src/jalview/gui/ScalePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.awt.FontMetrics;
  25 import java.awt.Graphics;
  26 import java.awt.Graphics2D;
  27 import java.awt.Point;
  28 import java.awt.RenderingHints;
  29 import java.awt.event.ActionEvent;
  30 import java.awt.event.ActionListener;
  31 import java.awt.event.MouseEvent;
  32 import java.awt.event.MouseListener;
  33 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  34 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37
  38 import javax.swing.JMenuItem;
  39 import javax.swing.JPanel;
  40 import javax.swing.JPopupMenu;
  41 import javax.swing.ToolTipManager;
  42
  43 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  44 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  45 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  46 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  47 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  48 import jalview.util.MessageManager;
  49 import jalview.util.Platform;
  50 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  51 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  52
  53 /**
  54  * The panel containing the sequence ruler (when not in wrapped mode), and
  55  * supports a range of mouse operations to select, hide or reveal columns.
  56  */
  57 public class ScalePanel extends JPanel
  58         implements MouseMotionListener, MouseListener, ViewportListenerI
  59 {
  60   protected int offy = 4;
  61
  62   public int width;
  63
  64   protected AlignViewport av;
  65
  66   AlignmentPanel ap;
  67
  68   boolean stretchingGroup = false;
  69
  70   /*
  71    * min, max hold the extent of a mouse drag action
  72    */
  73   int min;
  74
  75   int max;
  76
  77   boolean mouseDragging = false;
  78
  79   /*
  80    * holds a hidden column range when the mouse is over an adjacent column
  81    */
  82   int[] reveal;
  83
  84   /**
  85    * Constructor
  86    *
  87    * @param av
  88    * @param ap
  89    */
  90   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
  91   {
  92     this.av = av;
  93     this.ap = ap;
  94
  95     addMouseListener(this);
  96     addMouseMotionListener(this);
  97
  98     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
  99   }
 100
 101   /**
 102    * DOCUMENT ME!
 103    *
 104    * @param evt
 105    *          DOCUMENT ME!
 106    */
 107   @Override
 108   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 109   {
 110     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getRanges().getStartRes();
 111     final int res;
 112
 113     if (av.hasHiddenColumns())
 114     {
 115       x = av.getAlignment().getHiddenColumns().visibleToAbsoluteColumn(x);
 116     }
 117     res = Math.min(x, av.getAlignment().getWidth() - 1);
 118
 119     min = res;
 120     max = res;
 121
 122     if (evt.isPopupTrigger()) // Mac: mousePressed
 123     {
 124       rightMouseButtonPressed(evt, res);
 125       return;
 126     }
 127     if (Platform.isWinRightButton(evt))
 128     {
 129       /*
 130        * defer right-mouse click handling to mouse up on Windows
 131        * (where isPopupTrigger() will answer true)
 132        * but accept Cmd-click on Mac which passes isRightMouseButton
 133        */
 134       return;
 135     }
 136     leftMouseButtonPressed(evt, res);
 137   }
 138
 139   /**
 140    * Handles right mouse button press. If pressed in a selected column, opens
 141    * context menu for 'Hide Columns'. If pressed on a hidden columns marker,
 142    * opens context menu for 'Reveal / Reveal All'. Else does nothing.
 143    *
 144    * @param evt
 145    * @param res
 146    */
 147   protected void rightMouseButtonPressed(MouseEvent evt, final int res)
 148   {
 149     JPopupMenu pop = buildPopupMenu(res);
 150     if (pop.getSubElements().length > 0)
 151     {
 152       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 153     }
 154   }
 155
 156   /**
 157    * Builds a popup menu with 'Hide' or 'Reveal' options, or both, or neither
 158    *
 159    * @param res
 160    *          column number (0..)
 161    * @return
 162    */
 163   protected JPopupMenu buildPopupMenu(final int res)
 164   {
 165     JPopupMenu pop = new JPopupMenu();
 166
 167     /*
 168      * logic here depends on 'reveal', set in mouseMoved;
 169      * grab the hidden range in case mouseMoved nulls it later
 170      */
 171     final int[] hiddenRange = reveal;
 172     if (hiddenRange != null)
 173     {
 174       JMenuItem item = new JMenuItem(
 175               MessageManager.getString("label.reveal"));
 176       item.addActionListener(new ActionListener()
 177       {
 178         @Override
 179         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 180         {
 181           av.showColumn(hiddenRange[0]);
 182           reveal = null;
 183           ap.updateLayout();
 184           ap.paintAlignment(true, true);
 185           av.sendSelection();
 186         }
 187       });
 188       pop.add(item);
 189
 190       if (av.getAlignment().getHiddenColumns()
 191               .hasMultiHiddenColumnRegions())
 192       {
 193         item = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 194         item.addActionListener(new ActionListener()
 195         {
 196           @Override
 197           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 198           {
 199             av.showAllHiddenColumns();
 200             reveal = null;
 201             ap.updateLayout();
 202             ap.paintAlignment(true, true);
 203             av.sendSelection();
 204           }
 205         });
 206         pop.add(item);
 207       }
 208     }
 209
 210     if (av.getColumnSelection().contains(res))
 211     {
 212       JMenuItem item = new JMenuItem(
 213               MessageManager.getString("label.hide_columns"));
 214       item.addActionListener(new ActionListener()
 215       {
 216         @Override
 217         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 218         {
 219           av.hideColumns(res, res);
 220           if (av.getSelectionGroup() != null && av.getSelectionGroup()
 221                   .getSize() == av.getAlignment().getHeight())
 222           {
 223             av.setSelectionGroup(null);
 224           }
 225
 226           ap.updateLayout();
 227           ap.paintAlignment(true, true);
 228           av.sendSelection();
 229         }
 230       });
 231       pop.add(item);
 232     }
 233     return pop;
 234   }
 235
 236   /**
 237    * Handles left mouse button press
 238    *
 239    * @param evt
 240    * @param res
 241    */
 242   protected void leftMouseButtonPressed(MouseEvent evt, final int res)
 243   {
 244     /*
 245      * Ctrl-click/Cmd-click adds to the selection
 246      * Shift-click extends the selection
 247      */
 248     // TODO Problem: right-click on Windows not reported until mouseReleased?!?
 249     if (!Platform.isControlDown(evt) && !evt.isShiftDown())
 250     {
 251       av.getColumnSelection().clear();
 252     }
 253
 254     av.getColumnSelection().addElement(res);
 255     SequenceGroup sg = new SequenceGroup(av.getAlignment().getSequences());
 256     sg.setStartRes(res);
 257     sg.setEndRes(res);
 258
 259     if (evt.isShiftDown())
 260     {
 261       int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);
 262       int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);
 263       for (int i = min; i < max; i++)
 264       {
 265         av.getColumnSelection().addElement(i);
 266       }
 267       sg.setStartRes(min);
 268       sg.setEndRes(max);
 269     }
 270     av.setSelectionGroup(sg);
 271     ap.paintAlignment(false, false);
 272     av.sendSelection();
 273   }
 274
 275   /**
 276    * Action on mouseUp is to set the limit of the current selection group (if
 277    * there is one) and broadcast the selection
 278    *
 279    * @param evt
 280    */
 281   @Override
 282   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 283   {
 284     boolean wasDragging = mouseDragging;
 285     mouseDragging = false;
 286     ap.getSeqPanel().stopScrolling();
 287
 288     // todo res calculation should be a method on AlignViewport
 289     int xCords = Math.max(0, evt.getX()); // prevent negative X coordinates
 290     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 291     int res = (xCords / av.getCharWidth()) + ranges.getStartRes();
 292     res = Math.min(res, ranges.getEndRes());
 293     if (av.hasHiddenColumns())
 294     {
 295       res = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 296               .visibleToAbsoluteColumn(res);
 297     }
 298     res = Math.max(0, res);
 299
 300     if (!stretchingGroup)
 301     {
 302       if (evt.isPopupTrigger()) // Windows: mouseReleased
 303       {
 304         rightMouseButtonPressed(evt, res);
 305       }
 306       else
 307       {
 308         ap.paintAlignment(false, false);
 309       }
 310       return;
 311     }
 312
 313     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 314
 315     if (sg != null)
 316     {
 317       if (res > sg.getStartRes())
 318       {
 319         sg.setEndRes(res);
 320       }
 321       else if (res < sg.getStartRes())
 322       {
 323         sg.setStartRes(res);
 324       }
 325       if (wasDragging)
 326       {
 327         min = Math.min(res, min);
 328         max = Math.max(res, max);
 329         av.getColumnSelection().stretchGroup(res, sg, min, max);
 330       }
 331     }
 332     stretchingGroup = false;
 333     ap.paintAlignment(false, false);
 334     av.isSelectionGroupChanged(true);
 335     av.isColSelChanged(true);
 336     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
 337     av.sendSelection();
 338   }
 339
 340   /**
 341    * Action on dragging the mouse in the scale panel is to expand or shrink the
 342    * selection group range (including any hidden columns that it spans). Note
 343    * that the selection is only broadcast at the start of the drag (on
 344    * mousePressed) and at the end (on mouseReleased), to avoid overload
 345    * redrawing of other views.
 346    *
 347    * @param evt
 348    */
 349   @Override
 350   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 351   {
 352     mouseDragging = true;
 353     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 354     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 355
 356     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth())
 357             + av.getRanges().getStartRes();
 358     res = Math.max(0, res);
 359     res = hidden.visibleToAbsoluteColumn(res);
 360     res = Math.min(res, av.getAlignment().getWidth() - 1);
 361     min = Math.min(res, min);
 362     max = Math.max(res, max);
 363
 364     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 365     if (sg != null)
 366     {
 367       stretchingGroup = true;
 368       cs.stretchGroup(res, sg, min, max);
 369       ap.paintAlignment(false, false);
 370     }
 371   }
 372
 373   @Override
 374   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 375   {
 376     if (mouseDragging)
 377     {
 378       mouseDragging = false;
 379       ap.getSeqPanel().stopScrolling();
 380     }
 381   }
 382
 383   /**
 384    * Action on leaving the panel bounds with mouse drag in progress is to start
 385    * scrolling the alignment in the direction of the mouse. To restrict
 386    * scrolling to left-right (not up-down), the y-value of the mouse position is
 387    * replaced with zero.
 388    */
 389   @Override
 390   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 391   {
 392     if (mouseDragging)
 393     {
 394       ap.getSeqPanel().startScrolling(new Point(evt.getX(), 0));
 395     }
 396   }
 397
 398   @Override
 399   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 400   {
 401   }
 402
 403   /**
 404    * Creates a tooltip when the mouse is over a hidden columns marker
 405    */
 406   @Override
 407   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 408   {
 409     this.setToolTipText(null);
 410     reveal = null;
 411     if (!av.hasHiddenColumns())
 412     {
 413       int res = (evt.getX() / av.getCharWidth())
 414               + av.getRanges().getStartRes();
 415       highlightAllStructPos(res);
 416       return;
 417     }
 418
 419     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth())
 420             + av.getRanges().getStartRes();
 421
 422     reveal = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 423             .getRegionWithEdgeAtRes(res);
 424
 425     res = av.getAlignment().getHiddenColumns().visibleToAbsoluteColumn(res);
 426     highlightAllStructPos(res);
 427     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 428     this.setToolTipText(
 429             MessageManager.getString("label.reveal_hidden_columns"));
 430     repaint();
 431   }
 432
 433   public void highlightAllStructPos(int col)
 434   {
 435     ap.getStructureSelectionManager().highlightPositionsOnMany(
 436             ap.av.getAlignment().getSequencesArray(), new int[]
 437             { col, col }, ap);
 438
 439   }
 440
 441   /**
 442    * DOCUMENT ME!
 443    *
 444    * @param g
 445    *          DOCUMENT ME!
 446    */
 447   @Override
 448   public void paintComponent(Graphics g)
 449   {
 450     // super.paintComponent(g); // BH 2019
 451
 452     /*
 453      * shouldn't get called in wrapped mode as the scale above is
 454      * drawn instead by SeqCanvas.drawNorthScale
 455      */
 456     if (!av.getWrapAlignment())
 457     {
 458       drawScale(g, av.getRanges().getStartRes(), av.getRanges().getEndRes(),
 459               getWidth(), getHeight());
 460     }
 461   }
 462
 463   // scalewidth will normally be screenwidth,
 464   public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx, int width,
 465           int height)
 466   {
 467     Graphics2D gg = (Graphics2D) g;
 468     gg.setFont(av.getFont());
 469
 470     if (av.antiAlias)
 471     {
 472       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 473               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 474     }
 475
 476     // Fill in the background
 477     gg.setColor(Color.white);
 478     gg.fillRect(0, 0, width, height);
 479     gg.setColor(Color.black);
 480
 481     // Fill the selected columns
 482     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 483     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 484     int avCharWidth = av.getCharWidth();
 485     int avCharHeight = av.getCharHeight();
 486
 487     if (cs != null)
 488     {
 489       gg.setColor(new Color(220, 0, 0));
 490
 491       for (int sel : cs.getSelected())
 492       {
 493         // TODO: JAL-2001 - provide a fast method to list visible selected in a
 494         // given range
 495
 496         if (av.hasHiddenColumns())
 497         {
 498           if (hidden.isVisible(sel))
 499           {
 500             sel = hidden.absoluteToVisibleColumn(sel);
 501           }
 502           else
 503           {
 504             continue;
 505           }
 506         }
 507
 508         if ((sel >= startx) && (sel <= endx))
 509         {
 510           gg.fillRect((sel - startx) * avCharWidth, 0, avCharWidth,
 511                   getHeight());
 512         }
 513       }
 514     }
 515
 516     int widthx = 1 + endx - startx;
 517
 518     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());
 519     int y = avCharHeight;
 520     int yOf = fm.getDescent();
 521     y -= yOf;
 522     if (av.hasHiddenColumns())
 523     {
 524       // draw any hidden column markers
 525       gg.setColor(Color.blue);
 526       int res;
 527
 528       if (av.getShowHiddenMarkers())
 529       {
 530         Iterator<Integer> it = hidden.getStartRegionIterator(startx,
 531                 startx + widthx + 1);
 532         while (it.hasNext())
 533         {
 534           res = it.next() - startx;
 535
 536           gg.fillPolygon(
 537                   new int[]
 538                   { -1 + res * avCharWidth - avCharHeight / 4,
 539                       -1 + res * avCharWidth + avCharHeight / 4,
 540                       -1 + res * avCharWidth },
 541                   new int[]
 542                   { y, y, y + 2 * yOf }, 3);
 543         }
 544       }
 545     }
 546     // Draw the scale numbers
 547     gg.setColor(Color.black);
 548
 549     int maxX = 0;
 550     List<ScaleMark> marks = new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 551             endx);
 552
 553     for (ScaleMark mark : marks)
 554     {
 555       boolean major = mark.major;
 556       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 557       String mstring = mark.text;
 558       if (mstring != null)
 559       {
 560         if (mpos * avCharWidth > maxX)
 561         {
 562           gg.drawString(mstring, mpos * avCharWidth, y);
 563           maxX = (mpos + 2) * avCharWidth + fm.stringWidth(mstring);
 564         }
 565       }
 566       if (major)
 567       {
 568         gg.drawLine((mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + 2,
 569                 (mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + (yOf * 2));
 570       }
 571       else
 572       {
 573         gg.drawLine((mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + yOf,
 574                 (mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + (yOf * 2));
 575       }
 576     }
 577   }
 578
 579   @Override
 580   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 581   {
 582     // Respond to viewport change events (e.g. alignment panel was scrolled)
 583     // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
 584     // both start and end points, but resize only changes end values.
 585     // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
 586     // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
 587     // vertical start value.
 588     if (evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.STARTRES)
 589             || evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ)
 590             || evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.MOVE_VIEWPORT))
 591     {
 592       // scroll event, repaint panel
 593
 594       // Call repaint on alignment panel so that repaints from other alignment
 595       // panel components can be aggregated. Otherwise performance of the
 596       // overview
 597       // window and others may be adversely affected.
 598       av.getAlignPanel().repaint();
 599     }
 600   }
 601
 602 }