src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import javax.swing.*;\r
   5 import java.awt.event.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import jalview.analysis.*;\r
   9 \r
  10 \r
  11 public class SeqCanvas extends JPanel\r
  12 {\r
  13     ColourSchemeI globalColorScheme = null;\r
  14     Image             img;\r
  15     Graphics          gg;\r
  16     int               imgWidth;\r
  17     int               imgHeight;\r
  18 \r
  19     AlignViewport     av;\r
  20     int pady = 2;\r
  21     int oldstartx;\r
  22     int oldstarty;\r
  23     int oldendx;\r
  24     int oldendy;\r
  25     public boolean paintFlag = false;\r
  26 \r
  27     boolean showScores = false;\r
  28     boolean displaySearch = false;\r
  29     int [] searchResults = null;\r
  30 \r
  31     int chunkHeight;\r
  32     int chunkWidth;\r
  33 \r
  34 \r
  35     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  36     {\r
  37         this.av         = av;\r
  38        setLayout(new BorderLayout());\r
  39 \r
  40     }\r
  41 \r
  42   public void drawScale(int startx, int endx,int charWidth, int charHeight,int ypos) {\r
  43       int scalestartx = startx - startx%10 + 10;\r
  44 \r
  45       gg.setColor(Color.black);\r
  46 \r
  47       for (int i=scalestartx;i < endx;i+= 10) {\r
  48           String string = String.valueOf(i);\r
  49           gg.drawString(string,(int)((i-startx-1)*charWidth),ypos+15 - charHeight*(2));\r
  50       }\r
  51   }\r
  52 \r
  53 \r
  54 /**\r
  55  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
  56  * SMJS This is what I'm working towards!\r
  57  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
  58  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
  59  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
  60  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
  61  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
  62  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
  63  */\r
  64 \r
  65   public void paintComponent(Graphics g) {\r
  66 \r
  67     AlignmentI da = av.getAlignment();\r
  68 \r
  69     if (img == null ||\r
  70         imgWidth  !=  getWidth()  ||\r
  71         imgHeight !=  getHeight()\r
  72         || paintFlag)\r
  73     {\r
  74 \r
  75       imgWidth  = (getWidth() > 0 ? getWidth() : 1);\r
  76       imgHeight = (getHeight() > 0 ? getHeight() : 1);\r
  77 \r
  78       img = createImage(imgWidth,imgHeight);\r
  79       gg  = img.getGraphics();\r
  80 \r
  81       gg.setFont(av.getFont());\r
  82 \r
  83       oldstartx = -1;\r
  84       oldendx   = -1;\r
  85       oldstarty = -1;\r
  86       oldendy   = -1;\r
  87       paintFlag = false;\r
  88     }\r
  89 \r
  90     int startx = av.getStartRes();\r
  91     int starty = av.getStartSeq();\r
  92 \r
  93     int endx   = av.getEndRes();\r
  94     int endy   = av.getEndSeq();\r
  95 \r
  96     int charWidth  = av.getCharWidth();\r
  97     int charHeight = av.getCharHeight();\r
  98 \r
  99     chunkWidth  =   getWidth()/charWidth;\r
 100     chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*charHeight;\r
 101 \r
 102     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
 103     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
 104 \r
 105     int offy = av.getStartSeq();\r
 106 \r
 107     if (oldendx == -1) {\r
 108       fillBackground(gg,Color.WHITE,0,0,imgWidth,imgHeight);\r
 109 \r
 110      if (av.getWrapAlignment()) {\r
 111           startx = (int)(offy/chunkWidth)*chunkWidth;\r
 112           endx   = startx + chunkWidth;\r
 113           starty = offy%chunkHeight;\r
 114           endy   = starty + da.getHeight();\r
 115 \r
 116           int ypos     = 0;\r
 117           int rowstart = starty;\r
 118 \r
 119           if (starty == 0) {\r
 120               ypos = 2*charHeight;\r
 121           } else if (starty == 1) {\r
 122               starty = 0;\r
 123               ypos = charHeight;\r
 124           }\r
 125 \r
 126           if (endy > da.getHeight()) {\r
 127               endy = da.getHeight();\r
 128           }\r
 129 \r
 130           if (endx > da.getWidth()) {\r
 131               endx = da.getWidth();\r
 132           }\r
 133 \r
 134           if (rowstart < 2) {\r
 135               drawScale(startx,endx,charWidth,charHeight,ypos);\r
 136           }\r
 137 \r
 138           drawPanel(gg,startx,endx,starty,endy,startx,starty,ypos);\r
 139 \r
 140           if (rowstart == 0) {\r
 141               ypos = ypos + chunkHeight;\r
 142           } else if (rowstart == 1) {\r
 143               ypos = ypos + chunkHeight;\r
 144           } else {\r
 145               ypos   = ypos + chunkHeight - rowstart*charHeight;\r
 146           }\r
 147 \r
 148           startx += chunkWidth;\r
 149           endx   = startx + chunkWidth;\r
 150           starty = 0;\r
 151 \r
 152           if (endx > da.getWidth()) {\r
 153               endx = da.getWidth();\r
 154           }\r
 155           // Draw the rest of the panels\r
 156 \r
 157           while (ypos <= getHeight()) {\r
 158               drawScale(startx,endx,charWidth,charHeight,ypos);\r
 159               drawPanel(gg,startx,endx,0,da.getHeight(),startx,starty,ypos);\r
 160 \r
 161               ypos   += chunkHeight;\r
 162               startx += chunkWidth;\r
 163               endx   = startx + chunkWidth;\r
 164 \r
 165               if (endy > da.getHeight()) {\r
 166                   endy = da.getHeight();\r
 167               }\r
 168 \r
 169               if (endx > da.getWidth()) {\r
 170                   endx = da.getWidth();\r
 171               }\r
 172 \r
 173           }\r
 174       }\r
 175       else\r
 176       {\r
 177           drawPanel(gg,startx,endx,starty,endy,startx,starty,0);\r
 178 \r
 179           oldstartx = startx;\r
 180           oldendx   = endx;\r
 181           oldstarty = starty;\r
 182           oldendy   = endy;\r
 183 \r
 184       }\r
 185     }\r
 186 \r
 187     else if (oldstartx < startx)\r
 188     {\r
 189       // This is dragging horizontal scrollbar to the right\r
 190 \r
 191       int delx  = (startx - oldstartx)   * charWidth;\r
 192       int delx2 = (oldendx - startx + 1) * charWidth;\r
 193 \r
 194       gg.copyArea(delx,0,delx2,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,endy,charHeight),-delx,0);\r
 195 \r
 196       if (startx > oldendx)\r
 197         drawPanel(gg,startx,endx,starty,endy,startx,starty,0);\r
 198       else\r
 199         drawPanel(gg,oldendx+1,endx,starty,endy,startx,starty,0);\r
 200 \r
 201 \r
 202       oldstartx = startx;\r
 203       oldendx   = endx;\r
 204 \r
 205     } else if (oldstartx > startx)\r
 206     {\r
 207      // Horizontal scrollbar pulled to the left\r
 208 \r
 209       int delx  = (oldstartx - startx)    * charWidth;\r
 210       int delx2 = (endx - oldstartx +1)   * charWidth;\r
 211 \r
 212       gg.copyArea(0,0,delx2,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,endy,charHeight),delx,0);\r
 213 \r
 214       if (oldstartx > endx) {\r
 215         drawPanel(gg,startx,endx,starty,endy,startx,starty,0);\r
 216       } else {\r
 217         drawPanel(gg,startx,oldstartx-1,starty,endy,startx,starty,0);\r
 218       }\r
 219 \r
 220       oldstartx = startx;\r
 221       oldendx   = endx;\r
 222 \r
 223     }  else if (oldstarty < starty) {\r
 224       // Vertical scrollbar down\r
 225       int dely  = AlignmentUtil.getPixelHeight(oldstarty,starty,charHeight);\r
 226       int dely2 = AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,oldendy,charHeight);\r
 227 \r
 228       gg.copyArea(0,dely,(endx-startx+1)*charWidth,dely2,0,-dely);\r
 229 \r
 230       if (starty > oldendy) {\r
 231         drawPanel(gg,startx,endx,starty,endy,startx,starty,0);\r
 232       } else {\r
 233         drawPanel(gg,startx,endx,oldendy,endy,startx,starty,0);\r
 234       }\r
 235 \r
 236       oldstarty = starty;\r
 237       oldendy   = endy;\r
 238 \r
 239     } else if (oldstarty > starty) {\r
 240 \r
 241       // Vertical scrollbar up\r
 242       int dely  = AlignmentUtil.getPixelHeight(endy,oldendy,charHeight);\r
 243       int dely2 = AlignmentUtil.getPixelHeight(oldstarty,endy,charHeight);\r
 244 \r
 245       gg.copyArea(0,0,(endx-startx+1)*charWidth,dely2,0,dely);\r
 246 \r
 247       if (oldstarty > endy) {\r
 248         drawPanel(gg,startx,endx,starty,endy,startx,starty,0);\r
 249       } else {\r
 250         drawPanel(gg,startx,endx,starty,oldstarty,startx,starty,0);\r
 251       }\r
 252 \r
 253       oldstarty = starty;\r
 254       oldendy   = endy;\r
 255     }\r
 256 \r
 257     if ((oldendy -oldstarty) > (getWidth() / av.getCharWidth())) {\r
 258       System.out.println("LIMITS ERROR LIMITS ERROR");\r
 259       System.out.println("Corrds " + (oldendy-oldstarty) + " " + (getWidth()/av.getCharWidth()) + " " + getWidth() + " " + av.getCharWidth());\r
 260     }\r
 261 \r
 262 \r
 263   //  gg.setColor(Color.red);\r
 264   //  gg.drawRect( groupX, groupY, groupendX-groupX, groupendY-groupY );\r
 265    // gg.drawRect( groupX+1, groupY+1, groupendX-groupX-2, groupendY-groupY-2 );\r
 266 \r
 267 \r
 268     g.drawImage(img,0,0,this);\r
 269 \r
 270   }\r
 271 \r
 272 \r
 273 \r
 274 \r
 275   public void drawPanel(Graphics g,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 276 \r
 277 /*\r
 278     Startx and starty appear to be the same as x1, y1, unless you find different\r
 279       x1                                               x2\r
 280     y1**************************************************\r
 281       *                                                *\r
 282       *                                                *\r
 283       *                                                *\r
 284       *                                                *\r
 285       **************************************************y2\r
 286 \r
 287 /*\r
 288     System.out.println("drawPanel called with g      = " + g);\r
 289     System.out.println("                      x1     = " + x1);\r
 290     System.out.println("                      x2     = " + x2);\r
 291     System.out.println("                      y1     = " + y1);\r
 292     System.out.println("                      y2     = " + y2);\r
 293     System.out.println("                      startx = " + startx);\r
 294     System.out.println("                      starty = " + starty);\r
 295 */\r
 296 \r
 297     g.setFont(av.getFont());\r
 298     int            charWidth  = av.getCharWidth();\r
 299     int            charHeight = av.getCharHeight();\r
 300     RendererI sr = av.getRenderer();\r
 301 \r
 302 \r
 303     /*Vector    pid    = av.getConsensus(false);\r
 304     Vector tmpseq = new Vector();\r
 305     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
 306         if (!av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 307             tmpseq.addElement(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 308 \r
 309     if (sr instanceof SequenceRenderer)\r
 310         pid    = AAFrequency.calculate(tmpseq,x1,x2);\r
 311 \r
 312     else if (sr instanceof GraphRenderer)\r
 313         pid = AAFrequency.calculatePID(av.getAlignment().getSequenceAt(0),\r
 314                                        av.getAlignment().getSequences(),\r
 315                                        av.getPIDWindow(),x1,x2);\r
 316 \r
 317 */\r
 318 \r
 319     if (y2 > starty && y1 < av.getEndSeq())\r
 320     {\r
 321        fillBackground(g,\r
 322                    Color.WHITE,\r
 323                    (x1-startx)*charWidth,\r
 324                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,y1,av.getCharHeight()),\r
 325                    (x2-x1+1)*charWidth,\r
 326                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(y1,y2,av.getCharHeight()));\r
 327     }\r
 328 \r
 329     SequenceI nextSeq;\r
 330     SequenceGroup group=null;\r
 331     boolean newGroup=false;\r
 332     int sx, sy, ex, ey;\r
 333     int oldStartX=0,oldEndX=0,oldY=0;\r
 334     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 335     {\r
 336      nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
 337      if(group==null || group!=av.alignment.findGroup( nextSeq ))\r
 338         newGroup = true;\r
 339      else\r
 340         newGroup = false;\r
 341 \r
 342     group = av.alignment.findGroup( nextSeq );\r
 343 \r
 344     sr.drawSequence(g, nextSeq, group,x1,x2,\r
 345                  (x1 - startx) * charWidth,\r
 346                  offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.getCharHeight()),\r
 347                  charWidth,charHeight,null, i);\r
 348 \r
 349 \r
 350      if( group!=null )\r
 351      {\r
 352 \r
 353         g.setColor(Color.GREEN);\r
 354 \r
 355         sx = (group.getStartRes()-startx)*charWidth;\r
 356         sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.getCharHeight());\r
 357         ex = (group.getEndRes()+1-startx)*charWidth;\r
 358         ey = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i+1, av.getCharHeight());\r
 359 \r
 360 \r
 361         if (newGroup)\r
 362         {\r
 363           g.drawLine(oldStartX, oldY, oldEndX, oldY); // Horizontal, bottom of old box\r
 364           g.drawLine(sx, sy, ex, sy); // Horizontal, top of new box\r
 365         }\r
 366 \r
 367         g.drawLine(sx, sy, sx, ey ); // vertical line, left hand side\r
 368         g.drawLine( ex,sy,ex,ey);    // vertical line, right hand side\r
 369         if (i == y2 - 1)// last line of alignment, seal the box\r
 370           g.drawLine(sx, ey, ex, ey); // Horizontal, bottom of old box\r
 371 \r
 372         oldStartX = sx;\r
 373         oldEndX = ex;\r
 374         oldY = ey;\r
 375 \r
 376      }\r
 377 \r
 378     }\r
 379 \r
 380     /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 381     if(displaySearch)\r
 382     {\r
 383       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 384       {\r
 385         int searchSeq = searchResults[r];\r
 386         int searchStart = searchResults[r+1];\r
 387         int searchEnd = searchResults[r+2];\r
 388 \r
 389         if (searchSeq >= y1 && searchSeq <= y2)\r
 390         {\r
 391           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 392           ssr.drawHighlightedText(g, av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq),\r
 393                                   searchStart,\r
 394                                   searchEnd,\r
 395                                   (searchStart - startx) * charWidth,\r
 396                                   offset +\r
 397                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 398               charHeight),\r
 399                                   charWidth,\r
 400                                   charHeight);\r
 401         }\r
 402       }\r
 403     }\r
 404 \r
 405 \r
 406 \r
 407 \r
 408     /*bg.drawImage(image,0,0,null);\r
 409   int size=width*height;\r
 410   int pixel, b, x,y;\r
 411   if(value!=0 )\r
 412   {\r
 413     if(painted!=null)\r
 414     {\r
 415      for(int i=0; i<size; i++)\r
 416      {\r
 417       if(painted[i] == value)\r
 418       {\r
 419          x = (i%width);\r
 420          y = (i-x)/width;\r
 421          pixel = buf.getRGB(x,y);\r
 422          b = pixel & 0x000000ff;\r
 423          pixel = (105<<24) | (0<<16)+32 | (0<<8)+32 | b;\r
 424          buf.setRGB(x,y,pixel);\r
 425      }\r
 426      }\r
 427 \r
 428     }\r
 429     else\r
 430     {\r
 431      for(int i=0; i<size; i++)\r
 432      {\r
 433       if(paintedShort[i] == value)\r
 434       {\r
 435        x = (i%width);\r
 436        y = (i-x)/width;\r
 437        pixel = buf.getRGB(x,y);\r
 438        b = pixel & 0x000000ff;\r
 439        pixel = (105<<24) | (0<<16) | (0<<8) | b;\r
 440        buf.setRGB(x,y,pixel);\r
 441      }\r
 442      }\r
 443     }\r
 444 \r
 445    }\r
 446    oldvalue = value;\r
 447    return (Image)buf;\r
 448 */\r
 449 \r
 450   }\r
 451 \r
 452  // public int groupX, groupY, groupendX, groupendY;\r
 453 \r
 454   public void fillBackground(Graphics g,Color c, int x1,int y1,int width,int height) {\r
 455     g.setColor(c);\r
 456     g.fillRect(x1,y1,width,height);\r
 457   }\r
 458 \r
 459   public int getChunkWidth() {\r
 460     return chunkWidth;\r
 461   }\r
 462 \r
 463   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 464   {\r
 465     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 466     if(results==null)\r
 467       displaySearch = false;\r
 468     else\r
 469       displaySearch = true;\r
 470 \r
 471     searchResults = results;\r
 472 \r
 473     paintFlag = true;\r
 474     repaint();\r
 475   }\r
 476 \r
 477 \r
 478 }\r