src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import javax.swing.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import jalview.analysis.*;\r
   7 \r
   8 \r
   9 public class SeqCanvas extends JPanel\r
  10 {\r
  11      FeatureRenderer fr;\r
  12     Image             img;\r
  13     Graphics2D          gg;\r
  14     int               imgWidth;\r
  15     int               imgHeight;\r
  16 \r
  17     AlignViewport     av;\r
  18 \r
  19     boolean showScores = false;\r
  20     boolean displaySearch = false;\r
  21     int [] searchResults = null;\r
  22 \r
  23     int chunkHeight;\r
  24     int chunkWidth;\r
  25 \r
  26     boolean fastPaint = false;\r
  27 \r
  28 \r
  29     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  30     {\r
  31         this.av         = av;\r
  32        fr = new FeatureRenderer(av);\r
  33        setLayout(new BorderLayout());\r
  34        PaintRefresher.Register(this);\r
  35 \r
  36     }\r
  37 \r
  38   void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx,int ypos) {\r
  39     int scalestartx = startx - startx % 10 + 10;\r
  40 \r
  41     g.setColor(Color.black);\r
  42 \r
  43     // NORTH SCALE\r
  44     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
  45     {\r
  46       String string = String.valueOf(i);\r
  47       g.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
  48                    ypos - av.charHeight / 2);\r
  49 \r
  50       g.drawLine( (i - startx - 1) * av.charWidth + av.charWidth / 2,\r
  51                  ypos + 2 - av.charHeight / 2,\r
  52                  (i - startx - 1) * av.charWidth + av.charWidth / 2, ypos - 2);\r
  53 \r
  54     }\r
  55   }\r
  56 \r
  57   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  58   {\r
  59     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
  60     ypos+= av.charHeight;\r
  61       // EAST SCALE\r
  62     for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  63     {\r
  64       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
  65       int index = startx;\r
  66       int value = -1;\r
  67       while (index < endx)\r
  68       {\r
  69         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
  70         {\r
  71           index++;\r
  72           continue;\r
  73         }\r
  74 \r
  75         value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
  76         break;\r
  77       }\r
  78       if(value!=-1)\r
  79       {\r
  80         int x = fm.stringWidth("000") - fm.stringWidth(value+"");\r
  81         g.drawString(value + "", x,  ypos +  i*av.charHeight - av.charHeight/5);\r
  82       }\r
  83     }\r
  84   }\r
  85 \r
  86   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  87 {\r
  88     ypos+= av.charHeight;\r
  89     // EAST SCALE\r
  90   for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  91   {\r
  92     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
  93     int index = endx;\r
  94     int value = -1;\r
  95     while (index > startx)\r
  96     {\r
  97       if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
  98       {\r
  99         index--;\r
 100         continue;\r
 101       }\r
 102 \r
 103       value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 104       break;\r
 105     }\r
 106     if(value!=-1)\r
 107        g.drawString(value + "", 0,  ypos +  i*av.charHeight - av.charHeight/5);\r
 108   }\r
 109 \r
 110 }\r
 111 \r
 112 \r
 113 \r
 114 \r
 115 \r
 116 public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 117 {\r
 118     if (horizontal == 0 && vertical == 0 || gg==null)\r
 119       return;\r
 120 \r
 121     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, imgHeight, -horizontal * av.charWidth,\r
 122                 -vertical * av.charHeight);\r
 123 \r
 124     int sr = av.startRes, er = av.endRes + 1, ss = av.startSeq, es = av.endSeq,\r
 125         transX = 0, transY = 0;\r
 126     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 127     {\r
 128       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 129       sr = er - horizontal;\r
 130     }\r
 131     else if (horizontal < 0)\r
 132       er = sr - horizontal;\r
 133 \r
 134     else if (vertical > 0) // scroll down\r
 135     {\r
 136       transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
 137       ss = es - vertical;\r
 138     }\r
 139     else if (vertical < 0)\r
 140       es = ss - vertical;\r
 141 \r
 142     gg.translate(transX, transY);\r
 143 \r
 144     gg.setColor(Color.white);\r
 145     gg.fillRect(0,0, (er-sr)*av.charWidth, (es-ss)*av.charHeight);\r
 146     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
 147     gg.translate( -transX, -transY);\r
 148 \r
 149     fastPaint = true;\r
 150     repaint();\r
 151 \r
 152 }\r
 153 \r
 154 /**\r
 155  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 156  * SMJS This is what I'm working towards!\r
 157  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 158  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 159  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 160  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 161  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 162  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 163  */\r
 164 \r
 165   public void paintComponent(Graphics g)\r
 166   {\r
 167     g.setColor(Color.white);\r
 168     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 169 \r
 170     if (fastPaint)\r
 171     {\r
 172       g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 173       fastPaint = false;\r
 174       return;\r
 175     }\r
 176 \r
 177     // this draws the whole of the alignment\r
 178       imgWidth  = getWidth();\r
 179       imgHeight = getHeight();\r
 180       if(imgWidth==0 || imgHeight==0)\r
 181         return;\r
 182 \r
 183       imgWidth -= imgWidth%av.charWidth;\r
 184       imgHeight-= imgHeight%av.charHeight;\r
 185 \r
 186       img = createImage(imgWidth,imgHeight);\r
 187       gg  = (Graphics2D)img.getGraphics();\r
 188       gg.setFont(av.getFont());\r
 189       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 190 \r
 191       gg.setColor(Color.white);\r
 192       gg.fillRect(0,0,imgWidth,imgHeight);\r
 193 \r
 194     chunkWidth  =   getWrappedCanvasWidth( getWidth() );\r
 195     chunkHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 196 \r
 197     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
 198     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
 199 \r
 200 \r
 201     if (av.getWrapAlignment())\r
 202       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 203     else\r
 204       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 205 \r
 206     g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 207 \r
 208   }\r
 209 \r
 210   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 211   {\r
 212     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 213 \r
 214     int LABEL_EAST = 0;\r
 215     if(av.scaleRightWrapped)\r
 216       LABEL_EAST = fm.stringWidth( av.alignment.getWidth()+"000" );\r
 217     int LABEL_WEST = 0;\r
 218     if(av.scaleLeftWrapped)\r
 219       LABEL_WEST = fm.stringWidth( av.alignment.getWidth()+"0" );\r
 220 \r
 221     return  (cwidth - LABEL_EAST -LABEL_WEST)/av.charWidth;\r
 222   }\r
 223 \r
 224   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight, int startRes)\r
 225   {\r
 226       AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 227 \r
 228       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 229 \r
 230       int LABEL_EAST = 0;\r
 231       if(av.scaleRightWrapped)\r
 232         LABEL_EAST = fm.stringWidth( al.getWidth()+"000" );\r
 233       int LABEL_WEST = 0;\r
 234       if(av.scaleLeftWrapped)\r
 235         LABEL_WEST = fm.stringWidth( al.getWidth()+"0" );\r
 236 \r
 237       int cWidth  =   (canvasWidth - LABEL_EAST -LABEL_WEST)/av.charWidth;\r
 238       int cHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 239 \r
 240       int  endx   = startRes+cWidth-1;\r
 241       int  ypos  = 2*av.charHeight;\r
 242 \r
 243 \r
 244       while (ypos <= canvasHeight && endx <al.getWidth())\r
 245       {\r
 246         g.setColor(Color.black);\r
 247 \r
 248         if(av.scaleLeftWrapped)\r
 249           drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 250 \r
 251         if(av.scaleRightWrapped)\r
 252         {\r
 253           g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST +av.charWidth, 0);\r
 254           drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 255           g.translate( - (canvasWidth - LABEL_EAST+av.charWidth), 0);\r
 256         }\r
 257 \r
 258 \r
 259         g.translate(LABEL_WEST,0);\r
 260         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 261           drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 262 \r
 263         drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 264         g.translate(-LABEL_WEST,0);\r
 265 \r
 266         ypos += cHeight;\r
 267         startRes += cWidth;\r
 268         endx = startRes + cWidth - 1;\r
 269 \r
 270         if (endx > al.getWidth())\r
 271           endx = al.getWidth();\r
 272       }\r
 273 \r
 274   }\r
 275 \r
 276 \r
 277   public void drawPanel(Graphics g1,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 278 \r
 279     Graphics2D g = (Graphics2D)g1;\r
 280     g.setFont(av.getFont());\r
 281     RendererI sr = av.getRenderer();\r
 282 \r
 283     /*Vector    pid    = av.getConsensus(false);\r
 284     Vector tmpseq = new Vector();\r
 285     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
 286         if (!av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 287             tmpseq.addElement(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 288 \r
 289     if (sr instanceof SequenceRenderer)\r
 290         pid    = AAFrequency.calculate(tmpseq,x1,x2);\r
 291 \r
 292     else if (sr instanceof GraphRenderer)\r
 293         pid = AAFrequency.calculatePID(av.getAlignment().getSequenceAt(0),\r
 294                                        av.getAlignment().getSequences(),\r
 295                                        av.getPIDWindow(),x1,x2);\r
 296 \r
 297 */\r
 298 \r
 299    /* if (y2 > starty && y1 < av.getEndSeq())\r
 300     {\r
 301        fillBackground(g,\r
 302                    Color.red,\r
 303                    (x1-startx)*charWidth,\r
 304                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,y1,av.getCharHeight()),\r
 305                    (x2-x1+1)*charWidth,\r
 306                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(y1,y2,av.getCharHeight()));\r
 307     }*/\r
 308 \r
 309     SequenceI nextSeq;\r
 310 \r
 311     /// First draw the sequences\r
 312     /////////////////////////////\r
 313     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 314     {\r
 315      nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 316 \r
 317      sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ),x1,x2,\r
 318                  (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 319                  offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 320                  av.charWidth,av.charHeight,null, i);\r
 321 \r
 322      if(av.showSequenceFeatures)\r
 323      {\r
 324        fr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ), x1, x2,\r
 325                        (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 326                        offset +\r
 327                        AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 328                        av.charWidth, av.charHeight, null, i);\r
 329      }\r
 330     }\r
 331     //\r
 332     /////////////////////////////////////\r
 333 \r
 334     // Now outline any areas if necessary\r
 335     /////////////////////////////////////\r
 336     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 337     java.util.Vector groups = av.alignment.getGroups();\r
 338 \r
 339     int sx = -1, sy = -1, ex = -1;\r
 340     int groupIndex = -1;\r
 341     if (group == null && groups.size() > 0)\r
 342     {\r
 343       group = (SequenceGroup) groups.elementAt(0);\r
 344       groupIndex = 0;\r
 345     }\r
 346 \r
 347     if (group != null)\r
 348       do\r
 349       {\r
 350         int oldY = -1;\r
 351         int i = 0;\r
 352         boolean inGroup = false;\r
 353         int top=-1, bottom =-1;\r
 354         for (i = y1; i < y2; i++)\r
 355         {\r
 356           sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 357           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 358           ex = (group.getEndRes() + 1 - group.getStartRes()) * av.charWidth;\r
 359 \r
 360           if (av.getWrapAlignment())\r
 361           {\r
 362             if (sx < 0)\r
 363               sx = 0;\r
 364 \r
 365             if (ex > getWidth())\r
 366             {\r
 367               if (av.getWrapAlignment())\r
 368                 ex = getWrappedCanvasWidth(getWidth()) * av.charWidth;\r
 369 \r
 370             }\r
 371           }\r
 372           else if(ex>getWidth())\r
 373             ex -= av.charWidth;\r
 374 \r
 375 \r
 376           if (sx < getWidth()\r
 377               && ex > 0\r
 378               && group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 379           {\r
 380             if (bottom == -1 &&\r
 381                 !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 382               bottom = sy + av.charHeight ;\r
 383 \r
 384             if (!inGroup)\r
 385             {\r
 386               if (top == -1 && i==0 ||\r
 387                   !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 388                 top = sy;\r
 389 \r
 390 \r
 391               oldY = sy;\r
 392               inGroup = true;\r
 393               if (group == av.getSelectionGroup())\r
 394               {\r
 395                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT, BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]{5f,3f}, 0f ));\r
 396                 g.setColor(Color.RED);\r
 397               }\r
 398               else\r
 399               {\r
 400                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 401                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 402               }\r
 403             }\r
 404           }\r
 405           else\r
 406           {\r
 407             if (inGroup)\r
 408             {\r
 409               g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 410               g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 411 \r
 412               if (top != -1)\r
 413               {\r
 414                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 415                 top =-1;\r
 416               }\r
 417               if (bottom != -1)\r
 418               {\r
 419                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 420                 bottom = -1;\r
 421               }\r
 422 \r
 423 \r
 424               inGroup = false;\r
 425             }\r
 426           }\r
 427         }\r
 428 \r
 429         if (inGroup)\r
 430         {\r
 431 \r
 432           if(top!=-1)\r
 433           {\r
 434             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 435             top =-1;\r
 436           }\r
 437           if(bottom!=-1)\r
 438            {\r
 439              g.drawLine(sx, bottom-1, sx + ex, bottom-1);\r
 440              bottom = -1;\r
 441 \r
 442            }\r
 443           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 444           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 445           g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 446           inGroup = false;\r
 447         }\r
 448         groupIndex++;\r
 449         if (groupIndex >= groups.size())\r
 450           break;\r
 451 \r
 452         group = (SequenceGroup) groups.elementAt(groupIndex);\r
 453 \r
 454       }\r
 455       while (groupIndex < groups.size());\r
 456 \r
 457 \r
 458     /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 459     //////////////////////////////////////////////////////////\r
 460     if(displaySearch)\r
 461     {\r
 462       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 463       {\r
 464         int searchSeq = searchResults[r];\r
 465         int searchStart = searchResults[r+1];\r
 466         int searchEnd = searchResults[r+2];\r
 467 \r
 468         if (searchSeq >= y1 && searchSeq < y2)\r
 469         {\r
 470           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 471           if(searchStart<x1)\r
 472             searchStart = x1;\r
 473           if(searchEnd > x2)\r
 474             searchEnd = x2;\r
 475           ssr.drawHighlightedText(av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq),\r
 476                                   searchStart,\r
 477                                   searchEnd,\r
 478                                   (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 479                                   offset +\r
 480                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 481               av.charHeight),\r
 482                                   av.charWidth,\r
 483                                   av.charHeight);\r
 484         }\r
 485       }\r
 486     }\r
 487 \r
 488   }\r
 489 \r
 490 \r
 491 \r
 492   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 493   {\r
 494     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 495     if(results==null)\r
 496       displaySearch = false;\r
 497     else\r
 498       displaySearch = true;\r
 499 \r
 500     searchResults = results;\r
 501 \r
 502     repaint();\r
 503   }\r
 504 \r
 505 \r
 506 }\r