src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.image.*;\r
   5 import javax.swing.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.analysis.*;\r
   8 \r
   9 \r
  10 public class SeqCanvas extends JComponent\r
  11 {\r
  12      FeatureRenderer fr;\r
  13      SequenceRenderer sr;\r
  14     BufferedImage             img;\r
  15     Graphics2D          gg;\r
  16     int               imgWidth;\r
  17     int               imgHeight;\r
  18 \r
  19     AlignViewport     av;\r
  20 \r
  21     boolean showScores = false;\r
  22     boolean displaySearch = false;\r
  23     int [] searchResults = null;\r
  24 \r
  25     int chunkHeight;\r
  26     int chunkWidth;\r
  27 \r
  28     boolean fastPaint = false;\r
  29 \r
  30 \r
  31     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  32     {\r
  33         this.av         = av;\r
  34        fr = new FeatureRenderer(av);\r
  35        sr = new SequenceRenderer(av);\r
  36        setLayout(new BorderLayout());\r
  37        PaintRefresher.Register(this);\r
  38 \r
  39     }\r
  40 \r
  41   void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx,int ypos) {\r
  42     int scalestartx = startx - startx % 10 + 10;\r
  43 \r
  44     g.setColor(Color.black);\r
  45 \r
  46     // NORTH SCALE\r
  47     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
  48     {\r
  49       String string = String.valueOf(i);\r
  50       g.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
  51                    ypos - av.charHeight / 2);\r
  52 \r
  53       g.drawLine( (i - startx - 1) * av.charWidth + av.charWidth / 2,\r
  54                  ypos + 2 - av.charHeight / 2,\r
  55                  (i - startx - 1) * av.charWidth + av.charWidth / 2, ypos - 2);\r
  56 \r
  57     }\r
  58   }\r
  59 \r
  60   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  61   {\r
  62     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
  63     ypos+= av.charHeight;\r
  64       // EAST SCALE\r
  65     for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  66     {\r
  67       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
  68       int index = startx;\r
  69       int value = -1;\r
  70       while (index < endx)\r
  71       {\r
  72         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
  73         {\r
  74           index++;\r
  75           continue;\r
  76         }\r
  77 \r
  78         value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
  79         break;\r
  80       }\r
  81       if(value!=-1)\r
  82       {\r
  83         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(value+"");\r
  84         g.drawString(value + "", x,  ypos +  i*av.charHeight - av.charHeight/5);\r
  85       }\r
  86     }\r
  87   }\r
  88 \r
  89   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  90 {\r
  91     ypos+= av.charHeight;\r
  92     // EAST SCALE\r
  93   for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  94   {\r
  95     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
  96     int index = endx;\r
  97     int value = -1;\r
  98     while (index > startx)\r
  99     {\r
 100       if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 101       {\r
 102         index--;\r
 103         continue;\r
 104       }\r
 105 \r
 106       value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 107       break;\r
 108     }\r
 109     if(value!=-1)\r
 110        g.drawString(value + "", 0,  ypos +  i*av.charHeight - av.charHeight/5);\r
 111   }\r
 112 \r
 113 }\r
 114 \r
 115 \r
 116 \r
 117 \r
 118 \r
 119 public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 120 {\r
 121     if (horizontal == 0 && vertical == 0 || gg==null)\r
 122       return;\r
 123 \r
 124     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, imgHeight, -horizontal * av.charWidth,\r
 125                 -vertical * av.charHeight);\r
 126 \r
 127     int sr = av.startRes, er = av.endRes, ss = av.startSeq, es = av.endSeq,\r
 128         transX = 0, transY = 0;\r
 129     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 130     {\r
 131       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 132       sr = er - horizontal;\r
 133     }\r
 134     else if (horizontal < 0)\r
 135       er = sr - horizontal;\r
 136 \r
 137     else if (vertical > 0) // scroll down\r
 138     {\r
 139       ss = es - vertical;\r
 140       if(ss<av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 141         ss = av.startSeq;\r
 142       else\r
 143         transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
 144     }\r
 145     else if (vertical < 0)\r
 146     {\r
 147       es = ss - vertical;\r
 148       if(es > av.endSeq)\r
 149         es = av.endSeq;\r
 150     }\r
 151 \r
 152 \r
 153     gg.translate(transX, transY);\r
 154 \r
 155     gg.setColor(Color.white);\r
 156     gg.fillRect(0,0, (er-sr+1)*av.charWidth, (es-ss)*av.charHeight);\r
 157     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
 158     gg.translate( -transX, -transY);\r
 159 \r
 160     fastPaint = true;\r
 161     repaint();\r
 162 \r
 163 }\r
 164 \r
 165 /**\r
 166  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 167  * SMJS This is what I'm working towards!\r
 168  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 169  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 170  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 171  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 172  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 173  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 174  */\r
 175 \r
 176   public void paintComponent(Graphics g)\r
 177   {\r
 178     g.setColor(Color.white);\r
 179     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 180 \r
 181     if (fastPaint)\r
 182     {\r
 183       g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 184       fastPaint = false;\r
 185       return;\r
 186     }\r
 187 \r
 188     // this draws the whole of the alignment\r
 189       imgWidth  = getWidth();\r
 190       imgHeight = getHeight();\r
 191       if(imgWidth<1 || imgHeight<1)\r
 192         return;\r
 193 \r
 194       imgWidth -= imgWidth%av.charWidth;\r
 195       imgHeight-= imgHeight%av.charHeight;\r
 196 \r
 197       img = new BufferedImage(imgWidth,imgHeight,BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 198       gg  = (Graphics2D)img.getGraphics();\r
 199       gg.setFont(av.getFont());\r
 200       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 201 \r
 202       gg.setColor(Color.white);\r
 203       gg.fillRect(0,0,imgWidth,imgHeight);\r
 204 \r
 205     chunkWidth  =   getWrappedCanvasWidth( getWidth() );\r
 206     chunkHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 207 \r
 208     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
 209     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
 210 \r
 211 \r
 212     if (av.getWrapAlignment())\r
 213       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 214     else\r
 215       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 216 \r
 217     g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 218 \r
 219   }\r
 220 \r
 221   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;\r
 222   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 223   {\r
 224     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 225 \r
 226     LABEL_EAST = 0;\r
 227     LABEL_WEST = 0;\r
 228 \r
 229     if(av.scaleRightWrapped)\r
 230       LABEL_EAST = fm.stringWidth( av.alignment.getWidth()+"000" );\r
 231 \r
 232     if(av.scaleLeftWrapped)\r
 233       LABEL_WEST = fm.stringWidth( av.alignment.getWidth()+"" );\r
 234 \r
 235     return  (cwidth - LABEL_EAST -LABEL_WEST)/av.charWidth;\r
 236   }\r
 237 \r
 238   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight, int startRes)\r
 239   {\r
 240       AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 241 \r
 242       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 243 \r
 244       int LABEL_EAST = 0;\r
 245       if(av.scaleRightWrapped)\r
 246         LABEL_EAST = fm.stringWidth( al.getWidth()+"000" );\r
 247       int LABEL_WEST = 0;\r
 248       if(av.scaleLeftWrapped)\r
 249         LABEL_WEST = fm.stringWidth(al.getWidth()+"0");\r
 250 \r
 251 \r
 252       int cWidth  =   (canvasWidth - LABEL_EAST -LABEL_WEST)/av.charWidth;\r
 253       int cHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 254 \r
 255       av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 256 \r
 257       int  endx   = startRes+cWidth-1;\r
 258       int  ypos  = 2*av.charHeight;\r
 259 \r
 260       while (ypos <= canvasHeight && startRes<av.alignment.getWidth() )\r
 261       {\r
 262         g.setColor(Color.black);\r
 263 \r
 264         if(av.scaleLeftWrapped)\r
 265           drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 266 \r
 267         if(av.scaleRightWrapped)\r
 268         {\r
 269           g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST +av.charWidth, 0);\r
 270           drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 271           g.translate( - (canvasWidth - LABEL_EAST+av.charWidth), 0);\r
 272         }\r
 273 \r
 274         g.translate(LABEL_WEST,0);\r
 275         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 276           drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 277 \r
 278 \r
 279         // When printing we have an extra clipped region,\r
 280         // the Printable page which we need to account for here\r
 281         Shape clip = g.getClip();\r
 282         if(clip==null)\r
 283           g.setClip(0, 0, cWidth*av.charWidth, canvasHeight);\r
 284         else\r
 285           g.setClip(0,\r
 286                     (int)clip.getBounds().getY(),\r
 287                     cWidth*av.charWidth,\r
 288                     (int)clip.getBounds().getHeight()\r
 289                     );\r
 290 \r
 291         drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 292         g.setClip(clip);\r
 293         g.translate(-LABEL_WEST,0);\r
 294 \r
 295         ypos += cHeight;\r
 296         startRes += cWidth;\r
 297         endx = startRes + cWidth - 1;\r
 298 \r
 299         if (endx > al.getWidth())\r
 300           endx = al.getWidth();\r
 301       }\r
 302 \r
 303   }\r
 304 \r
 305 \r
 306   synchronized public void drawPanel(Graphics g1,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 307 \r
 308     Graphics2D g = (Graphics2D)g1;\r
 309     g.setFont(av.getFont());\r
 310     sr.renderGaps(av.renderGaps);\r
 311 \r
 312 \r
 313     SequenceI nextSeq;\r
 314 \r
 315     /// First draw the sequences\r
 316     /////////////////////////////\r
 317     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 318     {\r
 319      nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 320 \r
 321      sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ),x1,x2,\r
 322                  (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 323                  offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 324                  av.charWidth,av.charHeight);\r
 325 \r
 326      if(av.showSequenceFeatures)\r
 327      {\r
 328        fr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ), x1, x2,\r
 329                        (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 330                        offset +\r
 331                        AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 332                        av.charWidth, av.charHeight);\r
 333      }\r
 334     }\r
 335     //\r
 336     /////////////////////////////////////\r
 337 \r
 338     // Now outline any areas if necessary\r
 339     /////////////////////////////////////\r
 340     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 341     java.util.Vector groups = av.alignment.getGroups();\r
 342 \r
 343     int sx = -1, sy = -1, ex = -1;\r
 344     int groupIndex = -1;\r
 345     if (group == null && groups.size() > 0)\r
 346     {\r
 347       group = (SequenceGroup) groups.elementAt(0);\r
 348       groupIndex = 0;\r
 349     }\r
 350 \r
 351     if (group != null)\r
 352       do\r
 353       {\r
 354         int oldY = -1;\r
 355         int i = 0;\r
 356         boolean inGroup = false;\r
 357         int top=-1, bottom =-1;\r
 358         for (i = y1; i < y2; i++)\r
 359         {\r
 360           sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 361           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 362           ex = (group.getEndRes() + 1 - group.getStartRes()) * av.charWidth -1;\r
 363 \r
 364           if (sx < getWidth()\r
 365               && ex > 0\r
 366               && group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 367           {\r
 368             if (bottom == -1 &&\r
 369                 !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 370               bottom = sy + av.charHeight ;\r
 371 \r
 372             if (!inGroup)\r
 373             {\r
 374               if (top == -1 && i==0 ||\r
 375                   !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 376                 top = sy;\r
 377 \r
 378 \r
 379               oldY = sy;\r
 380               inGroup = true;\r
 381               if (group == av.getSelectionGroup())\r
 382               {\r
 383                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT, BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]{5f,3f}, 0f ));\r
 384                 g.setColor(Color.RED);\r
 385               }\r
 386               else\r
 387               {\r
 388                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 389                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 390               }\r
 391             }\r
 392           }\r
 393           else\r
 394           {\r
 395             if (inGroup)\r
 396             {\r
 397               g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 398               g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 399 \r
 400               if (top != -1)\r
 401               {\r
 402                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 403                 top =-1;\r
 404               }\r
 405               if (bottom != -1)\r
 406               {\r
 407                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 408                 bottom = -1;\r
 409               }\r
 410 \r
 411 \r
 412               inGroup = false;\r
 413             }\r
 414           }\r
 415         }\r
 416 \r
 417         if (inGroup)\r
 418         {\r
 419 \r
 420           if(top!=-1)\r
 421           {\r
 422             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 423             top =-1;\r
 424           }\r
 425           if(bottom!=-1)\r
 426            {\r
 427              g.drawLine(sx, bottom-1, sx + ex, bottom-1);\r
 428              bottom = -1;\r
 429 \r
 430            }\r
 431           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 432           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 433           g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 434           inGroup = false;\r
 435         }\r
 436         groupIndex++;\r
 437         if (groupIndex >= groups.size())\r
 438           break;\r
 439 \r
 440         group = (SequenceGroup) groups.elementAt(groupIndex);\r
 441 \r
 442       }\r
 443       while (groupIndex < groups.size());\r
 444 \r
 445 \r
 446     /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 447     //////////////////////////////////////////////////////////\r
 448     if(displaySearch)\r
 449     {\r
 450       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 451       {\r
 452         int searchSeq = searchResults[r];\r
 453         int searchStart = searchResults[r+1];\r
 454         int searchEnd = searchResults[r+2];\r
 455 \r
 456         if (searchSeq >= y1 && searchSeq < y2)\r
 457         {\r
 458           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 459           if(searchStart<x1)\r
 460             searchStart = x1;\r
 461           if(searchEnd > x2)\r
 462             searchEnd = x2;\r
 463           ssr.drawHighlightedText(av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq),\r
 464                                   searchStart,\r
 465                                   searchEnd,\r
 466                                   (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 467                                   offset +\r
 468                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 469               av.charHeight),\r
 470                                   av.charWidth,\r
 471                                   av.charHeight);\r
 472         }\r
 473       }\r
 474     }\r
 475 \r
 476   }\r
 477 \r
 478 \r
 479 \r
 480   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 481   {\r
 482     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 483     if(results==null)\r
 484       displaySearch = false;\r
 485     else\r
 486       displaySearch = true;\r
 487 \r
 488     searchResults = results;\r
 489 \r
 490     repaint();\r
 491   }\r
 492 \r
 493 \r
 494 }\r