src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import javax.swing.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import jalview.analysis.*;\r
   7 \r
   8 \r
   9 public class SeqCanvas extends JPanel\r
  10 {\r
  11      FeatureRenderer fr;\r
  12     Image             img;\r
  13     Graphics          gg;\r
  14     int               imgWidth;\r
  15     int               imgHeight;\r
  16 \r
  17     AlignViewport     av;\r
  18 \r
  19     public boolean paintFlag = false;\r
  20 \r
  21     boolean showScores = false;\r
  22     boolean displaySearch = false;\r
  23     int [] searchResults = null;\r
  24 \r
  25     int chunkHeight;\r
  26     int chunkWidth;\r
  27 \r
  28 \r
  29     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  30     {\r
  31         this.av         = av;\r
  32        fr = new FeatureRenderer(av);\r
  33        setLayout(new BorderLayout());\r
  34        PaintRefresher.Register(this);\r
  35 \r
  36     }\r
  37 \r
  38   public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx,int ypos) {\r
  39       int scalestartx = startx - startx%10 + 10;\r
  40 \r
  41       g.setColor(Color.black);\r
  42 \r
  43       for (int i=scalestartx;i < endx;i+= 10)\r
  44       {\r
  45           String string = String.valueOf(i);\r
  46           g.drawString(string,(i-startx-1)*av.charWidth,ypos - av.charHeight/2);\r
  47 \r
  48           g.drawLine( (i-startx-1)*av.charWidth +av.charWidth/2, ypos+2 - av.charHeight/2,\r
  49                     (i-startx-1)*av.charWidth +av.charWidth/2, ypos-2 );\r
  50 \r
  51       }\r
  52 \r
  53   }\r
  54 \r
  55 \r
  56 /**\r
  57  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
  58  * SMJS This is what I'm working towards!\r
  59  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
  60  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
  61  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
  62  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
  63  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
  64  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
  65  */\r
  66 \r
  67   public void paintComponent(Graphics g)\r
  68   {\r
  69 \r
  70     if (img==null ||  imgWidth!=getWidth() || imgHeight!=getHeight() || paintFlag)\r
  71     {\r
  72       imgWidth  = getWidth();\r
  73       imgHeight = getHeight();\r
  74       img = createImage(imgWidth,imgHeight);\r
  75       gg  = img.getGraphics();\r
  76       gg.setFont(av.getFont());\r
  77       paintFlag = false;\r
  78     }\r
  79 \r
  80 \r
  81     chunkWidth  =   getWidth()/av.charWidth;\r
  82     chunkHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
  83 \r
  84     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
  85     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
  86 \r
  87     fillBackground(gg,Color.WHITE,0,0,imgWidth,imgHeight);\r
  88 \r
  89     if (av.getWrapAlignment())\r
  90       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
  91     else\r
  92       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, av.startRes, av.startSeq, 0);\r
  93 \r
  94 \r
  95     g.drawImage(img,0,0,this);\r
  96 \r
  97   }\r
  98 \r
  99   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight, int startRes)\r
 100   {\r
 101       AlignmentI da = av.getAlignment();\r
 102 \r
 103       int cWidth  =   canvasWidth/av.charWidth;\r
 104       int cHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 105 \r
 106       int  endx   = startRes+cWidth-1;\r
 107       int ypos  = 2*av.charHeight;\r
 108 \r
 109       while (ypos <= canvasHeight)\r
 110       {\r
 111         drawScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 112         drawPanel(g, startRes, endx, 0, da.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 113 \r
 114         ypos += cHeight;\r
 115         startRes += cWidth;\r
 116         endx = startRes + cWidth - 1;\r
 117 \r
 118         if (endx > da.getWidth())\r
 119           endx = da.getWidth();\r
 120       }\r
 121 \r
 122   }\r
 123 \r
 124 \r
 125   public void drawPanel(Graphics g,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 126 \r
 127 \r
 128     g.setFont(av.getFont());\r
 129     RendererI sr = av.getRenderer();\r
 130 \r
 131     /*Vector    pid    = av.getConsensus(false);\r
 132     Vector tmpseq = new Vector();\r
 133     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
 134         if (!av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 135             tmpseq.addElement(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 136 \r
 137     if (sr instanceof SequenceRenderer)\r
 138         pid    = AAFrequency.calculate(tmpseq,x1,x2);\r
 139 \r
 140     else if (sr instanceof GraphRenderer)\r
 141         pid = AAFrequency.calculatePID(av.getAlignment().getSequenceAt(0),\r
 142                                        av.getAlignment().getSequences(),\r
 143                                        av.getPIDWindow(),x1,x2);\r
 144 \r
 145 */\r
 146 \r
 147    /* if (y2 > starty && y1 < av.getEndSeq())\r
 148     {\r
 149        fillBackground(g,\r
 150                    Color.red,\r
 151                    (x1-startx)*charWidth,\r
 152                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,y1,av.getCharHeight()),\r
 153                    (x2-x1+1)*charWidth,\r
 154                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(y1,y2,av.getCharHeight()));\r
 155     }*/\r
 156 \r
 157     SequenceI nextSeq;\r
 158 \r
 159     /// First draw the sequences\r
 160     /////////////////////////////\r
 161     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 162     {\r
 163      nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
 164 \r
 165      sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ),x1,x2,\r
 166                  (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 167                  offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 168                  av.charWidth,av.charHeight,null, i);\r
 169 \r
 170      if(av.showSequenceFeatures)\r
 171      {\r
 172        fr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ), x1, x2,\r
 173                        (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 174                        offset +\r
 175                        AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 176                        av.charWidth, av.charHeight, null, i);\r
 177      }\r
 178     }\r
 179     //\r
 180     /////////////////////////////////////\r
 181 \r
 182     // Now outline any areas if necessary\r
 183     /////////////////////////////////////\r
 184     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 185     java.util.Vector groups = av.alignment.getGroups();\r
 186 \r
 187     int sx = -1, sy = -1, ex = -1;\r
 188     int groupIndex = -1;\r
 189     if (group == null && groups.size() > 0)\r
 190     {\r
 191       group = (SequenceGroup) groups.elementAt(0);\r
 192       groupIndex = 0;\r
 193     }\r
 194 \r
 195     if (group != null)\r
 196       do\r
 197       {\r
 198         int oldY = -1;\r
 199         int i = 0;\r
 200         boolean inGroup = false;\r
 201         for (i = y1; i < y2; i++)\r
 202         {\r
 203           sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 204           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 205           ex = (group.getEndRes() + 1 - group.getStartRes()) * av.charWidth;\r
 206 \r
 207           if (group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i))\r
 208               && sx < getWidth()\r
 209               && ex > 0)\r
 210           {\r
 211             if (!inGroup)\r
 212             {\r
 213               oldY = sy;\r
 214               inGroup = true;\r
 215               if (group == av.getSelectionGroup())\r
 216                 g.setColor(Color.RED.brighter());\r
 217               else\r
 218                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 219             }\r
 220           }\r
 221           else\r
 222           {\r
 223             if (inGroup)\r
 224             {\r
 225               g.drawRect(sx, oldY, ex, (sy - oldY));\r
 226               inGroup = false;\r
 227             }\r
 228           }\r
 229         }\r
 230         if (inGroup)\r
 231         {\r
 232           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 233           g.drawRect(sx, oldY, ex, (sy - oldY));\r
 234           inGroup = false;\r
 235         }\r
 236 \r
 237         groupIndex++;\r
 238         if (groupIndex >= groups.size())\r
 239           break;\r
 240 \r
 241         group = (SequenceGroup) groups.elementAt(groupIndex);\r
 242 \r
 243       }\r
 244       while (groupIndex < groups.size());\r
 245 \r
 246 \r
 247     /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 248     //////////////////////////////////////////////////////////\r
 249     if(displaySearch)\r
 250     {\r
 251       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 252       {\r
 253         int searchSeq = searchResults[r];\r
 254         int searchStart = searchResults[r+1];\r
 255         int searchEnd = searchResults[r+2];\r
 256 \r
 257         if (searchSeq >= y1 && searchSeq < y2)\r
 258         {\r
 259           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 260           ssr.drawHighlightedText(av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq),\r
 261                                   searchStart,\r
 262                                   searchEnd,\r
 263                                   (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 264                                   offset +\r
 265                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 266               av.charHeight),\r
 267                                   av.charWidth,\r
 268                                   av.charHeight);\r
 269         }\r
 270       }\r
 271     }\r
 272 \r
 273   }\r
 274 \r
 275   public void fillBackground(Graphics g,Color c, int x1,int y1,int width,int height) {\r
 276     g.setColor(c);\r
 277     g.fillRect(x1,y1,width,height);\r
 278   }\r
 279 \r
 280   public int getChunkWidth() {\r
 281     return chunkWidth;\r
 282   }\r
 283 \r
 284   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 285   {\r
 286     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 287     if(results==null)\r
 288       displaySearch = false;\r
 289     else\r
 290       displaySearch = true;\r
 291 \r
 292     searchResults = results;\r
 293 \r
 294     paintFlag = true;\r
 295     repaint();\r
 296   }\r
 297 \r
 298 \r
 299 }\r