src/jalview/gui/RedundancyPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.event.*;
  24 import javax.swing.*;
  25 import javax.swing.event.*;
  26
  27 import jalview.analysis.AlignSeq;
  28 import jalview.commands.*;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.jbgui.*;
  31 import jalview.util.MessageManager;
  32
  33 /**
  34  * DOCUMENT ME!
  35  *
  36  * @author $author$
  37  * @version $Revision$
  38  */
  39 public class RedundancyPanel extends GSliderPanel implements Runnable
  40 {
  41   AlignFrame af;
  42
  43   AlignmentPanel ap;
  44
  45   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.
  46
  47   float[] redundancy;
  48
  49   SequenceI[] originalSequences;
  50
  51   JInternalFrame frame;
  52
  53   Vector redundantSeqs;
  54
  55   /**
  56    * Creates a new RedundancyPanel object.
  57    *
  58    * @param ap
  59    *          DOCUMENT ME!
  60    * @param af
  61    *          DOCUMENT ME!
  62    */
  63   public RedundancyPanel(final AlignmentPanel ap, AlignFrame af)
  64   {
  65     this.ap = ap;
  66     this.af = af;
  67     redundantSeqs = new Vector();
  68
  69     slider.addChangeListener(new ChangeListener()
  70     {
  71       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
  72       {
  73         valueField.setText(slider.getValue() + "");
  74         sliderValueChanged();
  75       }
  76     });
  77
  78     applyButton.setText(MessageManager.getString("action.remove"));
  79     allGroupsCheck.setVisible(false);
  80     slider.setMinimum(0);
  81     slider.setMaximum(100);
  82     slider.setValue(100);
  83
  84     Thread worker = new Thread(this);
  85     worker.start();
  86
  87     frame = new JInternalFrame();
  88     frame.setContentPane(this);
  89     Desktop.addInternalFrame(frame, MessageManager.getString("label.redundancy_threshold_selection"), 400,
  90             100, false);
  91     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
  92     {
  93       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent evt)
  94       {
  95         ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(null);
  96       }
  97     });
  98
  99   }
 100
 101   /**
 102    * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment except
 103    * we dont want to remove redundancy, just calculate once so we can use the
 104    * slider to dynamically hide redundant sequences
 105    *
 106    * @param threshold
 107    *          DOCUMENT ME!
 108    * @param sel
 109    *          DOCUMENT ME!
 110    *
 111    * @return DOCUMENT ME!
 112    */
 113   public void run()
 114   {
 115     JProgressBar progress = new JProgressBar();
 116     progress.setIndeterminate(true);
 117     southPanel.add(progress, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 118
 119     label.setText(MessageManager.getString("label.calculating"));
 120
 121     slider.setVisible(false);
 122     applyButton.setEnabled(false);
 123     valueField.setVisible(false);
 124
 125     validate();
 126
 127     String[] omitHidden = null;
 128
 129     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 130     int height;
 131
 132     int start, end;
 133
 134     if ((sg != null) && (sg.getSize() >= 1))
 135     {
 136       originalSequences = sg.getSequencesInOrder(ap.av.getAlignment());
 137       start = sg.getStartRes();
 138       end = sg.getEndRes();
 139     }
 140     else
 141     {
 142       originalSequences = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
 143       start = 0;
 144       end = ap.av.getAlignment().getWidth();
 145     }
 146
 147     height = originalSequences.length;
 148     if (ap.av.hasHiddenColumns())
 149     {
 150       omitHidden = ap.av.getViewAsString(sg != null);
 151     }
 152     redundancy = AlignSeq.computeRedundancyMatrix(originalSequences,
 153             omitHidden, start, end, false);
 154
 155     progress.setIndeterminate(false);
 156     progress.setVisible(false);
 157     progress = null;
 158
 159     label.setText("Enter the redundancy threshold");
 160     slider.setVisible(true);
 161     applyButton.setEnabled(true);
 162     valueField.setVisible(true);
 163
 164     validate();
 165     // System.out.println((System.currentTimeMillis()-start));
 166   }
 167
 168   void sliderValueChanged()
 169   {
 170     if (redundancy == null)
 171     {
 172       return;
 173     }
 174
 175     float value = slider.getValue();
 176
 177     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 178     {
 179       if (value > redundancy[i])
 180       {
 181         redundantSeqs.remove(originalSequences[i]);
 182       }
 183       else if (!redundantSeqs.contains(originalSequences[i]))
 184       {
 185         redundantSeqs.add(originalSequences[i]);
 186       }
 187
 188     }
 189
 190     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(redundantSeqs);
 191   }
 192
 193   /**
 194    * DOCUMENT ME!
 195    *
 196    * @param e
 197    *          DOCUMENT ME!
 198    */
 199   public void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 200   {
 201     Vector del = new Vector();
 202
 203     undoButton.setEnabled(true);
 204
 205     float value = slider.getValue();
 206     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 207
 208     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 209     {
 210       if (value <= redundancy[i])
 211       {
 212         del.addElement(originalSequences[i]);
 213       }
 214     }
 215
 216     // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame
 217     // will
 218     // actually restore these sequences.
 219     if (del.size() > 0)
 220     {
 221       SequenceI[] deleted = new SequenceI[del.size()];
 222
 223       int width = 0;
 224       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 225       {
 226         deleted[i] = (SequenceI) del.elementAt(i);
 227         if (deleted[i].getLength() > width)
 228         {
 229           width = deleted[i].getLength();
 230         }
 231       }
 232
 233       EditCommand cut = new EditCommand("Remove Redundancy",
 234               EditCommand.CUT, deleted, 0, width, ap.av.getAlignment());
 235
 236       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 237       {
 238         ap.av.getAlignment().deleteSequence(deleted[i]);
 239         if (sg != null)
 240         {
 241           sg.deleteSequence(deleted[i], false);
 242         }
 243       }
 244
 245       historyList.push(cut);
 246
 247       ap.alignFrame.addHistoryItem(cut);
 248
 249       PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 250       // ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 251       // .getSequences());
 252     }
 253
 254   }
 255
 256   /**
 257    * DOCUMENT ME!
 258    *
 259    * @param e
 260    *          DOCUMENT ME!
 261    */
 262   public void undoButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 263   {
 264     CommandI command = (CommandI) historyList.pop();
 265     command.undoCommand(af.getViewAlignments());
 266
 267     if (ap.av.historyList.contains(command))
 268     {
 269       ap.av.historyList.remove(command);
 270       af.updateEditMenuBar();
 271     }
 272
 273     ap.paintAlignment(true);
 274
 275     if (historyList.size() == 0)
 276     {
 277       undoButton.setEnabled(false);
 278     }
 279   }
 280
 281   /**
 282    * DOCUMENT ME!
 283    *
 284    * @param e
 285    *          DOCUMENT ME!
 286    */
 287   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)
 288   {
 289     try
 290     {
 291       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 292       slider.setValue(i);
 293     } catch (Exception ex)
 294     {
 295       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 296     }
 297   }
 298
 299 }