src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class SeqCanvas extends JComponent\r
  36 {\r
  37     FeatureRenderer fr;\r
  38     SequenceRenderer sr;\r
  39     BufferedImage img;\r
  40     Graphics2D gg;\r
  41     int imgWidth;\r
  42     int imgHeight;\r
  43     AlignViewport av;\r
  44     boolean displaySearch = false;\r
  45     int[] searchResults = null;\r
  46     int chunkHeight;\r
  47     int chunkWidth;\r
  48     boolean fastPaint = false;\r
  49     int LABEL_WEST;\r
  50     int LABEL_EAST;\r
  51 \r
  52     boolean isOverview = false;\r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Creates a new SeqCanvas object.\r
  56      *\r
  57      * @param av DOCUMENT ME!\r
  58      */\r
  59     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  60     {\r
  61         this.av = av;\r
  62         fr = new FeatureRenderer(av);\r
  63         sr = new SequenceRenderer(av);\r
  64         setLayout(new BorderLayout());\r
  65         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  66         setBackground(Color.white);\r
  67     }\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * DOCUMENT ME!\r
  71      *\r
  72      * @param g DOCUMENT ME!\r
  73      * @param startx DOCUMENT ME!\r
  74      * @param endx DOCUMENT ME!\r
  75      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  76      */\r
  77     void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  78     {\r
  79         int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;\r
  80 \r
  81         g.setColor(Color.black);\r
  82 \r
  83         // NORTH SCALE\r
  84         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
  85         {\r
  86             String string = String.valueOf(i);\r
  87             g.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
  88                 ypos - (av.charHeight / 2));\r
  89 \r
  90             g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),\r
  91                 (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),\r
  92                 ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2), ypos -\r
  93                 2);\r
  94         }\r
  95     }\r
  96 \r
  97     /**\r
  98      * DOCUMENT ME!\r
  99      *\r
 100      * @param g DOCUMENT ME!\r
 101      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 102      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 103      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 104      */\r
 105     void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 106     {\r
 107         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 108         ypos += av.charHeight;\r
 109 \r
 110         // EAST SCALE\r
 111         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 112         {\r
 113             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 114             int index = startx;\r
 115             int value = -1;\r
 116 \r
 117             while (index < endx)\r
 118             {\r
 119                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 120                 {\r
 121                     index++;\r
 122 \r
 123                     continue;\r
 124                 }\r
 125 \r
 126                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 127 \r
 128                 break;\r
 129             }\r
 130 \r
 131             if (value != -1)\r
 132             {\r
 133                 int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))-av.charWidth/2;\r
 134                 g.drawString(value + "", x,\r
 135                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 136             }\r
 137         }\r
 138     }\r
 139 \r
 140     /**\r
 141      * DOCUMENT ME!\r
 142      *\r
 143      * @param g DOCUMENT ME!\r
 144      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 145      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 146      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 147      */\r
 148     void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 149     {\r
 150         ypos += av.charHeight;\r
 151 \r
 152         // EAST SCALE\r
 153         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 154         {\r
 155             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 156             int index = endx;\r
 157             int value = -1;\r
 158 \r
 159             while (index > startx)\r
 160             {\r
 161                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 162                 {\r
 163                     index--;\r
 164 \r
 165                     continue;\r
 166                 }\r
 167 \r
 168                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 169 \r
 170                 break;\r
 171             }\r
 172 \r
 173             if (value != -1)\r
 174             {\r
 175                 g.drawString(String.valueOf(value), av.charWidth/2,\r
 176                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 177             }\r
 178         }\r
 179     }\r
 180 \r
 181     /**\r
 182      * DOCUMENT ME!\r
 183      *\r
 184      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 185      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 186      */\r
 187     public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 188     {\r
 189         if (gg == null)\r
 190         {\r
 191             return;\r
 192         }\r
 193 \r
 194         gg.copyArea(horizontal * av.charWidth,\r
 195                     vertical * av.charHeight,\r
 196                     imgWidth,\r
 197                     imgHeight,\r
 198                     -horizontal * av.charWidth,\r
 199                     -vertical * av.charHeight);\r
 200 \r
 201         int sr = av.startRes;\r
 202         int er = av.endRes;\r
 203         int ss = av.startSeq;\r
 204         int es = av.endSeq;\r
 205         int transX = 0;\r
 206         int transY = 0;\r
 207 \r
 208         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 209         {\r
 210             er ++;\r
 211             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 212             sr = er - horizontal;\r
 213         }\r
 214         else if (horizontal < 0)\r
 215         {\r
 216             er = sr - horizontal-1;\r
 217         }\r
 218         else if (vertical > 0) // scroll down\r
 219         {\r
 220             ss = es - vertical;\r
 221 \r
 222             if (ss < av.startSeq)\r
 223             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 224                 ss = av.startSeq;\r
 225             }\r
 226             else\r
 227             {\r
 228                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 229             }\r
 230         }\r
 231         else if (vertical < 0)\r
 232         {\r
 233             es = ss - vertical;\r
 234 \r
 235             if (es > av.endSeq)\r
 236             {\r
 237                 es = av.endSeq;\r
 238             }\r
 239         }\r
 240 \r
 241         gg.translate(transX, transY);\r
 242         drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
 243         gg.translate(-transX, -transY);\r
 244 \r
 245         fastPaint = true;\r
 246         repaint();\r
 247     }\r
 248 \r
 249     /**\r
 250      * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 251      * SMJS This is what I'm working towards!\r
 252      *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 253      *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 254      *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 255      *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 256      * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 257      * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 258      */\r
 259 \r
 260     // Set this to false to force a full panel paint\r
 261     public void paintComponent(Graphics g)\r
 262     {\r
 263         sr.renderGaps(av.renderGaps);\r
 264 \r
 265         if ((img != null) &&\r
 266                 (fastPaint || (getWidth() != g.getClipBounds().width) ||\r
 267                 (getHeight() != g.getClipBounds().height)))\r
 268         {\r
 269             g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 270             fastPaint = false;\r
 271 \r
 272             return;\r
 273         }\r
 274 \r
 275         // this draws the whole of the alignment\r
 276         imgWidth = getWidth();\r
 277         imgHeight = getHeight();\r
 278 \r
 279         imgWidth -= (imgWidth % av.charWidth);\r
 280         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 281 \r
 282         if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))\r
 283         {\r
 284             return;\r
 285         }\r
 286 \r
 287 \r
 288         img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 289         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();\r
 290         gg.setFont(av.getFont());\r
 291         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 292           RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 293 \r
 294         gg.setColor(Color.white);\r
 295         gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);\r
 296 \r
 297         chunkWidth = getWrappedCanvasWidth(getWidth());\r
 298         chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 299 \r
 300         av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
 301         av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
 302 \r
 303         if (av.getWrapAlignment())\r
 304         {\r
 305             drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 306         }\r
 307         else\r
 308         {\r
 309             drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq,\r
 310                 av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 311         }\r
 312 \r
 313         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 314     }\r
 315 \r
 316     /**\r
 317      * DOCUMENT ME!\r
 318      *\r
 319      * @param cwidth DOCUMENT ME!\r
 320      *\r
 321      * @return DOCUMENT ME!\r
 322      */\r
 323     public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 324     {\r
 325         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 326 \r
 327         LABEL_EAST = 0;\r
 328         LABEL_WEST = 0;\r
 329 \r
 330         if (av.scaleRightWrapped)\r
 331         {\r
 332             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask()+"0");\r
 333         }\r
 334 \r
 335         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 336         {\r
 337             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 338         }\r
 339 \r
 340         return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 341     }\r
 342 \r
 343 \r
 344     /**\r
 345      * Generates a string of zeroes.\r
 346      * @return String\r
 347      */\r
 348     String getMask()\r
 349     {\r
 350       String mask = "0";\r
 351       for (int i = av.alignment.getWidth(); i > 0; i /= 10)\r
 352       {\r
 353         mask += "0";\r
 354       }\r
 355       return mask;\r
 356     }\r
 357 \r
 358     /**\r
 359      * DOCUMENT ME!\r
 360      *\r
 361      * @param g DOCUMENT ME!\r
 362      * @param canvasWidth DOCUMENT ME!\r
 363      * @param canvasHeight DOCUMENT ME!\r
 364      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 365      */\r
 366     public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight,\r
 367         int startRes)\r
 368     {\r
 369 \r
 370         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 371 \r
 372         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 373 \r
 374         int LABEL_EAST = 0;\r
 375 \r
 376         if (av.scaleRightWrapped)\r
 377         {\r
 378             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask()+"0");\r
 379         }\r
 380 \r
 381         int LABEL_WEST = 0;\r
 382 \r
 383         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 384         {\r
 385             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 386         }\r
 387 \r
 388         int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 389         int cHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 390 \r
 391         av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 392 \r
 393         int endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 394         int ypos = 2 * av.charHeight;\r
 395 \r
 396         while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < av.alignment.getWidth()))\r
 397         {\r
 398             g.setColor(Color.black);\r
 399 \r
 400             if (av.scaleLeftWrapped)\r
 401             {\r
 402                 drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 403             }\r
 404 \r
 405             if (av.scaleRightWrapped)\r
 406             {\r
 407                 g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);\r
 408                 drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 409                 g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);\r
 410             }\r
 411 \r
 412             g.translate(LABEL_WEST, 0);\r
 413 \r
 414             if (av.scaleAboveWrapped)\r
 415             {\r
 416                 drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 417             }\r
 418 \r
 419             // When printing we have an extra clipped region,\r
 420             // the Printable page which we need to account for here\r
 421             Shape clip = g.getClip();\r
 422 \r
 423             if (clip == null)\r
 424             {\r
 425                 g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);\r
 426             }\r
 427             else\r
 428             {\r
 429                 g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(),\r
 430                     cWidth * av.charWidth, (int) clip.getBounds().getHeight());\r
 431             }\r
 432 \r
 433             if (av.vconsensus!=null && av.alignment.getWidth() >= av.vconsensus.size())\r
 434             {\r
 435               endx = av.vconsensus.size() - 2;\r
 436             }\r
 437 \r
 438 \r
 439             drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 440             g.setClip(clip);\r
 441             g.translate(-LABEL_WEST, 0);\r
 442 \r
 443             ypos += cHeight;\r
 444             startRes += cWidth;\r
 445             endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 446 \r
 447             if (endx > al.getWidth())\r
 448             {\r
 449                 endx = al.getWidth();\r
 450             }\r
 451         }\r
 452     }\r
 453 \r
 454     /**\r
 455      * DOCUMENT ME!\r
 456      *\r
 457      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 458      * @param x1 DOCUMENT ME!\r
 459      * @param x2 DOCUMENT ME!\r
 460      * @param y1 DOCUMENT ME!\r
 461      * @param y2 DOCUMENT ME!\r
 462      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 463      * @param starty DOCUMENT ME!\r
 464      * @param offset DOCUMENT ME!\r
 465      */\r
 466     synchronized public void drawPanel(Graphics g1, int x1, int x2, int y1,\r
 467         int y2, int startx, int starty, int offset)\r
 468     {\r
 469         Graphics2D g = (Graphics2D) g1;\r
 470         g.setFont(av.getFont());\r
 471 \r
 472         SequenceI nextSeq;\r
 473 \r
 474         /// First draw the sequences\r
 475         /////////////////////////////\r
 476         for (int i = y1; i < y2; i++)\r
 477         {\r
 478             nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 479 \r
 480             sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups(nextSeq),\r
 481                 x1, x2, (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 482                 offset + ((i - starty) * av.charHeight), av.charWidth,\r
 483                 av.charHeight);\r
 484 \r
 485             if (av.showSequenceFeatures)\r
 486             {\r
 487                 fr.drawSequence(g, nextSeq,\r
 488                     av.alignment.findAllGroups(nextSeq), x1, x2,\r
 489                     (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 490                     offset + ((i - starty) * av.charHeight), av.charWidth,\r
 491                     av.charHeight);\r
 492             }\r
 493         }\r
 494 \r
 495         //\r
 496         /////////////////////////////////////\r
 497         // Now outline any areas if necessary\r
 498         /////////////////////////////////////\r
 499         SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 500         java.util.Vector groups = av.alignment.getGroups();\r
 501 \r
 502         int sx = -1;\r
 503         int sy = -1;\r
 504         int ex = -1;\r
 505         int groupIndex = -1;\r
 506 \r
 507         if ((group == null) && (groups.size() > 0))\r
 508         {\r
 509             group = (SequenceGroup) groups.elementAt(0);\r
 510             groupIndex = 0;\r
 511         }\r
 512 \r
 513 \r
 514         if (group != null && !isOverview)\r
 515         {\r
 516             do\r
 517             {\r
 518                 int oldY = -1;\r
 519                 int i = 0;\r
 520                 boolean inGroup = false;\r
 521                 int top = -1;\r
 522                 int bottom = -1;\r
 523 \r
 524                 for (i = y1; i < y2; i++)\r
 525                 {\r
 526                     sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 527                     sy = offset + ((i - starty) * av.charHeight);\r
 528                     ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) -\r
 529                         1;\r
 530 \r
 531                     if(sx+ex<0 || sx>imgWidth)\r
 532                     {\r
 533                       continue;\r
 534                     }\r
 535 \r
 536                     if ( (sx <= (x2-x1)*av.charWidth) &&\r
 537                             group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(\r
 538                                     i)))\r
 539                     {\r
 540                         if ((bottom == -1) &&\r
 541                                 !group.sequences.contains(\r
 542                                     av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 543                         {\r
 544                             bottom = sy + av.charHeight;\r
 545                         }\r
 546 \r
 547                         if (!inGroup)\r
 548                         {\r
 549                             if (((top == -1) && (i == 0)) ||\r
 550                                     !group.sequences.contains(\r
 551                                         av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 552                             {\r
 553                                 top = sy;\r
 554                             }\r
 555 \r
 556                             oldY = sy;\r
 557                             inGroup = true;\r
 558 \r
 559                             if (group == av.getSelectionGroup())\r
 560                             {\r
 561                                 g.setStroke(new BasicStroke(1,\r
 562                                         BasicStroke.CAP_BUTT,\r
 563                                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
 564                                         new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
 565                                 g.setColor(Color.RED);\r
 566                             }\r
 567                             else\r
 568                             {\r
 569                                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 570                                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 571                             }\r
 572                         }\r
 573                     }\r
 574                     else\r
 575                     {\r
 576                       if (inGroup)\r
 577                       {\r
 578                         if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 579                           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 580 \r
 581                         if (sx + ex < imgWidth)\r
 582                           g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 583 \r
 584                         if (sx < 0)\r
 585                         {\r
 586                           ex += sx;\r
 587                           sx = 0;\r
 588                         }\r
 589 \r
 590                         if (sx + ex > imgWidth)\r
 591                           ex = imgWidth;\r
 592 \r
 593                         else if (sx + ex >= (x2 - x1 + 1) * av.charWidth)\r
 594                           ex = (x2 - x1 + 1) * av.charWidth;\r
 595 \r
 596                         if (top != -1)\r
 597                         {\r
 598                           g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 599                           top = -1;\r
 600                         }\r
 601 \r
 602                         if (bottom != -1)\r
 603                         {\r
 604                           g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 605                           bottom = -1;\r
 606                         }\r
 607 \r
 608                         inGroup = false;\r
 609                         }\r
 610                     }\r
 611                 }\r
 612 \r
 613                 if (inGroup)\r
 614                 {\r
 615                   sy = offset + ( (i - starty) * av.charHeight);\r
 616                   if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 617                     g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 618 \r
 619                   if (sx + ex < imgWidth)\r
 620                     g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 621 \r
 622                   if (sx < 0)\r
 623                   {\r
 624                     ex += sx;\r
 625                     sx = 0;\r
 626                   }\r
 627 \r
 628                   if (sx + ex > imgWidth)\r
 629                     ex = imgWidth;\r
 630                   else if (sx + ex >= (x2 - x1 + 1) * av.charWidth)\r
 631                     ex = (x2 - x1 + 1) * av.charWidth;\r
 632 \r
 633                   if (top != -1)\r
 634                   {\r
 635                     g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 636                     top = -1;\r
 637                   }\r
 638 \r
 639                   if (bottom != -1)\r
 640                   {\r
 641                     g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);\r
 642                     bottom = -1;\r
 643                   }\r
 644 \r
 645                     inGroup = false;\r
 646                 }\r
 647 \r
 648                 groupIndex++;\r
 649 \r
 650                 if (groupIndex >= groups.size())\r
 651                 {\r
 652                     break;\r
 653                 }\r
 654 \r
 655                 group = (SequenceGroup) groups.elementAt(groupIndex);\r
 656             }\r
 657             while (groupIndex < groups.size());\r
 658         }\r
 659 \r
 660         /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 661         //////////////////////////////////////////////////////////\r
 662         if (displaySearch)\r
 663         {\r
 664             for (int r = 0; r < searchResults.length; r += 3)\r
 665             {\r
 666                 int searchSeq = searchResults[r];\r
 667 \r
 668                 if ((searchSeq >= y1) && (searchSeq < y2))\r
 669                 {\r
 670                     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq);\r
 671 \r
 672                     int searchStart = seq.findIndex(searchResults[r + 1]) - 1;\r
 673                     int searchEnd = seq.findIndex(searchResults[r + 2]) - 1;\r
 674 \r
 675                     SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 676 \r
 677                     if (searchStart < x1)\r
 678                     {\r
 679                         searchStart = x1;\r
 680                     }\r
 681 \r
 682                     if (searchEnd > x2)\r
 683                     {\r
 684                         searchEnd = x2;\r
 685                     }\r
 686 \r
 687                     ssr.drawHighlightedText(seq, searchStart, searchEnd,\r
 688                         (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 689                         offset + ((searchSeq - starty) * av.charHeight),\r
 690                         av.charWidth, av.charHeight);\r
 691                 }\r
 692             }\r
 693         }\r
 694     }\r
 695 \r
 696     /**\r
 697      * DOCUMENT ME!\r
 698      *\r
 699      * @param results DOCUMENT ME!\r
 700      */\r
 701     public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 702     {\r
 703         // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 704         if (results == null)\r
 705         {\r
 706             displaySearch = false;\r
 707         }\r
 708         else\r
 709         {\r
 710             displaySearch = true;\r
 711         }\r
 712 \r
 713         searchResults = results;\r
 714 \r
 715         repaint();\r
 716     }\r
 717 }\r