src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import javax.swing.*;\r
   5 import java.util.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import jalview.analysis.*;\r
   9 \r
  10 \r
  11 public class SeqCanvas extends JPanel\r
  12 {\r
  13     Image             img;\r
  14     Graphics          gg;\r
  15     int               imgWidth;\r
  16     int               imgHeight;\r
  17 \r
  18     AlignViewport     av;\r
  19     int pady = 2;\r
  20     int oldstartx;\r
  21     int oldstarty;\r
  22     int oldendx;\r
  23     int oldendy;\r
  24     public boolean paintFlag = false;\r
  25 \r
  26     boolean showScores = false;\r
  27     boolean displaySearch = false;\r
  28     int [] searchResults = null;\r
  29 \r
  30     int chunkHeight;\r
  31     int chunkWidth;\r
  32 \r
  33     ColourSchemeI   cs = new ZappoColourScheme();\r
  34 \r
  35     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  36     {\r
  37         this.av         = av;\r
  38        setLayout(new BorderLayout());\r
  39     }\r
  40 \r
  41   public void drawScale(int startx, int endx,double charWidth, int charHeight,int ypos) {\r
  42       int scalestartx = startx - startx%10 + 10;\r
  43 \r
  44       gg.setColor(Color.black);\r
  45 \r
  46       for (int i=scalestartx;i < endx;i+= 10) {\r
  47           String string = String.valueOf(i);\r
  48           gg.drawString(string,(int)((i-startx-1)*charWidth),ypos+15 - charHeight*(2));\r
  49       }\r
  50   }\r
  51 \r
  52 \r
  53 /**\r
  54  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
  55  * SMJS This is what I'm working towards!\r
  56  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
  57  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
  58  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
  59  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
  60  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
  61  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
  62  */\r
  63 \r
  64   public void paintComponent(Graphics g) {\r
  65 \r
  66     AlignmentI da = av.getAlignment();\r
  67 \r
  68     if (img == null ||\r
  69         imgWidth  !=  getWidth()  ||\r
  70         imgHeight !=  getHeight()\r
  71         || paintFlag)\r
  72     {\r
  73 \r
  74       imgWidth  = (getWidth() > 0 ? getWidth() : 1);\r
  75       imgHeight = (getHeight() > 0 ? getHeight() : 1);\r
  76 \r
  77       img = createImage(imgWidth,imgHeight);\r
  78       gg  = img.getGraphics();\r
  79 \r
  80       gg.setFont(av.getFont());\r
  81 \r
  82       oldstartx = -1;\r
  83       oldendx   = -1;\r
  84       oldstarty = -1;\r
  85       oldendy   = -1;\r
  86       paintFlag = false;\r
  87     }\r
  88 \r
  89     int startx = av.getStartRes();\r
  90     int starty = av.getStartSeq();\r
  91 \r
  92     int endx   = av.getEndRes();\r
  93     int endy   = av.getEndSeq();\r
  94 \r
  95     double charWidth  = av.getCharWidth();\r
  96     int charHeight    = av.getCharHeight();\r
  97 \r
  98     chunkWidth = (int)(getWidth()/charWidth);\r
  99     chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*charHeight;\r
 100 \r
 101     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
 102     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
 103 \r
 104     int offy = av.getStartSeq();\r
 105 \r
 106     if (oldendx == -1) {\r
 107       fillBackground(gg,Color.WHITE,0,0,imgWidth,imgHeight);\r
 108 \r
 109      if (av.getWrapAlignment()) {\r
 110           startx = (int)(offy/chunkWidth)*chunkWidth;\r
 111           endx   = startx + chunkWidth;\r
 112           starty = offy%chunkHeight;\r
 113           endy   = starty + da.getHeight();\r
 114 \r
 115           int ypos     = 0;\r
 116           int rowstart = starty;\r
 117 \r
 118           if (starty == 0) {\r
 119               ypos = 2*charHeight;\r
 120           } else if (starty == 1) {\r
 121               starty = 0;\r
 122               ypos = charHeight;\r
 123           }\r
 124 \r
 125           if (endy > da.getHeight()) {\r
 126               endy = da.getHeight();\r
 127           }\r
 128 \r
 129           if (endx > da.getWidth()) {\r
 130               endx = da.getWidth();\r
 131           }\r
 132 \r
 133           if (rowstart < 2) {\r
 134               drawScale(startx,endx,charWidth,charHeight,ypos);\r
 135           }\r
 136 \r
 137           drawPanel(gg,startx,endx,starty,endy,startx,starty,ypos);\r
 138 \r
 139           if (rowstart == 0) {\r
 140               ypos = ypos + chunkHeight;\r
 141           } else if (rowstart == 1) {\r
 142               ypos = ypos + chunkHeight;\r
 143           } else {\r
 144               ypos   = ypos + chunkHeight - rowstart*charHeight;\r
 145           }\r
 146 \r
 147           startx += chunkWidth;\r
 148           endx   = startx + chunkWidth;\r
 149           starty = 0;\r
 150 \r
 151           if (endx > da.getWidth()) {\r
 152               endx = da.getWidth();\r
 153           }\r
 154           // Draw the rest of the panels\r
 155 \r
 156           while (ypos <= getHeight()) {\r
 157               drawScale(startx,endx,charWidth,charHeight,ypos);\r
 158               drawPanel(gg,startx,endx,0,da.getHeight(),startx,starty,ypos);\r
 159 \r
 160               ypos   += chunkHeight;\r
 161               startx += chunkWidth;\r
 162               endx   = startx + chunkWidth;\r
 163 \r
 164               if (endy > da.getHeight()) {\r
 165                   endy = da.getHeight();\r
 166               }\r
 167 \r
 168               if (endx > da.getWidth()) {\r
 169                   endx = da.getWidth();\r
 170               }\r
 171 \r
 172           }\r
 173       }\r
 174       else\r
 175       {\r
 176           drawPanel(gg,startx,endx,starty,endy,startx,starty,0);\r
 177 \r
 178           oldstartx = startx;\r
 179           oldendx   = endx;\r
 180           oldstarty = starty;\r
 181           oldendy   = endy;\r
 182 \r
 183       }\r
 184     }\r
 185 \r
 186     else if (oldstartx < startx)\r
 187     {\r
 188       // This is dragging horizontal scrollbar to the right\r
 189 \r
 190       int delx  = (int)((startx - oldstartx) * charWidth);\r
 191       int delx2 = (int)((oldendx - startx + 1)   * charWidth);\r
 192 \r
 193       gg.copyArea(delx,0,delx2,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,endy,charHeight),-delx,0);\r
 194 \r
 195       if (startx > oldendx)\r
 196         drawPanel(gg,startx,endx,starty,endy,startx,starty,0);\r
 197       else\r
 198         drawPanel(gg,oldendx+1,endx,starty,endy,startx,starty,0);\r
 199 \r
 200 \r
 201       oldstartx = startx;\r
 202       oldendx   = endx;\r
 203 \r
 204     } else if (oldstartx > startx)\r
 205     {\r
 206      // Horizontal scrollbar pulled to the left\r
 207 \r
 208       int delx  = (int)((oldstartx - startx) * charWidth);\r
 209       int delx2 = (int)((endx - oldstartx +1)   * charWidth);\r
 210 \r
 211       gg.copyArea(0,0,delx2,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,endy,charHeight),delx,0);\r
 212 \r
 213       if (oldstartx > endx) {\r
 214         drawPanel(gg,startx,endx,starty,endy,startx,starty,0);\r
 215       } else {\r
 216         drawPanel(gg,startx,oldstartx-1,starty,endy,startx,starty,0);\r
 217       }\r
 218 \r
 219       oldstartx = startx;\r
 220       oldendx   = endx;\r
 221 \r
 222     }  else if (oldstarty < starty) {\r
 223       // Vertical scrollbar down\r
 224       int dely  = AlignmentUtil.getPixelHeight(oldstarty,starty,charHeight);\r
 225       int dely2 = AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,oldendy,charHeight);\r
 226 \r
 227       gg.copyArea(0,dely,(int)((endx-startx+1)*charWidth),dely2,0,-dely);\r
 228 \r
 229       if (starty > oldendy) {\r
 230         drawPanel(gg,startx,endx,starty,endy,startx,starty,0);\r
 231       } else {\r
 232         drawPanel(gg,startx,endx,oldendy,endy,startx,starty,0);\r
 233       }\r
 234 \r
 235       oldstarty = starty;\r
 236       oldendy   = endy;\r
 237 \r
 238     } else if (oldstarty > starty) {\r
 239 \r
 240       // Vertical scrollbar up\r
 241       int dely  = AlignmentUtil.getPixelHeight(endy,oldendy,charHeight);\r
 242       int dely2 = AlignmentUtil.getPixelHeight(oldstarty,endy,charHeight);\r
 243 \r
 244       gg.copyArea(0,0,(int)((endx-startx+1)*charWidth),dely2,0,dely);\r
 245 \r
 246       if (oldstarty > endy) {\r
 247         drawPanel(gg,startx,endx,starty,endy,startx,starty,0);\r
 248       } else {\r
 249         drawPanel(gg,startx,endx,starty,oldstarty,startx,starty,0);\r
 250       }\r
 251 \r
 252       oldstarty = starty;\r
 253       oldendy   = endy;\r
 254     }\r
 255 \r
 256     if ((oldendy -oldstarty) > (int)((getWidth() / av.getCharWidth()))) {\r
 257       System.out.println("LIMITS ERROR LIMITS ERROR");\r
 258       System.out.println("Corrds " + (oldendy-oldstarty) + " " + (int)(getWidth()/av.getCharWidth()) + " " + getWidth() + " " + av.getCharWidth());\r
 259     }\r
 260 \r
 261 \r
 262   //  gg.setColor(Color.red);\r
 263   //  gg.drawRect( groupX, groupY, groupendX-groupX, groupendY-groupY );\r
 264    // gg.drawRect( groupX+1, groupY+1, groupendX-groupX-2, groupendY-groupY-2 );\r
 265 \r
 266 \r
 267     g.drawImage(img,0,0,this);\r
 268 \r
 269   }\r
 270 \r
 271 \r
 272 \r
 273 \r
 274   public void drawPanel(Graphics g,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 275 \r
 276 /*\r
 277     System.out.println("drawPanel called with g      = " + g);\r
 278     System.out.println("                      x1     = " + x1);\r
 279     System.out.println("                      x2     = " + x2);\r
 280     System.out.println("                      y1     = " + y1);\r
 281     System.out.println("                      y2     = " + y2);\r
 282     System.out.println("                      startx = " + startx);\r
 283     System.out.println("                      starty = " + starty);\r
 284 */\r
 285 \r
 286     g.setFont(av.getFont());\r
 287     double            charWidth  = av.getCharWidth();\r
 288     int               charHeight = av.getCharHeight();\r
 289     RendererI sr = av.getRenderer();\r
 290 \r
 291 \r
 292     /*Vector    pid    = av.getConsensus(false);\r
 293     Vector tmpseq = new Vector();\r
 294     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
 295         if (!av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 296             tmpseq.addElement(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 297 \r
 298     if (sr instanceof SequenceRenderer)\r
 299         pid    = AAFrequency.calculate(tmpseq,x1,x2);\r
 300 \r
 301     else if (sr instanceof GraphRenderer)\r
 302         pid = AAFrequency.calculatePID(av.getAlignment().getSequenceAt(0),\r
 303                                        av.getAlignment().getSequences(),\r
 304                                        av.getPIDWindow(),x1,x2);\r
 305 \r
 306 */\r
 307 \r
 308     if (y2 > starty && y1 < av.getEndSeq())\r
 309     {\r
 310        fillBackground(g,\r
 311                    Color.WHITE,\r
 312                    (int)((x1-startx)*charWidth),\r
 313                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,y1,av.getCharHeight()),\r
 314                    (int)((x2-x1+1)*charWidth),\r
 315                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(y1,y2,av.getCharHeight()));\r
 316     }\r
 317 \r
 318     SequenceI nextSeq;\r
 319     SequenceGroup group;\r
 320     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 321     {\r
 322     /*  if (av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i))) {\r
 323           r = fr;\r
 324           System.out.println("use feature renderer");\r
 325       } else if ( i == 0) {\r
 326         //  r = br;\r
 327       } else if (av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName().equals("CpG")) {\r
 328           r = cgr;\r
 329           System.out.println("cg renderer");\r
 330       }\r
 331 */\r
 332      nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
 333      group = av.alignment.findGroup( nextSeq );\r
 334      if( group!=null )\r
 335      {\r
 336        sr.drawSequence(g, group.cs, nextSeq,\r
 337                       x1,\r
 338                       x2,\r
 339                       (int) ( (x1 - startx) * charWidth),\r
 340                       offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.getCharHeight()),\r
 341                       charWidth, charHeight,\r
 342                       false, group.getDisplayBoxes(), group.getDisplayText(), group.getColourText(),\r
 343                       null, i);\r
 344      }\r
 345      else\r
 346      {\r
 347        sr.drawSequence(g, cs, nextSeq,\r
 348                       x1,\r
 349                       x2,\r
 350                       (int) ( (x1 - startx) * charWidth),\r
 351                       offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.getCharHeight()),\r
 352                       charWidth,charHeight,\r
 353                       showScores, av.getShowBoxes(),  av.getShowText(), av.getColourText(),\r
 354                       null, i);\r
 355 \r
 356      }\r
 357 \r
 358 \r
 359     }\r
 360 \r
 361 \r
 362     if(displaySearch)\r
 363     {\r
 364       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 365       {\r
 366         int searchSeq = searchResults[r];\r
 367         int searchStart = searchResults[r+1];\r
 368         int searchEnd = searchResults[r+2];\r
 369 \r
 370         if (searchSeq >= y1 && searchSeq <= y2)\r
 371         {\r
 372           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 373           ssr.drawHighlightedText(g, av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq),\r
 374                                   searchStart,\r
 375                                   searchEnd,\r
 376                                   (int) ( (searchStart - startx) * charWidth),\r
 377                                   offset +\r
 378                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 379               charHeight),\r
 380                                   (int) charWidth,\r
 381                                   charHeight);\r
 382 \r
 383         }\r
 384       }\r
 385     }\r
 386 \r
 387 \r
 388   }\r
 389 \r
 390  // public int groupX, groupY, groupendX, groupendY;\r
 391 \r
 392   public void fillBackground(Graphics g,Color c, int x1,int y1,int width,int height) {\r
 393     g.setColor(c);\r
 394     g.fillRect(x1,y1,width,height);\r
 395   }\r
 396 \r
 397   public int getChunkWidth() {\r
 398     return chunkWidth;\r
 399   }\r
 400 \r
 401   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 402   {\r
 403     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 404     searchResults = results;\r
 405     displaySearch = true;\r
 406     paintFlag = true;\r
 407     repaint();\r
 408   }\r
 409 \r
 410 \r
 411 }\r