src/jalview/gui/RedundancyPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 import javax.swing.event.*;\r
  30 \r
  31 \r
  32 /**\r
  33  * DOCUMENT ME!\r
  34  *\r
  35  * @author $author$\r
  36  * @version $Revision$\r
  37  */\r
  38 public class RedundancyPanel extends GSliderPanel\r
  39 {\r
  40     AlignFrame af;\r
  41     AlignmentPanel ap;\r
  42     Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.\r
  43 \r
  44     /**\r
  45      * Creates a new RedundancyPanel object.\r
  46      *\r
  47      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  48      * @param af DOCUMENT ME!\r
  49      */\r
  50     public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap, AlignFrame af)\r
  51     {\r
  52         this.ap = ap;\r
  53         this.af = af;\r
  54         label.setText("Enter the redundancy threshold");\r
  55 \r
  56         slider.addChangeListener(new ChangeListener()\r
  57             {\r
  58                 public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  59                 {\r
  60                     valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
  61                 }\r
  62             });\r
  63 \r
  64         slider.setMinimum(0);\r
  65         slider.setMaximum(100);\r
  66         slider.setValue(100);\r
  67     }\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * DOCUMENT ME!\r
  71      *\r
  72      * @param e DOCUMENT ME!\r
  73      */\r
  74     public void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  75     {\r
  76         float threshold = slider.getValue();\r
  77         Vector del;\r
  78         historyList.push(new HistoryItem("Remove redundancy",\r
  79                     ap.av.alignment, HistoryItem.HIDE));\r
  80 \r
  81         if ((historyList.size() == 1) ||\r
  82                 !af.historyList.contains(historyList.firstElement()))\r
  83         {\r
  84             af.addHistoryItem((HistoryItem) historyList.firstElement());\r
  85             af.updateEditMenuBar();\r
  86         }\r
  87 \r
  88         undoButton.setEnabled(true);\r
  89 \r
  90         SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
  91 \r
  92         if ((sg != null) && (sg.getSize() >= 1))\r
  93         {\r
  94             del = ap.av.alignment.removeRedundancy(threshold, sg.sequences);\r
  95 \r
  96             for (int i = 0; i < del.size(); i++)\r
  97             {\r
  98                 if (sg.sequences.contains((SequenceI) del.elementAt(i)))\r
  99                 {\r
 100                     sg.deleteSequence((SequenceI) del.elementAt(i), true);\r
 101                 }\r
 102             }\r
 103         }\r
 104         else\r
 105         {\r
 106             Vector s = new Vector();\r
 107             int i = 0;\r
 108 \r
 109             while (i < ap.av.alignment.getHeight())\r
 110             {\r
 111                 s.addElement(ap.av.alignment.getSequenceAt(i));\r
 112                 i++;\r
 113             }\r
 114 \r
 115             del = ap.av.alignment.removeRedundancy(threshold, s);\r
 116         }\r
 117 \r
 118         // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame will\r
 119         // actually restore these sequences.\r
 120         if (del.size() > 0)\r
 121         {\r
 122             for (int i = 0, j = del.size(); i < j; i++)\r
 123             {\r
 124                 SequenceI sq = (SequenceI) del.elementAt(i);\r
 125                 sq.deleteChars(0, sq.getLength());\r
 126             }\r
 127         }\r
 128 \r
 129         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 130         af.updateEditMenuBar();\r
 131 \r
 132 \r
 133         if (ap.av.getAlignment().getHeight() < 1)\r
 134         {\r
 135             try\r
 136             {\r
 137                 af.setClosed(true);\r
 138             }\r
 139             catch (Exception ex)\r
 140             {\r
 141             }\r
 142         }\r
 143     }\r
 144 \r
 145     /**\r
 146      * DOCUMENT ME!\r
 147      *\r
 148      * @param e DOCUMENT ME!\r
 149      */\r
 150     public void undoButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 151     {\r
 152         HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.pop();\r
 153         af.restoreHistoryItem(hi);\r
 154 \r
 155         if (historyList.size() == 0)\r
 156         {\r
 157             undoButton.setEnabled(false);\r
 158 \r
 159             if (af.historyList.contains(hi))\r
 160             {\r
 161                 af.historyList.remove(hi);\r
 162                 af.updateEditMenuBar();\r
 163             }\r
 164         }\r
 165     }\r
 166 \r
 167     /**\r
 168      * DOCUMENT ME!\r
 169      *\r
 170      * @param e DOCUMENT ME!\r
 171      */\r
 172     public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 173     {\r
 174         try\r
 175         {\r
 176             int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 177             slider.setValue(i);\r
 178         }\r
 179         catch (Exception ex)\r
 180         {\r
 181             valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 182         }\r
 183     }\r
 184 }\r