src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class SeqCanvas extends JComponent\r
  36 {\r
  37     FeatureRenderer fr;\r
  38     SequenceRenderer sr;\r
  39     BufferedImage img;\r
  40     Graphics2D gg;\r
  41     int imgWidth;\r
  42     int imgHeight;\r
  43     AlignViewport av;\r
  44     boolean displaySearch = false;\r
  45     int[] searchResults = null;\r
  46     boolean fastPaint = false;\r
  47     int LABEL_WEST;\r
  48     int LABEL_EAST;\r
  49 \r
  50     /**\r
  51      * Creates a new SeqCanvas object.\r
  52      *\r
  53      * @param av DOCUMENT ME!\r
  54      */\r
  55     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  56     {\r
  57         this.av = av;\r
  58         fr = new FeatureRenderer(av);\r
  59         sr = new SequenceRenderer(av);\r
  60         setLayout(new BorderLayout());\r
  61         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  62         setBackground(Color.white);\r
  63     }\r
  64 \r
  65     MCview.PDBCanvas pdbCanvas;\r
  66     public SequenceRenderer getSequenceRenderer()\r
  67     {\r
  68       return sr;\r
  69     }\r
  70 \r
  71     public FeatureRenderer getFeatureRenderer()\r
  72     {\r
  73       return fr;\r
  74     }\r
  75 \r
  76     public void setPDBCanvas(MCview.PDBCanvas pc)\r
  77     {\r
  78       pdbCanvas = pc;\r
  79     }\r
  80 \r
  81     public AlignViewport getViewport()\r
  82     {\r
  83       return av;\r
  84     }\r
  85 \r
  86 \r
  87     /**\r
  88      * DOCUMENT ME!\r
  89      *\r
  90      * @param g DOCUMENT ME!\r
  91      * @param startx DOCUMENT ME!\r
  92      * @param endx DOCUMENT ME!\r
  93      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  94      */\r
  95     void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  96     {\r
  97         int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;\r
  98 \r
  99         g.setColor(Color.black);\r
 100 \r
 101         // NORTH SCALE\r
 102         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
 103         {\r
 104             String string = String.valueOf(i);\r
 105             g.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
 106                 ypos - (av.charHeight / 2));\r
 107 \r
 108             g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),\r
 109                 (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),\r
 110                 ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2), ypos -\r
 111                 2);\r
 112         }\r
 113     }\r
 114 \r
 115     /**\r
 116      * DOCUMENT ME!\r
 117      *\r
 118      * @param g DOCUMENT ME!\r
 119      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 120      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 121      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 122      */\r
 123     void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 124     {\r
 125         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 126         ypos += av.charHeight;\r
 127 \r
 128         // EAST SCALE\r
 129         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 130         {\r
 131             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 132             int index = startx;\r
 133             int value = -1;\r
 134 \r
 135             while (index < endx)\r
 136             {\r
 137                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 138                 {\r
 139                     index++;\r
 140 \r
 141                     continue;\r
 142                 }\r
 143 \r
 144                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 145 \r
 146                 break;\r
 147             }\r
 148 \r
 149             if (value != -1)\r
 150             {\r
 151                 int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))-av.charWidth/2;\r
 152                 g.drawString(value + "", x,\r
 153                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 154             }\r
 155         }\r
 156     }\r
 157 \r
 158     /**\r
 159      * DOCUMENT ME!\r
 160      *\r
 161      * @param g DOCUMENT ME!\r
 162      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 163      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 164      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 165      */\r
 166     void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 167     {\r
 168         ypos += av.charHeight;\r
 169 \r
 170         // EAST SCALE\r
 171         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 172         {\r
 173             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 174             int index = endx;\r
 175             int value = -1;\r
 176 \r
 177             while (index > startx)\r
 178             {\r
 179                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 180                 {\r
 181                     index--;\r
 182 \r
 183                     continue;\r
 184                 }\r
 185 \r
 186                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 187 \r
 188                 break;\r
 189             }\r
 190 \r
 191             if (value != -1)\r
 192             {\r
 193                 g.drawString(String.valueOf(value), 0,\r
 194                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 195             }\r
 196         }\r
 197     }\r
 198 \r
 199     /**\r
 200      * DOCUMENT ME!\r
 201      *\r
 202      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 203      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 204      */\r
 205     public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 206     {\r
 207         if (fastPaint  || gg == null)\r
 208         {\r
 209             return;\r
 210         }\r
 211 \r
 212         fastPaint = true;\r
 213 \r
 214         gg.copyArea(horizontal * av.charWidth,\r
 215                     vertical * av.charHeight,\r
 216                     imgWidth,\r
 217                     imgHeight,\r
 218                     -horizontal * av.charWidth,\r
 219                     -vertical * av.charHeight);\r
 220 \r
 221         int sr = av.startRes;\r
 222         int er = av.endRes;\r
 223         int ss = av.startSeq;\r
 224         int es = av.endSeq;\r
 225         int transX = 0;\r
 226         int transY = 0;\r
 227 \r
 228         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 229         {\r
 230             er ++;\r
 231             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 232             sr = er - horizontal;\r
 233         }\r
 234         else if (horizontal < 0)\r
 235         {\r
 236             er = sr - horizontal-1;\r
 237         }\r
 238         else if (vertical > 0) // scroll down\r
 239         {\r
 240             ss = es - vertical;\r
 241 \r
 242             if (ss < av.startSeq)\r
 243             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 244                 ss = av.startSeq;\r
 245             }\r
 246             else\r
 247             {\r
 248                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 249             }\r
 250         }\r
 251         else if (vertical < 0)\r
 252         {\r
 253             es = ss - vertical;\r
 254 \r
 255             if (es > av.endSeq)\r
 256             {\r
 257                 es = av.endSeq;\r
 258             }\r
 259         }\r
 260 \r
 261         gg.translate(transX, transY);\r
 262         drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
 263         gg.translate(-transX, -transY);\r
 264 \r
 265         repaint();\r
 266     }\r
 267 \r
 268     /**\r
 269      * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 270      * SMJS This is what I'm working towards!\r
 271      *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 272      *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 273      *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 274      *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 275      * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 276      * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 277      */\r
 278 \r
 279     // Set this to false to force a full panel paint\r
 280     public void paintComponent(Graphics g)\r
 281     {\r
 282         super.paintComponent(g);\r
 283 \r
 284         sr.renderGaps(av.renderGaps);\r
 285 \r
 286         if ( img != null && (fastPaint\r
 287              || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)\r
 288              || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height)))\r
 289         {\r
 290             g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 291             fastPaint = false;\r
 292             return;\r
 293         }\r
 294 \r
 295 \r
 296         // this draws the whole of the alignment\r
 297         imgWidth = getWidth();\r
 298         imgHeight = getHeight();\r
 299 \r
 300         imgWidth -= (imgWidth % av.charWidth);\r
 301         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 302 \r
 303         if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))\r
 304         {\r
 305             return;\r
 306         }\r
 307 \r
 308         img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 309         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();\r
 310         gg.setFont(av.getFont());\r
 311 \r
 312         if (av.antiAlias)\r
 313           gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 314                               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 315 \r
 316         gg.setColor(Color.white);\r
 317         gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);\r
 318 \r
 319 \r
 320         if (av.getWrapAlignment())\r
 321         {\r
 322             drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 323         }\r
 324         else\r
 325         {\r
 326             drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq,\r
 327                 av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 328         }\r
 329 \r
 330         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 331 \r
 332         if (pdbCanvas != null)\r
 333         {\r
 334          pdbCanvas.updateSeqColours();\r
 335         }\r
 336 \r
 337     }\r
 338 \r
 339     /**\r
 340      * DOCUMENT ME!\r
 341      *\r
 342      * @param cwidth DOCUMENT ME!\r
 343      *\r
 344      * @return DOCUMENT ME!\r
 345      */\r
 346     public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 347     {\r
 348         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 349 \r
 350         LABEL_EAST = 0;\r
 351         LABEL_WEST = 0;\r
 352 \r
 353         if (av.scaleRightWrapped)\r
 354         {\r
 355             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 356         }\r
 357 \r
 358         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 359         {\r
 360             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 361         }\r
 362 \r
 363         return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 364     }\r
 365 \r
 366 \r
 367     /**\r
 368      * Generates a string of zeroes.\r
 369      * @return String\r
 370      */\r
 371     String getMask()\r
 372     {\r
 373       String mask = "00";\r
 374       for (int i = av.alignment.getWidth(); i > 0; i /= 10)\r
 375       {\r
 376         mask += "0";\r
 377       }\r
 378       return mask;\r
 379     }\r
 380 \r
 381     /**\r
 382      * DOCUMENT ME!\r
 383      *\r
 384      * @param g DOCUMENT ME!\r
 385      * @param canvasWidth DOCUMENT ME!\r
 386      * @param canvasHeight DOCUMENT ME!\r
 387      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 388      */\r
 389     public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight,\r
 390         int startRes)\r
 391     {\r
 392 \r
 393         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 394 \r
 395         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 396 \r
 397         int LABEL_EAST = 0;\r
 398 \r
 399         if (av.scaleRightWrapped)\r
 400         {\r
 401             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 402         }\r
 403 \r
 404         int LABEL_WEST = 0;\r
 405 \r
 406         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 407         {\r
 408             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 409         }\r
 410 \r
 411         int hgap = av.charHeight;\r
 412         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 413           hgap += av.charHeight;\r
 414 \r
 415         int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 416         int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight;\r
 417 \r
 418         av.setWrappedWidth(cWidth);\r
 419 \r
 420         av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 421 \r
 422 \r
 423         int endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 424         int ypos = hgap;\r
 425 \r
 426 \r
 427         while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < av.alignment.getWidth()))\r
 428         {\r
 429             g.setFont(av.getFont());\r
 430             g.setColor(Color.black);\r
 431 \r
 432             if (av.scaleLeftWrapped)\r
 433             {\r
 434                 drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 435             }\r
 436 \r
 437             if (av.scaleRightWrapped)\r
 438             {\r
 439                 g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);\r
 440                 drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 441                 g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);\r
 442             }\r
 443 \r
 444             g.translate(LABEL_WEST, 0);\r
 445 \r
 446             if (av.scaleAboveWrapped)\r
 447             {\r
 448                 drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 449             }\r
 450 \r
 451             // When printing we have an extra clipped region,\r
 452             // the Printable page which we need to account for here\r
 453             Shape clip = g.getClip();\r
 454 \r
 455             if (clip == null)\r
 456             {\r
 457                 g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);\r
 458             }\r
 459             else\r
 460             {\r
 461                 g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(),\r
 462                     cWidth * av.charWidth, (int) clip.getBounds().getHeight());\r
 463             }\r
 464 \r
 465             if (av.vconsensus!=null && av.alignment.getWidth() >= av.vconsensus.size())\r
 466             {\r
 467               endx = av.vconsensus.size() - 2;\r
 468             }\r
 469 \r
 470 \r
 471             drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 472 \r
 473             if(av.showAnnotation)\r
 474             {\r
 475               g.translate(0, cHeight + ypos + 3);\r
 476               if(annotations==null)\r
 477                 annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 478 \r
 479               annotations.drawComponent( (Graphics2D) g, startRes, endx + 1);\r
 480               g.translate(0, -cHeight - ypos);\r
 481             }\r
 482             g.setClip(clip);\r
 483             g.translate(-LABEL_WEST, 0);\r
 484 \r
 485             ypos += cHeight+getAnnotationHeight()+hgap;\r
 486             if(av.showAnnotation)\r
 487               ypos -= 3;\r
 488 \r
 489             startRes += cWidth;\r
 490             endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 491 \r
 492             if (endx > al.getWidth())\r
 493             {\r
 494                 endx = al.getWidth();\r
 495             }\r
 496         }\r
 497     }\r
 498 \r
 499     AnnotationPanel annotations;\r
 500     int getAnnotationHeight()\r
 501     {\r
 502       if(!av.showAnnotation)\r
 503         return 0;\r
 504 \r
 505       if(annotations==null)\r
 506         annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 507 \r
 508       return annotations.adjustPanelHeight();\r
 509     }\r
 510 \r
 511     /**\r
 512      * DOCUMENT ME!\r
 513      *\r
 514      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 515      * @param x1 DOCUMENT ME!\r
 516      * @param x2 DOCUMENT ME!\r
 517      * @param y1 DOCUMENT ME!\r
 518      * @param y2 DOCUMENT ME!\r
 519      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 520      * @param starty DOCUMENT ME!\r
 521      * @param offset DOCUMENT ME!\r
 522      */\r
 523 \r
 524     float aaRatio = 2f/3f;\r
 525     public void increaseAARatio()\r
 526     {\r
 527       aaRatio += .025;\r
 528       if(aaRatio>1)\r
 529         aaRatio = 1;\r
 530 \r
 531       repaint();\r
 532     }\r
 533 \r
 534     public void decreaseAARation()\r
 535     {\r
 536       aaRatio -= .025;\r
 537       if(aaRatio<0)\r
 538         aaRatio = 0;\r
 539 \r
 540       repaint();\r
 541     }\r
 542 \r
 543 \r
 544     void drawPanel(Graphics g1, int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty, int offset)\r
 545     {\r
 546       Graphics2D g = (Graphics2D) g1;\r
 547       g.setFont(av.getFont());\r
 548 \r
 549       SequenceI nextSeq;\r
 550      // int aaHeight = av.charHeight;\r
 551      // Font  aafont = av.getFont();\r
 552 \r
 553  /*   dnafont = null, , dna = null, dnaHeight = av.charHeight\r
 554    if (av.getShowTranslation())\r
 555       {\r
 556         aaHeight = (int) (av.getCharHeight() * aaRatio);\r
 557         dnaHeight = (int) (av.getCharHeight() * (1 - aaRatio));\r
 558         java.awt.geom.AffineTransform transform = new java.awt.geom.AffineTransform();\r
 559         transform.scale(1f / 3f, 1);\r
 560         dnafont = new Font(av.getFont().getName(), av.getFont().getStyle(),\r
 561                                 dnaHeight);\r
 562         dnafont = dnafont.deriveFont(transform);\r
 563 \r
 564         aafont = new Font(av.getFont().getName(), av.getFont().getStyle(),\r
 565                                aaHeight);\r
 566         transform = new java.awt.geom.AffineTransform();\r
 567         transform.scale(1 / aaRatio, 1);\r
 568         aafont = aafont.deriveFont(transform);\r
 569       }\r
 570 */\r
 571 \r
 572 \r
 573         /// First draw the sequences\r
 574         /////////////////////////////\r
 575         for (int i = y1; i < y2; i++)\r
 576         {\r
 577             nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 578 \r
 579          /*   if(av.getShowTranslation())\r
 580             {\r
 581               dna = nextSeq;\r
 582               StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 583               for(int r = 0; r<nextSeq.getLength(); r+=3)\r
 584               {\r
 585                 String codon = nextSeq.getSequence(r, r+3);\r
 586                 codon = codon.replace('U', 'T');\r
 587                 String res = ResidueProperties.codonTranslate(codon);\r
 588                 if(res !=null )\r
 589                 {\r
 590                   if (res.equals("STOP"))\r
 591                     sb.append("X");\r
 592                   else\r
 593                     sb.append(res);\r
 594                 }\r
 595               }\r
 596               nextSeq = new Sequence("d", sb.toString());\r
 597             }*/\r
 598 \r
 599             sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups(nextSeq),\r
 600                             x1, x2, (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 601                             offset + ( (i - starty) * av.charHeight), av.charWidth,\r
 602                             av.charHeight);\r
 603 \r
 604          /*   if(av.getShowTranslation())\r
 605             {\r
 606               av.setGlobalColourScheme(new NucleotideColourScheme());\r
 607               g.setFont(dnafont);\r
 608               sr.drawSequence(g, dna, null,\r
 609                               x1*3, (x2+2) * 3, ( (x1 - startx) * av.charWidth) / 3,\r
 610                               offset + ( (i - starty) * av.charHeight) + aaHeight,\r
 611                               av.charWidth / 3,\r
 612                               dnaHeight);\r
 613               av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 614             }*/\r
 615 \r
 616             if (av.showSequenceFeatures)\r
 617             {\r
 618                 fr.drawSequence(g, nextSeq, x1, x2,\r
 619                     (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 620                     offset + ((i - starty) * av.charHeight), av.charWidth,\r
 621                     av.charHeight);\r
 622             }\r
 623         }\r
 624 \r
 625         //\r
 626         /////////////////////////////////////\r
 627         // Now outline any areas if necessary\r
 628         /////////////////////////////////////\r
 629         SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 630 \r
 631         int sx = -1;\r
 632         int sy = -1;\r
 633         int ex = -1;\r
 634         int groupIndex = -1;\r
 635 \r
 636         if ((group == null) && (av.alignment.getGroups().size() > 0))\r
 637         {\r
 638             group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(0);\r
 639             groupIndex = 0;\r
 640         }\r
 641 \r
 642         if (group != null)\r
 643         {\r
 644             do\r
 645             {\r
 646                 int oldY = -1;\r
 647                 int i = 0;\r
 648                 boolean inGroup = false;\r
 649                 int top = -1;\r
 650                 int bottom = -1;\r
 651 \r
 652                 for (i = y1; i < y2; i++)\r
 653                 {\r
 654                     sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 655                     sy = offset + ((i - starty) * av.charHeight);\r
 656                     ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) -\r
 657                         1;\r
 658 \r
 659                     if(sx+ex<0 || sx>imgWidth)\r
 660                     {\r
 661                       continue;\r
 662                     }\r
 663 \r
 664                     if ( (sx <= (x2-x1)*av.charWidth) &&\r
 665                             group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(\r
 666                                     i)))\r
 667                     {\r
 668                         if ((bottom == -1) &&\r
 669                                 !group.sequences.contains(\r
 670                                     av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 671                         {\r
 672                             bottom = sy + av.charHeight;\r
 673                         }\r
 674 \r
 675                         if (!inGroup)\r
 676                         {\r
 677                             if (((top == -1) && (i == 0)) ||\r
 678                                     !group.sequences.contains(\r
 679                                         av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 680                             {\r
 681                                 top = sy;\r
 682                             }\r
 683 \r
 684                             oldY = sy;\r
 685                             inGroup = true;\r
 686 \r
 687                             if (group == av.getSelectionGroup())\r
 688                             {\r
 689                                 g.setStroke(new BasicStroke(1,\r
 690                                         BasicStroke.CAP_BUTT,\r
 691                                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
 692                                         new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
 693                                 g.setColor(Color.RED);\r
 694                             }\r
 695                             else\r
 696                             {\r
 697                                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 698                                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 699                             }\r
 700                         }\r
 701                     }\r
 702                     else\r
 703                     {\r
 704                       if (inGroup)\r
 705                       {\r
 706                         if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 707                           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 708 \r
 709                         if (sx + ex < imgWidth)\r
 710                           g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 711 \r
 712                         if (sx < 0)\r
 713                         {\r
 714                           ex += sx;\r
 715                           sx = 0;\r
 716                         }\r
 717 \r
 718                         if (sx + ex > imgWidth)\r
 719                           ex = imgWidth;\r
 720 \r
 721                         else if (sx + ex >= (x2 - x1 + 1) * av.charWidth)\r
 722                           ex = (x2 - x1 + 1) * av.charWidth;\r
 723 \r
 724                         if (top != -1)\r
 725                         {\r
 726                           g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 727                           top = -1;\r
 728                         }\r
 729 \r
 730                         if (bottom != -1)\r
 731                         {\r
 732                           g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 733                           bottom = -1;\r
 734                         }\r
 735 \r
 736                         inGroup = false;\r
 737                         }\r
 738                     }\r
 739                 }\r
 740 \r
 741                 if (inGroup)\r
 742                 {\r
 743                   sy = offset + ( (i - starty) * av.charHeight);\r
 744                   if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 745                     g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 746 \r
 747                   if (sx + ex < imgWidth)\r
 748                     g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 749 \r
 750                   if (sx < 0)\r
 751                   {\r
 752                     ex += sx;\r
 753                     sx = 0;\r
 754                   }\r
 755 \r
 756                   if (sx + ex > imgWidth)\r
 757                     ex = imgWidth;\r
 758                   else if (sx + ex >= (x2 - x1 + 1) * av.charWidth)\r
 759                     ex = (x2 - x1 + 1) * av.charWidth;\r
 760 \r
 761                   if (top != -1)\r
 762                   {\r
 763                     g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 764                     top = -1;\r
 765                   }\r
 766 \r
 767                   if (bottom != -1)\r
 768                   {\r
 769                     g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);\r
 770                     bottom = -1;\r
 771                   }\r
 772 \r
 773                     inGroup = false;\r
 774                 }\r
 775 \r
 776                 groupIndex++;\r
 777 \r
 778                 if (groupIndex >= av.alignment.getGroups().size())\r
 779                 {\r
 780                     break;\r
 781                 }\r
 782 \r
 783                 group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(groupIndex);\r
 784             }\r
 785             while (groupIndex < av.alignment.getGroups().size());\r
 786         }\r
 787 \r
 788         /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 789         //////////////////////////////////////////////////////////\r
 790         if (displaySearch)\r
 791         {\r
 792             for (int r = 0; r < searchResults.length; r += 3)\r
 793             {\r
 794                 int searchSeq = searchResults[r];\r
 795 \r
 796                 if ((searchSeq >= y1) && (searchSeq < y2))\r
 797                 {\r
 798                     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq);\r
 799 \r
 800                     int searchStart = seq.findIndex(searchResults[r + 1]) - 1;\r
 801                     int searchEnd = seq.findIndex(searchResults[r + 2]) - 1;\r
 802 \r
 803                     SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 804 \r
 805                     if (searchStart < x1)\r
 806                     {\r
 807                         searchStart = x1;\r
 808                     }\r
 809 \r
 810                     if (searchEnd > x2)\r
 811                     {\r
 812                         searchEnd = x2;\r
 813                     }\r
 814 \r
 815                     ssr.drawHighlightedText(seq, searchStart, searchEnd,\r
 816                         (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 817                         offset + ((searchSeq - starty) * av.charHeight),\r
 818                         av.charWidth, av.charHeight);\r
 819                 }\r
 820             }\r
 821         }\r
 822     }\r
 823 \r
 824     /**\r
 825      * DOCUMENT ME!\r
 826      *\r
 827      * @param results DOCUMENT ME!\r
 828      */\r
 829     public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 830     {\r
 831         // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 832         if (results == null)\r
 833         {\r
 834             displaySearch = false;\r
 835         }\r
 836         else\r
 837         {\r
 838             displaySearch = true;\r
 839         }\r
 840 \r
 841         searchResults = results;\r
 842 \r
 843         repaint();\r
 844     }\r
 845 }\r