src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import javax.swing.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import jalview.analysis.*;\r
   7 \r
   8 \r
   9 public class SeqCanvas extends JPanel\r
  10 {\r
  11      FeatureRenderer fr;\r
  12     Image             img;\r
  13     Graphics2D          gg;\r
  14     int               imgWidth;\r
  15     int               imgHeight;\r
  16 \r
  17     AlignViewport     av;\r
  18 \r
  19     public boolean paintFlag = false;\r
  20 \r
  21     boolean showScores = false;\r
  22     boolean displaySearch = false;\r
  23     int [] searchResults = null;\r
  24 \r
  25     int chunkHeight;\r
  26     int chunkWidth;\r
  27 \r
  28 \r
  29     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  30     {\r
  31         this.av         = av;\r
  32        fr = new FeatureRenderer(av);\r
  33        setLayout(new BorderLayout());\r
  34        PaintRefresher.Register(this);\r
  35 \r
  36     }\r
  37 \r
  38   public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx,int ypos) {\r
  39       int scalestartx = startx - startx%10 + 10;\r
  40 \r
  41       g.setColor(Color.black);\r
  42 \r
  43       for (int i=scalestartx;i < endx;i+= 10)\r
  44       {\r
  45           String string = String.valueOf(i);\r
  46           g.drawString(string,(i-startx-1)*av.charWidth,ypos - av.charHeight/2);\r
  47 \r
  48           g.drawLine( (i-startx-1)*av.charWidth +av.charWidth/2, ypos+2 - av.charHeight/2,\r
  49                     (i-startx-1)*av.charWidth +av.charWidth/2, ypos-2 );\r
  50 \r
  51       }\r
  52 \r
  53   }\r
  54 \r
  55 \r
  56 public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
  57 {\r
  58     if (horizontal == 0 && vertical == 0)\r
  59       return;\r
  60 \r
  61     if (img == null || paintFlag)\r
  62     {\r
  63       repaint();\r
  64       return;\r
  65     }\r
  66 \r
  67     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, imgHeight, -horizontal * av.charWidth,\r
  68                 -vertical * av.charHeight);\r
  69 \r
  70     int sr = av.startRes, er = av.endRes + 1, ss = av.startSeq, es = av.endSeq,\r
  71         transX = 0, transY = 0;\r
  72     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
  73     {\r
  74       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
  75       sr = er - horizontal;\r
  76     }\r
  77     else if (horizontal < 0)\r
  78       er = sr - horizontal;\r
  79 \r
  80     else if (vertical > 0) // scroll down\r
  81     {\r
  82       transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
  83       ss = es - vertical;\r
  84     }\r
  85     else if (vertical < 0)\r
  86       es = ss - vertical;\r
  87 \r
  88     gg.translate(transX, transY);\r
  89 \r
  90     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
  91 \r
  92     gg.translate( -transX, -transY);\r
  93     getGraphics().drawImage(img, 0, 0, this);\r
  94 \r
  95 }\r
  96 \r
  97 /**\r
  98  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
  99  * SMJS This is what I'm working towards!\r
 100  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 101  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 102  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 103  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 104  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 105  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 106  */\r
 107 \r
 108   public void paintComponent(Graphics g)\r
 109   {\r
 110     // this draws the whole of the alignment\r
 111       imgWidth  = getWidth();\r
 112       imgHeight = getHeight();\r
 113 \r
 114       imgWidth -= imgWidth%av.charWidth;\r
 115       imgHeight-= imgHeight%av.charHeight;\r
 116 \r
 117       img = createImage(imgWidth,imgHeight);\r
 118       gg  = (Graphics2D)img.getGraphics();\r
 119       gg.setFont(av.getFont());\r
 120       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 121       paintFlag = false;\r
 122 \r
 123       gg.setColor(Color.white);\r
 124       gg.fillRect(0,0,imgWidth,imgHeight);\r
 125 \r
 126     chunkWidth  =   getWidth()/av.charWidth;\r
 127     chunkHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 128 \r
 129     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
 130     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
 131 \r
 132 \r
 133     if (av.getWrapAlignment())\r
 134       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 135     else\r
 136       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 137 \r
 138     g.setColor(Color.white);\r
 139     g.fillRect(0,0,getWidth(),getHeight());\r
 140     g.drawImage(img,0,0,this);\r
 141 \r
 142   }\r
 143 \r
 144   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight, int startRes)\r
 145   {\r
 146       AlignmentI da = av.getAlignment();\r
 147 \r
 148       int cWidth  =   canvasWidth/av.charWidth;\r
 149       int cHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 150 \r
 151       int  endx   = startRes+cWidth-1;\r
 152       int ypos  = 2*av.charHeight;\r
 153 \r
 154       while (ypos <= canvasHeight)\r
 155       {\r
 156         drawScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 157         drawPanel(g, startRes, endx, 0, da.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 158 \r
 159         ypos += cHeight;\r
 160         startRes += cWidth;\r
 161         endx = startRes + cWidth - 1;\r
 162 \r
 163         if (endx > da.getWidth())\r
 164           endx = da.getWidth();\r
 165       }\r
 166 \r
 167   }\r
 168 \r
 169 \r
 170   public void drawPanel(Graphics g1,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 171 \r
 172 \r
 173    Graphics2D g = (Graphics2D)g1;\r
 174     g.setFont(av.getFont());\r
 175     RendererI sr = av.getRenderer();\r
 176 \r
 177     /*Vector    pid    = av.getConsensus(false);\r
 178     Vector tmpseq = new Vector();\r
 179     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
 180         if (!av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 181             tmpseq.addElement(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 182 \r
 183     if (sr instanceof SequenceRenderer)\r
 184         pid    = AAFrequency.calculate(tmpseq,x1,x2);\r
 185 \r
 186     else if (sr instanceof GraphRenderer)\r
 187         pid = AAFrequency.calculatePID(av.getAlignment().getSequenceAt(0),\r
 188                                        av.getAlignment().getSequences(),\r
 189                                        av.getPIDWindow(),x1,x2);\r
 190 \r
 191 */\r
 192 \r
 193    /* if (y2 > starty && y1 < av.getEndSeq())\r
 194     {\r
 195        fillBackground(g,\r
 196                    Color.red,\r
 197                    (x1-startx)*charWidth,\r
 198                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,y1,av.getCharHeight()),\r
 199                    (x2-x1+1)*charWidth,\r
 200                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(y1,y2,av.getCharHeight()));\r
 201     }*/\r
 202 \r
 203     SequenceI nextSeq;\r
 204 \r
 205     /// First draw the sequences\r
 206     /////////////////////////////\r
 207     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 208     {\r
 209      nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
 210 \r
 211      sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ),x1,x2,\r
 212                  (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 213                  offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 214                  av.charWidth,av.charHeight,null, i);\r
 215 \r
 216      if(av.showSequenceFeatures)\r
 217      {\r
 218        fr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ), x1, x2,\r
 219                        (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 220                        offset +\r
 221                        AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 222                        av.charWidth, av.charHeight, null, i);\r
 223      }\r
 224     }\r
 225     //\r
 226     /////////////////////////////////////\r
 227 \r
 228     // Now outline any areas if necessary\r
 229     /////////////////////////////////////\r
 230     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 231     java.util.Vector groups = av.alignment.getGroups();\r
 232 \r
 233     int sx = -1, sy = -1, ex = -1;\r
 234     int groupIndex = -1;\r
 235     if (group == null && groups.size() > 0)\r
 236     {\r
 237       group = (SequenceGroup) groups.elementAt(0);\r
 238       groupIndex = 0;\r
 239     }\r
 240 \r
 241     if (group != null)\r
 242       do\r
 243       {\r
 244         int oldY = -1;\r
 245         int i = 0;\r
 246         boolean inGroup = false;\r
 247         int top=-1, bottom =-1;\r
 248         for (i = y1; i < y2; i++)\r
 249         {\r
 250           sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 251           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 252           ex = (group.getEndRes() + 1 - group.getStartRes()) * av.charWidth;\r
 253 \r
 254 \r
 255           if (sx < getWidth()\r
 256               && ex > 0\r
 257               && group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 258           {\r
 259 \r
 260             if (bottom == -1 &&\r
 261                 !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 262               bottom = sy + av.charHeight - 1;\r
 263 \r
 264             if (!inGroup)\r
 265             {\r
 266               if (top == -1 && i==0 ||\r
 267                   !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 268                 top = sy;\r
 269 \r
 270               oldY = sy;\r
 271               inGroup = true;\r
 272               if (group == av.getSelectionGroup())\r
 273               {\r
 274                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT, BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]{5f,3f}, 0f ));\r
 275                 g.setColor(Color.RED);\r
 276               }\r
 277               else\r
 278               {\r
 279                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 280                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 281               }\r
 282             }\r
 283           }\r
 284           else\r
 285           {\r
 286             if (inGroup)\r
 287             {\r
 288 \r
 289               g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 290               g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 291               if (top != -1)\r
 292                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 293               if (bottom != -1)\r
 294                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 295 \r
 296               inGroup = false;\r
 297             }\r
 298           }\r
 299         }\r
 300 \r
 301         if (inGroup)\r
 302         {\r
 303 \r
 304           if(top!=-1)\r
 305              g.drawLine(sx,top, sx+ex, top);\r
 306           if(bottom!=-1)\r
 307              g.drawLine(sx,bottom, sx+ex, bottom);\r
 308 \r
 309           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 310           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 311           g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 312           inGroup = false;\r
 313         }\r
 314         groupIndex++;\r
 315         if (groupIndex >= groups.size())\r
 316           break;\r
 317 \r
 318         group = (SequenceGroup) groups.elementAt(groupIndex);\r
 319 \r
 320       }\r
 321       while (groupIndex < groups.size());\r
 322 \r
 323 \r
 324     /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 325     //////////////////////////////////////////////////////////\r
 326     if(displaySearch)\r
 327     {\r
 328       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 329       {\r
 330         int searchSeq = searchResults[r];\r
 331         int searchStart = searchResults[r+1];\r
 332         int searchEnd = searchResults[r+2];\r
 333 \r
 334         if (searchSeq >= y1 && searchSeq < y2)\r
 335         {\r
 336           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 337           ssr.drawHighlightedText(av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq),\r
 338                                   searchStart,\r
 339                                   searchEnd,\r
 340                                   (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 341                                   offset +\r
 342                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 343               av.charHeight),\r
 344                                   av.charWidth,\r
 345                                   av.charHeight);\r
 346         }\r
 347       }\r
 348     }\r
 349 \r
 350   }\r
 351 \r
 352 \r
 353   public int getChunkWidth() {\r
 354     return chunkWidth;\r
 355   }\r
 356 \r
 357   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 358   {\r
 359     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 360     if(results==null)\r
 361       displaySearch = false;\r
 362     else\r
 363       displaySearch = true;\r
 364 \r
 365     searchResults = results;\r
 366 \r
 367     paintFlag = true;\r
 368     repaint();\r
 369   }\r
 370 \r
 371 \r
 372 }\r