src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import javax.swing.*;\r
   5 import java.awt.event.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import jalview.analysis.*;\r
   9 \r
  10 \r
  11 public class SeqCanvas extends JPanel\r
  12 {\r
  13     Image             img;\r
  14     Graphics          gg;\r
  15     int               imgWidth;\r
  16     int               imgHeight;\r
  17 \r
  18     AlignViewport     av;\r
  19 \r
  20     public boolean paintFlag = false;\r
  21 \r
  22     boolean showScores = false;\r
  23     boolean displaySearch = false;\r
  24     int [] searchResults = null;\r
  25 \r
  26     int chunkHeight;\r
  27     int chunkWidth;\r
  28 \r
  29 \r
  30     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  31     {\r
  32         this.av         = av;\r
  33        setLayout(new BorderLayout());\r
  34        PaintRefresher.Register(this);\r
  35 \r
  36     }\r
  37 \r
  38   public void drawScale(int startx, int endx,int charWidth, int charHeight,int ypos) {\r
  39       int scalestartx = startx - startx%10 + 10;\r
  40 \r
  41       gg.setColor(Color.black);\r
  42 \r
  43       for (int i=scalestartx;i < endx;i+= 10) {\r
  44           String string = String.valueOf(i);\r
  45           gg.drawString(string,(int)((i-startx-1)*charWidth),ypos+15 - charHeight*(2));\r
  46       }\r
  47   }\r
  48 \r
  49 \r
  50 /**\r
  51  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
  52  * SMJS This is what I'm working towards!\r
  53  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
  54  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
  55  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
  56  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
  57  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
  58  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
  59  */\r
  60 \r
  61   public void paintComponent(Graphics g) {\r
  62 \r
  63     AlignmentI da = av.getAlignment();\r
  64 \r
  65     if (img == null ||\r
  66         imgWidth  !=  getWidth()  ||\r
  67         imgHeight !=  getHeight()\r
  68         || paintFlag)\r
  69     {\r
  70 \r
  71       imgWidth  = getWidth();\r
  72       imgHeight = getHeight();\r
  73 \r
  74       img = createImage(imgWidth,imgHeight);\r
  75       gg  = img.getGraphics();\r
  76 \r
  77       gg.setFont(av.getFont());\r
  78 \r
  79       paintFlag = false;\r
  80     }\r
  81 \r
  82     chunkWidth  =   getWidth()/av.charWidth;\r
  83     chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
  84 \r
  85     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
  86     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
  87 \r
  88 \r
  89 \r
  90     fillBackground(gg,Color.WHITE,0,0,imgWidth,imgHeight);\r
  91 \r
  92     /* if (av.getWrapAlignment()) {\r
  93         int offy = av.getStartSeq();\r
  94           startx = (int)(offy/chunkWidth)*chunkWidth;\r
  95           endx   = startx + chunkWidth;\r
  96           starty = offy%chunkHeight;\r
  97           endy   = starty + da.getHeight();\r
  98 \r
  99           int ypos     = 0;\r
 100           int rowstart = starty;\r
 101 \r
 102           if (starty == 0) {\r
 103               ypos = 2*charHeight;\r
 104           } else if (starty == 1) {\r
 105               starty = 0;\r
 106               ypos = charHeight;\r
 107           }\r
 108 \r
 109           if (endy > da.getHeight()) {\r
 110               endy = da.getHeight();\r
 111           }\r
 112 \r
 113           if (endx > da.getWidth()) {\r
 114               endx = da.getWidth();\r
 115           }\r
 116 \r
 117           if (rowstart < 2) {\r
 118               drawScale(startx,endx,charWidth,charHeight,ypos);\r
 119           }\r
 120 \r
 121           drawPanel(gg,startx,endx,starty,endy,startx,starty,ypos);\r
 122 \r
 123           if (rowstart == 0) {\r
 124               ypos = ypos + chunkHeight;\r
 125           } else if (rowstart == 1) {\r
 126               ypos = ypos + chunkHeight;\r
 127           } else {\r
 128               ypos   = ypos + chunkHeight - rowstart*charHeight;\r
 129           }\r
 130 \r
 131           startx += chunkWidth;\r
 132           endx   = startx + chunkWidth;\r
 133           starty = 0;\r
 134 \r
 135           if (endx > da.getWidth()) {\r
 136               endx = da.getWidth();\r
 137           }\r
 138           // Draw the rest of the panels\r
 139 \r
 140           while (ypos <= getHeight()) {\r
 141               drawScale(startx,endx,charWidth,charHeight,ypos);\r
 142               drawPanel(gg,startx,endx,0,da.getHeight(),startx,starty,ypos);\r
 143 \r
 144               ypos   += chunkHeight;\r
 145               startx += chunkWidth;\r
 146               endx   = startx + chunkWidth;\r
 147 \r
 148               if (endy > da.getHeight()) {\r
 149                   endy = da.getHeight();\r
 150               }\r
 151 \r
 152               if (endx > da.getWidth()) {\r
 153                   endx = da.getWidth();\r
 154               }\r
 155 \r
 156           }\r
 157       }\r
 158       else*/\r
 159       {\r
 160           drawPanel(gg,av.startRes,av.endRes,av.startSeq,av.endSeq,av.startRes,av.startSeq,0);\r
 161       }\r
 162 \r
 163 \r
 164   /*  if ((oldendy -oldstarty) > (getWidth() / av.getCharWidth())) {\r
 165       System.out.println("LIMITS ERROR LIMITS ERROR");\r
 166       System.out.println("Corrds " + (oldendy-oldstarty) + " " + (getWidth()/av.getCharWidth()) + " " + getWidth() + " " + av.getCharWidth());\r
 167     }*/\r
 168 \r
 169     g.drawImage(img,0,0,this);\r
 170 \r
 171   }\r
 172 \r
 173 \r
 174 \r
 175 \r
 176   public void drawPanel(Graphics g,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 177 \r
 178 \r
 179     g.setFont(av.getFont());\r
 180     int            charWidth  = av.getCharWidth();\r
 181     int            charHeight = av.getCharHeight();\r
 182     RendererI sr = av.getRenderer();\r
 183 \r
 184     /*Vector    pid    = av.getConsensus(false);\r
 185     Vector tmpseq = new Vector();\r
 186     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
 187         if (!av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 188             tmpseq.addElement(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 189 \r
 190     if (sr instanceof SequenceRenderer)\r
 191         pid    = AAFrequency.calculate(tmpseq,x1,x2);\r
 192 \r
 193     else if (sr instanceof GraphRenderer)\r
 194         pid = AAFrequency.calculatePID(av.getAlignment().getSequenceAt(0),\r
 195                                        av.getAlignment().getSequences(),\r
 196                                        av.getPIDWindow(),x1,x2);\r
 197 \r
 198 */\r
 199 \r
 200    /* if (y2 > starty && y1 < av.getEndSeq())\r
 201     {\r
 202        fillBackground(g,\r
 203                    Color.red,\r
 204                    (x1-startx)*charWidth,\r
 205                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,y1,av.getCharHeight()),\r
 206                    (x2-x1+1)*charWidth,\r
 207                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(y1,y2,av.getCharHeight()));\r
 208     }*/\r
 209 \r
 210     SequenceI nextSeq;\r
 211     SequenceGroup group=null;\r
 212     SequenceGroup [] groups=null;\r
 213     boolean inGroup=false; // are we in a defined group?\r
 214     boolean inRB=false; //Are we in a rubberband group?\r
 215     int sx=-1, sy=-1, ex=-1, ey=-1;\r
 216     int oldStartX=0,oldEndX=0,oldY=0;\r
 217     int oldRStartX=0,oldREndX=0,oldRY=0;\r
 218     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 219     {\r
 220      nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
 221 \r
 222      group = av.alignment.findGroup( nextSeq );\r
 223      groups = av.alignment.findAllGroups( nextSeq );\r
 224 \r
 225      sr.drawSequence(g, nextSeq, groups,x1,x2,\r
 226                  (x1 - startx) * charWidth,\r
 227                  offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.getCharHeight()),\r
 228                  charWidth,charHeight,null, i);\r
 229 \r
 230 \r
 231      if( group!=null )\r
 232      {\r
 233 \r
 234         g.setColor(Color.lightGray);\r
 235 \r
 236         sx = (group.getStartRes()-startx)*charWidth;\r
 237         sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.getCharHeight());\r
 238         ex = (group.getEndRes()+1-startx)*charWidth;\r
 239         ey = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i+1, av.getCharHeight());\r
 240 \r
 241 \r
 242         if (!inGroup)\r
 243         {\r
 244           g.drawLine(sx, sy, ex, sy); // Horizontal, top of new box\r
 245           inGroup=true;\r
 246         }\r
 247 \r
 248         g.drawLine(sx, sy, sx, ey ); // vertical line, left hand side\r
 249         g.drawLine( ex,sy,ex,ey);    // vertical line, right hand side\r
 250         if (i == y2 - 1)// last line of alignment, seal the box\r
 251           g.drawLine(sx, ey, ex, ey); // Horizontal, bottom of old box\r
 252 \r
 253         oldStartX = sx;\r
 254         oldEndX = ex;\r
 255         oldY = ey;\r
 256 \r
 257      }\r
 258      else if(inGroup)\r
 259      {\r
 260        g.setColor(Color.lightGray);\r
 261        g.drawLine(oldStartX, oldY, oldEndX, oldY); // Horizontal, bottom of old box\r
 262      }\r
 263      else\r
 264        inGroup = false;\r
 265 \r
 266      group = av.getRubberbandGroup();\r
 267      if( group != null && group.sequences.contains(nextSeq) )\r
 268      {\r
 269          g.setColor(Color.RED.brighter());\r
 270          sx = (group.getStartRes() - startx) * charWidth;\r
 271          sy = offset +\r
 272              AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.getCharHeight());\r
 273          ex = (group.getEndRes() + 1 - startx) * charWidth;\r
 274          ey = offset +\r
 275              AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i + 1, av.getCharHeight());\r
 276 \r
 277          if (!inRB)\r
 278          {\r
 279 \r
 280            g.drawLine(sx, sy, ex, sy); // Horizontal, top of new box\r
 281            inRB = true;\r
 282          }\r
 283 \r
 284          g.drawLine(sx, sy, sx, ey); // vertical line, left hand side\r
 285          g.drawLine(ex, sy, ex, ey); // vertical line, right hand side\r
 286          if (i == y2 - 1) // last line of alignment, seal the box\r
 287            g.drawLine(sx, ey, ex, ey); // Horizontal, bottom of old box\r
 288 \r
 289           oldRStartX = sx;\r
 290           oldREndX = ex;\r
 291           oldRY = ey;\r
 292      }\r
 293      else if(inRB)\r
 294      {\r
 295        g.setColor(Color.RED.brighter());\r
 296        g.drawLine(oldRStartX, oldRY, oldREndX, oldRY); // Horizontal, bottom of old box\r
 297        inRB = false;\r
 298      }\r
 299      else\r
 300        inRB = false;\r
 301 \r
 302     }\r
 303 \r
 304     /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 305     if(displaySearch)\r
 306     {\r
 307       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 308       {\r
 309         int searchSeq = searchResults[r];\r
 310         int searchStart = searchResults[r+1];\r
 311         int searchEnd = searchResults[r+2];\r
 312 \r
 313         if (searchSeq >= y1 && searchSeq <= y2)\r
 314         {\r
 315           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 316           ssr.drawHighlightedText(av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq),\r
 317                                   searchStart,\r
 318                                   searchEnd,\r
 319                                   (searchStart - startx) * charWidth,\r
 320                                   offset +\r
 321                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 322               charHeight),\r
 323                                   charWidth,\r
 324                                   charHeight);\r
 325         }\r
 326       }\r
 327     }\r
 328 \r
 329   }\r
 330 \r
 331   public void fillBackground(Graphics g,Color c, int x1,int y1,int width,int height) {\r
 332     g.setColor(c);\r
 333     g.fillRect(x1,y1,width,height);\r
 334   }\r
 335 \r
 336   public int getChunkWidth() {\r
 337     return chunkWidth;\r
 338   }\r
 339 \r
 340   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 341   {\r
 342     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 343     if(results==null)\r
 344       displaySearch = false;\r
 345     else\r
 346       displaySearch = true;\r
 347 \r
 348     searchResults = results;\r
 349 \r
 350     paintFlag = true;\r
 351     repaint();\r
 352   }\r
 353 \r
 354 \r
 355 }\r