  76         {\r
  77           sg.deleteSequence( (SequenceI) del.elementAt(i));\r
  78         }\r
  79       }\r
  80 \r
  81     }\r
  82     else\r
  83     {\r
  84       Vector s = new Vector();\r
  85       int i = 0;\r
  86       while (i < ap.av.alignment.getHeight())\r
  87       {\r
  88         s.addElement(ap.av.alignment.getSequenceAt(i));\r
  89         i++;\r
  90       }\r
  91       del = ap.av.alignment.removeRedundancy(threshold, s);\r
  92     }\r
  93 \r
  94     // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame will\r
  95     // actually restore these sequences.\r
  96 \r
  97     if (del.size()>0)\r
  98       for (int i=0,j=del.size(); i<j; i++) {\r
  99         SequenceI sq = (SequenceI) del.elementAt(i);\r
 100         sq.deleteChars(0,sq.getLength());\r
 101       }\r
 102 \r
 103     ap.av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 104                              ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 105     ap.av.resetSeqLimits(ap.seqPanel.seqCanvas.getHeight());\r
 106     if (ap.av.getAlignment().getHeight() < 1)\r
 107     {\r
 108       try\r
 109       {\r
 110         af.setClosed(true);\r
 111       }\r
 112       catch (Exception ex)\r
 113       {}\r
 114     }\r
 115     ap.av.updateConservation();\r
 116     ap.av.updateConsensus();\r
 117     af.updateEditMenuBar();\r
 118     ap.repaint();\r
 119 \r
 120   }\r
 121 \r
 122   public void undoButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 123   {\r
 124     HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.pop();\r
 125     af.restoreHistoryItem(hi);\r
 126     if (historyList.size() == 0)\r
 127     {\r
 128       undoButton.setEnabled(false);\r
 129       if (af.historyList.contains(hi))\r
 130       {\r
 131         af.historyList.remove(hi);\r
 132         af.updateEditMenuBar();\r
 133       }\r
 134     }\r
 135   }\r
 136   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 137   {\r
 138     try\r
 139     {\r
 140       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 141       slider.setValue(i);\r
 142     }\r
 143     catch (Exception ex)\r
 144     {\r
 145       valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 146     }\r
 147   }\r
 148 }\r