src/jalview/gui/RedundancyPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.*;\r
   4 import jalview.datamodel.*;\r
   5 import java.awt.event.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 import javax.swing.event.*;\r
   8 \r
   9 public class RedundancyPanel extends GSliderPanel\r
  10 {\r
  11   AlignmentPanel ap;\r
  12 \r
  13   SequenceI[] oldAlignment;\r
  14 \r
  15 \r
  16   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap)\r
  17   {\r
  18     this.ap = ap;\r
  19 \r
  20     label.setText("Enter the redundancy threshold");\r
  21 \r
  22     slider.addChangeListener(new ChangeListener()\r
  23     {\r
  24       public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  25       {\r
  26         valueField.setText( slider.getValue()+"" );\r
  27       }\r
  28     });\r
  29 \r
  30     slider.setMinimum(0);\r
  31     slider.setMaximum(100);\r
  32     slider.setValue(100 );\r
  33 \r
  34   }\r
  35 \r
  36   public void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  37   {\r
  38        float threshold = slider.getValue();\r
  39        Vector del;\r
  40 \r
  41        oldAlignment = new SequenceI[ap.av.alignment.getHeight()];\r
  42         for (int i = 0; i < ap.av.alignment.getHeight(); i++)\r
  43         {\r
  44            oldAlignment[i] = new Sequence(ap.av.alignment.getSequenceAt(i).getName(),\r
  45                                 ap.av.alignment.getSequenceAt(i).\r
  46                                 getSequence());\r
  47         }\r
  48 \r
  49         undoButton.setEnabled(true);\r
  50 \r
  51         SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
  52        if (sg != null && sg.getSize() > 1)\r
  53        {\r
  54 \r
  55          del = ap.av.alignment.removeRedundancy(threshold, sg.sequences);\r
  56          for (int i = 0; i < del.size(); i++)\r
  57            if (sg.sequences.contains( (SequenceI) del.elementAt(i)))\r
  58              sg.deleteSequence( (SequenceI) del.elementAt(i));\r
  59 \r
  60          }\r
  61          else\r
  62          {\r
  63            Vector s = new Vector();\r
  64            int i=0;\r
  65            while(i < ap.av.alignment.getHeight())\r
  66            {\r
  67              s.addElement( ap.av.alignment.getSequenceAt(i) );\r
  68              i++;\r
  69            }\r
  70             del = ap.av.alignment.removeRedundancy(threshold,s);\r
  71            for (int j=0; j < del.size(); j++)\r
  72            {\r
  73                if (sg.sequences.contains((SequenceI)del.elementAt(j)))\r
  74                sg.deleteSequence((SequenceI)del.elementAt(j));\r
  75 \r
  76            }\r
  77          }\r
  78 \r
  79          ap.RefreshPanels();\r
  80 \r
  81   }\r
  82 \r
  83   public void undoButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  84   {\r
  85       undoButton.setEnabled(false);\r
  86       ap.av.setAlignment( new Alignment(oldAlignment) );\r
  87       oldAlignment = null;\r
  88       ap.RefreshPanels();\r
  89   }\r
  90 \r
  91 \r
  92   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  93   {\r
  94     try{\r
  95       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
  96       slider.setValue(i);\r
  97     }\r
  98     catch(Exception ex)\r
  99     {\r
 100       valueField.setText( slider.getValue()+"" );\r
 101     }\r
 102   }\r
 103 }\r