src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  25 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  29 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  30 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  31 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  32
  33 import java.awt.BasicStroke;
  34 import java.awt.BorderLayout;
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.FontMetrics;
  37 import java.awt.Graphics;
  38 import java.awt.Graphics2D;
  39 import java.awt.RenderingHints;
  40 import java.awt.Shape;
  41 import java.awt.image.BufferedImage;
  42 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  43 import java.util.List;
  44
  45 import javax.swing.JComponent;
  46
  47 /**
  48  * DOCUMENT ME!
  49  *
  50  * @author $author$
  51  * @version $Revision$
  52  */
  53 public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
  54 {
  55   final FeatureRenderer fr;
  56
  57   final SequenceRenderer sr;
  58
  59   BufferedImage img;
  60
  61   Graphics2D gg;
  62
  63   int imgWidth;
  64
  65   int imgHeight;
  66
  67   AlignViewport av;
  68
  69   boolean fastPaint = false;
  70
  71   int LABEL_WEST;
  72
  73   int LABEL_EAST;
  74
  75   int cursorX = 0;
  76
  77   int cursorY = 0;
  78
  79   /**
  80    * Creates a new SeqCanvas object.
  81    *
  82    * @param av
  83    *          DOCUMENT ME!
  84    */
  85   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  86   {
  87     this.av = ap.av;
  88     updateViewport();
  89     fr = new FeatureRenderer(ap);
  90     sr = new SequenceRenderer(av);
  91     setLayout(new BorderLayout());
  92     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  93     setBackground(Color.white);
  94
  95     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
  96   }
  97
  98   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  99   {
 100     return sr;
 101   }
 102
 103   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
 104   {
 105     return fr;
 106   }
 107
 108   int charHeight = 0, charWidth = 0;
 109
 110   private void updateViewport()
 111   {
 112     charHeight = av.getCharHeight();
 113     charWidth = av.getCharWidth();
 114   }
 115
 116   /**
 117    * DOCUMENT ME!
 118    *
 119    * @param g
 120    *          DOCUMENT ME!
 121    * @param startx
 122    *          DOCUMENT ME!
 123    * @param endx
 124    *          DOCUMENT ME!
 125    * @param ypos
 126    *          DOCUMENT ME!
 127    */
 128   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 129   {
 130     updateViewport();
 131     for (ScaleMark mark : new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 132             endx))
 133     {
 134       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 135       if (mpos < 0)
 136       {
 137         continue;
 138       }
 139       String mstring = mark.text;
 140
 141       if (mark.major)
 142       {
 143         if (mstring != null)
 144         {
 145           g.drawString(mstring, mpos * charWidth, ypos - (charHeight / 2));
 146         }
 147         g.drawLine((mpos * charWidth) + (charWidth / 2), (ypos + 2)
 148                 - (charHeight / 2), (mpos * charWidth) + (charWidth / 2),
 149                 ypos - 2);
 150       }
 151     }
 152   }
 153
 154   /**
 155    * DOCUMENT ME!
 156    *
 157    * @param g
 158    *          DOCUMENT ME!
 159    * @param startx
 160    *          DOCUMENT ME!
 161    * @param endx
 162    *          DOCUMENT ME!
 163    * @param ypos
 164    *          DOCUMENT ME!
 165    */
 166   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 167   {
 168     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 169     ypos += charHeight;
 170
 171     if (av.hasHiddenColumns())
 172     {
 173       startx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 174               .adjustForHiddenColumns(startx);
 175       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 176               .adjustForHiddenColumns(endx);
 177     }
 178
 179     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 180     if (av.hasHiddenColumns())
 181     {
 182       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 183               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 184     }
 185
 186     // WEST SCALE
 187     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 188     {
 189       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 190       int index = startx;
 191       int value = -1;
 192
 193       while (index < endx)
 194       {
 195         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 196         {
 197           index++;
 198
 199           continue;
 200         }
 201
 202         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 203
 204         break;
 205       }
 206
 207       if (value != -1)
 208       {
 209         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 210                 - charWidth / 2;
 211         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * charHeight))
 212                 - (charHeight / 5));
 213       }
 214     }
 215   }
 216
 217   /**
 218    * DOCUMENT ME!
 219    *
 220    * @param g
 221    *          DOCUMENT ME!
 222    * @param startx
 223    *          DOCUMENT ME!
 224    * @param endx
 225    *          DOCUMENT ME!
 226    * @param ypos
 227    *          DOCUMENT ME!
 228    */
 229   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 230   {
 231     ypos += charHeight;
 232
 233     if (av.hasHiddenColumns())
 234     {
 235       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 236               .adjustForHiddenColumns(endx);
 237     }
 238
 239     SequenceI seq;
 240     // EAST SCALE
 241     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 242     {
 243       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 244       int index = endx;
 245       int value = -1;
 246
 247       while (index > startx)
 248       {
 249         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 250         {
 251           index--;
 252
 253           continue;
 254         }
 255
 256         value = seq.findPosition(index);
 257
 258         break;
 259       }
 260
 261       if (value != -1)
 262       {
 263         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * charHeight))
 264                 - (charHeight / 5));
 265       }
 266     }
 267   }
 268
 269   boolean fastpainting = false;
 270
 271   /**
 272    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
 273    * slider adjustment
 274    *
 275    * @param horizontal
 276    *          shift along
 277    * @param vertical
 278    *          shift up or down in repaint
 279    */
 280   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 281   {
 282     if (fastpainting || gg == null)
 283     {
 284       return;
 285     }
 286     fastpainting = true;
 287     fastPaint = true;
 288     updateViewport();
 289     gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight, imgWidth,
 290             imgHeight, -horizontal * charWidth, -vertical * charHeight);
 291
 292     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 293     int sr = ranges.getStartRes();
 294     int er = ranges.getEndRes();
 295     int ss = ranges.getStartSeq();
 296     int es = ranges.getEndSeq();
 297     int transX = 0;
 298     int transY = 0;
 299
 300     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 301     {
 302       transX = (er - sr - horizontal) * charWidth;
 303       sr = er - horizontal;
 304     }
 305     else if (horizontal < 0)
 306     {
 307       er = sr - horizontal;
 308     }
 309     else if (vertical > 0) // scroll down
 310     {
 311       ss = es - vertical;
 312
 313       if (ss < ranges.getStartSeq())
 314       { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 315         ss = ranges.getStartSeq();
 316       }
 317       else
 318       {
 319         transY = imgHeight - ((vertical + 1) * charHeight);
 320       }
 321     }
 322     else if (vertical < 0)
 323     {
 324       es = ss - vertical;
 325
 326       if (es > ranges.getEndSeq())
 327       {
 328         es = ranges.getEndSeq();
 329       }
 330     }
 331
 332     gg.translate(transX, transY);
 333     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 334     gg.translate(-transX, -transY);
 335
 336     repaint();
 337     fastpainting = false;
 338   }
 339
 340   /**
 341    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 342    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 343    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 344    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 345    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 346    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 347    */
 348
 349   // Set this to false to force a full panel paint
 350   @Override
 351   public void paintComponent(Graphics g)
 352   {
 353     updateViewport();
 354     BufferedImage lcimg = img; // take reference since other threads may null
 355     // img and call later.
 356     super.paintComponent(g);
 357
 358     if (lcimg != null
 359             && (fastPaint
 360                     || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width) || (getVisibleRect().height != g
 361                     .getClipBounds().height)))
 362     {
 363       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 364       fastPaint = false;
 365       return;
 366     }
 367
 368     // this draws the whole of the alignment
 369     imgWidth = getWidth();
 370     imgHeight = getHeight();
 371
 372     imgWidth -= (imgWidth % charWidth);
 373     imgHeight -= (imgHeight % charHeight);
 374
 375     if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))
 376     {
 377       return;
 378     }
 379
 380     if (lcimg == null || imgWidth != lcimg.getWidth()
 381             || imgHeight != lcimg.getHeight())
 382     {
 383       try
 384       {
 385         lcimg = img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,
 386                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 387         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 388         gg.setFont(av.getFont());
 389       } catch (OutOfMemoryError er)
 390       {
 391         System.gc();
 392         System.err.println("SeqCanvas OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 393         new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 394
 395         return;
 396       }
 397     }
 398
 399     if (av.antiAlias)
 400     {
 401       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 402               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 403     }
 404
 405     gg.setColor(Color.white);
 406     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 407
 408     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 409     if (av.getWrapAlignment())
 410     {
 411       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), ranges.getStartRes());
 412     }
 413     else
 414     {
 415       drawPanel(gg, ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 416               ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq(), 0);
 417     }
 418
 419     g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 420
 421   }
 422
 423   /**
 424    * DOCUMENT ME!
 425    *
 426    * @param cwidth
 427    *          DOCUMENT ME!
 428    *
 429    * @return DOCUMENT ME!
 430    */
 431   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 432   {
 433     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 434
 435     LABEL_EAST = 0;
 436     LABEL_WEST = 0;
 437
 438     if (av.getScaleRightWrapped())
 439     {
 440       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 441     }
 442
 443     if (av.getScaleLeftWrapped())
 444     {
 445       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 446     }
 447
 448     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 449   }
 450
 451   /**
 452    * Generates a string of zeroes.
 453    *
 454    * @return String
 455    */
 456   String getMask()
 457   {
 458     String mask = "00";
 459     int maxWidth = 0;
 460     int tmp;
 461     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 462     {
 463       tmp = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getEnd();
 464       if (tmp > maxWidth)
 465       {
 466         maxWidth = tmp;
 467       }
 468     }
 469
 470     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 471     {
 472       mask += "0";
 473     }
 474     return mask;
 475   }
 476
 477   /**
 478    * DOCUMENT ME!
 479    *
 480    * @param g
 481    *          DOCUMENT ME!
 482    * @param canvasWidth
 483    *          DOCUMENT ME!
 484    * @param canvasHeight
 485    *          DOCUMENT ME!
 486    * @param startRes
 487    *          DOCUMENT ME!
 488    */
 489   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 490           int canvasHeight, int startRes)
 491   {
 492     updateViewport();
 493     AlignmentI al = av.getAlignment();
 494
 495     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 496
 497     if (av.getScaleRightWrapped())
 498     {
 499       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 500     }
 501
 502     if (av.getScaleLeftWrapped())
 503     {
 504       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 505     }
 506
 507     int hgap = charHeight;
 508     if (av.getScaleAboveWrapped())
 509     {
 510       hgap += charHeight;
 511     }
 512
 513     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 514     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 515
 516     av.setWrappedWidth(cWidth);
 517
 518     av.getRanges().setEndRes(av.getRanges().getStartRes() + cWidth - 1);
 519
 520     int endx;
 521     int ypos = hgap;
 522     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 523
 524     if (av.hasHiddenColumns())
 525     {
 526       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 527               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 528     }
 529
 530     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 531     {
 532       endx = startRes + cWidth - 1;
 533
 534       if (endx > maxwidth)
 535       {
 536         endx = maxwidth;
 537       }
 538
 539       g.setFont(av.getFont());
 540       g.setColor(Color.black);
 541
 542       if (av.getScaleLeftWrapped())
 543       {
 544         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 545       }
 546
 547       if (av.getScaleRightWrapped())
 548       {
 549         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 550         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 551         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 552       }
 553
 554       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 555
 556       if (av.getScaleAboveWrapped())
 557       {
 558         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 559       }
 560
 561       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 562       {
 563         g.setColor(Color.blue);
 564         int res;
 565         HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 566         for (int i = 0; i < hidden.getHiddenRegions().size(); i++)
 567         {
 568           res = hidden.findHiddenRegionPosition(i) - startRes;
 569
 570           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 571           {
 572             continue;
 573           }
 574
 575           gg.fillPolygon(
 576                   new int[] { res * charWidth - charHeight / 4,
 577                       res * charWidth + charHeight / 4, res * charWidth },
 578                   new int[] { ypos - (charHeight / 2),
 579                       ypos - (charHeight / 2), ypos - (charHeight / 2) + 8 },
 580                   3);
 581
 582         }
 583       }
 584
 585       // When printing we have an extra clipped region,
 586       // the Printable page which we need to account for here
 587       Shape clip = g.getClip();
 588
 589       if (clip == null)
 590       {
 591         g.setClip(0, 0, cWidth * charWidth, canvasHeight);
 592       }
 593       else
 594       {
 595         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * charWidth,
 596                 (int) clip.getBounds().getHeight());
 597       }
 598
 599       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight() - 1, ypos);
 600
 601       if (av.isShowAnnotation())
 602       {
 603         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 604         if (annotations == null)
 605         {
 606           annotations = new AnnotationPanel(av);
 607         }
 608
 609         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g, -1,
 610                 startRes, endx + 1);
 611         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 612       }
 613       g.setClip(clip);
 614       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 615
 616       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 617
 618       startRes += cWidth;
 619     }
 620   }
 621
 622   AnnotationPanel annotations;
 623
 624   int getAnnotationHeight()
 625   {
 626     if (!av.isShowAnnotation())
 627     {
 628       return 0;
 629     }
 630
 631     if (annotations == null)
 632     {
 633       annotations = new AnnotationPanel(av);
 634     }
 635
 636     return annotations.adjustPanelHeight();
 637   }
 638
 639   /**
 640    * Draws the visible region of the alignment on the graphics context. If there
 641    * are hidden column markers in the visible region, then each sub-region
 642    * between the markers is drawn separately, followed by the hidden column
 643    * marker.
 644    *
 645    * @param g1
 646    * @param startRes
 647    *          offset of the first column in the visible region (0..)
 648    * @param endRes
 649    *          offset of the last column in the visible region (0..)
 650    * @param startSeq
 651    *          offset of the first sequence in the visible region (0..)
 652    * @param endSeq
 653    *          offset of the last sequence in the visible region (0..)
 654    * @param yOffset
 655    *          vertical offset at which to draw (for wrapped alignments)
 656    */
 657   public void drawPanel(Graphics g1, final int startRes, final int endRes,
 658           final int startSeq, final int endSeq, final int yOffset)
 659   {
 660     updateViewport();
 661     if (!av.hasHiddenColumns())
 662     {
 663       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, yOffset);
 664     }
 665     else
 666     {
 667       List<int[]> regions = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 668               .getHiddenRegions();
 669
 670       int screenY = 0;
 671       final int screenYMax = endRes - startRes;
 672       int blockStart = startRes;
 673       int blockEnd = endRes;
 674
 675       for (int[] region : regions)
 676       {
 677         int hideStart = region[0];
 678         int hideEnd = region[1];
 679
 680         if (hideStart <= blockStart)
 681         {
 682           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 683           continue;
 684         }
 685
 686         /*
 687          * draw up to just before the next hidden region, or the end of
 688          * the visible region, whichever comes first
 689          */
 690         blockEnd = Math.min(hideStart - 1, blockStart + screenYMax
 691                 - screenY);
 692
 693         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 694
 695         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, yOffset);
 696
 697         /*
 698          * draw the downline of the hidden column marker (ScalePanel draws the
 699          * triangle on top) if we reached it
 700          */
 701         if (av.getShowHiddenMarkers() && blockEnd == hideStart - 1)
 702         {
 703           g1.setColor(Color.blue);
 704
 705           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 706                   0 + yOffset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 707                   (endSeq - startSeq + 1) * charHeight + yOffset);
 708         }
 709
 710         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 711         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 712         blockStart = hideEnd + 1;
 713
 714         if (screenY > screenYMax)
 715         {
 716           // already rendered last block
 717           return;
 718         }
 719       }
 720
 721       if (screenY <= screenYMax)
 722       {
 723         // remaining visible region to render
 724         blockEnd = blockStart + screenYMax - screenY;
 725         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 726         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, yOffset);
 727
 728         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 729       }
 730     }
 731
 732   }
 733
 734   /**
 735    * Draws a region of the visible alignment
 736    *
 737    * @param g1
 738    * @param startRes
 739    *          offset of the first column in the visible region (0..)
 740    * @param endRes
 741    *          offset of the last column in the visible region (0..)
 742    * @param startSeq
 743    *          offset of the first sequence in the visible region (0..)
 744    * @param endSeq
 745    *          offset of the last sequence in the visible region (0..)
 746    * @param yOffset
 747    *          vertical offset at which to draw (for wrapped alignments)
 748    */
 749   private void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
 750           int endSeq, int offset)
 751   {
 752     g.setFont(av.getFont());
 753     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 754
 755     SequenceI nextSeq;
 756
 757     // / First draw the sequences
 758     // ///////////////////////////
 759     for (int i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 760     {
 761       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 762       if (nextSeq == null)
 763       {
 764         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
 765         // empty
 766         continue;
 767       }
 768       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 769               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 770
 771       if (av.isShowSequenceFeatures())
 772       {
 773         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 774                 + ((i - startSeq) * charHeight), false);
 775       }
 776
 777       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 778       // ////////////////////////////////////////////////////////
 779       if (av.hasSearchResults())
 780       {
 781         int[] visibleResults = av.getSearchResults().getResults(nextSeq,
 782                 startRes, endRes);
 783         if (visibleResults != null)
 784         {
 785           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 786           {
 787             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 788                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 789                             * charWidth, offset
 790                             + ((i - startSeq) * charHeight));
 791           }
 792         }
 793       }
 794
 795       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 796               && cursorX <= endRes)
 797       {
 798         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * charWidth,
 799                 offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 800       }
 801     }
 802
 803     if (av.getSelectionGroup() != null
 804             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 805     {
 806       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 807     }
 808
 809   }
 810
 811   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 812           int startSeq, int endSeq, int offset)
 813   {
 814     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
 815     //
 816     // ///////////////////////////////////
 817     // Now outline any areas if necessary
 818     // ///////////////////////////////////
 819     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 820
 821     int sx = -1;
 822     int sy = -1;
 823     int ex = -1;
 824     int groupIndex = -1;
 825     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 826
 827     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 828     {
 829       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 830       groupIndex = 0;
 831     }
 832
 833     if (group != null)
 834     {
 835       do
 836       {
 837         int oldY = -1;
 838         int i = 0;
 839         boolean inGroup = false;
 840         int top = -1;
 841         int bottom = -1;
 842
 843         for (i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 844         {
 845           sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
 846           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 847           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * charWidth) - 1;
 848
 849           if (sx + ex < 0 || sx > visWidth)
 850           {
 851             continue;
 852           }
 853
 854           if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
 855                   && group.getSequences(null).contains(
 856                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 857           {
 858             if ((bottom == -1)
 859                     && !group.getSequences(null).contains(
 860                             av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
 861             {
 862               bottom = sy + charHeight;
 863             }
 864
 865             if (!inGroup)
 866             {
 867               if (((top == -1) && (i == 0))
 868                       || !group.getSequences(null).contains(
 869                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 870               {
 871                 top = sy;
 872               }
 873
 874               oldY = sy;
 875               inGroup = true;
 876
 877               if (group == av.getSelectionGroup())
 878               {
 879                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
 880                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f },
 881                         0f));
 882                 g.setColor(Color.RED);
 883               }
 884               else
 885               {
 886                 g.setStroke(new BasicStroke());
 887                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 888               }
 889             }
 890           }
 891           else
 892           {
 893             if (inGroup)
 894             {
 895               if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 896               {
 897                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 898               }
 899
 900               if (sx + ex < visWidth)
 901               {
 902                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 903               }
 904
 905               if (sx < 0)
 906               {
 907                 ex += sx;
 908                 sx = 0;
 909               }
 910
 911               if (sx + ex > visWidth)
 912               {
 913                 ex = visWidth;
 914               }
 915
 916               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 917               {
 918                 ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 919               }
 920
 921               if (top != -1)
 922               {
 923                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 924                 top = -1;
 925               }
 926
 927               if (bottom != -1)
 928               {
 929                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 930                 bottom = -1;
 931               }
 932
 933               inGroup = false;
 934             }
 935           }
 936         }
 937
 938         if (inGroup)
 939         {
 940           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 941           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 942           {
 943             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 944           }
 945
 946           if (sx + ex < visWidth)
 947           {
 948             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 949           }
 950
 951           if (sx < 0)
 952           {
 953             ex += sx;
 954             sx = 0;
 955           }
 956
 957           if (sx + ex > visWidth)
 958           {
 959             ex = visWidth;
 960           }
 961           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 962           {
 963             ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 964           }
 965
 966           if (top != -1)
 967           {
 968             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 969             top = -1;
 970           }
 971
 972           if (bottom != -1)
 973           {
 974             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 975             bottom = -1;
 976           }
 977
 978           inGroup = false;
 979         }
 980
 981         groupIndex++;
 982
 983         g.setStroke(new BasicStroke());
 984
 985         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 986         {
 987           break;
 988         }
 989
 990         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 991
 992       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 993
 994     }
 995
 996   }
 997
 998   /**
 999    * DOCUMENT ME!
1000    *
1001    * @param results
1002    *          DOCUMENT ME!
1003    */
1004   public void highlightSearchResults(SearchResultsI results)
1005   {
1006     img = null;
1007
1008     av.setSearchResults(results);
1009
1010     repaint();
1011   }
1012
1013   @Override
1014   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
1015   {
1016     if (!av.getWrapAlignment())
1017     {
1018       if (evt.getPropertyName().equals("startres")
1019               || evt.getPropertyName().equals("endres"))
1020       {
1021         // Make sure we're not trying to draw a panel
1022         // larger than the visible window
1023         ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
1024         int scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
1025         if (scrollX > vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes())
1026         {
1027           scrollX = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes();
1028         }
1029         else if (scrollX < vpRanges.getStartRes() - vpRanges.getEndRes())
1030         {
1031           scrollX = vpRanges.getStartRes() - vpRanges.getEndRes();
1032         }
1033         fastPaint(scrollX, 0);
1034       }
1035       else if (evt.getPropertyName().equals("startseq")
1036               || evt.getPropertyName().equals("endseq"))
1037       {
1038         fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
1039       }
1040     }
1041   }
1042 }